m******u
发帖数: 12400 | 1 对照和处理样品，直接送整个管子去做质谱了，没跑胶。数据很大，怎么分析？ |
h*****s
发帖数: 153 | 2 对比amount还是找新蛋白？label free一般都是要不比较MS1 intensity,要不MS2
spectral counts。
还有，你前期不simplify样品，很多peptide会测不出来吧，全都ion suppression了，
还是，你用了很多salt cycle？ |
s******s
发帖数: 1584 | 3 是WholeCellLysate吗，看TIC可是比较Loading的多少，其他你想看什么呢？ Down/Up
Regulation? 问问帮你Run样品的人啊 最好多做几个Replicate 我每次做3个
BiologicalReplicate结果差别都很大呢 |
e****s
发帖数: 1125 | 4 搭车问专家个问题：
我想检测一个大约50kd蛋白Trypsin降解后的所有Peptides，直接跑MS，还是最好走LC-
MS/MS?
大概有40左右的片断，肽段大小都在200-4000 D。
刚做了一次试验，拿到些数据，正在琢磨怎么分析。
【在 h*****s 的大作中提到】
: 对比amount还是找新蛋白？label free一般都是要不比较MS1 intensity,要不MS2
: spectral counts。
: 还有，你前期不simplify样品，很多peptide会测不出来吧，全都ion suppression了，
: 还是，你用了很多salt cycle？
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h*****s
发帖数: 153 | 5 全部检测到是不可能的，你可以先用IEF分多几个fractions，然后跑LC－MS／MS。
analytical column可以选用mixed－beded IEX。我们组都是这么弄得，当然分离方法
很多，进LC－MS／MS前样品越简单，测得越好。 |
L****r
发帖数: 333 | 6 如果你想知道这些碎片是什么 （通常我们说的定性），你得用UPLC/HPLC-TOFMS或者
UPLC/HPLC-Orbitrap，如果有FTICR更好，这样你就能得到他们的isotopic mass （通
常我们称作精确分子量）, 注意，离子峰里面有很多是multiple-charge,你得去分析他
们， 为什么用柱子，前面的已经提到过，防止离子抑制，就是说，很多不同种类的中
性分子一道出来，在离子化的时候，有些离子被抑制掉了，这样你就得不到他们的峰，
用HPLC，他们就会一个一个地离子化，大大降低他们被抑制的可能。
然后定量，使用UPLC/HPLC-TRIPLEQUAD MS， 使用MRM，即用他们的碎片定量，一旦确
定是什么PEPTIDE，碎片就很容易得出，即使两个PEPTIDES有相同的分子量，不同结构
和相同的RETENTION TIME， 该仪器也能准确地定量他们。 |
K******S
发帖数: 10109 | 7 you will need to provide much more details in order for others to answer
this question.
【在 m******u 的大作中提到】
: 对照和处理样品，直接送整个管子去做质谱了，没跑胶。数据很大，怎么分析？
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K******S
发帖数: 10109 | 8 why do you need to detect all peptides?
LC-
【在 e****s 的大作中提到】
: 搭车问专家个问题：
: 我想检测一个大约50kd蛋白Trypsin降解后的所有Peptides，直接跑MS，还是最好走LC-
: MS/MS?
: 大概有40左右的片断，肽段大小都在200-4000 D。
: 刚做了一次试验，拿到些数据，正在琢磨怎么分析。
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w********3
发帖数: 39 | 9 你这个是很typical 的peptide mapping. 你去找个facility 都可以给你做，用
multiple enzyme digest,光用trypsin是不够的，还要Glu-c, Asp-N啥的。然后基本能
做到99-100%的recovery.当然你得有纯化的蛋白，大概需要10ug.还有质谱得是lc
coupled with orbitrap 或者qtof. FT-ICR应该不行，扫描速度太慢。
LC-
【在 e****s 的大作中提到】
: 搭车问专家个问题：
: 我想检测一个大约50kd蛋白Trypsin降解后的所有Peptides，直接跑MS，还是最好走LC-
: MS/MS?
: 大概有40左右的片断，肽段大小都在200-4000 D。
: 刚做了一次试验，拿到些数据，正在琢磨怎么分析。
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l****y
发帖数: 398 | 10 有个免费的软件maxquant, 基本的分析都可以做。
【在 m******u 的大作中提到】
: 对照和处理样品，直接送整个管子去做质谱了，没跑胶。数据很大，怎么分析？
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l****y
发帖数: 398 | 11 有个软件叫pepfinder,可以免费用两个月。适合你的情况。
LC-
【在 e****s 的大作中提到】
: 搭车问专家个问题：
: 我想检测一个大约50kd蛋白Trypsin降解后的所有Peptides，直接跑MS，还是最好走LC-
: MS/MS?
: 大概有40左右的片断，肽段大小都在200-4000 D。
: 刚做了一次试验，拿到些数据，正在琢磨怎么分析。
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