c***r
发帖数: 4631 | 1 hi, is there anybody familiar with Gromacs?
is it powerful enough to simulate large molecules? |
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j*x
发帖数: 302 | 3 another comment on gromacs is that it is not good for some protein
systems although the initial motivation of this program is (partly) for
protein and DNA. The reason is that they don't have multiple-timestep
scheme. Actually they didn't like MTS so that they didn't implement it.
For highly charged protein systems, it becomes a problem in long simulations.
looks like many people just ignore it, or maybe people didn't run
simulations over 10 ns very frequently. |
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q********g
发帖数: 10694 | 4 Constant pH Simulation
First, check your assumptions. The ideal situation would be to have a
constant-pH algorithm to perform the MD simulations. However, conventional
explicit-solvent MD algorithms cannot do that, since they're constant-H+
algorithms. Furthermore, if you use a MM force field, you will never get
protonation/deprotonation of sites in your solute: free H+ will just wander
around, while titrable sites are stuck with their initial protonation states
; if you want to overcome this yo... 阅读全帖 |
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c***z
发帖数: 6348 | 5 【 以下文字转载自 DataSciences 讨论区 】
发信人: chaoz (面朝大海，吃碗凉皮), 信区: DataSciences
标 题: OCR job from recruiter - it is interesting but I can't do it, yet
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jun 20 12:25:07 2014, 美东)
If you would be interested please let me know at h******[email protected] as
early as possible.
Job Title: position for Data Scientist for Machine Learning and Natural
Language Processing Experience
Company: BITS
Task 1: Extend NIST Scientific Text Extraction System
Description of Tasks
I. Implement distributed... 阅读全帖 |
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T****O
发帖数: 407 | 6 主要打算利用动力学模拟来试验有关蛋白分子结构的一些想法。先依靠GROMACS，因为
它完整且免费。但以后也可能用Amber，CHARMM或其他商业包。
首先就有一个软件问题，GROMAS主页上好像不待见双精度浮点数的必要性，认为单精度
足够。但想当年我用单精度算一个系统，三个月后被一句“你为什么不用双精度”打回
来，那个惨哪。哪位同学仔细验证过GROMACS单精度、长时间运行结果的可靠性没有？
初步目标是，以2fs步长跑到一微秒左右的时候，已知结构的小蛋白分子不会炸开。
操作系统用CentOS应该没问题吧？我可能先装Windows，用Prime95烤机，因为熟悉。
接下来是硬件问题。GROMACS v5 的CUDA实现看上去不错。Amber那帮人干脆就开卖自己
背书的CUDA硬件。所以作为起步，我打算入一块GTX 760 或 680，哪个更好？再推荐一
个品牌？
以上面说的计算为目的，显存多大比较合适？有没有更合适的推荐？预算上限$500左右
，所以Titan不考虑了。Amber评测C2050/C2070远不如GTX 680，也暂不考虑，除非捡到
$100的。
要是哪个同学成功编译验证... 阅读全帖 |
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c***z
发帖数: 6348 | 7 【 以下文字转载自 DataSciences 讨论区 】
发信人: chaoz (面朝大海，吃碗凉皮), 信区: DataSciences
标 题: OCR job from recruiter - it is interesting but I can't do it, yet
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Jun 20 12:25:07 2014, 美东)
If you would be interested please let me know at h******[email protected] as
early as possible.
Job Title: position for Data Scientist for Machine Learning and Natural
Language Processing Experience
Company: BITS
Task 1: Extend NIST Scientific Text Extraction System
Description of Tasks
I. Implement distributed... 阅读全帖 |
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c***z
发帖数: 6348 | 8 If you would be interested please let me know at h******[email protected] as
early as possible.
Job Title: position for Data Scientist for Machine Learning and Natural
Language Processing Experience
Company: BITS
Task 1: Extend NIST Scientific Text Extraction System
Description of Tasks
I. Implement distributed PDF to image conversion subsystem that converts
pages of scientific articles to individual images.
II. Implement distributed optical character recognition-based text
extraction system ... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 9 太湖之光的CPU sw26010在设计取向上是针对“暴力浮点”优化的，出现上面这个结果
（FLOPS强，某些其他测试不太好）意料之中。
比较显著的一个指标是这个CPU的内存带宽／浮点比率达到令人难以置信的1/22.4=0.
045 Byte／FLOP。作为对比（数据来源Yokota，J Algo Comp Tech， 7，3，2013）：
INTEL Xeon E5 2690: 0.211
AMD Opteron 6284 SE： 0.235
NVIDIA Fermi GF110: 0.266
IBM PowerPC A2（BG/Q）：0.208
Fujitsu Sparc64（FX10）：0.359
相比较而言sw26010的内存带宽太小，很多操作都会卡在内存上。实际应用上，优化好
的FMM或者DGEMM大概需要0.2，使用特殊向量指令还可以更低，3D FFT大概需要0.6～0.
9， stencil大概2～3，spmv大概5。在x86上FMM／DGEMM是compute bound，后面几个都
是memory bound，而在sw26010上这些操作几乎全都是memory boun... 阅读全帖 |
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x*******o
发帖数: 2581 | 10 用gromacs算结构的时候发现
PC比Mac性价比高多了。
但是PC要自己装linux，麻烦 |
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l***i
发帖数: 64 | 11 The Nonlinear Dynamics Laboratory has one graduate Research Assistant
positions available at PhD level. The position will be supported by NSF
Grant CMMI-1100031, and will focus on research described in this link. Ideal
candidate will have the following qualifications:
MS (or highly qualified BS) degree in mechanical or biomedical engineering
or related fields.
Good mathematical background including differential equations and linear
algebra.
Some exposure to FEM and associated packages will be be... 阅读全帖 |
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l***h
发帖数: 3 | 12 聚贤猎头公司受多家全球知名锂电企业的委托，面向全球大量招聘研发人才，如有意者
请与我们联系。
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专业及工作方向如下：
1、锂电材料（正负极）研发的技术人才，锂电设计方面人才；
2、电动汽车电池的技术人才 （EV）；
3、电动工具电池的技术人才（POWER TOOLS)；
4、太阳能、风能发电并入电网的柔性输电管理人才；
5、机械设计方面人才，非标自动化设计人才。
6、新能源行业相关的研发博士等。
工作方向：正极材料开发
专业：无机非金属、无机化学、固体物理
知识：晶体学、固体化学或固体物理、无机化学、物理化学，结构分析
相关课题研究："掌握干法、湿法材料合成的... 阅读全帖 |
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z*****t
发帖数: 1356 | 13 聚贤猎头公司受国内多家大型锂电企业委托，寻访以下职位，工作地点分布：广东、福
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研发经理/总监
岗位要求：
1、本科（含）以上学历；化学、材料、机械、电子等理工科背景；英语四级以上。
2、五年以上知名企业或者新能源行业工作经验。
3、身体建康，责任心强，有很好的团队精神和沟通协调能力。
岗位职责：
1、负责新材料的认证与开发；
2、负责新产品的开发和认证；
3、负责电池型号的开发与设计；
4、负责电化学平台的研究，包括正极、负极、隔膜、电解液等；
5、负责电池体系设计，工艺优化和性能测试；
6、负责管理研发团队和研发项目。
项目经理/总监
工作职责：
1、主要负责海外客户的沟通协调，能够充分理解客户的要求，利用自己的专业背景转
换为实际的产品；
2、对外具备在客户端推介产品的能力，对内能够协调各个部门，保证产品项目的顺利
推进
3、能适应高强度的工作及加班需求
任职要求：
1、硕士以上学历（博士优先）
... 阅读全帖 |
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n**********d
发帖数: 18 | 14 要求有prior experience in Gromacs or Amber |
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g***y
发帖数: 4784 | 15 德国当地时间6月20日下午五点，ISC12国际大学生超级计算机竞赛闭幕。竞赛组织委员
会主席、国际高性能计算咨询委员会主席Gilad Shainer先生在ISC12国际大学生超算大
赛闭幕式上正式公布比赛结果。来自中国的清华大学代表队荣获“国际大学生超算竞赛
总冠军”，这是中国大学生在国际超级计算机竞赛中取得的第一个世界冠军。同时，国
防科学技术大学代表队获得“最高计算性能奖”。本届大赛两个最具含金量的国际大奖
均被中国队收入囊中，优异成绩震惊国际超算界。
清华大学夺冠
国防科学技术大学代表队获得“最高计算性能奖”
ISC12国际大学生超级计算机竞赛是由国际超算权威组织——国际超级计算机大会组委
会、国际高性能计算咨询委员会共同举办，并与美国SC超算大赛并列成为全球最具权威
性的两大超算赛事。本次赛事规则要求各参赛队在3000瓦功耗下自行设计建设超级计算
机系统，并进行HPL、OPENFOAM、CPMD、CP2K、NEMO、WRF、GROMACS的应用性能测试，
其中对于应用的性能评分占据80％，这对各参赛队的超算应用能力提出了全面挑战。
ISC12国际大学生超算大赛评委会宣布比赛结果... 阅读全帖 |
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c***r
发帖数: 4631 | 16 Yesterday, when I was driving, I saw a turtle was crossing street. It walked
steadily and slowly, as if nothing could stop him. I applied the brake
steadily but quickly. But the car was still getting closer and closer to the
turtle. When the car was close enough, the turtle turned its head to my car, I
couldn't see its face clearly, because it was a small turtle, but I believed
the turtle looked at my car with its eyes wide open. Then the turtle shrinked
all of its legs and head into its shell a |
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h*****w
发帖数: 750 | 17 没看懂你最后几行是什么意思？哈哈
I
shrinked
turtle. |
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Ag
发帖数: 481 | 18 我想即使是namd的头也不敢象你这么大口气说话，呵呵。
amber的force fields，模拟DNA是最强的，无可比拟。
charmm的package比较大，分析处理数据，还有一些辅助分析手段比较完善一些。
gromos gromacs不太清楚，后者好像是前者的衍生。
NAMD好像比较新，没有了解。
我觉得没有所谓的活力前途比较一说，主要还是network的问题。
karplus派系出来的人，多用charmm。kollman派系出来的，多用amber。
欧洲那边的，多用gromos。 |
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p*****u
发帖数: 191 | 19 你是说像NAMD或者GROMACS这样的软件吗 |
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n**********d
发帖数: 18 | 20 24$ per hour
2-3 month, Mid May to end of Aug
plus 2000 for housing stipend
requirement:
Prior experience in Gromacs or Amber. Prefer PhD student, but senior
undergrad student is also acceptable.
Please contact me if you are interested. |
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c*******e
发帖数: 2 | 21 Hello, I am a Ph.D. student in Chemical Engineering major. Now I am in my
fourth year and I have much experience in Gromacs as my research orientation
is molecular simulation. I am interested in the internship. Would you like
to discuss it in detail?
Best wishes. |
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e****e
发帖数: 941 | 22 这是一个学习交流的专业论坛，请大家多参与交流
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论坛鼓励交流讨论，不欢迎只下载而不分享，只求助而不参与讨论的会员
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E****F
发帖数: 10 | 23 主要是电化学方向,能源电池等.有兴趣的可以站内发信,我会把猎头联系信息发给你,化
学男们互相帮助吧.不要被需要多少年工作经验的要求吓住了,只要专业对口就放心申请
.我本人是分析化学方向的,天知道猎头怎么会对我感兴趣.
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5、机械设计方面人才，非标自动化设计人才。
6、新能源行业相关的研发博士等。
工作方向：正极材料开... 阅读全帖 |
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n**********d
发帖数: 18 | 24 24$ per hour
2-3 month, Mid May to end of Aug
plus 2000 for housing stipend
requirement:
Prior experience in Gromacs or Amber. Prefer PhD student, but senior
undergrad student is also acceptable.
Please contact me if you are interested. |
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l*******y
发帖数: 490 | 25 You can use GSL, to fit your data in a cubic spline form. The algorithm
is also in the book "the numerical recipes". I think many MD code support
tabulated potentials, like DL_POLY, GROMACS etc.
will |
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n**********d
发帖数: 18 | 26 24$ per hour
2-3 month, Mid May to end of Aug
plus 2000 for housing stipend
requirement:
Prior experience in Gromacs or Amber. Prefer PhD student, but senior
undergrad student is also acceptable.
Please contact me if you are interested. |
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b*******u
发帖数: 62 | 27 it is very quick based on the assumption
you will use all the default they set etc.
like timestep 7fs instead of 2fs in most
literature. otherwise it will not be that
quick. |
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b*******u
发帖数: 62 | 28 but i thought multiple-timestep is for time-saving.
what is the relation with the stability of the simulation? |
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l***i
发帖数: 64 | 29 The Nonlinear Dynamics Laboratory has one graduate Research Assistant
positions available at PhD level. The position will be supported by NSF
Grant CMMI-1100031, and will focus on research described in this link. Ideal
candidate will have the following qualifications:
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or related fields.
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algebra.
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o****e
发帖数: 92 | 30 folding @ home 现在都 > 8 petaFLOPS 了，顶 Top500 supercomputers 前十位加起
来的总和。就这么多计算能力，人家也没浪费到上 MATLAB 的地步(GROMACS 还是 C++
和汇编混合编程的)。难道 DOE grid 的 nodes 还有 air conditioner 用电都不交钱
？乖乖，真奢侈 |
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s*k
发帖数: 144 | 31
I neither have experience of Molecular Dynamics, nor have used mpi,
but I think you'd better run program mpirun first before launch
your Molecular Dynamics, if you want run it on a cluster of computers. |
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g******u
发帖数: 827 | 32 Gromacs,
supercapacitor, |
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g******u
发帖数: 827 | 33 Gromacs,
supercapacitor, |
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