t**l
发帖数: 109 | 1 cohesin原本是cell biologist在细胞分裂做的东西，现在搞的和CTCF一起做chip-seq
，和epigenetic还有transcription factor, 3d genome连在一起，是不是以后的一个
热点啊。CELL上的cohesion paper还挺多，都是从transcription这个角度，还不是从
染色体分离的角度。 |
d****7
发帖数: 109 | 2 在ChIP-seq里，这俩一直都很火啊，尤其是CTCF，感觉仅次于histone和pol II
我对Jussi Taipale那篇文章很无语。。。。。。
seq
【在 t**l 的大作中提到】
: cohesin原本是cell biologist在细胞分裂做的东西，现在搞的和CTCF一起做chip-seq
: ，和epigenetic还有transcription factor, 3d genome连在一起，是不是以后的一个
: 热点啊。CELL上的cohesion paper还挺多，都是从transcription这个角度，还不是从
: 染色体分离的角度。
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t**l
发帖数: 109 | |
u*********1
发帖数: 2518 | 4 不了解
但就一个印象：你去看ENCODE的annotation，到处都是CTCF binding site
seq
【在 t**l 的大作中提到】
: cohesin原本是cell biologist在细胞分裂做的东西，现在搞的和CTCF一起做chip-seq
: ，和epigenetic还有transcription factor, 3d genome连在一起，是不是以后的一个
: 热点啊。CELL上的cohesion paper还挺多，都是从transcription这个角度，还不是从
: 染色体分离的角度。
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b****r
发帖数: 17995 | 5 这里面的重要功能肯定是很多的，promoter那么大，怎么调控的，靠近的几个基因为什
么有时候一起表达有时候又完全独立表达，不同细胞里同一个基因是怎么被不同的调控
的，这其中有很多重要的生物问题和医学问题 |
A******u
发帖数: 61 | 6 主要是这货跟染色体的高级结构有关吧
热色体并不是一根直线，而是一团缠着的线，CTCF可以把远距离的两段连在一起，调控
基因表达。
直线式的染色体结构和调控已经研究得差不多了，有很多现象不能解释或者需要更深入
地研究，所以就转到3D结构和调控上来了。就像牛顿时空观到爱因斯坦时空观，科学范
式转换。
seq
【在 t**l 的大作中提到】
: cohesin原本是cell biologist在细胞分裂做的东西，现在搞的和CTCF一起做chip-seq
: ，和epigenetic还有transcription factor, 3d genome连在一起，是不是以后的一个
: 热点啊。CELL上的cohesion paper还挺多，都是从transcription这个角度，还不是从
: 染色体分离的角度。
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A******u
发帖数: 61 | 7 跟高级结构有关吧。基因和调控元件应该不是示意图画的一根直线，而是立体的。
【在 b****r 的大作中提到】
: 这里面的重要功能肯定是很多的，promoter那么大，怎么调控的，靠近的几个基因为什
: 么有时候一起表达有时候又完全独立表达，不同细胞里同一个基因是怎么被不同的调控
: 的，这其中有很多重要的生物问题和医学问题
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t**l
发帖数: 109 | 8 感觉挺有意思的。这么说染色质的空间地理位置决定了自主性的基因调控。
这些地理位置的建立和维持源自于DNA本身的一些CTCF binding motif和结构蛋白
cohesin这类蛋白的帮助。 |
L*******a
发帖数: 293 | 9 我觉得这个会是一个热点。一方面是因为technologically practical，技术进步让大
家能够从仅研究一维/线性的调控扩展到研究三维/长程的调控；另一方面三维调控本身
是个biologically interesting的问题。cohensin，CTCF这些调控因子影响到细胞核内
subdomain的形成。从线性角度的chromatin regulator binding在更高的维度上有long
range interaction。Actively transcribed基因在三维空间上互相靠近，形成co-
transcription中心。类似的，facultative heterochromatin里的repress基因也会相
互靠近，叫polycomb body。是higher-order chromatin structure水平的调控。
seq
【在 t**l 的大作中提到】
: cohesin原本是cell biologist在细胞分裂做的东西，现在搞的和CTCF一起做chip-seq
: ，和epigenetic还有transcription factor, 3d genome连在一起，是不是以后的一个
: 热点啊。CELL上的cohesion paper还挺多，都是从transcription这个角度，还不是从
: 染色体分离的角度。
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L*******a
发帖数: 293 | 10 一是因为CTCF的确重要；另一个是因为CTCF的抗体非常非常好，几乎是你能看到的最漂
亮的ChIP-seq峰图，lol。是评估各类peak calling工具call punctate peak效果的标
准TF。。。
【在 u*********1 的大作中提到】
: 不了解
: 但就一个印象：你去看ENCODE的annotation，到处都是CTCF binding site
:
: seq
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l**********1
发帖数: 5204 | 11 key words:
5fC; 5 caC; pre-mRNA splicing; Pol II; hetrochromatin or H4K20
cited from
Nat Struct Mol Biol. 19: 1061-4. (2012).
New functions for DNA modifications by TET-JBP.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23132381
>the ability of 5fC and 5caC to decrease the transcription elongation rate
of Pol >II may facilitate the interaction of Pol II with diverse
transcription elongation factors, chromatin regulators, histone-modifying
enzymes and factors involved in pre-mRNA splicing. Shukla et al.34 showed
that a DNA-binding protein, CTCF, could promote the inclusion of exons
flanked by weak splice sites by reducing the rate of Pol II–mediated
transcription. This effect could be inhibited by DNA methylation at CTCF-
binding sites, which decreases CTCF binding. Thus, the presence of 5fC and
5caC within exons or near exon-intron boundaries could potentially alter the
patterns of pre-mRNA splicing by promoting exon inclusion or exclusion (Fig
. 3b).
more please refer below figure
or
one 2012 Univ Glasgow PhD dissertation:
HTTP double dot//theses.gla.ac.uk/3929/1/2012Korfiphd.pdf
【在 t**l 的大作中提到】
: 感觉挺有意思的。这么说染色质的空间地理位置决定了自主性的基因调控。
: 这些地理位置的建立和维持源自于DNA本身的一些CTCF binding motif和结构蛋白
: cohesin这类蛋白的帮助。
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