什么软件可以分析Chip-seq数据 - Biology版 - 未名存档

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Biology版 - 什么软件可以分析Chip-seq数据

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f******g 发帖数: 1003	1 大家好，最近要分析Chip-seq数据请问什么软件比较简单好用? 谢谢
b*****l 发帖数: 9499	2 R 有一些包还不错。另外我当时做的时候参考了这几篇文章： QuEST: Genome-wide analysis of transcription factor binding sites based on ChIP-Seq data.Nat Methods, 2008, 5, 829-834 Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies. Nat Methods, 2009, 6, S22-S32 【在 f******g 的大作中提到】 : 大家好，最近要分析Chip-seq数据 : 请问什么软件比较简单好用? : 谢谢
j****x 发帖数: 1704	3 这个实在太多了，商业软件例如DNASTAR，NextGENe，CLC，Genomatix等等都有比较成熟的模块，界面也相对友好，价格自然不菲。免费软件更是层出不穷，PeakSeq，F-Seq，USeq，CisGenome，ChromaSig，ChiPDiff， MACS，SISSRs，ChIP-Seq Simulator，QuEST，FindPeaks，GLITR，WTD/MSP/MTC， ERANGE3，都出生名门，还有一堆基于R的代码就不提了，自己去看paper吧。新手的话，个人推荐CisGenome，功能强大，也不用自己编译调试，或者webserver比如 ChIP-Seq Tool Set（http://havoc.genomecenter.ucdavis.edu/cgi-bin/chipseq.cgi）； ChIP-Seq Analysis Server（http://ccg.vital-it.ch/chipseq/），在线分析，省心省力。
f******g 发帖数: 1003	4 谢谢楼上两位了
s*********x 发帖数: 1923	5 macs from Shirley liu's lab

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