T****i
发帖数: 15191 | 1 高通量肯定有用，但也有很大的问题。
首先大量的correlation，哪些是重要的，哪些不是重要的，在不知道机理的情况下，
很难分辨。比如，并不是变化越大的就越重要，有些大的变化可能就是bystander，不
起多大作用。还有比如信号传导，下游的变化往往会更大。而你如果不知道该信号通路
，你可能就走入歧途。而如果你知道，说明高通量没产生新知识。
其次，系统太敏感，noise的问题就很大。最近做nextgen seq，结果就很烦人。
第三，很多高通量实验只是在某个时间点取样，比如肿瘤基因组学，你能拿到肿瘤的时
候，基本是中晚期了，高通量不高
通量得到的都是effect，不是cause。即使primary cause 还在，要想从那么多变化里
找到，恐怕很难，原因还是第一点，下游的变化往往会更大。不过这个不是高通量独有
的问题。
第四，你怎么知道你的通量足够大，包括你要找的关键信息？比如，你做基因组，
transcriptome，就够了？你怎么知道你不用看蛋白组，看看蛋白修饰什么的？
最后，就目前来看，高通量的产出和投入简直不成正比。那点产出，多数时候还是
confirm以前的知识或者产生一些似是而非的结果，hard to make sense。而投入很大
，挤占了很多小实验室的资金。你可以试着举出，高通量到底找到了什么里程碑式的发
现。反正我孤陋寡闻，不记得有什么。 |
l********e
发帖数: 415 | 2 你抱怨的原因，在于对高通量期望太高。
这东西，
当你确定自己要看一堆东西（比如一系列RNA）的时候，是很有用的。
当你确定自己要看很少东西的时候，是完全没用的。
当你完全不知道要看什么的时候，有可能是有用的。
简言之，你把这个当作一种普通分子生物学实验方法来看待，就没有问题了。 |
b******k
发帖数: 2321 | 3 low input, high throughput, no output 好像是Sydney Brenner说的。。
【在 T****i 的大作中提到】
: 高通量肯定有用，但也有很大的问题。
: 首先大量的correlation，哪些是重要的，哪些不是重要的，在不知道机理的情况下，
: 很难分辨。比如，并不是变化越大的就越重要，有些大的变化可能就是bystander，不
: 起多大作用。还有比如信号传导，下游的变化往往会更大。而你如果不知道该信号通路
: ，你可能就走入歧途。而如果你知道，说明高通量没产生新知识。
: 其次，系统太敏感，noise的问题就很大。最近做nextgen seq，结果就很烦人。
: 第三，很多高通量实验只是在某个时间点取样，比如肿瘤基因组学，你能拿到肿瘤的时
: 候，基本是中晚期了，高通量不高
: 通量得到的都是effect，不是cause。即使primary cause 还在，要想从那么多变化里
: 找到，恐怕很难，原因还是第一点，下游的变化往往会更大。不过这个不是高通量独有
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T****i
发帖数: 15191 | 4 我没抱怨，我也用。最近要做一个RNAseq，就是因为是一个全新的发现，完全不知道会
看到什么。不过我看很多人动则高通量也就是找了些相关性而已。
【在 l********e 的大作中提到】
: 你抱怨的原因，在于对高通量期望太高。
: 这东西，
: 当你确定自己要看一堆东西（比如一系列RNA）的时候，是很有用的。
: 当你确定自己要看很少东西的时候，是完全没用的。
: 当你完全不知道要看什么的时候，有可能是有用的。
: 简言之，你把这个当作一种普通分子生物学实验方法来看待，就没有问题了。
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l********e
发帖数: 415 | 5 人家有钱 ... 高帅富agarose都是precast的，这事没法说
【在 T****i 的大作中提到】
: 我没抱怨，我也用。最近要做一个RNAseq，就是因为是一个全新的发现，完全不知道会
: 看到什么。不过我看很多人动则高通量也就是找了些相关性而已。
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t**b
发帖数: 32 | 6
基本上大部分生物技术方面都有一些问题，要理解它们的局限性，这是其一。第二，任
何技术都是用来解决一些具体问题的，你的技术要适合具体的问题。第三，方法是死的
，人是活的，如果你觉得这个技术的局限性影响你解决具体问题，那可以尝试改进技术
。
技术非常重要，但是只有跟实际问题结合的技术才能体现它的重要性。
【在 T****i 的大作中提到】
: 高通量肯定有用，但也有很大的问题。
: 首先大量的correlation，哪些是重要的，哪些不是重要的，在不知道机理的情况下，
: 很难分辨。比如，并不是变化越大的就越重要，有些大的变化可能就是bystander，不
: 起多大作用。还有比如信号传导，下游的变化往往会更大。而你如果不知道该信号通路
: ，你可能就走入歧途。而如果你知道，说明高通量没产生新知识。
: 其次，系统太敏感，noise的问题就很大。最近做nextgen seq，结果就很烦人。
: 第三，很多高通量实验只是在某个时间点取样，比如肿瘤基因组学，你能拿到肿瘤的时
: 候，基本是中晚期了，高通量不高
: 通量得到的都是effect，不是cause。即使primary cause 还在，要想从那么多变化里
: 找到，恐怕很难，原因还是第一点，下游的变化往往会更大。不过这个不是高通量独有
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T****u
发帖数: 424 | 7 技术只是解决问题的手段
没有技术是万能的。
Highseq不只是有RNASeq
【在 T****i 的大作中提到】
: 高通量肯定有用，但也有很大的问题。
: 首先大量的correlation，哪些是重要的，哪些不是重要的，在不知道机理的情况下，
: 很难分辨。比如，并不是变化越大的就越重要，有些大的变化可能就是bystander，不
: 起多大作用。还有比如信号传导，下游的变化往往会更大。而你如果不知道该信号通路
: ，你可能就走入歧途。而如果你知道，说明高通量没产生新知识。
: 其次，系统太敏感，noise的问题就很大。最近做nextgen seq，结果就很烦人。
: 第三，很多高通量实验只是在某个时间点取样，比如肿瘤基因组学，你能拿到肿瘤的时
: 候，基本是中晚期了，高通量不高
: 通量得到的都是effect，不是cause。即使primary cause 还在，要想从那么多变化里
: 找到，恐怕很难，原因还是第一点，下游的变化往往会更大。不过这个不是高通量独有
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W***o
发帖数: 6519 | 8 难道低通量的东西能更好的分辨出cause and effect?
【在 T****i 的大作中提到】
: 高通量肯定有用，但也有很大的问题。
: 首先大量的correlation，哪些是重要的，哪些不是重要的，在不知道机理的情况下，
: 很难分辨。比如，并不是变化越大的就越重要，有些大的变化可能就是bystander，不
: 起多大作用。还有比如信号传导，下游的变化往往会更大。而你如果不知道该信号通路
: ，你可能就走入歧途。而如果你知道，说明高通量没产生新知识。
: 其次，系统太敏感，noise的问题就很大。最近做nextgen seq，结果就很烦人。
: 第三，很多高通量实验只是在某个时间点取样，比如肿瘤基因组学，你能拿到肿瘤的时
: 候，基本是中晚期了，高通量不高
: 通量得到的都是effect，不是cause。即使primary cause 还在，要想从那么多变化里
: 找到，恐怕很难，原因还是第一点，下游的变化往往会更大。不过这个不是高通量独有
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r****l
发帖数: 6 | 9 deep-sequencing的数据质量比microarray好多了。做为新技术，成果和贡献的出现要
一个过程。
最近不少用deep-sequencing做出的有趣发现，比如这个：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24106303。 |
a***e
发帖数: 1010 | 10 其实只有 forward genetic screening才是真实的。 活活 |
w********r
发帖数: 1431 | 11 别着急，
genomics这个领域里越来越多的functional study就要出来了。
【在 T****i 的大作中提到】
: 我没抱怨，我也用。最近要做一个RNAseq，就是因为是一个全新的发现，完全不知道会
: 看到什么。不过我看很多人动则高通量也就是找了些相关性而已。
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b******k
发帖数: 2321 | 12 re！哈哈
【在 a***e 的大作中提到】
: 其实只有 forward genetic screening才是真实的。 活活
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c********e
发帖数: 598 | 13
Can you talk more about "sensitivity" "noise" in your RNAseq?
What did you see?
【在 T****i 的大作中提到】
: 高通量肯定有用，但也有很大的问题。
: 首先大量的correlation，哪些是重要的，哪些不是重要的，在不知道机理的情况下，
: 很难分辨。比如，并不是变化越大的就越重要，有些大的变化可能就是bystander，不
: 起多大作用。还有比如信号传导，下游的变化往往会更大。而你如果不知道该信号通路
: ，你可能就走入歧途。而如果你知道，说明高通量没产生新知识。
: 其次，系统太敏感，noise的问题就很大。最近做nextgen seq，结果就很烦人。
: 第三，很多高通量实验只是在某个时间点取样，比如肿瘤基因组学，你能拿到肿瘤的时
: 候，基本是中晚期了，高通量不高
: 通量得到的都是effect，不是cause。即使primary cause 还在，要想从那么多变化里
: 找到，恐怕很难，原因还是第一点，下游的变化往往会更大。不过这个不是高通量独有
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T****i
发帖数: 15191 | 14 不是RNAseq，是exon capture。正要做RNAseq
【在 c********e 的大作中提到】
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: Can you talk more about "sensitivity" "noise" in your RNAseq?
: What did you see?
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