K****l
发帖数: 861 | 1 最近刚开始用Maldi-MS做DNA
之前用3-HPA/Ammonium in ACN/water作matrix打了几次...都没有信号...
版上有做过类似样品的吗？有什么需要注意的地方吗？
希望不吝赐教
谢谢先... |
i*****s
发帖数: 1170 | 2 你确定用了足够量的DNA? 我没做过，但听做过的人讲需要大约10pmol |
K****l
发帖数: 861 | 3 谢谢
我用了非常浓的试过...还是没有信号...不过那个浓溶液是不纯的...
【在 i*****s 的大作中提到】
: 你确定用了足够量的DNA? 我没做过，但听做过的人讲需要大约10pmol
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t***u
发帖数: 20182 | 4 MALDI-TOF？一样吗
【在 K****l 的大作中提到】
: 谢谢
: 我用了非常浓的试过...还是没有信号...不过那个浓溶液是不纯的...
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K****l
发帖数: 861 | 5 恩...还是一样
没信号...都是noise~~~
有什么需要注意的地方吗？因为刚开始做这方面的工作
谢谢先...
【在 t***u 的大作中提到】
: MALDI-TOF？一样吗
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i*********w
发帖数: 134 | |
t***u
发帖数: 20182 | 7 不熟，只做过polymer的。用的matrix是文献来的？用别的试试？
【在 K****l 的大作中提到】
: 恩...还是一样
: 没信号...都是noise~~~
: 有什么需要注意的地方吗？因为刚开始做这方面的工作
: 谢谢先...
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K****l
发帖数: 861 | 8 这个到真没做？不知道具体是怎么一个步骤？
我知道这一步很重要
好像按照文献的说法，我用在Matrix里面的Ammonium Citrate大概是这个作用
具体能说解释一下吗？
谢谢了...
【在 i*********w 的大作中提到】
: did you desalt DNA
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K****l
发帖数: 861 | 9 恩...这个是文献的
一开始用CHCA，也没信号...
【在 t***u 的大作中提到】
: 不熟，只做过polymer的。用的matrix是文献来的？用别的试试？
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s**c
发帖数: 34339 | 10 DNA最好是纯化后除过盐的，否则噪音太大，很难看到离子峰。
除盐的方法可以有很多种，用G25柱子除，或者用小的C18 Cartrige除都可以。
另外，在做质谱的时候，注意你选的方法中的离子范围，激光强度等。
DNA的量一般要在0.01OD，大概是100pmol左右。
Matrix好像我们用的都一样 |
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K****l
发帖数: 861 | 11 太感谢了...大赞~~~
能再问一下，你们一般选什么“方法”？我这边MALDI上只有蛋白的方法...
激光强度打多少？大概，30%可以吗？
谢谢
【在 s**c 的大作中提到】
: DNA最好是纯化后除过盐的，否则噪音太大，很难看到离子峰。
: 除盐的方法可以有很多种，用G25柱子除，或者用小的C18 Cartrige除都可以。
: 另外，在做质谱的时候，注意你选的方法中的离子范围，激光强度等。
: DNA的量一般要在0.01OD，大概是100pmol左右。
: Matrix好像我们用的都一样
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s**c
发帖数: 34339 | 12 方法实际上都没太大区别，好像也就是选Matrix，激光强度和离子范围，当然了，我也就注意过这些，其他的没仔细看过。主要是这方法也是从以前人那里直接拷贝过来用的。
激光强度这个，我们都是选数值，大概要在2000左右才好，甚至更高。
30%这个，我没概念
【在 K****l 的大作中提到】
: 太感谢了...大赞~~~
: 能再问一下，你们一般选什么“方法”？我这边MALDI上只有蛋白的方法...
: 激光强度打多少？大概，30%可以吗？
: 谢谢
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d********6
发帖数: 76 | 13 DNA要先除盐，可以用乙醇沉降或者过NAP柱子。
如果想取得比较好的效果，可以在sample溶液里加入少量的 dowex resin (NH4+ form)
，进一步除盐。
用HPA做matrix的时候，你会看到matrix成一簇一簇的针状，所有的针状末端汇集在一
起，laser最好打在这些针状晶体汇集的地方比较容易出峰。 |
d********6
发帖数: 76 | 14 方法可以选择linear mode，linear后面的数字表示分子量的大小，最好比较接近你
sample得分子量。 |
K****l
发帖数: 861 | 15 谢谢，谢谢...
我明天按照你们的建议再试试...
【在 d********6 的大作中提到】
: 方法可以选择linear mode，linear后面的数字表示分子量的大小，最好比较接近你
: sample得分子量。
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K****l
发帖数: 861 | 16 谢谢你的建议...
这两天再试试...
也就注意过这些，其他的没仔细看过。主要是这方法也是从以前人那里直接拷贝过来用
的。
【在 s**c 的大作中提到】
: 方法实际上都没太大区别，好像也就是选Matrix，激光强度和离子范围，当然了，我也就注意过这些，其他的没仔细看过。主要是这方法也是从以前人那里直接拷贝过来用的。
: 激光强度这个，我们都是选数值，大概要在2000左右才好，甚至更高。
: 30%这个，我没概念
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L****r
发帖数: 333 | 17 这个我做的比较多， 根本不用desalting，直接做， 峰型非常好， 请参阅Nucleic
Acids Research, 1993, Vol. 21, No. 14. |
K****l
发帖数: 861 | 18 恩...谢谢，我看看文献
【在 L****r 的大作中提到】
: 这个我做的比较多， 根本不用desalting，直接做， 峰型非常好， 请参阅Nucleic
: Acids Research, 1993, Vol. 21, No. 14.
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K****l
发帖数: 861 | 19 请问有页码吗？
谢谢
【在 L****r 的大作中提到】
: 这个我做的比较多， 根本不用desalting，直接做， 峰型非常好， 请参阅Nucleic
: Acids Research, 1993, Vol. 21, No. 14.
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L****r
发帖数: 333 | |
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K****l
发帖数: 861 | 21 赞...刚才没用页码随便google了一下就搜到这篇文章
看来是篇经典之作啊...
谢谢
【在 L****r 的大作中提到】
: 3191-3196
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h*****e
发帖数: 1330 | 22 Desalting and concentrating your sample,
Use negative mode because DNA is ionized in a negative molecular,
10000 DNA requires a higher energy to fly, so try high power.... |
m********l
发帖数: 491 | 23 no need to desalt, just use appropriate matrix, such as THAP
【在 K****l 的大作中提到】
: 最近刚开始用Maldi-MS做DNA
: 之前用3-HPA/Ammonium in ACN/water作matrix打了几次...都没有信号...
: 版上有做过类似样品的吗？有什么需要注意的地方吗？
: 希望不吝赐教
: 谢谢先...
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