由买买提看人间百态

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全部话题 - 话题: addgene
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发帖数: 1
1
作为一个科研民工,韩论文出来后新闻报道的第一时间就下载了paper看了,当时觉得
这么个学校里这样的条件能出好成果十分不易的,paper里面通篇的实验方法实验数据
都是很朴素的,但整个idea和做出来的结果确十分惊人,就像小成本的高质量电影,让
人看了当时就感叹像是寒门出贵子的感觉,还第一时间和同学分享了这个事情,感到挺
高兴的,结果后来闹成这样,说实话后来韩的反应给人的感觉就完全不是一个搞科研的
人,第一次感觉比较差的就是韩说把质粒提供给addgene了,结果连addgene都能拼成
addgen,这个最常用的质粒数据库不太可能拼错吧,后来有人爆料说派学生去河北他们
实验室要质粒,结果第一次给的质粒没有完整的质粒信息,他们检测发现质粒竟然是原
核表达系统的,怎么做真核编辑?第二次重新要了质粒,测序发现质粒没有promotor和
终止密码子,怎么表达?再后来韩的表现完全是一个政客而不是科研工作者
C**********e
发帖数: 23303
2
由此可见华人本性的丑陋
华人想保留一些技术秘密有多末难
生物界简直是一群精神病嘛
令人难以想象
看篇论文就想重复试验
真是脑子烂掉了
谁会把关键技术放在论文里?
————————————————————————
在韩春雨的舆论风波逐渐发酵之时,8月8日,韩春雨向非盈利性质粒共享信息库
Addgene提交新版的详细实验方法,并补充了数项应当注意的问题。
中国青年报·中青在线记者在Addgene网站中看到,新版实验方法分为细胞培养、
质粒/gDNA 共转染、基因组提取三个部分,一些实验细节与其在《自然-生命科学》中
发表的论文有所不同。
据 “科学美国人”中文版《环球科学》的微信公众号“科普圈”介绍,新实验步
骤有几处改变,其中包括“血清品牌由Hyclone 变更为Gibco”,“溶解和稀释质粒及
gDNA 的缓冲液变更为水(pH 8.0)”,“建议在质粒/gDNA共转染的8小时、12小时或
24小时后,补转一次gDNA(旧版方法中只提及了‘24小时’)”等内容。
此外,韩春雨还在新版实验方法中列出了4项注意事项,其中包括“NgAgo/gDNA 系
统对细胞中胞内菌和支原体感染敏感,在实验... 阅读全帖
w*******e
发帖数: 15912
3
哥不懂生物,还请各位千老们给哥指点迷津
http://news.ifeng.com/a/20160810/49751762_0.shtml
论文被疑造假 韩春雨公开详细实验方法
2016年08月10日 11:29
来源:中青在线
3434人参与 240评论
原标题:韩春雨公开详细实验方法
中青在线讯(中国青年报·中青在线记者叶雨婷)在韩春雨的舆论风波逐渐发酵之时,
8月8日,韩春雨向非盈利性质粒共享信息库Addgene提交新版的详细实验方法,并补充
了数项应当注意的问题。
中国青年报·中青在线记者在Addgene网站中看到,新版实验方法分为细胞培养、质粒/
gDNA 共转染、基因组提取三个部分,一些实验细节与其在《自然-生命科学》中发表的
论文有所不同。
据“科学美国人”中文版《环球科学》的微信公众号“科普圈”介绍,新实验步骤有几
处改变,其中包括“血清品牌由Hyclone 变更为Gibco”,“溶解和稀释质粒及gDNA 的
缓冲液变更为水(pH 8.0)”,“建议在质粒/gDNA共转染的8小时、12小时或24小时后
,补转一次gDNA(旧版方法中只提及了‘24小时’)”等内容。
此外... 阅读全帖
C**********e
发帖数: 23303
4
韩春雨终于被海外千老逼得交待了技术秘密
韩国丹麦摘桃
由此可见华人本性的丑陋
华人想保留一些技术秘密有多末难
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在韩春雨的舆论风波逐渐发酵之时,8月8日,韩春雨向非盈利性质粒共享信息库
Addgene提交新版的详细实验方法,并补充了数项应当注意的问题。
中国青年报·中青在线记者在Addgene网站中看到,新版实验方法分为细胞培养、
质粒/gDNA 共转染、基因组提取三个部分,一些实验细节与其在《自然-生命科学》中
发表的论文有所不同。
据 “科学美国人”中文版《环球科学》的微信公众号“科普圈”介绍,新实验步
骤有几处改变,其中包括“血清品牌由Hyclone 变更为Gibco”,“溶解和稀释质粒及
gDNA 的缓冲液变更为水(pH 8.0)”,“建议在质粒/gDNA共转染的8小时、12小时或
24小时后,补转一次gDNA(旧版方法中只提及了‘24小时’)”等内容。
此外,韩春雨还在新版实验方法中列出了4项注意事项,其中包括“NgAgo/gDNA 系
统对细胞中胞内菌和支原体感染敏感,在实验前要仔细确认所使用的细胞株未被污染或
污染已被彻底清... 阅读全帖
m*********D
发帖数: 1727
5
我读博士的时候也有过这样的日子,也被人说过是没娘的孩子。。。那天给那个学生说
这句,她是老美,大笑起来:实验室的其他senior person都忙,不好意思找,就只好
找我们了。
其实我跟她老板很熟,她老板给我早打了招呼。当时我怕万一她找不到我,还把我们实
验室另一个跟我学作CRISPR的学生介绍给她,这样的话,找不到我,就找那个学生。所
以,我们也很吃惊:每一步都不work--Addgene的质粒提不出来;BbsI切不动(好在我
保留了一年多以前我切好纯化过的DNA);按Addgene的资料合成的sequencing primer也
不work(我是自己设计的,一看那个primer序列就不对,也在要sequencing的部位上下
两百bp找不到)。。。
d********f
发帖数: 43471
6
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: mahmet (里约大冒险), 信区: Biology
标 题: 知识分子独家专访:面对质疑的韩春雨
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Oct 17 21:05:25 2016, 美东)
独家专访:面对质疑的韩春雨
原创2016-10-18 陈晓雪、李晓明 知识分子
►韩春雨任教的河北科技大学门口。摄影:陈晓雪
内文提要:
独家专访:面对质疑的韩春雨
韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
编者按:
5月初,《知识分子》以国际科学媒体的标准,第一时间报道依据国际科学同行
评议的学术刊物上发表的韩春雨论文以及当时多位科学家评论,并说明其是发展了荷兰
科学家的工作。此后,国内媒体和单位纷纷跟进,因为没有新的工作进展,《知识分子
》未继续报道。从网上开始有声音质疑韩春雨文章结果,《知识分子》一直保持追踪国
内外学术界最新的动态,但不依据私下匿名来源为主作报道,直到13位中国科学家公开
实名发言后,《知识分子》才有可以较为完整、公开的事实可以报道。
NgAgo实验的可重复性争议历经数月之... 阅读全帖
H********g
发帖数: 43926
7
【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: CatchGodLine (捆仙绳), 信区: Military
标 题: 韩国丹麦摘桃 韩春雨终于被海外千老逼得交待技术秘密
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Jan 23 13:57:51 2017, 美东)
韩春雨终于被海外千老逼得交待了技术秘密
韩国丹麦摘桃
由此可见华人本性的丑陋
华人想保留一些技术秘密有多末难
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在韩春雨的舆论风波逐渐发酵之时,8月8日,韩春雨向非盈利性质粒共享信息库
Addgene提交新版的详细实验方法,并补充了数项应当注意的问题。
中国青年报·中青在线记者在Addgene网站中看到,新版实验方法分为细胞培养、
质粒/gDNA 共转染、基因组提取三个部分,一些实验细节与其在《自然-生命科学》中
发表的论文有所不同。
据 “科学美国人”中文版《环球科学》的微信公众号“科普圈”介绍,新实验步
骤有几处改变,其中包括“血清品牌由Hyclone 变更为Gibco”,“溶解和稀释质粒及
gDNA 的缓冲液变更为水(pH 8.0)”,“建议在质粒/gDN... 阅读全帖
y******y
发帖数: 107
8
来自主题: Biology版 - pBABE-puro SV40 LT plasmid 问题
手头上有一个 pBABE-puro SV40 LT plasmid ,是从addgene买的, 图谱如下连接
http://www.addgene.org/13970
请问一下这个plamid能否表达 SV40 large T antigen( LT). 因为从图谱上看是 SV40
LT gene是插在BamH I位点之间,可是这个SV40 LT gene是在SV40 promoter 之前,另
外一个比较奇怪的问题是为什么有两个SV40 promoter,多谢!
g*********5
发帖数: 2533
9
用过Openbiosystemde pLKO shRNA,效果很好
想用lentivirus表达稳定珠。
买了invitrogen的pLentidestz载体,构建质粒,转染293,收上清,感染细胞,过两天
加抗生素,细胞活,但是目的蛋白不表达。
addgene又买了些pLentidest,装载体,。。。。细胞活,不表达
addgene买了pLX,装载体.......................细胞活,不表达
折腾两年了...
到底问题出在哪里?
请作lenti表达的牛牛们帮我分析分析。谢谢。
i*****i
发帖数: 154
10
试过,效率确实很低。
为什么不在Addgene买一个包装的质粒pUMVC (Plasmid 8449),65刀就可以搞定了。如果
你参加今年的AACR的会的话儿,可以在Addgene拿一个免费的coupon,会赠送一个质粒。
或者买一个phenix cell,效率很高。
h*****G
发帖数: 113
11
来自主题: Biology版 - splice acceptor sequence问题求助
大家好,小弟最近构件质粒,插入GFP到一个基因的intron,利用endogenous的
promoter来表达GFP。基本的思路是Slice acceptor sequence-2A peptide-GFP, 因为
intron之前的exon没有刚好in frame, 所以需要在SA和2A之间加入几个碱基。现在的问
题不知道具体的SA 序列,在Addgene上看了几个plasmid,都没有把具体的序列位置给
标出来,所以也搞不清楚。比如这段序列是addgene一个plasmid的,表明是SA-2A序列
,也知道[]中的是2A序列。但是前面的话具体那段是SA呢,如果我需要在SA和2A之间
插入连个碱基,应该在哪里插入呢?
gcaagcttctgacctcttctcttcctcccacagggcctcgagagatctggcagcg[
gagagggcagaggaagtcttctaac
atgcggtgacgtggaggagaatcccggccct ]
或者各位大侠有没有常用的SA序列呢?非常感谢帮助指导。
m******5
发帖数: 1383
12
来自主题: Biology版 - ERT2怎么genotyping?
addgene找两个带ert2的plasmid 找addgene测的序列
h**********r
发帖数: 671
13
Addgene有这个的改进版,pesc-leu2d。
据说稳定性不错。
这个质粒其实是keasling lab改进的,把leu2的promoter缩短,弄得比较弱,从而拷贝
数变高了。碰到过文章的作者,他说挺好用的。
他们实验室后来很多工作都用这个系列的。
http://www.addgene.org/20120/
s******y
发帖数: 28562
14
来自主题: Biology版 - shRNA cloning site of pGIPZ?
谢谢大家给了那么多的好建议!我一开始就想动手去改那个pGIPZ 里面的MCS site
的。其实即使不用改,在那个XhoI - EcoRI 旁边就有一个BamHI。所以我非常疑惑那个
公司为什么放着这么简单的方法不用而非要那么麻烦的在不同的质粒之间倒腾。但是听
起来貌似是他们的shRNA 很就以前就做在pSM2里面了所以就将错就错的啊。
不过上面一个好心的网友和另外一个发私信给我的网友都告诉了我要小心这个CMV
promoter, 这么一听我就有点介意了。因为虽然我主要用的是immortalized 细胞系,但
是偶尔也会整整一些primary cells, blood cells 之类的。如果CMV 有这个问题的话
我就不想在上面投入太多精力了。
我在addgene 上找另外两个网友说的荧光标记的shRNA vector 的时候,非常碰巧的看
到了这个 pLKO.3G, 上面的说明是 pLKO.1-puro 改成的。不知道有没有人用过? http://www.addgene.org/14748/
如果这个好用的话我可能就用这个了。因为我的好几个其他shRNA construct 都... 阅读全帖
a****d
发帖数: 1919
15
http://www.addgene.org/43914/
这个gateway vector行不?包装用三代的包装质粒就行,addgene上面有全部的包装系
统。

验可
d****u
发帖数: 1553
16
我们试的是Sabatini & Landers group的inducible system。质粒的名字实在记不住了
,因为我们要质粒的时候还挺早的,那时候这些实验室自己的编号和后来他们放在
addgene上的编号不太一样。你去addgene上找landers lab的质粒就很容易能找到。不
过我们用下来觉得第一,他们cas9的质粒做成病毒后滴度太低,第二,这个质粒泄漏的
比较厉害,虽然号称是可诱导的,但是用flag染色还是能看见不少阳性的细胞。
B******o
发帖数: 496
17
对的,addgene上也有一大堆,各种组合应有尽有。
packaging质粒,addgene上pax2那个效率不高,sbi或者sigma的都很不错
s*******1
发帖数: 188
18
来自主题: Biology版 - crispr/cas9 申请专利相关问题
从addgene买的crispr/cas9质粒,转染我的目的细胞,效率极低。先后又从addgene购
买不同crispr/cas9质粒来转染我的目的细胞。效率都很低,小于1%。
于是自己对其中的一个质粒进行修饰,效果很好,达到50-80%。
请问我能对我修饰的质粒申请专利吗?
谢谢
m*********9
发帖数: 232
19
来自主题: Biology版 - crispr/cas9 申请专利相关问题
这取决于addgene专利的claim是怎么写的,以及所有相关专利的disclosure都涵盖什么
,甚至你和addgene的销售协议的IP条款。
理论上improvement当然是patentable的。Indeed, most of the patents these days
are improvements based on the known arts....只不过实际上就要看具体案子了。
j****n
发帖数: 3370
20
来自主题: Biology版 - Anyone got NgAgo plasmid?
这么着急估计还是自己clone或者合成
送到addgene需要时间
addgene order更需要时间
一般mta搞搞也要2周吧 加上现在暑假 hehe

发帖数: 1
21

Ago
半路插进来说一下,刚刚听说Ago C末端不能多任何序列呢。。。。
不过在addgene上查了一下,不但14年TtAgo在c末端有多了几个序列还有6*his标签,然
后在addgene上搜索ago,在搜到的结果里,随便找几个质粒,各种tag,各种标签,c末
端哦,sv40,flag,his。。you name it.......
所以楼主是不是获取的信息上有什么错误。。。
y****m
发帖数: 37
22
doesn't mean they are functional, though
plus, I don't know which plasmid you checked for the 14 TtAGO but the
following one doesn't seem to contain his tag at C term.
http://www.addgene.org/53079/sequences/
I also looked at the first 2 pages of addgene ago plasmids but didn't find
any with C-term tag(some of them even specifically indicate N-term tag). Not
sure which Ago plasmids are with c-tag that you found.

发帖数: 1
23
来自主题: Biology版 - 韩春雨的NgAgo幻影的破灭
I do not care where the work was done and by whom, but the work should be
solid and repeatable.
To my surprise, so far, there is no any further publication following Han's
publication which was online on May 2nd 2016. This might be because of the
massive success of extensive application of CRISPR/Cas9 in genome editing.
Looking at the fate of Cpf1, which is called the "CRISPR 2.0", Zhang
published Cpf1 data in Oct 2015, since then there were not much further
articles regarding this protein, unti... 阅读全帖

发帖数: 1
24
来自主题: Biology版 - Ng-Ago 重复进展(集合贴)
Me again,
Tried a different region again in my cell type that I had edited
successfully with CRISPR-Cas9 in HEK293 (note that these are not the cells I
'm trying now). The guides are essentially the same except for 2 extra bp on
either side of the sgRNA sequence. Tried a number of different combinations
for nucleofection but no deletions. The first lane is PCR from edited
HEK293 gDNA that I had from before, the rest of the lanes are various
combinations of NgAgo plasmid with two 24mer 5'P guides... 阅读全帖

发帖数: 1
25
来自主题: Biology版 - 转:  评韩春雨的回应
作者:剑客王
韩强调几点:
1. fig3C做不出来说明基本技能不行,往下做就更不行。而且fig3C 审稿人
在发表出来之前已经重复出来了。【审稿人来重复来稿人的实验应该是很少见的】
2. 如果质粒提的好,细胞无污染【这两个是最基本的,质粒提纯现在非常
容易,也容易检测纯度。如果细胞有污染出现不应该是这实验才会有,该细胞室
不时会有的。即使有污染换没有污染的细胞总可以的】,重复率应该是100%.
3.强调系统的不稳定性【做的出做不出靠撞大运?】,要等候2.0 版。
4. NgAgo一出,某利益公司要赔上亿,暗示有人黑他【文章都公开发表了,
东方不亮西方亮,这是一个有突破的方法,大家都会去试,几个人也黑不了的】
5. 据说韩已经把质粒卖给Addgene。朋友想从该公司中国部买,“不太顺利,
手续很复杂,有点诡异神秘,不清楚咋回事,正在努力搞到”【从这个信息看
Addgene似乎手头有这个质粒,现在风头上有顾虑,不敢轻易出手-如果收了钱,
出不来结果,麻烦事多多】
(XYS20160720)
c********n
发帖数: 225
26
【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
引子
我们生活在一个幸运的时代,我们生活在一个变化的时代。
历史就在我们每一天不经意的时候悄悄地留了下来。
世界各地的2016年都不同寻常,记录一下有些瞬间即逝的印记。
Ago 和CRISPR/Cas 是两个世代相传的家族,各自有各自的功能,各自在各自
的地盘上行使着自己的职责。
CRISPR/Cas率先冲出功能区禁锢,领跑出了基因组编辑的新天地。
Ago家族呢?有没有也隐藏着可以编辑基因组的黑马?
2014年2月,荷兰John van der Oost组在Nature杂志上发表了关于Ago家族
成员TtAgo的研究,为Ago功能区域拓展,照进了一线光亮。
2016年5月,中国的韩春雨组在Nature Biotechnology 杂志上,发表了关于
这个家族成员NgAgo的科研论文,用实验数据论证,NgAgo就是Ago家族基因组
编辑的一匹黑马,而且是一匹可以与CRISPR/Cas9 齐头并进的黑马。
俗话说,是骡子是马,拉出来溜溜才能分得清。
任何此类“发现”,特别是带有工具性质的技术,一旦以科研论文形式发表,
就会被世界各地的业界同仁们重复实验... 阅读全帖
m****a
发帖数: 270
27
第四类“重复” 验证实验信息:实名, 网络、论坛发布
-    重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
-    包含有具体实验信息(eg实验材料,步骤,etc)以及发布方具
体信
息的发布报告
信息简述:
-    发布方:蔡宇伽 博士
-    发布时间:2016-8-17
-    发布平台:科学网
-    发布方国家:丹麦
-    发布方城市:Aarhus
-    发布方研究机构:Aarhus University
-    实验室PI:JACOB GIEHM MIKKELSEN
-    NgAgo的来源:Addgene
-    应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果
-    ... 阅读全帖
c********n
发帖数: 225
28
第四类“重复” 验证实验信息:实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息(eg实验材料,步骤,etc)以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述:
- 发布方:Thomas DANIELE
- 发布时间:2016年8月16日
- 发布平台:wormbase forum
- 发布方国家:Austria 奥地利
- 发布方城市:Vienna 维也纳
- 发布方研究机构:Research Institute of Molecular Pathology (IMP)学総合研
究所
- 实验室PI:Dr. Cochella
- NgAgo的来源:Synthetic codon optimized NgAgo
“NgAgo DNA sequence has been taken directly from Entrez NCBI, then codon
o... 阅读全帖
c********n
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29
第四类“重复” 验证实验信息:实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息(eg实验材料,步骤,etc)以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述:
- 发布方:Dr Joseph Miano
- 发布时间:2016年9月27日
- 发布平台:google groups
- 发布方国家:美国
- 发布方城市:Rochester NY
- 发布方研究机构:U Rochester
- 实验室PI:Dr Joseph Miano
- NgAgo的来源:original NgAgo sequence or codon optimized NgAgo, with
elements designed for expression in mouse
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果, 实验室在
Addgene proto... 阅读全帖
c********n
发帖数: 225
30
【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
引子
我们生活在一个幸运的时代,我们生活在一个变化的时代。
历史就在我们每一天不经意的时候悄悄地留了下来。
世界各地的2016年都不同寻常,记录一下有些瞬间即逝的印记。
Ago 和CRISPR/Cas 是两个世代相传的家族,各自有各自的功能,各自在各自
的地盘上行使着自己的职责。
CRISPR/Cas率先冲出功能区禁锢,领跑出了基因组编辑的新天地。
Ago家族呢?有没有也隐藏着可以编辑基因组的黑马?
2014年2月,荷兰John van der Oost组在Nature杂志上发表了关于Ago家族
成员TtAgo的研究,为Ago功能区域拓展,照进了一线光亮。
2016年5月,中国的韩春雨组在Nature Biotechnology 杂志上,发表了关于
这个家族成员NgAgo的科研论文,用实验数据论证,NgAgo就是Ago家族基因组
编辑的一匹黑马,而且是一匹可以与CRISPR/Cas9 齐头并进的黑马。
俗话说,是骡子是马,拉出来溜溜才能分得清。
任何此类“发现”,特别是带有工具性质的技术,一旦以科研论文形式发表,
就会被世界各地的业界同仁们重复实验... 阅读全帖
m****a
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31
第四类“重复” 验证实验信息:实名, 网络、论坛发布
-    重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
-    包含有具体实验信息(eg实验材料,步骤,etc)以及发布方具
体信
息的发布报告
信息简述:
-    发布方:蔡宇伽 博士
-    发布时间:2016-8-17
-    发布平台:科学网
-    发布方国家:丹麦
-    发布方城市:Aarhus
-    发布方研究机构:Aarhus University
-    实验室PI:JACOB GIEHM MIKKELSEN
-    NgAgo的来源:Addgene
-    应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果
-    ... 阅读全帖
c********n
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第四类“重复” 验证实验信息:实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息(eg实验材料,步骤,etc)以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述:
- 发布方:Thomas DANIELE
- 发布时间:2016年8月16日
- 发布平台:wormbase forum
- 发布方国家:Austria 奥地利
- 发布方城市:Vienna 维也纳
- 发布方研究机构:Research Institute of Molecular Pathology (IMP)学総合研
究所
- 实验室PI:Dr. Cochella
- NgAgo的来源:Synthetic codon optimized NgAgo
“NgAgo DNA sequence has been taken directly from Entrez NCBI, then codon
o... 阅读全帖
c********n
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第四类“重复” 验证实验信息:实名, 网络、论坛发布
- 重复、拓展验证实验不能支持NgAgo基因组编辑功能
- 包含有具体实验信息(eg实验材料,步骤,etc)以及发布方具体信
息的发布报告
- 需包含发布时间
- 建议注明是否应用2016年8月8日韩春雨组在Addgene更新的Protocol的相关条件
信息简述:
- 发布方:Dr Joseph Miano
- 发布时间:2016年9月27日
- 发布平台:google groups
- 发布方国家:美国
- 发布方城市:Rochester NY
- 发布方研究机构:U Rochester
- 实验室PI:Dr Joseph Miano
- NgAgo的来源:original NgAgo sequence or codon optimized NgAgo, with
elements designed for expression in mouse
- 应用验证实验结果: 无法验证韩春雨NgAgo基因编辑的实验结果, 实验室在
Addgene proto... 阅读全帖
c********n
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34
特别记录
Function of NgAgo uncovered by Dr Jin-Soo Kim's group
- NgAgo is a DNA-guided endoribonuclease, cleaving RNA, rather than DNA, in
a
targeted manner
信息来源: BioRxiv
Date: 2017年1月20日
Title:DNA-dependent RNA cleavage by the Natronobacterium gregoryi Argonaute
Link to article:
http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/01/20/101923.full.pdf
Link to supplementary information:
http://biorxiv.org/content/biorxiv/suppl/2017/01/20/101923.DC1/101923-1.pdf
编者注
1. NgAgo 无法切割 DNA,因此, NgAgo不具有成为基因编辑工具的能... 阅读全帖
c********n
发帖数: 225
35
特别记录
Function of NgAgo uncovered by Dr Jin-Soo Kim's group
- NgAgo is a DNA-guided endoribonuclease, cleaving RNA, rather than DNA, in
a
targeted manner
信息来源: BioRxiv
Date: 2017年1月20日
Title:DNA-dependent RNA cleavage by the Natronobacterium gregoryi Argonaute
Link to article:
http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2017/01/20/101923.full.pdf
Link to supplementary information:
http://biorxiv.org/content/biorxiv/suppl/2017/01/20/101923.DC1/101923-1.pdf
编者注
1. NgAgo 无法切割 DNA,因此, NgAgo不具有成为基因编辑工具的能... 阅读全帖
c**i
发帖数: 265
36
来自主题: Biology版 - Nature News: The controversy over NgAgo
http://www.nature.com/news/replications-ridicule-and-a-recluse-the-controversy-over-ngago-gene-editing-intensifies-1.20387
Replications, ridicule and a recluse: the controversy over NgAgo gene-
editing intensifies
As failures to replicate results using the CRISPR alternative stack up, a
quiet scientist stands by his claims.
David Cyranoski
08 August 2016
SHIJIAZHUANG, CHINA
A controversy is escalating over whether a gene-editing technique proposed
as an alternative to the popular CRISPR–Cas9 sys... 阅读全帖
c********n
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总结2016.08.08【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
引子
我们生活在一个幸运的时代,我们生活在一个变化的时代。
历史就在我们每一天不经意的时候悄悄地留了下来。
世界各地的2016年都不同寻常,记录一下有些瞬间即逝的印记。
鉴于韩春雨实验室于2016年8月8日在Adgene更新了实验流程 (Note-1),
“【记录历史】谁重复验证了NgAgo?”
于2016年8月8日进行第一次汇总留档。
第一类:NgAgo可否编辑基因组?
- Yes!
- 匿名或无记名网络、论坛发布
- 共计 11则 (Note-2)
第二类:NgAgo可否编辑基因组?
- Yes?!Wait,but No!
- 实名网络、论坛发布
- 共计 3则
第三类:NgAgo可否编辑基因组?
- Yes or No
- 实名科研杂志发布
- 共计 0则
第四类:NgAgo可否编辑基因组?
- No
- 实名网络、论坛发布
- 共计 2则(Note-3)
第五类:NgAgo可否编辑基因组?
- No
- ... 阅读全帖
c********n
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Date:2016年08月22日
(NBT paper 上线三个多月以后)
(韩春雨Addgene 更新protocol 两个星期以后)
Title:NgAgo你做出来了吗?
Link:
http://blog.sciencenet.cn/blog-851798-997067.html
Key Points:
-在follow NBT原始protocol 无法重复验证NgAgo基因编辑功能之后,作者追加实验,
用Addgene更新的protocol,再次无法重复验证NgAgo基因编辑功能。对照组CRISPR/
Cas9,2/2 成功率。
Date:2016年08月24日(NBT paper 上线三个多月以后)
Title:Go forth and replicate!
Link:
http://www.nature.com/news/go-forth-and-replicate-1.20473
Key Points:
编者注:业界大规模重复验证NgAgo基因编辑功能,而不得其果的经历,
可能会带来对于“重复” (replication)实验数据发表方式的革新。

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9月28日Joe Miano
Most of you have already moved on from this discussion but I wanted to chime
in one last time with our negative data in the mouse. Whether we used
original plasmid or a custom NgAgo that was codon-optimized for mouse with
untranslated sequences, a Kozak Methionine, and polyA tail the results were
uniformly negative. We used a 5' phosphorylated ssDNA (both IDT bought or
in vitro phosphorylated) along with the mRNA to codon-optimized NgAgo and an
HDR template we used successfully ... 阅读全帖
c********n
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总结2016.10.13 【记录历史】谁重复验证了NgAgo?
引子
我们生活在一个幸运的时代,我们生活在一个变化的时代。
历史就在我们每一天不经意的时候悄悄地留了下来。
世界各地的2016年都不同寻常,记录一下有些瞬间即逝的印记。
2016年生物领域的 {韩春雨事件} 已经进行了5个多月了。
由于无法被同行重复,韩春雨的NgAgo基因编辑工具,已经被世界各地做基因
编辑的科研人员们放弃了。同行们会接着使用CRISPR这个很可靠的基因编辑
工具。
虽然基因编辑行业现在已经放弃了韩春雨的NgAgo,韩春雨还是对世界科研界
造成了不小的影响。
那么,这个事件的影响有多大呢?
据Addgene 2016年8月份统计,已有近30个国家的大约400个实验室从
Addgene拿到了韩春雨的NgAgo 质粒。而中国的实验室,很多是直接从韩春雨
那里拿到质粒的。另外相当一部分的实验室,是自己克隆或合成NgAgo的。这
样加起来,世界各地有500家甚至更多的实验室计划了NgAgo重复试验。几百
家实验室,没有一家实验室能够发布数据来支持韩春雨NBT文章里描述的
NgAgo基因编辑功能的结果。
这个事件面... 阅读全帖

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41
独家专访:面对质疑的韩春雨
原创2016-10-18 陈晓雪、李晓明 知识分子
►韩春雨任教的河北科技大学门口。摄影:陈晓雪
内文提要:
独家专访:面对质疑的韩春雨
韩春雨NgAgo论文可重复性争议考验科学界
编者按:
5月初,《知识分子》以国际科学媒体的标准,第一时间报道依据国际科学同行
评议的学术刊物上发表的韩春雨论文以及当时多位科学家评论,并说明其是发展了荷兰
科学家的工作。此后,国内媒体和单位纷纷跟进,因为没有新的工作进展,《知识分子
》未继续报道。从网上开始有声音质疑韩春雨文章结果,《知识分子》一直保持追踪国
内外学术界最新的动态,但不依据私下匿名来源为主作报道,直到13位中国科学家公开
实名发言后,《知识分子》才有可以较为完整、公开的事实可以报道。
NgAgo实验的可重复性争议历经数月之久,至今虽有多方表态,但仍然没有迹象显示很
快会得到解决。如何在学术规范下寻找解决之道,是摆在中国科学界面前的重要挑战。
10月10日晚,12位科学家实名呼吁调查(后增加一名科学家),《知识分子》
当晚连线韩春雨,并于第二日中午赶赴河北科... 阅读全帖
l*****7
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来自主题: Military版 - 科研造假,低素质是个大问题
科研造假,低素质是个大问题
1.
http://www.reuters.com/article/2012/03/28/us-science-cancer-idU
In cancer science, many "discoveries" don't hold up
2.
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31915105.html
eLife将检验50篇高引用率文章
发信人: Addgene (基因加加加), 信区: Biology
标 题: eLife将检验50篇高引用率文章
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Sep 22 16:30:07 2014, 美东)
ELife 编辑Randy Schekman 在访谈中说:“We've been approached by an
organization called the Reproducibility Project, where a private foundation
has agreed to provide funds for experiments in the fif... 阅读全帖
w*******e
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新闻来源: 光明网 于 2016-05-23
原标题:韩春雨:磨出基因编辑“新剪刀”
利用凝结在琥珀中的史前蚊子体内的恐龙血液,科学家提取出了恐龙的遗传基因。绝迹
6500万年的庞然大物开始复生,整个努布拉岛也由此成为恐龙的乐园……
当年坐在电影院里,韩春雨津津有味地看完了电影《侏罗纪公园》。这个年轻人怎么也
不会想到,有一天,自己会取得基因编辑技术的重大突破,成为一位“磨出基因编辑新
剪刀”的科学家。
土博士放的“核弹”
初夏,河北省药用分子化学重点实验室楼的外墙上,爬山虎又开始了一年的生长。这栋
位于河北科技大学老校区的四层小楼,再一次被绿色和生机所覆盖。
一楼门厅的成果展示栏里,还没来得及添上基因编辑技术的相关内容。但是,这座省部
共建国家重点实验室的“主人”——韩春雨,已带着他的科研成果一夜之间成为“名人
”。
5月2日,韩春雨研发出基因编辑新技术NgAgo-gDNA的成果发表在英国《自然·生物技
术》上。论文刊发几小时后,学术圈里的朋友开始打电话向他祝贺。没多久,千里之外
的麻省理工学院(MIT)的BBS上开始讨论这个话题了。而零星的报道也逐渐见诸“生物
通”等国内专业网站。... 阅读全帖
e*******n
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来自主题: Military版 - 韩春雨在985贴吧发言了。 (转载)
【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: evelynlin (( ̄. ̄)), 信区: Biology
标 题: 韩春雨在985贴吧发言了。
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jun 29 18:54:46 2016, 美东)
给个链接
zhenglongpai: 在水木社区看的 6-29 17:23
槐北路: 回复 zhenglongpai :我敢把质粒提交到addgen上,在协和讲座发放质粒,对
自己实验的重复性还是很有胆气的。不过您这帖子反而是那几个cris最愿意看到的。6-
29 21:05
欲翻流云舞: 回复 槐北路 :韩老师 6-29 21:11
燕京学社: 回复 槐北路 :韩老师,加油 6-29 21:16
天煞一郎: 回复 槐北路 :韩老师 6-29 21:16
天煞一郎: 回复 槐北路 :韩老师 6-29 21:17
天煞一郎: 回复 槐北路 :韩老师,上一个表情发错了6-29 21:17
天煞一郎: 回复 槐北路 :真的是韩老师吗? 6-29 21:17
天煞一郎: 回复 槐北路 :韩老师入驻9吧? 6-29 21:17
卖糖果的莎莎: 评论... 阅读全帖
p*********3
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45
来自主题: Military版 - 方舟子大战韩春雨!
钱老轮回来讲讲,谁对谁错
方舟子老师:您好。
针对您昨天的文章,韩春雨回应了一些所谓的实验细节,见
http://tieba.baidu.com/p/4645810480?pid=93027569268&cid=0&from=prin#93
027569268,想必您也看到了。
他公布的所谓“高超的实验技巧”,包含三点:一是质疑者的细胞都污染了;
二是要做银染;三是要做GFP敲入(knock-in,KI)实验证明NgAgo可以work。
回应如下:
一,保证实验室的细胞没有支原体污染,不是什么高超的实验技巧,而是一
个正常实验室最基本的操作规范,比如每三个月定期检测支原体污染。
二,银染并不是什么高深的实验,而是使用了几十年的常规技术,按照
protocol配好buffer,把胶扔进去染色,没有人不会做。银染非常灵敏,反应速
度很快,容易出现信号饱和,不适合定量,容易产生假阳性条带。韩春雨的
Nature Biotechnology文章里面测试了50个位点切割基因组,每个都work,无一
例外,效率最低的也有15%(补充数据图5),高的有30%(图4)。这样的效率要
银染才能看到?普通... 阅读全帖

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Email on ngAgo sent to the ISTT mailing list:
Dear colleagues,
the publication by Gao et al in May in Nature Biotechnology http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27136078 triggered an enormous expectation. This Chinese team led by Chunyu Huan reported that the Argonaute (Ago) protein from a rare haloarchaea, Natronobacterium gregoryi, (NgAgo) would efficiently work for gene editing purposes in human cells. Ago had been described as an DNA-guided endonucleases two years before, through a Dutch-Span... 阅读全帖
b*****d
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47
系首次公开发表针对韩春雨实验无法重复的学术论文;韩春雨称不止一家科研机构已成
功重复实验
新京报讯(记者信娜)近日,国内外20名学者联名撰写的一篇名为《有关NgAgo的问题
》(Questions about NgAgo)的学术论文在《蛋白质与细胞》(Protein& Cell)杂志
上发表。这也是首次公开发表的,专门针对无法重复韩春雨NgAgo实验的学术论文。昨
日,韩春雨回应,科学论文会用科学论文回应,会把近期实验的发表出来。但他表示,
实验论文不会马上发表。
论文称韩春雨实验无法重复
距离韩春雨文章发表6个多月,仍没有实验室公开声明实验重复成功。昨日,记者了解
到,一篇名为《有关NgAgo的问题》的学术论文在《蛋白质与细胞》杂志上在线发表。
根据该杂志官网介绍,其由中国的高等教育出版社、北京生科院和中国生物物理学会联
合创办。
这篇论文由国内外的20位科学家联名发表,质疑韩春雨的实验无法重复。论文作者包括
此前曾实名发声无法重复韩春雨的13名中国学者,以及新加入的7名学者,如美国NIH人
类基因组研究所教授Shawn Burgess、约翰霍普金斯大学教授程临钊、中山大学生命科
学... 阅读全帖
a***m
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“实验可控性非常高,重复率在我的实验室达到了90%。”半年前,河北科技大学副
教授韩春雨正春风得意。那是2016年6月2日,浙江大学医学院报告厅内,座无虚席,过
道都挤满了学生,韩春雨在介绍新发现的一种基因编辑技术,讲述过程中,他愉快地抖
了很多“包袱”,基本都响了——人们报以阵阵笑声。
5月2日,韩春雨作为通讯作者在国际学术期刊《自然·生物技术》上发表论文称,
发现一种叫NgAgo的酶能够用于编辑哺乳动物基因,而且,它可能比最时兴的CRISPR-
Cas9基因编辑技术更精确、更通用。
这在学术界是一个重磅消息,全球许多实验室开始跟进研究。韩春雨在媒体热情洋
溢的介绍中,迅速成为一颗耀眼的科研新星。
然而,好景不长。11月28日,《自然·生物技术》发表了韩国首尔大学、德国弗莱
堡大学和美国梅奥研究生院等研究机构的10位科学家的来信,称韩春雨的发现无效果。
13天前,国内期刊《蛋白质与细胞》在线发表了由国内外20名学者联名的学术论文,提
出多个实验室均无法重复韩春雨的实验。
国内外学术界如此一致和公开的质疑,非常罕见。韩春雨真得准备一个能被科学界
认可的说法,因为《自然·生物技术》针对此... 阅读全帖
x********e
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49
靠 你先去addgene学习一下plasmid的选择
x********e
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好好读一下addgene的分子克隆101。质粒转真核细胞内很快就丢了,哪里可以复制?学
习一下质粒的结构就明白这些了
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