f*****f
发帖数: 195 | 1 问：
两个蛋白结合，pdb结构已知，有能预测binding site的方法或软件么？谢谢。 |
C*******e
发帖数: 4348 | 2 Rosetta
不过Rosetta不是一个非常user friendly的程序
当然还要有些别的扶助的信息
比如map conservation onto structure
看有没有那些地方高度保守
很有可能那些区域比较重要，更有可能involve protein-protein interaction
【在 f*****f 的大作中提到】
: 问：
: 两个蛋白结合，pdb结构已知，有能预测binding site的方法或软件么？谢谢。
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f*****f
发帖数: 195 | 3 好吧，谢谢。连安装也不会，有没有傻瓜一点的？
【在 C*******e 的大作中提到】
: Rosetta
: 不过Rosetta不是一个非常user friendly的程序
: 当然还要有些别的扶助的信息
: 比如map conservation onto structure
: 看有没有那些地方高度保守
: 很有可能那些区域比较重要，更有可能involve protein-protein interaction
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C*******e
发帖数: 4348 | 4 如果两个蛋白都功能已知，从那个角度来找interaction motif吧
如果别的信息都没有
我可能会先map conservation onto structure看看
【在 f*****f 的大作中提到】
: 好吧，谢谢。连安装也不会，有没有傻瓜一点的？
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f*****f
发帖数: 195 | 5 谢谢，不过功能信息很少。
map conservation onto structure 是什么意思？是说interaction surface一般很保
守？
以clathrin 为例，如果仅仅知道heavy chain 和 light chain单独结构，在clathrin
complex结构解析出来之前，如果没有生化实验验证，可以大致预测出两者如何结合么？
【在 C*******e 的大作中提到】
: 如果两个蛋白都功能已知，从那个角度来找interaction motif吧
: 如果别的信息都没有
: 我可能会先map conservation onto structure看看
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C*******e
发帖数: 4348 | 6 map conservation onto structure参看这个
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12499312
他们有online server
基本上就是对每个residue position会按照保守－不保守给个grade，0－9
然后每个grade用颜色区分，
应用在pdb结构上以后就能很直观的看到哪些地方更保守，哪些地方不保守
对于protein-protein interaction partners来说
两者共同进化
用这样的方法可能得到一些启发
但如果是抗原－抗体这种，这样的assumption就不成立了
此外不管是什么预测手段，都只是预测，没有别的试验佐证，都不好说到底预测对不对啊
clathrin
么？
【在 f*****f 的大作中提到】
: 谢谢，不过功能信息很少。
: map conservation onto structure 是什么意思？是说interaction surface一般很保
: 守？
: 以clathrin 为例，如果仅仅知道heavy chain 和 light chain单独结构，在clathrin
: complex结构解析出来之前，如果没有生化实验验证，可以大致预测出两者如何结合么？
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a******k
发帖数: 1190 | 7 Recommend my servers: PredUs and PrePPI
http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_public/index.php/Softwar
http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_public/index.php/Softwar
the first one predicts protein interface from monomer structures
and the second one tries to predict protein-protein interaction models from
two structures |
s***m
发帖数: 6197 | 8 可以用protein-protein docking来预测
一下的链接里有些相关的软件
http://zlab.umassmed.edu/zlab/protein.shtml
【在 f*****f 的大作中提到】
: 问：
: 两个蛋白结合，pdb结构已知，有能预测binding site的方法或软件么？谢谢。
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f*****f
发帖数: 195 | 9 好的，非常感谢。
【在 C*******e 的大作中提到】
: map conservation onto structure参看这个
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12499312
: 他们有online server
: 基本上就是对每个residue position会按照保守－不保守给个grade，0－9
: 然后每个grade用颜色区分，
: 应用在pdb结构上以后就能很直观的看到哪些地方更保守，哪些地方不保守
: 对于protein-protein interaction partners来说
: 两者共同进化
: 用这样的方法可能得到一些启发
: 但如果是抗原－抗体这种，这样的assumption就不成立了
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f*****f
发帖数: 195 | 10 Thx a lot.
from
【在 a******k 的大作中提到】
: Recommend my servers: PredUs and PrePPI
: http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_public/index.php/Softwar
: http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_public/index.php/Softwar
: the first one predicts protein interface from monomer structures
: and the second one tries to predict protein-protein interaction models from
: two structures
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f*****f
发帖数: 195 | 11 谢谢，我看看
【在 s***m 的大作中提到】
: 可以用protein-protein docking来预测
: 一下的链接里有些相关的软件
: http://zlab.umassmed.edu/zlab/protein.shtml
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s********n
发帖数: 2939 | |
