N******n
发帖数: 3003 | 1 【 以下文字转载自 DataSciences 讨论区 】
发信人: NobleBen (be nice, be patient!!!!), 信区: DataSciences
标 题: 谁装过python的limix package
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Aug 1 00:39:54 2015, 美东)
python package太难装了
好不容易装好了，第一个命令就有问题
# activiate inline plotting
%matplotlib inline
from setup import *
这个%总是有问题？
谢谢 |
x***u
发帖数: 297 | 2 你是在ipython notebook 里用 %matplotlib inline 的吗？这个语句不是标准python
statement, 是ipython的magic function.
[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com] |
N******n
发帖数: 3003 | 3 恩，
那怎么用这个function? 只是让人在server上装了Limix，看了下tutorial有这个命令
，就使了下，有问题，
链接在这儿
https://github.com/PMBio/limix-tutorials/blob/master/LMM_lasso/LMMlasso_
example.ipynb
谢谢
python
【在 x***u 的大作中提到】
: 你是在ipython notebook 里用 %matplotlib inline 的吗？这个语句不是标准python
: statement, 是ipython的magic function.
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]
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x***u
发帖数: 297 | 4 要么装 Ipython Notebook, 在网页（127.0.0.1:8000）里照搬tutorial里的例子;
要么把第一行去掉。
Ipython Notebook: http://ipython.org/notebook.html
Anaconda: https://store.continuum.io/cshop/anaconda/ |
N******n
发帖数: 3003 | 5 谢谢，我让我们的管理员装notebook.
这个装好之后，是不是就是个server, 可以打开网页。
我自己的MAC 装limix怎么也装不上, 更新了xcode后，还是不行。
用pip limix install
or python setup install
都出现错误。
【在 x***u 的大作中提到】
: 要么装 Ipython Notebook, 在网页（127.0.0.1:8000）里照搬tutorial里的例子;
: 要么把第一行去掉。
: Ipython Notebook: http://ipython.org/notebook.html
: Anaconda: https://store.continuum.io/cshop/anaconda/
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K****n
发帖数: 5970 | 6 还没搞定？一看就是新手，以后出了这种事情要赶快外包到印度去解决 |
N******n
发帖数: 3003 | 7
我们的安装的还是你校友， 说更新xcode，还是不行呀。
大神什么意见呀？
【在 K****n 的大作中提到】
: 还没搞定？一看就是新手，以后出了这种事情要赶快外包到印度去解决
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K****n
发帖数: 5970 | 8 主要是看error message是啥？
【在 N******n 的大作中提到】
:
: 我们的安装的还是你校友， 说更新xcode，还是不行呀。
: 大神什么意见呀？
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N******n
发帖数: 3003 | 9 /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/architecture/i386/math.h:477:17:
note: 'lroundl' declared here
extern long int lroundl(long double);
^
In file included from ./src/limix/covar/combinators.cpp:15:
In file included from ./src/limix/covar/combinators.h:19:
In file included from src/limix/covar/covariance.h:18:
In file included from src/limix/types.h:18:
In file included from External/Eigen/Dense:1:
In file included from External/Eigen/Core:28:
In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/
XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/complex:247:
In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/
XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/sstream:174:
In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/
XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/ostream:133:
In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/
XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/locale:192:
In file included from /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/
XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin/../include/c++/v1/cstdlib:86:
In file included from /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/stdlib.h:61:
/Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/available.h:111:6: error: __MAC_
OS_X_VERSION_MAX_ALLOWED must
be >= __MAC_OS_X_VERSION_MIN_REQUIRED
#error __MAC_OS_X_VERSION_MAX_ALLOWED must be >= __MAC_OS_X_VERSION_MIN_
REQUIRED
^
13 errors generated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1
bash-3.2$
这个是 python setup install 的错误。谢谢
【在 K****n 的大作中提到】
: 主要是看error message是啥？
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N******n
发帖数: 3003 | 10 In file included from /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/stdlib.h:
61:
/Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/available.h:111:6: error: __
MAC_OS_X_VERSION_MAX_ALLOWED must be >= __MAC_OS_X_VERSION_MIN_REQUIRED
#error __MAC_OS_X_VERSION_MAX_ALLOWED must be >= __MAC_OS_X_VERSION_
MIN_REQUIRED
^
13 errors generated.
error: command 'gcc' failed with exit status 1
----------------------------------------
Command "/Library/anaconda/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file
__='/private/var/folders/rt/mfpffyf53l137fq6b9s0cn353_jtss/T/pip-build-
YNNNBE/limix/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__
).read().replace('rn', 'n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/
folders/rt/mfpffyf53l137fq6b9s0cn353_jtss/T/pip-mkR4Hp-record/install-record
.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1
in /private/var/folders/rt/mfpffyf53l137fq6b9s0cn353_jtss/T/pip-build-
YNNNBE/limix
bash-3.2$
这个是 python pip install limix 的错误。谢谢
【在 K****n 的大作中提到】
: 主要是看error message是啥？
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G******n
发帖数: 289 | |
K****n
发帖数: 5970 | 12 有13个error，这只是最后一个，不一定还有什么问题
从字面意思来看就是两个库要求的OSX version冲突了
这个库的路径 /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/ 是不是不是 xcode的
？你可以看看环境里的gcc是不是真的指向你更新过的xcode里的 gcc
【在 N******n 的大作中提到】
: /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/architecture/i386/math.h:477:17:
: note: 'lroundl' declared here
: extern long int lroundl(long double);
: ^
: In file included from ./src/limix/covar/combinators.cpp:15:
: In file included from ./src/limix/covar/combinators.h:19:
: In file included from src/limix/covar/covariance.h:18:
: In file included from src/limix/types.h:18:
: In file included from External/Eigen/Dense:1:
: In file included from External/Eigen/Core:28:
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N******n
发帖数: 3003 | 13 谢谢,我去试一试.
【在 K****n 的大作中提到】
: 有13个error，这只是最后一个，不一定还有什么问题
: 从字面意思来看就是两个库要求的OSX version冲突了
: 这个库的路径 /Developer/SDKs/MacOSX10.5.sdk/usr/include/ 是不是不是 xcode的
: ？你可以看看环境里的gcc是不是真的指向你更新过的xcode里的 gcc
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t*****c
发帖数: 36 | 14 错误提示信息是什么？
你装limix是用系统自带的python还是其它后来装的环境？
个人使用经验是不要去动系统自带的python, 装一个Anaconda（https://store.
continuum.io/cshop/anaconda/）， 然后用Anaconda来安装管理需要的包。有一些包
用pip等方式很难安装，你可以在anaconda里搜搜看有没有已经编译好了的。 |
N******n
发帖数: 3003 | 15 是 anaconda 里面的python
怎么看有没有编译好的？
【在 t*****c 的大作中提到】
: 错误提示信息是什么？
: 你装limix是用系统自带的python还是其它后来装的环境？
: 个人使用经验是不要去动系统自带的python, 装一个Anaconda（https://store.
: continuum.io/cshop/anaconda/）， 然后用Anaconda来安装管理需要的包。有一些包
: 用pip等方式很难安装，你可以在anaconda里搜搜看有没有已经编译好了的。
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t*****c
发帖数: 36 | 16 https://binstar.org/
【在 N******n 的大作中提到】
: 是 anaconda 里面的python
: 怎么看有没有编译好的？
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N******n
发帖数: 3003 | 17 3x
【在 t*****c 的大作中提到】
: https://binstar.org/
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