M*P
发帖数: 6456 | 1 有人说跟sex reproduction 相关的基因进化快，这种是用什么方法测量的？ |
s******y
发帖数: 28562 | 2 应该是和其他基因的进化速度比较吧。
【在 M*P 的大作中提到】
: 有人说跟sex reproduction 相关的基因进化快，这种是用什么方法测量的？
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m****c
发帖数: 244 | 3 If you are hardcore, see the classic paper by Donnelly and Tavare: The ages
of alleles and a coalescent.
If you are just curious, see wiki entry of human accelerated regions (HARs).
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 7.8
【在 M*P 的大作中提到】
: 有人说跟sex reproduction 相关的基因进化快，这种是用什么方法测量的？
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t*****z
发帖数: 1598 | 4 我来尝试解释下吧。
如果要计算基因进化速率的具体数值，那么第一需要进化树，第二需要估计进化分支的
年代（利用化石证据或者其他基因的已知的突变率），然后根据进化树上树枝的长度（
积累的突变个数），就可以算出你感兴趣的基因的进化速率（单位时间内突变数量）了。
年代的估计是个很不靠谱的事情，基本是十个组能做出十个结果。所以在多数情况下，
你无法精确算出进化速度，而是只能比较相对的进化速度。后者可以分成两种：
一、感兴趣的基因在这个物种中是否比在别的物种中进化快？做该基因家族的进化树然
后比较树枝长度就可以。
二、感兴趣的基因跟同一个基因组中的别的基因相比是否进化快？这个问题意义不是很
大，因为不同基因的进化速率本来就是一个分布。如果真想知道，可以单纯比较从一个
共同祖先开始（哪怕年代未知）的各个基因积累的突变个数。
常用软件包中PAML就有比较全面的关于进化速率的功能。
【在 M*P 的大作中提到】
: 有人说跟sex reproduction 相关的基因进化快，这种是用什么方法测量的？
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M*P
发帖数: 6456 | 5 多谢
了。
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我来尝试解释下吧。
: 如果要计算基因进化速率的具体数值，那么第一需要进化树，第二需要估计进化分支的
: 年代（利用化石证据或者其他基因的已知的突变率），然后根据进化树上树枝的长度（
: 积累的突变个数），就可以算出你感兴趣的基因的进化速率（单位时间内突变数量）了。
: 年代的估计是个很不靠谱的事情，基本是十个组能做出十个结果。所以在多数情况下，
: 你无法精确算出进化速度，而是只能比较相对的进化速度。后者可以分成两种：
: 一、感兴趣的基因在这个物种中是否比在别的物种中进化快？做该基因家族的进化树然
: 后比较树枝长度就可以。
: 二、感兴趣的基因跟同一个基因组中的别的基因相比是否进化快？这个问题意义不是很
: 大，因为不同基因的进化速率本来就是一个分布。如果真想知道，可以单纯比较从一个
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