g*****n
发帖数: 241 | 1 PCR产物是300bp左右，电泳结果也正确，结果送去测序结果是五百多bp的序列。序列比
对之后发现后面多了段反向的重复序列。用Forward和reverse primer测序结果都是多
出一段反向的序列。请问这是为什么啊？谢谢！ |
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e*****n
发帖数: 15 | 2 已经有了whole genome的DNA，要送去测序，测序那边说我要给他们300bp的DNA
fragment, 这样他们才能做library
看了别人，都是sonication来得到DNA fragment的了
可是要怎样的conditions才能得到300bp的呢？
多谢板上大侠指导 |
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e*****n
发帖数: 15 | 3 我这个应该是DNA methylome sequencing吧
whole genome 的DNA，用invitrogen的那个methyMiner kit enrich methylated DNA，
但是这个kit上说要根据下游的实验用fragment DNA 和bead incubate
测序那边要300bp的DNA fragment，所以我enrich这步就得要300bp的啊 |
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H*********8
发帖数: 323 | 4 谢谢楼上的分析，真是非常透彻。ABC都排除了，看来只有D,我在几个星期前也就D的可
能性跟老板谈过，而且还举例说，我以前研究过的一个基因，在外显子2上有调控表达
的序列，一旦被突变，影响基因的表达。后来老板不大相信，没当回事。A基因第一个
外显子大概800BP,后面是个很长的第一内含子，老板突变掉A基因本身的ATG，在ATG后
大概20BP的地方插入CRE，但插入CRE的同时，删除了大概300BP的外显子1序列。我个人
怀疑删除的这300BP上有调控序列，或者楼上说的，转录因子结合位点。基因A是从第一
个外显子的ATG处开始翻译的，有选择性剪接，但在外显子3上。 |
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发帖数: 1 | 5 像Alu刚好300bp，pair-end seq是不是能看到了？
: 对repetitive region的研究是ChIP-Seq技术上的瓶颈，或者说是ChIP本身的瓶
颈，暂
: 时可能无法克服。在ChIP的时候sonication后基本上DNA应该平均300bp左右，但
是人类
: 基因组很多repeat都远比这个长，所以从ChIP的角度resolution根本不够。
: 另外如果从测序的角度来说，除非用MiSeq，read长度300 可能还好一些，能提
高一些
: mappability。所谓的pair-end 100bp根本对repeat研究没有什么太大的帮助。
对绝大
: 多数alignment软件来说，100 100并不等于200.
: 最后就是有一些in silico methods，例如跟RSEM类似的CSEM可以使用EM来map
ChIP-
: seq reads，但是效果并不是很好。
: repeat研究任重道远，但是估计研究来研究去，其实还是一堆junk DNA :D
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f*y
发帖数: 876 | 6
化工合成的主要产物是各种塑料和人工橡胶吧，这个自然界的确不存在。我认为燃料生
产时裂解不是合成，不知对不对。当然，和转基因跑题了。
从概率上讲，我随便创造一个300bp的基因，可以产生大于4e180种可能，你看看这个数
字，在即比较一下地球上几百万物种所有基因组的综合，差得多么远？你能说“你随便
创造一个基因，说不定都已经存在于某个物种体内”？
你部分误解了我的意思，我可能试图说的严密，但是没说清楚。转入的基因有可能是被
人工变异过的从自然界获得的基因，我只是想指出这不是纯天然的，但是该基因在原有
生物内也同样可以变异，可能曾经获得人类加入的变异。我不是说这个基因因为变异而
在作物里面凭空产生，当然这也不是完全不可能的。
有没有新基因的产生是自然能否承受的重要衡量。如果被转的基因在自然界本来存在，
那就是自然界的一部分，自然界很可能已经存在对抗该基因的产物的机制，减少了生物
圈因为某些转基因物种爆发而崩溃的可能性。
你也从来没有直接证明他的观点是错的。何必说他“就像科幻恐怖片里的变态
教师，他无视科学的局限性，盲目自大得认为科学可以解决所有问题”，无视科学的严
谨性，盲目自大得认为凭 |
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s******r
发帖数: 5309 | 7 Evolution of Internet in China
2001-01-01
On September 20, 1987, Professor Qian Tianbai sent China's first E-mail
titled "Crossing the Great Wall to Join the World," marking the beginning of
the use of Internet by Chinese. Professor Qian was in charge of the
Internet project of CANET (Chinese Academic Network), a scientific research
project launched by the Beijing Municipal Computer Application Research
Institute in 1986 in cooperation with Karlsruhe University of former Western
Germany. The mai... 阅读全帖 |
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a*****i
发帖数: 361 | 8 一般是测13对等位基因，然后一对一对来进行比对。对于某一对来说，如果父亲的一个
是500bp，另一个是300bp，而母亲的一个是500，另一个是700，小孩只能是500，500；
500， 700； 300， 500； 和300， 700。这个连测序都不需要吧，好像只用电泳比较
一下带的位置就好了。 |
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t********k
发帖数: 808 | 9 在internet如此发达的今天你竟然连google中国internet发展都不会
有损奶燕的名声啊
baidu google, yahoo随身带
中国Internet发展大事记
中国科学技术协会 中国科学技术协会 2001-06-14
1987年9月20日，钱天白教授发出我国第一封电子邮件"越过长城，通向世界"，揭
开了中国人使用Internet的序幕。钱天白教授负责的CANET(Chinese Academic Network
)国际联网项目是在1986年由北京市计算机应用研究所实施的科研项目，其合作伙伴是
原西德的卡尔斯鲁厄（KARLSRUHE）大学。钱天白教授发出的这封电子邮件正式实现了
电子邮件的存储转发功能，线路是通过意大利公用分组网ITAPAC设在北京侧的PAD机，
经由意大利ITAPAC和德国DATEX?DP分组网，实现了和德国卡尔斯鲁厄大学的连接，通讯
速率最初为300bps。
1988年12月，清华大学校园网采用胡道元教授从加拿大UBC大学（University of
British Columbia）引进的采用X400协议的电子邮件软件包，通过X.25网与加拿大U |
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d*****1
发帖数: 8618 | 10 我有$300BP油卡
求$300 macy自用
需要来源正规 有receipt
邮费均双方自理
老id only
站内PM |
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c********a
发帖数: 244 | 11 我本来一看见你id就有好感（原因不解释），
你既然问了，我就稍微解释一下。
If a company hold too much cash, no matter what the company short/long term
investments are, from valuation's perspective, you can't put the return on
cash above 10yr treasury +300bps.
Then you have to think what is apple's cost of capital. The difference
between cost of capital and cash return is what is wasted.
I intentionally didn't say you were silly (because you are not) and only
pointed out you sounded ignorant.
好， 美女cpa, 给你留个家庭作业，给哥哥算算apple's cost of ... 阅读全帖 |
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H******i
发帖数: 4704 | 12 Tech Trader Daily
April 26, 2013, 2:51 P.M. ET
Amazon Falls 6%: Bull, Bear Debate Slowing Growth, Profit Potential
By Tiernan Ray
Shares of Amazon.com (AMZN) are down $17, or 6%, at $257.70, following a Q1
earnings report last night that featured lower-than-expected revenue, higher
-than-expected operating income, and a forecast for revenue this quarter
below expectations.
Amazon shares today reflect not only last night’s results, but also,
perhaps, word that a bill to pass Internet sales tax pa... 阅读全帖 |
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H******i
发帖数: 4704 | 13 Daniel Kurnos, The Benchmark Company:
Reiterates a Buy rating, and a $330 price target. Kurnos is keeping his
estimate for $77 billion in revenue this year, adjusted Ebitda of $5.3
billion, and $3.30 per share in adjusted EPS. “Although unit growth slowed
200bps q/q to 30%, excluding digital, 3P sales increased by 300bps q/q as a
percentage of physical units, which, combined with the ongoing digital shift
, led to OIBDA of $1.1 billion, up 37% y/y, exceeding our $979 million
estimate. Operating ... 阅读全帖 |
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a**********2
发帖数: 355 | 14 Americas : Market Intelligence – Morning Update
微信公众平台 USOPTIONS
by Chris Hussey
Published April 1, 2014
Stocks in Asia traded Tuesday with a slight positive bias as China's
official March PMI Manufacturing survey came in a touch better than expected
(50.3 vs 50.1 consensus). Japan's Nikkei index was the notable
underperformer as the country implements a 300bp higher sales tax today and
the February Monthly Labor Survey showed a disappointing 30bp decline in
wages - this despite concerted eff... 阅读全帖 |
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F**Y
发帖数: 437 | 15 我们都知道持有某种股票61天以上，dividend前几万免税。
现在有一直情况：我持有300股BP3个月，后来又买了300BP(这300股没到61天）。如果
我要卖300股BP（从一个账号），那卖出的是前面300股呢还是后面300股。dividend可
以免税吗？ |
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j**********r
发帖数: 3798 | 16 如果真是长线投资的话。奈飞现在的增速是29M用户每年，而且还在加速，5年内能到达
300M。平均收入是$10/user，保守估计5年内涨价两次到$12。按Disney 25%左右的利润
率，也符合现在10%利润率，每年300bps增长的速度。这就是300M * $12 * 12 * 0.25
= 10.8B的利润。按Disney 15 PE 大约值162B, $
370的股价。这是5年下来的保守估计。乐观的估计你们可以自己算，$1000应该不算多
。 |
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c***x
发帖数: 628 | 17 深蹲和硬拉好牛！
我今天也pr了个，300bp @176 bw |
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t*******f
发帖数: 2634 | 18 my 802.11n NICs are just regular 150bps ones, not the 300bps.
They can achieve at most 60mbps even inches away from the router.
I do have a couple of gigbit switches, but decided not to bother. |
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x****o
发帖数: 21566 | 19 选男人就像做英语阅读理解，当你读不懂时，选最长的那个
男人纵欲过度会肾虚，女人纵欲过度会怎样？也是男人肾虚…
“其实能力越大，责任越大，多少超级英雄希望摆脱自己的能力，做一个平凡人。拥有
轻松的人生，又何尝不是一种难得的际遇” “谢谢，医生，您的意思是说我的性无能
治不好了吗？”
晨练，公园里一位大叔用ipad看书，看他看的十分入神，就凑过去看他看的什么，他非
常耐心的给我讲解书上的内容，然后用手指放到嘴里沾了点吐沫在屏幕上一滑，翻到了
下一页
老师:小明，你负责叫大家来教室，怎么差一个女生。小明:老师，我尽力叫他们了，而
且只差一个女生而已。老师:差一个女生和差两个女生有什么区别？小明:插两个女生更
舒服。老师:滚出去
真不明白为什么那么多家长都爱让孩子学钢琴，为什么不学画画呢？那样即使画得再烂
，邻居也不会知道啊。。。。。
刚看到有个妹纸的个性签名是我是一个不高，不瘦，行踪不定的小神经……我头一次见
到有人把又矮又粗，还喜欢瞎跑乱逛说的这么清新脱俗的
坐火车对面一男的，我们同时开始泡方便面吃。在盖上盖等待的时候这货问我什么口味
的，我回答红烧牛肉。他拍了拍他的方便面盖来了句：我这，... 阅读全帖 |
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m***o
发帖数: 272 | 20 chromatin immunoprecipitation做了一个多月了，可是在最开始的步骤上就迈不开步
子。我是用的SDS free lysis buffer：1% Triton-X 100, 0.1% sodium deoxycholate
. 超声后离心,14000 rpm 10min，DNA 总是在离心后的沉淀里，上清很少。但是DNA的
大小都超声的大概300bp 了。是我离心速度太快吗， 因为DNA上有蛋白，比较大？还是
说细胞核没有裂好？因为我用1%SDS buffer 裂解细胞核，再超声，离心就没这个问题
。如果DNA 大小在几百个bp了，是不是说明核已经裂了呢？我可以干脆省掉离心这步吗
？或者就用4000rpm 离心beads的速度离？有哪位知道吗？怎么我老是碰到一些看起来
对别人根本不是问题的问题呢？十分十分感谢您的任何建议回答！ |
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m*p
发帖数: 226 | 21 I did not have this problem, either way, the size of the DNA fragment is
about 225bp. But, I almost made a
mistake, when I cut the gel, I barely can see the 100bp band, so I cut the
size of 300bp. When I cut the
second sample, I found I made a mistake, so I went back to cut the 200pb
size for both samples. |
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c***y
发帖数: 615 | 22 想鉴定一个DNA序列是否与蛋白的DNA binding domain相互作用。初步打算用biotin对
DNA进行末端标记, 然后用streptavidin beads
请有这方面的经验的指导一下,什么方略比较好,或者推荐个kit/protocol 什么的
DNA序列目前在pGEM T -easy vector里, 200-300bp 的长度
多谢 |
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m***T
发帖数: 11058 | 23 用Covaris S2可以shear到300bp。具体的查它家的protocol |
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M*****n
发帖数: 16729 | 24 even if they are 300bp 400bp it won't cost that much to have them
synthesized. |
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R****n
发帖数: 708 | 25 I'd like to analyze a DNA fragment from genomic DNA. No PCR, The length is
around 100-300bp. How can I selectively extract the DNA fragment from
genomic DNA.Thanks |
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Z******5
发帖数: 435 | 26 1）However, I do not know 聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结合?
A.这个说起来比较复杂。
a. 和转录起始位置相关的一些组蛋白修饰看这篇文献 The mammalian epigenome.
Cell. 2007 Feb 23;128(4):669-81.
b. 聚合酶2的我忘了哪篇文献了，不过很好理解，基因的转录肯定需要聚合酶2的
结合，自然就会有聚合酶2的结合ChIP数据。你可以去UCSC随便找几个熟悉的基因看看
，比如GAPDH等。
c. 转录因子的ChIP在UCSC genome browser上的数据是有限的，现在已经有几十个
转录因子了吧，这个只是参考。还是那句话，找个你熟悉的基因，看看周围的结合情况
就知道了。
d. 再提一下RIKEN的问题，你可以参考下面几篇文献
Cap analysis gene expression for high-throughput analysis of
transcriptional starting point and identification of... 阅读全帖 |
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j****x
发帖数: 1704 | 27 我看你是想的太多啦，呵呵
我敢肯定，坑王如果这不是在挖坑的话，那么必然是没有考虑到片段之间长度比和亮度
之间的关系。切出来一个300bp的片段，看着比剩下来3kb的的质粒backbone亮度弱很多
倍，所以很奇怪，你说呢？ |
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s******s
发帖数: 13035 | 28 r短的话就是一堆单链互相anneal了。我十几年前做过，300bp的合成10段60几
的单链，然后组合起来变性复性。长的话就要clone了，国内很多这种公司 |
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S******9
发帖数: 2837 | 29 是beta-actin的Cre？ 1084，1085，42，43 primers， Wt=300bp， Cre=100bp
才12只pups说明不了问题。
尤其是第一次生，总是litter size很小，后面就好一些。
你这个是inducible还是non-inducible的Cre? |
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j****t
发帖数: 1663 | 30 我得到过和你差不多的size，有时略大些，average size is 300-350bp
因为上sequencer之前要作size selection （切胶纯化，200-400bp左右），所以我觉
得把DNA打到300bp左右应该还是可以测序的。
你不放心的话，可以先找个positive control region 来测一下你的ChIP DNA.再上
sequencer |
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j****t
发帖数: 1663 | 31 我得到过和你差不多的size，有时略大些，average size is 300-350bp
因为上sequencer之前要作size selection （切胶纯化，200-400bp左右），所以我觉
得把DNA打到300bp左右应该还是可以测序的。
你不放心的话，可以先找个positive control region 来测一下你的ChIP DNA.再上
sequencer |
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W*********n
发帖数: 775 | 32 sorry for my misunderstanding.
Yes, you are right, I need to find the Translation Start Site or region
around CDS starting point.
Now, I have found the Tranlation Start Site, and also I can make sure the
downstream coding sequences after the TSS. So now I need a comfirmed 5'UTR
sequence, at least some of the sequence near the TSS. Do you think the
unstream of the TSS in the gemome is 5'UTR ? or at least we can make sure of
a samll seuquence before the TSS?
I seed the Coding sequence and 300bp up... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 33 454 GS FLX+
● Up to 1000bp
● 99.997% accuracy
● 1M reads, 700bp
0.7 Gbase/day
● Homopolymer issue
● Cost ~$14K for run
● $500K instrument
$20K/Gbase
---
or soon later you can try:
Ion Torrent PGM
● Long Reads and Fast
● No optics, CMOS chip sensor
● Uses standard nucleotides
● Up to 300bp reads (going to 400bp)
● >99.5% raw
● >99.999% consensus
● 318 (11M wells) >1Gbase in 3 hours
● 8 Gbase/day possible
● Micron sized well, 22mmx22mm chip
moving to 1 Billion wells per chip
● $700 per run (1 Gbas... 阅读全帖 |
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m**h
发帖数: 381 | 34 不好意思，上来问个比较愚笨的问题，请大家不要笑话。
老板让做一个漂亮一点的示意图，大意是选取一种已知的bacteria的genome，然后选取
一种限制型内切酶或者是几种内切酶的组合，在fragmentate整个genome的同时，把长
约1Kb的目标基因A切成均匀的大约200－300bp左右的片断。需要局部放大显示基因A的
序列信息和酶切位点。
请问用什么DNA分析的专用软件能做出这样的图？还是要用photoshop之类的软件自己画
？谢谢了！ |
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o***e
发帖数: 12 | 35 自己设计的用来做qPCR的引物，primer 5.0设计的，理论上的产物应该是98bp。我先是
用PCR对cDNA进行了三十个cycle测试了一下引物，结果P出来很纯的一条带，在300bp附
近，去测了一下序列，结果258bp，而且还是同一个基因。。。。。。。。。
这是咋回事啊？大家说说看？
难道是RNA里面可能含有DNA，然后做RT-PCR的时候还在，导致PCR就直接在DNA的基础上
扩了？
汗死了 |
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y*********u
发帖数: 183 | 36 常听到一个说法，就是如果loxp flanked的exon太大，就要小心只有一个loxp重组进去
，另一个loxp见鬼了的说法
但从另一方面说，同源重组应该是高度敏感的，loxp 30bp的不同很难想象会被
cellular machinery 识别为同源臂。
总而言之，多长的exon会bring in这个风险呢？
background是我要设计一个flank了300bp exon的loxp allelle
想在distal loxp那里设计一个 digetion site，被认为多此一举 |
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m******5
发帖数: 1383 | 37 300bp确实没什么好担心的，要是中了楼主买彩票吧 |
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D*a
发帖数: 6830 | 38 300bp没问题，但是设计个digetion site也不麻烦，还可以留着用，何乐而不为 |
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m******5
发帖数: 1383 | 39 我的意思是楼主不用担心loxp丢掉，至于能不能用是另外一回事
一听到自己不用做老鼠的就妒忌得不行……做construct打ES再等germline
transmission 最后等表达等phenotype多折腾人啊！！！
设计那么多酶切位点太夸张了，我觉得只要PCR sequence一下就可以了
800 bp那个floxed region他们设计酶切位点是precautions?最后有发现只有一个loxp
的克隆么？我看文献里报道了这种情况的都是2k floxed region才发生的。 如果800
bp能发生岂不是说明short arm只要800bp就能做targeting? (当然也可能，不过300bp
我觉得如果发生了可以发个genesis报告了)
http://www.currentprotocols.com/WileyCDA/CPUnit/refId-mo100159.
鼠女王能帮忙下载一个paper么？ |
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D*a
发帖数: 6830 | 40 汗。。。叫得太那啥了吧。。。
这篇在pubmed自己的数据库是free，你可以从pubmed过去，我email给你也行。
我们老鼠是不用做了，买cre再跟cre交配也要交一年啊。。。
loxp
300bp |
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b*********8
发帖数: 44 | 43 谢谢各位的回复。
我没有做miRNA的经验。我自己想合成一段miRNA,大约300bp,包含stem-loop序列和上下
游各100bp,然后把他克隆到带有启动子和终止子的bianary vector中用于过表达，这样
可以吗？
To Xiren:
一般来说2-7位最重要，不能有任何错配，3‘端最不重要。这里说的2-7位是针对miRNA
序列来说的吧，不是针对目标序列把？请问能推荐一下参考文献吗？
非常感谢！ |
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s*********s
发帖数: 110 | 44 T7 assay
位点左右各100bp+300bp
——〉 <----
同样的引物，PCR产物和WT的PCR产物退火，T7 cut
如果担心PCR不纯的话，做两步PCR。 |
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j****x
发帖数: 1704 | 45 大于300bp的质粒入核需要跨越核膜的屏障，简单说来，可能存在2种“常见”机制，尽
管实际情况会复杂的多。
1. 对于dividing cells，细胞分裂过程中核膜解体，质粒得以进入核内，这属于“
passive nuclear importation”，没什么疑问。
2. 对于non-dividing cells，NPC介导的active transport则是可能的主要途径。这其
中plasmid上面的sequence-specific element以及某些host facotor都是必要的条件。
这一块的具体机制似乎还不是完全清楚，但有证据表明，这一途径存在明显的sequence
-dependent以及transcription-dependent的特性。 |
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S*******e
发帖数: 94 | 46 很多long ncRNAs本身就比较短，表达量又低不容易检测。所以担心150bp paired end
建库的时候就是300bp左右了，容易把一些lncRNA给弄断了弄丢了。所以我的一个很个
人的建议是，直接100-nt SE就可以。重点是测得深一些，后续分析仔细点。
至于exon-exon junction，其实也无所谓了。 long ncRNA gene的本身是热点，但的
splice variant其实感觉上也不是一个特别好的热点。因为做这个的需要后续，这时
候麻烦事或者无效劳动量也挺多，个人意见了。
还有就是strand specific library之后用Cufflinks这一套去拼接lncRNA。这个如果是
intergenic的，那还好说。如果是Antisense，这个如上文有人提到，有"很多tricky的
地方"，从tophat这一步就开始了。
另外就是Poly-A selection或者Ribosomal RNA depletion。其实这两个技术回答的问题
有点不一样。 如果没有什么特异的考虑，那么我个人觉得Poly-A selection鉴定
lncRNAs
就... 阅读全帖 |
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Z******5
发帖数: 435 | 47 大部分蛋白貌似是300bp左右，但是也有几kb的。
你这个实验做RT的时候阴性对照一定要做好。首先在反转录之前用DNase1 treat一下
RNA。然后反转录的时候做一个不加反转录酶的对照，看看是不是有DNA污染。 |
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z*****3
发帖数: 65 | 48 Qiagen Kit 回收100bP PcR产物，纯化后跑胶验证，发现200bp，300bp处，以及更大的
地方出现杂带，到底怎么回事？ |
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l********e
发帖数: 415 | 49 这是个有意思的问题.
RNA反转录以后, 建library以前, 是必须超声打碎到150-300bp的小片段
所以,理论上说,部分降解的RNA是完全不影响测序的.
但是实际中应该有些细节要考虑,比如不能用oligo dt反转录或者polyA enrichment.
因为这样做出来的library会丢失所有没有polyA的片断.
市面上有用random primer建库的kit (比如Nugen). 因为是病人样本, 只要不是完全降
解, 值得尝试. |
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m******t
发帖数: 109 | 50 CRISPR 可以in vivo insert 200-300bp的片段吗
多谢指教 |
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