s******y
发帖数: 17729 | 1 华大倒是测得便宜，但是听说北美华大好像都快完犊子了。
也有听说送国内去测的，感觉不靠谱
中国的测序太多太杂了，一是不知道哪家强，二是对运输不放心。
因为测得比较多de novo，测基因组，所以不得不考虑价格。北美测序哪家强啊 |
b****r
发帖数: 17995 | 2 送几个大高校genome center，不会离谱的 |
s******y
发帖数: 17729 | 3 老板嫌贵，觉得中国便宜，也不知道谁tmd跟他说的中国便宜
【在 b****r 的大作中提到】
: 送几个大高校genome center，不会离谱的
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a******r
发帖数: 786 | 4 major univ 都是内部价
外部的贵的要死
小公司靠谱 |
e*******o
发帖数: 4654 | |
n******7
发帖数: 12463 | |
s******y
发帖数: 17729 | 7 有报价参考吗？
【在 n******7 的大作中提到】
: macrogen据说还行
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n******7
发帖数: 12463 | 8 跟BGI差不多
年初开会问他们大概是30X WGS $1600
你联系他们问问了
【在 s******y 的大作中提到】
: 有报价参考吗？
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K******S
发帖数: 10109 | 9 scienceexchange.com
【在 s******y 的大作中提到】
: 华大倒是测得便宜，但是听说北美华大好像都快完犊子了。
: 也有听说送国内去测的，感觉不靠谱
: 中国的测序太多太杂了，一是不知道哪家强，二是对运输不放心。
: 因为测得比较多de novo，测基因组，所以不得不考虑价格。北美测序哪家强啊
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s******s
发帖数: 13035 | 10 小声说一句，组里最近在重新分析各大center的data，问题百出啊，
包括吹的最NB的Bxxxx Institute。
【在 b****r 的大作中提到】
: 送几个大高校genome center，不会离谱的
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b****r
发帖数: 17995 | 11 Bxxxx ?没打错吗？是Bxx xx Institute？
【在 s******s 的大作中提到】
: 小声说一句，组里最近在重新分析各大center的data，问题百出啊，
: 包括吹的最NB的Bxxxx Institute。
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s******r
发帖数: 1245 | 12 hehe
【在 s******s 的大作中提到】
: 小声说一句，组里最近在重新分析各大center的data，问题百出啊，
: 包括吹的最NB的Bxxxx Institute。
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i**********y
发帖数: 137 | 13 展开说说，什么问题？原始数据还是分析？
【在 s******s 的大作中提到】
: 小声说一句，组里最近在重新分析各大center的data，问题百出啊，
: 包括吹的最NB的Bxxxx Institute。
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s******s
发帖数: 13035 | 14 原始数据啦。当然，我们做的比较仔细，检查的东西比较多，如果随便align一下，
然后biobambam sort, merge, mkdup估计也就混过去了。
当然，据说Bxxxx release出来的data不一定是他们内部用的，人内部的QC系统极端复
杂。
【在 i**********y 的大作中提到】
: 展开说说，什么问题？原始数据还是分析？
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s******s
发帖数: 13035 | 15 问题太多，比如说read group name和metadata不符合，library name不符合，
或者干脆没有read group name。一条lane两个read group，其中一个质量奇差，
怀疑是manufactory failed 的reads，还有不分read group，但是有failed reads。
demultiplex有5%的cross contamination...。问题多的我都记不住。
很多能fix, 很多我也没辙。我们DNA-Seq那个pipeline已经commit 400多次了，
现在变成了一个无数branch的庞然大物，这还只是alignment。
【在 i**********y 的大作中提到】
: 展开说说，什么问题？原始数据还是分析？
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s******s
发帖数: 13035 | 16 当然，还听说有各种各样的degradation pattern。 我还没看到这一步。
oxidation有tool可以fix，其他的估计连原因都不知道
【在 s******s 的大作中提到】
: 问题太多，比如说read group name和metadata不符合，library name不符合，
: 或者干脆没有read group name。一条lane两个read group，其中一个质量奇差，
: 怀疑是manufactory failed 的reads，还有不分read group，但是有failed reads。
: demultiplex有5%的cross contamination...。问题多的我都记不住。
: 很多能fix, 很多我也没辙。我们DNA-Seq那个pipeline已经commit 400多次了，
: 现在变成了一个无数branch的庞然大物，这还只是alignment。
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s******y
发帖数: 17729 | 17 那看来真的让国内蓝翔干了，反正价格差不多是四分之一
【在 s******s 的大作中提到】
: 小声说一句，组里最近在重新分析各大center的data，问题百出啊，
: 包括吹的最NB的Bxxxx Institute。
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n******7
发帖数: 12463 | 18 Broad
【在 b****r 的大作中提到】
: Bxxxx ?没打错吗？是Bxx xx Institute？
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n******7
发帖数: 12463 | 19 哈哈
知道一些pan-cancer的会议，几大center一直在对答案，调pipeline
【在 s******s 的大作中提到】
: 小声说一句，组里最近在重新分析各大center的data，问题百出啊，
: 包括吹的最NB的Bxxxx Institute。
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n******7
发帖数: 12463 | 20 很好奇你是哪个组的？
绝大部分地方处理第三方data不会搞这么细致
【在 s******s 的大作中提到】
: 当然，还听说有各种各样的degradation pattern。 我还没看到这一步。
: oxidation有tool可以fix，其他的估计连原因都不知道
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b****r
发帖数: 17995 | 21 还以为国内哪家呢
那还真挺意外的。
这玩意照说也没那么复杂啊。而且很多大家都用到的算法不都是他们弄出来的吗，经过
了大家的检验啊
【在 n******7 的大作中提到】
: Broad
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s******s
发帖数: 13035 | 22 据说ICGC的专家们现在正在一头汗的QC呢
【在 n******7 的大作中提到】
: 哈哈
: 知道一些pan-cancer的会议，几大center一直在对答案，调pipeline
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s******s
发帖数: 13035 | 23 BWA MEM还是经过检验的。pipeline那种东西里面无数的tool，要说每个
都像BWA那样壮实是不可能的。当然，不做QC一路biobambam sort/merge/mkdup
混过去也是可以的，不过最后variant call估计要人肉看了，大project最后都是上人
肉的
【在 b****r 的大作中提到】
: 还以为国内哪家呢
: 那还真挺意外的。
: 这玩意照说也没那么复杂啊。而且很多大家都用到的算法不都是他们弄出来的吗，经过
: 了大家的检验啊
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b****r
发帖数: 17995 | 24 clinical的话貌似新pipeline就是扔几个1000G的标本进去，看最后能出来多少，我觉
得这个方法简单靠谱，就看愿不愿意花这个钱了
【在 s******s 的大作中提到】
: BWA MEM还是经过检验的。pipeline那种东西里面无数的tool，要说每个
: 都像BWA那样壮实是不可能的。当然，不做QC一路biobambam sort/merge/mkdup
: 混过去也是可以的，不过最后variant call估计要人肉看了，大project最后都是上人
: 肉的
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s******s
发帖数: 13035 | 25 1000g? 你吓死我了，我看到最大一个特例才900，正在头疼怎么搞呢。以后都是1000的
，要多少时间去process 啊？
btw，质量问题不是随机噪声靠reads多就能解决的。如果是bias，再多reads也没戏。
【在 b****r 的大作中提到】
: clinical的话貌似新pipeline就是扔几个1000G的标本进去，看最后能出来多少，我觉
: 得这个方法简单靠谱，就看愿不愿意花这个钱了
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n******7
发帖数: 12463 | 26 是的
前段时间参加ICGC的会议，大致就是这样
感受就是，外围的组要玩转这些data，很难，各种坑都不跟你说的
【在 s******s 的大作中提到】
: 据说ICGC的专家们现在正在一头汗的QC呢
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b****r
发帖数: 17995 | 27 one thousand genome的意思。。。这上千个人DNA是经过非常详细的测定和质控的，数
据网上免费，DNA几十刀一个人的价格就可买到
【在 s******s 的大作中提到】
: 1000g? 你吓死我了，我看到最大一个特例才900，正在头疼怎么搞呢。以后都是1000的
: ，要多少时间去process 啊？
: btw，质量问题不是随机噪声靠reads多就能解决的。如果是bias，再多reads也没戏。
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n******7
发帖数: 12463 | 28 起码5年前的测序平台和pipeline了
我不知道有多大参考价值
我也参与过这个，不过做些下家分析，权当上游数据都没问题
【在 b****r 的大作中提到】
: one thousand genome的意思。。。这上千个人DNA是经过非常详细的测定和质控的，数
: 据网上免费，DNA几十刀一个人的价格就可买到
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s******s
发帖数: 13035 | 29 连ICGC都算不上内围。甚至几个Center的头都不一定知道，
很多东西只有具体干活的人知道，我也是dig出来几个问题，
给每个center发个email问，才一头瀑布汗啊。。。
【在 n******7 的大作中提到】
: 是的
: 前段时间参加ICGC的会议，大致就是这样
: 感受就是，外围的组要玩转这些data，很难，各种坑都不跟你说的
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s******s
发帖数: 13035 | 30 原来你说的是1kg，我还以为每个要deep到1000 gb，吓着我了。
【在 b****r 的大作中提到】
: one thousand genome的意思。。。这上千个人DNA是经过非常详细的测定和质控的，数
: 据网上免费，DNA几十刀一个人的价格就可买到
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d****u
发帖数: 275 | 31 看上下文肯定是Broad
【在 b****r 的大作中提到】
: Bxxxx ?没打错吗？是Bxx xx Institute？
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i*e
发帖数: 352 | 32 是这样的，而且1KG用的LCL，low-pass wgs，这个bias可能不小
有的组很不鸟1KG的数据
【在 s******s 的大作中提到】
: 原来你说的是1kg，我还以为每个要deep到1000 gb，吓着我了。
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i*e
发帖数: 352 | 33 看看那个ICGC-TCGA DREAM的东东，能不能最后给个大体的方案吧
【在 n******7 的大作中提到】
: 哈哈
: 知道一些pan-cancer的会议，几大center一直在对答案，调pipeline
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i*e
发帖数: 352 | 34 起码要IGV图片出来人肉看
【在 s******s 的大作中提到】
: BWA MEM还是经过检验的。pipeline那种东西里面无数的tool，要说每个
: 都像BWA那样壮实是不可能的。当然，不做QC一路biobambam sort/merge/mkdup
: 混过去也是可以的，不过最后variant call估计要人肉看了，大project最后都是上人
: 肉的
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