f*****f 发帖数: 195 | 1 问:
两个蛋白结合,pdb结构已知,有能预测binding site的方法或软件么?谢谢。 |
C*******e 发帖数: 4348 | 2 Rosetta
不过Rosetta不是一个非常user friendly的程序
当然还要有些别的扶助的信息
比如map conservation onto structure
看有没有那些地方高度保守
很有可能那些区域比较重要,更有可能involve protein-protein interaction
【在 f*****f 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 问: : 两个蛋白结合,pdb结构已知,有能预测binding site的方法或软件么?谢谢。
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f*****f 发帖数: 195 | 3 好吧,谢谢。连安装也不会,有没有傻瓜一点的?
【在 C*******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Rosetta : 不过Rosetta不是一个非常user friendly的程序 : 当然还要有些别的扶助的信息 : 比如map conservation onto structure : 看有没有那些地方高度保守 : 很有可能那些区域比较重要,更有可能involve protein-protein interaction
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C*******e 发帖数: 4348 | 4 如果两个蛋白都功能已知,从那个角度来找interaction motif吧
如果别的信息都没有
我可能会先map conservation onto structure看看
【在 f*****f 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 好吧,谢谢。连安装也不会,有没有傻瓜一点的?
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f*****f 发帖数: 195 | 5 谢谢,不过功能信息很少。
map conservation onto structure 是什么意思?是说interaction surface一般很保
守?
以clathrin 为例,如果仅仅知道heavy chain 和 light chain单独结构,在clathrin
complex结构解析出来之前,如果没有生化实验验证,可以大致预测出两者如何结合么?
【在 C*******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 如果两个蛋白都功能已知,从那个角度来找interaction motif吧 : 如果别的信息都没有 : 我可能会先map conservation onto structure看看
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C*******e 发帖数: 4348 | 6 map conservation onto structure参看这个
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12499312
他们有online server
基本上就是对每个residue position会按照保守-不保守给个grade,0-9
然后每个grade用颜色区分,
应用在pdb结构上以后就能很直观的看到哪些地方更保守,哪些地方不保守
对于protein-protein interaction partners来说
两者共同进化
用这样的方法可能得到一些启发
但如果是抗原-抗体这种,这样的assumption就不成立了
此外不管是什么预测手段,都只是预测,没有别的试验佐证,都不好说到底预测对不对啊
clathrin
么?
【在 f*****f 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 谢谢,不过功能信息很少。 : map conservation onto structure 是什么意思?是说interaction surface一般很保 : 守? : 以clathrin 为例,如果仅仅知道heavy chain 和 light chain单独结构,在clathrin : complex结构解析出来之前,如果没有生化实验验证,可以大致预测出两者如何结合么?
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a******k 发帖数: 1190 | 7 Recommend my servers: PredUs and PrePPI
http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_public/index.php/Softwar
http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_public/index.php/Softwar
the first one predicts protein interface from monomer structures
and the second one tries to predict protein-protein interaction models from
two structures |
s***m 发帖数: 6197 | 8 可以用protein-protein docking来预测
一下的链接里有些相关的软件
http://zlab.umassmed.edu/zlab/protein.shtml
【在 f*****f 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 问: : 两个蛋白结合,pdb结构已知,有能预测binding site的方法或软件么?谢谢。
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f*****f 发帖数: 195 | 9 好的,非常感谢。
【在 C*******e 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : map conservation onto structure参看这个 : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12499312 : 他们有online server : 基本上就是对每个residue position会按照保守-不保守给个grade,0-9 : 然后每个grade用颜色区分, : 应用在pdb结构上以后就能很直观的看到哪些地方更保守,哪些地方不保守 : 对于protein-protein interaction partners来说 : 两者共同进化 : 用这样的方法可能得到一些启发 : 但如果是抗原-抗体这种,这样的assumption就不成立了
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f*****f 发帖数: 195 | 10 Thx a lot.
from
【在 a******k 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : Recommend my servers: PredUs and PrePPI : http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_public/index.php/Softwar : http://wiki.c2b2.columbia.edu/honiglab_public/index.php/Softwar : the first one predicts protein interface from monomer structures : and the second one tries to predict protein-protein interaction models from : two structures
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f*****f 发帖数: 195 | 11 谢谢,我看看
【在 s***m 的大作中提到】![](/moin_static193/solenoid/img/up.png) : 可以用protein-protein docking来预测 : 一下的链接里有些相关的软件 : http://zlab.umassmed.edu/zlab/protein.shtml
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s********n 发帖数: 2939 | |