t**********a
发帖数: 14 | 1 knockdown某基因后3天细胞开始死亡，最后基本死光，剩下很少部分。
大家遇到过这个情况吗？求解？
这个基因研究较少，不知道该从哪些方面去考虑。 |
A******y
发帖数: 2041 | 2 That's pretty good. Not so many siRNA (I assume) knockdown actually kill
cells. Most of them just anti-preoperative. |
F*Q
发帖数: 3259 | 3 这种基因应该很多吧？我最近做的那个东西，我认为其调控基因就应该属于那一类。可
惜没机会把那个基因给找出来。
【在 t**********a 的大作中提到】
: knockdown某基因后3天细胞开始死亡，最后基本死光，剩下很少部分。
: 大家遇到过这个情况吗？求解？
: 这个基因研究较少，不知道该从哪些方面去考虑。
|
t**********a
发帖数: 14 | 4 我用的lentivirus 感染而不是siRNA。
lentivirus感染后第二天换液，不加puromycin筛选，前2天细胞长得好好的，3天后细
胞开始减少，而对照一直长得好。
如果加pyromycin筛选的话3-5天后细胞开始减少（未感染的blank细胞在加puromycin后
第二天几乎全死光），直到剩下寥寥无几（估计是感染效率不高的细胞），得1-2周后
才慢慢长满，此时细胞生长仍然慢于对照细胞。
【在 A******y 的大作中提到】
: That's pretty good. Not so many siRNA (I assume) knockdown actually kill
: cells. Most of them just anti-preoperative.
|
f******g
发帖数: 1003 | 5 针对这个基因，你应该试更多的shRNA，防止offtarget。
另外，多重复，因为整合位点也有可能是细胞死亡的原因之一。 |
f******g
发帖数: 1003 | 6 这个基因敲除小鼠能买到吗？
如果胚胎致死的话，可以自己做条件敲除小鼠，很好的课题，但是就是比较费时间 |
c*******4
发帖数: 154 | 7 对于cancer领域来说，这是一个非常不错的原始数据，值得跟进。如上所说，你必须验
证这个现象。我觉得最好的办法是能搞到inducible的shRNA，看看open biosystem的网
站，他们有pTRIPZ一类的inducible的shRNA。 |
t**********a
发帖数: 14 | |
d********m
发帖数: 3662 | 9 关键下一步怎么做？别人都给你这么多建议了，也该自己动动脑子了吧？别人帮你设计
实验然后你take credit?世界上有这么好的事情？ |
S*********s
发帖数: 304 | 10 There are lots of genes which are essential to cell survival.
I do not think you should go for it just because of cell death unless you
have other data.
According to genome-wide screen data I got, there are 100-300 genes are
required for cell survival(knockdown cause 70% death).
你要问自己一个问题，做这个课题的目的是什么。不然做着做着就lost了。
【在 t**********a 的大作中提到】
: knockdown某基因后3天细胞开始死亡，最后基本死光，剩下很少部分。
: 大家遇到过这个情况吗？求解？
: 这个基因研究较少，不知道该从哪些方面去考虑。
|
|
|
t**********a
发帖数: 14 | 11 刚开始接触分子生物方面，很多地方不懂，也没有什么头绪，请大家多多指教
【在 d********m 的大作中提到】
: 关键下一步怎么做？别人都给你这么多建议了，也该自己动动脑子了吧？别人帮你设计
: 实验然后你take credit?世界上有这么好的事情？
|
a*******n
发帖数: 156 | |
q******g
发帖数: 3858 | 13 我觉得这是正解。
【在 c*******4 的大作中提到】
: 对于cancer领域来说，这是一个非常不错的原始数据，值得跟进。如上所说，你必须验
: 证这个现象。我觉得最好的办法是能搞到inducible的shRNA，看看open biosystem的网
: 站，他们有pTRIPZ一类的inducible的shRNA。
|
q******g
发帖数: 3858 | 14 我觉得你应该先做western，看看你的目的基因表达是否降低。你说，只是生长慢于对
照细胞，很有可能是抑制细胞生长。你可以先用筛选后的细胞来做些试验，MTT，
AnnexinV，cell cycle, colony之类的，看看是否引起apoptosis还是作用于cell
cycle。然后可以做个xenograft看看。从机理上，你要看看这个蛋白调控什么信号通路
，或者和哪些蛋白作用。
如果引起细胞死亡，我还是觉得用inducible system比较好。
【在 t**********a 的大作中提到】
: 我用的lentivirus 感染而不是siRNA。
: lentivirus感染后第二天换液，不加puromycin筛选，前2天细胞长得好好的，3天后细
: 胞开始减少，而对照一直长得好。
: 如果加pyromycin筛选的话3-5天后细胞开始减少（未感染的blank细胞在加puromycin后
: 第二天几乎全死光），直到剩下寥寥无几（估计是感染效率不高的细胞），得1-2周后
: 才慢慢长满，此时细胞生长仍然慢于对照细胞。
|
t*****2
发帖数: 213 | |
j*********o
发帖数: 237 | |
