发帖数: 1 | 1 no，我就是那个georgia tech的online program，没有opt
我还是要用bioinfor的opt |
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m**r
发帖数: 193 | 2 fresh phD is hard to get in these days. bioinfor may still be possible |
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m**r
发帖数: 193 | 3 fresh phD is hard to get in these days. bioinfor may still be possible |
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e**s
发帖数: 513 | 4 I am a biologist and need to do some bioinformatics analysis now. I need to install BLAST and Mira on the cluster. The stuff who maintains the bioinformatic cluster told me it's very difficult to install programs in the cluster (SunOS5.9). He is busy and doesn't want to help.
I wonder if I can do it by myself. I only know tiny bit of linux.
A lot of thanks for any suggestions! |
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d****n
发帖数: 1637 | 5 tell his advisor, he needs to be fired. |
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b**********i
发帖数: 2 | 6 很困惑，这里bioinformatics有没有只是编编程序做一些统计而已的？还是都是研究算
法的？感觉前这跟生统有点像，但又没人家那么深奥。 |
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O*******d
发帖数: 20343 | 7 bioinformatics在走下坡路。以前是炒起来的。 |
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b**********i
发帖数: 2 | 8 马上答辩了，不知道大家都找啥样的工作，有不研究算法只做些统计的吗？ |
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a*********g
发帖数: 8087 | 9 做bioinfor方向
老板好些又怎样呢？
在考虑是老老实实读下去还是考虑中途折腾转校 |
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h********g
发帖数: 155 | 10 有没有前途要看你现在的位置，如果你已经有了教职，那你也许能靠这骗些钱来花。但
你要是还是个学生或波斯道，那你做了BIOINFO就是大凶之兆。等你毕业之后CS工作机
会没你的份，因为别人认为你是搞生物的。所以你搞不好要去跟学生物的那帮烂人去抢
波斯道的位置。
还有CS里做BIOINFOR的大多是些烂人和卢瑟，他们在自己的领域里没IDEA，所以就想到
靠这种方法来骗钱。跟了他们你还要担心他们的人品。这个领域几年之内我看就会逐渐
死掉的。所以要进去之前好好考虑一下。 |
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f*******d
发帖数: 637 | 11 bioinfor跟啥都能沾上关系
万金油
所以弄不好就是三不沾，更尴尬 |
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a******k
发帖数: 1190 | 12 我见过做Bioinfor的，用Mac Pro（以前的型号）的比例那是相当的高
如果你要用的话，差不多内存、硬盘、CPU最好都加到顶
（硬盘千万不要小，要不很多分析你根本没办法做，CPU可以妥协一点，内存必须到顶）
Mac其实性价比应该不错，主要是升级配置加的钱比较合理
比如新Mac Pro所有加到顶也不到$9000（教育价格），
HP和Dell的工作站吊丝配置都很便宜，不过随便升级一些配置花的钱海了去了
比如经典的Z820，只要不到$2000起，但是如果升级到Mac同样的配置
12Core CPU要加$4200，64G内存要加$2000, 1T的SSD要$1600(最差的SSD,比Mac的差)
两块W7000的显卡(比Mac的D700=W9000差)要加$1700
最后要$12000
不过新Mac Pro不太推荐，主要是CPU和内存的扩展性太差，和Z820差的不是一点半点
后者CPU可以加到两块，内存可以加到512G，不过价格也就上去了，要$60000多
（光内存就要$40000多） |
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发帖数: 1 | 13 两个月过去了，再看看自己发的帖子，也算记录下自己的转行心得；
没想到两个月进步还是挺大的：
a, 做了好几个data sci的project；进一步训练自己的Python和R
b, 做过一次data sci的面试,虽然失败但是收获很大；
c, 录取了online CS master！打算修ML track; 就是个过简历的通行证啦
d, 完成了ML的学习，帮助我家LD顺利通过了ivy学校巨难的ML考试；
e, 开始上coursera course，拿到了几张certificate；
f, 找清了目标，刷题ing~觉得很有乐趣！
我现在非常清楚，不管做SDE还是DS，programming能力是核心，所以，只需要完成两件
事：
1. 刷题，这是最核心的；而且一定用JAVA；必须JAVA和python都要会，没有借口！
2. Course，包括coursera和即将开学的degree course；也就算培养一些CS素养以及过
简历关。另外course中就可以做大量project；加上我过去做的data project，以及我
本行bioinfor projects；会有不少project... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 14 两个月过去了，再看看自己发的帖子，也算记录下自己的转行心得；
没想到两个月进步还是挺大的：
a, 做了好几个data sci的project；进一步训练自己的Python和R
b, 做过一次data sci的面试,虽然失败但是收获很大；
c, 录取了online CS master！打算修ML track; 就是个过简历的通行证啦
d, 完成了ML的学习，帮助我家LD顺利通过了ivy学校巨难的ML考试；
e, 开始上coursera course，拿到了几张certificate；
f, 找清了目标，刷题ing~觉得很有乐趣！
我现在非常清楚，不管做SDE还是DS，programming能力是核心，所以，只需要完成两件
事：
1. 刷题，这是最核心的；而且一定用JAVA；必须JAVA和python都要会，没有借口！
2. Course，包括coursera和即将开学的degree course；也就算培养一些CS素养以及过
简历关。另外course中就可以做大量project；加上我过去做的data project，以及我
本行bioinfor projects；会有不少project... 阅读全帖 |
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h******y
发帖数: 1374 | 15 做bioinfor的转行做Alzheimer,atherosclerosis了？ |
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y***u
发帖数: 1467 | 16 没有任何bioinfor的背景，以前的facility提供分析，可现在新用的一家不提供，只好
自己试试。有人建议用dChip.我得到的raw data 好像是用Agilent Feature
Extraction Software 做的，txt file 包含结果。
里面的logRatio 是base 10的。我的土问题就是，是不是应该把这个结果先转换成base
2的。还有这个data 是不是已经经过牛normalized?
我知道我的问题实在是很弱，很土，见笑了，希望这里的牛牛们给点帮助吧，我整天对
着这些data大眼瞪小眼的，很难受。
谢谢！！！ |
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l****u
发帖数: 46 | 17 家庭问题不可能不考虑。
老板出钱雇你干活，你去读cs的master，可能性有多大？
我所在学校的cs与bio有很多合作，我本人的课题就与之有关。我原贴说了，即使读这
个cs的master，也不是完全转行，还是想做两者结合的东西。bioinfor是什么？我不觉
得去读csmaster我就放弃本行了。
耽误。
出家，哪个都没干好。。。。 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 18 多谢。
但关键是这个医学院在这方面很弱，目前就一个很强的这个实验室。貌似连bioinfor的
course都没有。
不能进入了实验室慢慢跟着其他人学么？（然后自己好好自学，看书）
多谢多谢 |
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b****r
发帖数: 17995 | 20 别的小专业不敢那么肯定，我们搞遗传的，无论学校还是公司，将来几年我看主要的
data都得要靠bioinfor的人分析或者帮助分析，而且我看好会产生很多实际经济效益，
那可不会是你说的这种5年增40%的爆炸式“大跨越”。我想起码会有翻几个跟头的job
market。关键是我并没看到周围几个学校的bioinformatics学生在明显增长。就是10年
后市场饱和了，现在进去的这批人基本也established了
再强调一下上面说过的，“除非不搞生物”，搞生物，我最看好bioinformatics
653Billion |
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b****r
发帖数: 17995 | 21 呵呵，没错，纯biology的人是难做好bioinfo。不过如果我没弄错的话，楼主本来就不
是学生物的，是一个从CS或者别的系打算往bioinfo跳的家伙
所以我每次都说，除非不搞生物，不然bioinfor最好
至于有关NGS的faculty位置是不是会大大增加，咱等着瞧
have |
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b****r
发帖数: 17995 | 22 那是当然，光出paper的领域强不起来的
根据现在的model对于SNP based Whole genome linkage study的power，我觉得等全基
因组测序的成本降到和SNP array差不多的时候，稍微常见一点的多基因疾病的致病相
关突变都可能被解析出来。按照现在的降价速度，应该不超过5年
可以想象一下，有多少人死于多基因病，有多少种较为常见的多基因病，而且不同的人
群多基因病的遗传因素又不一样，加上环境因素的参与。这些model全部要靠bioinfor
的手段才能解决 |
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j*****y
发帖数: 94 | 23 是的，我上了一门本科的课，自己自学C++和算法，感觉很不系统，而且没有上课的压
力，很容易放松自己。真的觉得只有去读个学位，才能系统的训练一下。我也和计算机
系的人聊过，知道coding的能力还是要通过做project才能锻炼出来，这个不是一个学
位能带给你的，还得自己付出很多努力才行，尤其是半路出家的。
不管怎样，反正决定了就去读吧，不管以后找bioinfor相关的工作，还是纯coding，多
条腿走路应该不会是坏事。就想你的签名一样，人年轻的时候多折腾挺好的:）加油！
quantitative
programming |
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l*****g
发帖数: 2087 | 24 统计和bioinfor还是不同的
统计现在的情形还差了一点，以前没文章照样做AP |
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e*****t
发帖数: 642 | 25 hey bioinfor1,
seems you know a lot about bioinformatics in industry, i have a question for
you.
for bioinfor major, what qualities are of top importance to land a industry
job.thanks |
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l******u
发帖数: 936 | 26 如果你说到疾病，从clinical的意义上说，可以看这些Pathway/Network 一些重要基因对
这个疾病的 prognosis 的意义如何，这个在临床上的指导意义非常重要。
我曾经跟Zurich一个Pathologist 谈到现在 GWAS 在临床上的应用的指导
意义的时候，也问过类似的问题。他们说这些 GWAS 晒到的prognosis marker
对他们的工作有很大的指导意义。 而而Pathway/Network 本身成了paper需要的故事的
素材
个人觉得， IPA 不能帮你发现什么真正新的pathway， IPA的意义在于它集成了很多
前人研究的一些基因/蛋白的关系（有科学文献记载），而便于你研究这些相互关系网
络。我的理解可能还比较粗浅，bioinfor的高人可以再来补充。
我刚从human genomics的lab转到了mouse Lab， 发现做function study的人对pathway的
理解跟做genomics的人非常不一样。 |
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e*****t
发帖数: 642 | 27 lz是bioinfor什么方向的？看上去比较灰心。
你要是转cs，真是拿自己的短处比人家的长处。
bioinfo据我所知，如果你做的跟-omics有关，努力找找，工作还是有的，不用做千老
。很多cs人现在还想做bininformatics，更别说很多wet lab人都想转到这个领域。你
是不是做的东西很偏？比如蛋白结构？ |
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j****x
发帖数: 1704 | 28 bioinfor目前的未解难题之一，各种水这么多年倒是来来回回灌了很多，但结果基本靠蒙 |
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e**s
发帖数: 513 | 29 I am a biologist and need to do some bioinformatics analysis now. I need to install BLAST and Mira on the cluster. The stuff who maintains the bioinformatic cluster told me it's very difficult to install programs in the cluster (SunOS5.9). He is busy and doesn't want to help.
I wonder if I can do it by myself. I only know tiny bit of linux.
A lot of thanks for any suggestions! |
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t*d
发帖数: 1290 | 30 一个连 blast 也没有的机器也可以号称 bioinformatic cluster？
如果你能找到 for SunOS5.9 的 blast 源代码，就可以自己安装。
to install BLAST and Mira on the cluster. The stuff who maintains the
bioinformatic cluster told me it's very difficult to install programs in the
cluster (SunOS5.9). He is busy and doesn't want to help. |
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e**s
发帖数: 513 | 31 那些人都是做protein structure的，每人做DNA，唉。
我在NCBI的网站能找到blast的window和linx版的。SunOS5.9 的 blast 源代码是什么
意思？
the |
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G*****o
发帖数: 315 | 32 你可以试试把blast装到你自己的帐户下。不一定非得让admin帮忙。如果有几个不同平
台的linux安装程序，下载一个和你的cluster最接近的。最好找一个懂一点linux的朋
友帮忙。 |
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t****b
发帖数: 47 | 33 下载源代码，自己安装是可以的。没装过的话，肯定累点。 |
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t*d
发帖数: 1290 | 34 就是为 SunOS 5.9 定制的源代码。
Sun 以前的系统是 Solaris。NCBI 上应该有这个平台的 blast 可执行代码。就不知道
那个版本和你的 SunOS 5.9 兼容。自己试试吧。这个可执行代码大多是下载后就可用
，不需要编译，也不需要管理员权限。
另外，Windows 下的 Blast 也一样干活啊。 为什么非用那个 cluster 呢？
the |
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e**s
发帖数: 513 | 35 Because I need to do whole genome sequence blast against many genomes.
Thank you for your reply! I will try it. |
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e**s
发帖数: 513 | 36 Do you mean I can install it under my own folder? The IT stuff told me I
need to put it in the root. Well, they are not the ones who maintain the
cluster though.
Thanks for your reply! |
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e**s
发帖数: 513 | 37 I went to the FTP site for BLAST installer and source code. I downloaded
ncbi-blast-2.2.25+-sparc64-solaris.tar.gz. It contains many applications.
Are those the source code you menioned? Do I simply move these applications
under my folder in the cluster? I can't find any file that looks like "code"
. |
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t*d
发帖数: 1290 | 38 Did you see the folder named 'bin'?
blastn under 'bin' folder should be the program you will need.
applications
code" |
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a*****r
发帖数: 209 | 41 想请问一下那里做bioinfor / system bio的Post-Doc / Scientist 状况怎么样啊
欢迎跟帖或者发信， 非常感谢！ |
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S**********l
发帖数: 3835 | 42 bioinfor都比较快的。我好像是我们lab最慢的。不过看在我phD,postdoc生了俩娃的份
上,俺觉得俺还是比较(re)productive的。 |
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S**********l
发帖数: 3835 | 43 我一般都会repeat一下结果，我们bioinfor的。差不多一半情况软件run不通。 |
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V********n
发帖数: 305 | 44 搞生物的人多，大家都拼命的找方向，最后结果就是一勺烩。分生就是生物的缩影。
也就是十几年前，一套好的分生结果就是一篇好文章。那时光景，有分生，有生化，有
生理，有免疫等等。各自守着自己的一亩三分地。变化也是从那时候开始了。各自圈子
里的一点novelty很快就折腾光了，于是大家就开始互相瞅，指望着到别人家里去打饭
吃。交叉呀交叉。做免疫的也开始WB了，要机制不是？做结构的也要啊，还有搞行为唔
的，加点分生才够标新。看起来分生吃香了，实际上纯分生再也发不出文章了。你费半
天劲，克隆来克隆去就找个磷酸化位点有嘛用啊？
生理/免疫/结构/行为....，任何一个领域再加点分生，又算过了几年好日子，成就了
一批新PI。但好日子也太短暂了，也就是到03，04年吧，模仿的人一多，又hold不住了
。怎么办？上耗子。KO，KI的折腾小动物们。这次门槛高些，小样不好学（主要是没钱
学不起），实验室也彻底贫富分化了。中间还引入点bioinfor，彻底断绝小lab的想头
。终于又支撑了几年，出了千百篇CNS。一直做到现在，搞到4，5分的杂志上也出现KO
耗子了。何苦来。
下一步又该如何呢？好像是医生牛B了。... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 45 “用结构查也没有相似的只是跟细菌里某段有40%相似度”
既然都没有同源基因，你这里的结构是哪儿来的？即便是植物基因，在近源物种中也找
不到任何相近的序列？
如果真的是传说中的orphan gene，其实际意义和价值大多有限。
BTW，从bioinfor的角度，有几种不依赖于同源序列（比对）的蛋白功能预测方法，比
如下面这个：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17520486 |
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k*****1
发帖数: 454 | 46 你们这些家伙太mean了。当初华大基因也被你们挖苦的一无是处 现在不也搞的挺好的
吗？
另外 bioinfor 能发PRL应该是非常偏理论的东西而且是非常不错的。能够做方法学的
都是牛人 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 47 坦白说对genomics/sequencing技术还是很有兴趣的。也喜欢交叉科学。而且sequencing成本越来越低，越来越多的data要产生。所以我是很看好这一行的。所以本科是读生物的；然后来了美国半路转到bioinformatics。但我觉得很郁闷的是，bioinformatician好像都是在跑别人写好的program。做alignment就是BWA/bowtie；然后call SNP就是GATK/samtools啥的。也就是自学一点bash code来做一些很平常的处理；然后大规模的fastq就写一点简单的python来pre-processing
一点成就感都没有。或者说一点技术含量都没有。感觉人家CS的，学到了技术，学到了那就是自己的；以后用的到。而我们这种随便run个人家写好的program，感觉是个人就可以学会。
另外，我在的这个一般的medical school都没有CS course。我都是自学，觉得很野鸡，一点都不科班。这个破烂bioinformatics program也很一般，很小很新，都没什么人。各位在综合性大学bioinformaticics phd p... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 48 well，我两个老板。一个是疾病研究的大牛，就是有钱做很多whole-genome
sequencing的。当然他对sequencing/bioinfor一无所知
主要跟另外一个bioinformatics的老板。但他自己又不是专业出身的。自己是生物背景
的，然后又是医生。但稍微懂一点计算机。
所以可以说自己更像是做genomics study的，而不是bioinformatics；毕竟老板都不是
cs的。而且老板也是医生，压力不会像其他只搞学术的那么大。所以也很nice
加上自己是joint student；所以感觉都是自己弄。 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 49 我觉得我双重人格。
我有时候很ambitious想做faculty，就是生物医学统计计算机基因组学sequencing全部
都懂。我骨子里还是那种精神化的人，想做有趣的事情的
但有时候也会妥协现实，就想改行做个马工算了；或者bioinfor facility core帮人家
打杂，混口饭吃算了。爱情对我更重要。
不过感觉自己在目前这个破烂program，CS的course都没的修，根本就没那个flatform
实现这些理想啊。只自学就ok？ |
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f****b
发帖数: 2410 | 50 BIOINFORMATICS for Next Generation-Sequencing analysis @ ICBR of University of Florida
RESPONSIBILITIES:
• Provide high level bioinformatics support to molecular biologists
by applying information technology and statistics to genomic and proteomic
projects;
• Evaluate available bioinformatics tools for next generation-
sequencing data and prototype new methods and algorithms to enhance existing
analysis capabilities and pipelines;
• Provide computational support for in... 阅读全帖 |
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