T****O
发帖数: 407 | 1 主要打算利用动力学模拟来试验有关蛋白分子结构的一些想法。先依靠GROMACS，因为
它完整且免费。但以后也可能用Amber，CHARMM或其他商业包。
首先就有一个软件问题，GROMAS主页上好像不待见双精度浮点数的必要性，认为单精度
足够。但想当年我用单精度算一个系统，三个月后被一句“你为什么不用双精度”打回
来，那个惨哪。哪位同学仔细验证过GROMACS单精度、长时间运行结果的可靠性没有？
初步目标是，以2fs步长跑到一微秒左右的时候，已知结构的小蛋白分子不会炸开。
操作系统用CentOS应该没问题吧？我可能先装Windows，用Prime95烤机，因为熟悉。
接下来是硬件问题。GROMACS v5 的CUDA实现看上去不错。Amber那帮人干脆就开卖自己
背书的CUDA硬件。所以作为起步，我打算入一块GTX 760 或 680，哪个更好？再推荐一
个品牌？
以上面说的计算为目的，显存多大比较合适？有没有更合适的推荐？预算上限$500左右
，所以Titan不考虑了。Amber评测C2050/C2070远不如GTX 680，也暂不考虑，除非捡到
$100的。
要是哪个同学成功编译验证了新的GROMACS-OpenCL，吱一声，我就转进R9 280X了。
还需要一些CPU/MB/RAM的建议。出于实验目的，机器配置不必太高，但又要可靠，不知
道是否非要ECC不可？不用ECC，i5/i7(with AVX)就可以了吧。或请推荐一个Xeon+MB+
ECC内存的组
合。包括上面的显卡，总开支不超过$1000比较理想，$1500封顶。因为更贵的话，我可
能愿意考虑Dell Precision，保修三年里随意整。
预先谢谢大家！ |
t*****z
发帖数: 1598 | 2 楼主，你需要这个：
http://tieba.baidu.com/p/3566829668
【在 T****O 的大作中提到】
: 主要打算利用动力学模拟来试验有关蛋白分子结构的一些想法。先依靠GROMACS，因为
: 它完整且免费。但以后也可能用Amber，CHARMM或其他商业包。
: 首先就有一个软件问题，GROMAS主页上好像不待见双精度浮点数的必要性，认为单精度
: 足够。但想当年我用单精度算一个系统，三个月后被一句“你为什么不用双精度”打回
: 来，那个惨哪。哪位同学仔细验证过GROMACS单精度、长时间运行结果的可靠性没有？
: 初步目标是，以2fs步长跑到一微秒左右的时候，已知结构的小蛋白分子不会炸开。
: 操作系统用CentOS应该没问题吧？我可能先装Windows，用Prime95烤机，因为熟悉。
: 接下来是硬件问题。GROMACS v5 的CUDA实现看上去不错。Amber那帮人干脆就开卖自己
: 背书的CUDA硬件。所以作为起步，我打算入一块GTX 760 或 680，哪个更好？再推荐一
: 个品牌？
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n******7
发帖数: 12463 | 3 当年年少无知的时候用P4电脑跑了几个月的AMBER MD，结果也还好 |
E***e
发帖数: 3430 | 4 老汤
被动散热的GPU chassis怎么搞？
求个零售廉价方案
【在 t*****z 的大作中提到】
: 楼主，你需要这个：
: http://tieba.baidu.com/p/3566829668
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t*****z
发帖数: 1598 | 5 你说的被动散热是指，把那些Tesla M2090不做任何改造就插在机箱里，然后依靠机箱
风扇来给它们散热吗？
【在 E***e 的大作中提到】
: 老汤
: 被动散热的GPU chassis怎么搞？
: 求个零售廉价方案
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E***e
发帖数: 3430 | 6 有这么个意思
我现在有一个应用
对内存要求不高
感觉M2090的计算能力正合适
要是能搞个16*M2090的blade就牛叉了
这次搞GPU省了些budget
我不亲自花掉就要被白土豆拿去买macbook了
【在 t*****z 的大作中提到】
: 你说的被动散热是指，把那些Tesla M2090不做任何改造就插在机箱里，然后依靠机箱
: 风扇来给它们散热吗？
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t*****z
发帖数: 1598 | 7 那么，你对显卡和CPU之间数据交换的速度有要求吗？我的意思是，你希望这些显卡都
插PCIex16，还是不介意它们插x1，就像矿机一样呢？
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
【在 E***e 的大作中提到】
: 有这么个意思
: 我现在有一个应用
: 对内存要求不高
: 感觉M2090的计算能力正合适
: 要是能搞个16*M2090的blade就牛叉了
: 这次搞GPU省了些budget
: 我不亲自花掉就要被白土豆拿去买macbook了
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E***e
发帖数: 3430 | 8 x1可能差了点
最好能x8+吧
给以后全换成k40留点空间
【在 t*****z 的大作中提到】
: 那么，你对显卡和CPU之间数据交换的速度有要求吗？我的意思是，你希望这些显卡都
: 插PCIex16，还是不介意它们插x1，就像矿机一样呢？
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
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t*****z
发帖数: 1598 | 9 这样的话，主板推荐用那种双芯片组的服务器板，比如X8DAH+，通道数够多，然后按照
矿机的路子来。
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【在 E***e 的大作中提到】
: x1可能差了点
: 最好能x8+吧
: 给以后全换成k40留点空间
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E***e
发帖数: 3430 | 10 这板子没几个槽啊？
16槽的是不是没太多选择？
【在 t*****z 的大作中提到】
: 这样的话，主板推荐用那种双芯片组的服务器板，比如X8DAH+，通道数够多，然后按照
: 矿机的路子来。
:
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t*****z
发帖数: 1598 | 11 据我所知这世界上没有很多槽的主板，最多也就插四张双槽卡，而且还是相互挤得密不
透风的，要插更多显卡只能靠延长线实现。
要么你就上水冷，这样一张显卡甚至只需占单槽，你就可以插很多了。比方说ASUS ROG
Ares III，两个Hawaii核心，单槽。用我的H8DGi-F主板就能插六张，整整12颗Hawaii
核心。
还有，8x的槽，只要你自己用刀切开末端，就能插16x的卡了。
【在 E***e 的大作中提到】
: 这板子没几个槽啊？
: 16槽的是不是没太多选择？
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E***e
发帖数: 3430 | 12 好吧看来还是得去问问16槽的server怎么卖
ROG
Hawaii
【在 t*****z 的大作中提到】
: 据我所知这世界上没有很多槽的主板，最多也就插四张双槽卡，而且还是相互挤得密不
: 透风的，要插更多显卡只能靠延长线实现。
: 要么你就上水冷，这样一张显卡甚至只需占单槽，你就可以插很多了。比方说ASUS ROG
: Ares III，两个Hawaii核心，单槽。用我的H8DGi-F主板就能插六张，整整12颗Hawaii
: 核心。
: 还有，8x的槽，只要你自己用刀切开末端，就能插16x的卡了。
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T****O
发帖数: 407 | 13 这配置得超过一万块吧。
我现在想的是拿块单精度不错且可执行双精度的GTX卡，先做一个完整的软硬配置，跑
一跑，看看单精度结果怎样。
依据的是下面这个，Amber14在不同CUDA硬件上做的评测
一块GTX 680， 23K个原子的系统，2fs步长一天可跑完90纳秒，三天后结果就比较有代
表性了。我考虑的系统原子数量比这还小，照这效率，估计每周至少能试验一个想法。
现在旧货680和760，新960都差不多两百块，单精度却强不少，估计就它了。不过EVGA
，华硕、技嘉这几个牌子哪个好点？
【在 t*****z 的大作中提到】
: 楼主，你需要这个：
: http://tieba.baidu.com/p/3566829668
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t*****z
发帖数: 1598 | 14 我看了一下这图表，觉得奇怪的是，两张卡的性能远不到一张卡的两倍。这说明各GPU
之间的数据传递是个瓶颈。因此，应该优先考虑少数大卡。现在性价比最高的单精度
CUDA卡应该是二手GTX 780 Ti（5046Gflops）。至于9xx系列，似乎都不高，比如980也
只有4612Gflops。
可惜不能跑OpenCL，否则R9 290X的性价比更高。
EVGA
【在 T****O 的大作中提到】
: 这配置得超过一万块吧。
: 我现在想的是拿块单精度不错且可执行双精度的GTX卡，先做一个完整的软硬配置，跑
: 一跑，看看单精度结果怎样。
: 依据的是下面这个，Amber14在不同CUDA硬件上做的评测
: 一块GTX 680， 23K个原子的系统，2fs步长一天可跑完90纳秒，三天后结果就比较有代
: 表性了。我考虑的系统原子数量比这还小，照这效率，估计每周至少能试验一个想法。
: 现在旧货680和760，新960都差不多两百块，单精度却强不少，估计就它了。不过EVGA
: ，华硕、技嘉这几个牌子哪个好点？
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E***e
发帖数: 3430 | 15 双精度小内存的最强卡现在是哪些？
GPU
【在 t*****z 的大作中提到】
: 我看了一下这图表，觉得奇怪的是，两张卡的性能远不到一张卡的两倍。这说明各GPU
: 之间的数据传递是个瓶颈。因此，应该优先考虑少数大卡。现在性价比最高的单精度
: CUDA卡应该是二手GTX 780 Ti（5046Gflops）。至于9xx系列，似乎都不高，比如980也
: 只有4612Gflops。
: 可惜不能跑OpenCL，否则R9 290X的性价比更高。
:
: EVGA
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y**b
发帖数: 10166 | 16 哎，又不是你开发，只是运行别人的程序，
还是申请个超级计算机的账号吧。
现在GPU结点也很普通了。 |
T****O
发帖数: 407 | 17 我的想法试验起来算不了多久，大机器上估计半天不到。但有点bootstrapping，做完
一个才知道下一个做什么。排队的时间比算的时间恐怕都多。自己装一个合算。先搞清
楚实践上一些细节，比较好。
【在 y**b 的大作中提到】
: 哎，又不是你开发，只是运行别人的程序，
: 还是申请个超级计算机的账号吧。
: 现在GPU结点也很普通了。
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