m***o
发帖数: 272 | 1 two groups: wt and ko.
6 animals from each group.
方法一： 可以把其中一个WT 作为normalizer（fold change＝1），then based on
this WT,get the fold change of other WT and KO mice using ddCt.Now you get
12 fold change from each animal,then set WT fold change mean as 1, and get
KO mean fold change.
Now the question is could I calculate SD or SEM using the 6 fold change
number in each group?
方法2：Labmates 认为方法一不对。应该把6个WT set as normalizer (from the Ct
value), then your WT mean will be one and you get SD or SEM from the Ct
value directly.Based on the Ct's SD value, calculate the fold change SD.
This will give you the range of WT. But this way you could not get
individual mice fold change.
Any suggestions? |
i****e
发帖数: 1527 | 2 2nd method, I am using that way. |
z*******6
发帖数: 679 | |
m***o
发帖数: 272 | 4 现在文章要投，都是按方法一做的图，和分析的。现在labmate认为方法一是把fold
change的值按正常的distribution 的值来算SEM 是不对的。我有些搞不清。好像ddct
的文章是方法2.有没有方法1方面的文章？
当时按方法一也是问了公司一个讲qPCR的，他也认为方法一可以，就一直这样算的，但
是现在找不到文献来support。 |
G*****h
发帖数: 320 | 5 这套数据里面，WT 相当于本地，KO 相当于实验组。正常的情况下，是先得到 WO 各个
样本的含量，由此求得平均值。这个平均值做本地，得到 WT 和 KO 两组的各个样本的
相对值。再得到两组样本的均值和SD（或者SEM）。最终 WT 的均值应该是 1，但可以
由此计算 SD。
现在的问题是原始数据是 Ct 指，不是含量。但Ct指与含量之间是指数关系，所以WT中
不同样本的Ct值，原则上是不能直接求平均值的（但 technical replicates 似乎可以
）。
这样的话，需要先把Ct 数据换算成含量，然后按照上述方法，求得本地的均值，再计
算各个样本的相对量。但先换算成绝对含量的话有不可能，除非你有绝对标准的
standard curve。因为只是知道 Y = A*X+B 里面的 A，不知道 B。所以比较可行的方
法是先用一个“参考点”（假设为 Ct0）来计算相对含量，这样 Ct 之间是互相加减关
系。
因为你的这个系统是比较同一个基因，样本也来自同一组织。所以每个样本的 PCR 效
率相同。也就是 A、B 相同。你用“任何一个参考点”来先计算各个样本的 delta Ct
值，再计算 ddCt 的时候，这个参考点Ct 都正好被除掉，得到的 ddCt 都应该是相同
的。
所以原则上来讲，第一方案应该没有问题。如果第二方法只是选个平均 Ct 在做参考点
，然后 算 dCt 和 ddCt，那么两个方案最终得到的结果应该是一样的，只是选的参考
点不同而已。
如果第二个方案是直接从平均 Ct 来先计算含量，那应该不行。 而 Based on the Ct'
s SD value, calculate the fold change SD 有点不懂。fold changes 不可能从
standard deviations 计算得到。 |
l********e
发帖数: 415 | 6 要深究的确是不对的.
ddct
【在 m***o 的大作中提到】
: 现在文章要投，都是按方法一做的图，和分析的。现在labmate认为方法一是把fold
: change的值按正常的distribution 的值来算SEM 是不对的。我有些搞不清。好像ddct
: 的文章是方法2.有没有方法1方面的文章？
: 当时按方法一也是问了公司一个讲qPCR的，他也认为方法一可以，就一直这样算的，但
: 是现在找不到文献来support。
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m***o
发帖数: 272 | 7 这里跟lab里一样还是有争议。看来是改用第二个。 |
