t*******8
发帖数: 170 | 1 遇到一个难题了：
现有两个序列，每个序列有１００个值，每个值是在２０种可能性中取一个。
那么有什么方法可以比较这样两个序列呢？
谢谢先！ |
y******g
发帖数: 41 | 2 我猜哈，抛砖银玉吧。。。
1。你想比较的目的是什么？：） 是想比较它们的properties么？
2。这两个序列的是来自同一个distribution么？ |
t**i
发帖数: 688 | |
t*******8
发帖数: 170 | 4 谢谢回复！这是已经alignment之后的故事了。
【在 t**i 的大作中提到】
: protein seq alignment?
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t*******8
发帖数: 170 | 5 感谢回复！我没有把问题描述清楚。
其实是有１２０条序列，每条序列有１００个值，每个值的取值是２０种可能性的一种
（如：Ａ，Ｂ，。。。,O）。问题是：如何确定序列的第３个位置和第６个位置的之间
的关系？我想过用covariance,不过那把这些Ａ，Ｂ，。。都量化了，本身它们只是不
同而已，就是ｃａｔｅｒｇｏｒｙ，没有量化关系，所以结果不对。有什么方法能够确
定第３和第６位置的两列数据的关系呢？
position 1 2 3 4 5 6 7 8
obs
1 A D G A E F H A
2 F C G N L N H O
3 D D I J K F M A
.
.
.
120
这些取值都是２０种可能性的一种，这和它们的distribution的关系，我还没有想清楚
。
【在 y******g 的大作中提到】
: 我猜哈，抛砖银玉吧。。。
: 1。你想比较的目的是什么？：） 是想比较它们的properties么？
: 2。这两个序列的是来自同一个distribution么？
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D******n
发帖数: 2836 | |
y******g
发帖数: 41 | 7 OK. So you may want to see if t=3 and t+3 are correlated.
I just throw my guessings here,
you may want to see if the series are autocorrelated, for say fit a AR(p)
model, if p>3, then t=3 and t+3 will be autocorrelated? |
t*******8
发帖数: 170 | 8 谢谢你的ｉｄｅａ，我这就去好好看看这方面的资料。
【在 y******g 的大作中提到】
: OK. So you may want to see if t=3 and t+3 are correlated.
: I just throw my guessings here,
: you may want to see if the series are autocorrelated, for say fit a AR(p)
: model, if p>3, then t=3 and t+3 will be autocorrelated?
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t*******8
发帖数: 170 | 9 谢谢提供这个方法！我第一次听说，看了定义，觉得挺好的，得好好看看。
【在 D******n 的大作中提到】
: Mutual Information
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