l*******i
发帖数: 153 | 1 版里有做lncRNA的牛人吗？小弟请教两个问题：
（1）lncRNA的序列和二级结构的保守性如何？目前我得到一组lncRNA，在某肿瘤组织
中特异性高表达，有趣的是，它们有很相似的序列。不知这是否有值得深挖的价值没？
怎么初步验证这些相似的序列的潜在功能？
（2）lncRNA的功能研究，目前多集中在转录调节方面，有翻译后调节的model没？
谢谢! |
j****x
发帖数: 1704 | 2 1. 目前没有定论，从先期研究的这些lncRNA来看，整体上序列的保守性不如结构的保
守性强。相似序列可能是来自于同一起源的多个psudogene derived lncRNA，个人猜测哈
2. 转录调节，转录后调节的例子都有。翻译后调节，目前还不多见吧，参与chromatin
remodeling complexes相互作用修饰histone不知道能不能算。
【在 l*******i 的大作中提到】
: 版里有做lncRNA的牛人吗？小弟请教两个问题：
: （1）lncRNA的序列和二级结构的保守性如何？目前我得到一组lncRNA，在某肿瘤组织
: 中特异性高表达，有趣的是，它们有很相似的序列。不知这是否有值得深挖的价值没？
: 怎么初步验证这些相似的序列的潜在功能？
: （2）lncRNA的功能研究，目前多集中在转录调节方面，有翻译后调节的model没？
: 谢谢!
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l*******i
发帖数: 153 | 3 psudogene?
能举个例子或展开讲讲吗？
测哈
chromatin
【在 j****x 的大作中提到】
: 1. 目前没有定论，从先期研究的这些lncRNA来看，整体上序列的保守性不如结构的保
: 守性强。相似序列可能是来自于同一起源的多个psudogene derived lncRNA，个人猜测哈
: 2. 转录调节，转录后调节的例子都有。翻译后调节，目前还不多见吧，参与chromatin
: remodeling complexes相互作用修饰histone不知道能不能算。
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j****x
发帖数: 1704 | 4 手边没有现成的例子，只是个人的猜测
pseudogene能够转录不算新闻了，某种意义上，这些transcripts也可以算ncRNA，甚至
是有调控功能的，这方面已经有一些报道了。另一方面，pseudogene往往是成簇的，虽
然由于选择压力的大幅降低（如果不是完全消失得话），各自会累积不同的突变，但彼
此仍然保持很高的序列相似性是必然的。
我个人怀疑，ENCODE里很多新发现的lncRNA，其实可能就是源自pseudogene的转录产物
，我想这块应该有人正在相关数据分析吧
【在 l*******i 的大作中提到】
: psudogene?
: 能举个例子或展开讲讲吗？
:
: 测哈
: chromatin
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w********r
发帖数: 1431 | 5 自己找几片review看看就是啦，比如howard chang写的
比这么问靠谱和全面多了 |
S*******e
发帖数: 94 | 6 我建议您应该做很多个RNAi，如果有几个有表型的long ncRNA，那你就继续做机理。
如果没表型，又没有酶活，又没domain，这样你再说进化，功能，调控，机制等等那就
只是discussion points。
long ncRNA不象是protein-coding genes，pc genes大部分都保守，只要再有个domain
prediction大概就能猜出来在那个水平起作用，再搞个genetics evidence，做个生化
实验，profile
下游，就能拉几个可能性然后弄个story凑合发表了。
而long ncRNA，首先大部分就不保守，有没有功能这就是个大问号。你拿到了表型也没
有story啊，而不拿到表型就更难讲了。
不过话虽如此，这正是因为有这么多不确定性，这个领域才有趣。 |
l**********1
发帖数: 5204 | 7 Re LZ
pls go to
one RNA-seq blog
one topic:
Long noncoding RNAs in pathogenesis
web link:
http://www.rna-seqblog.com/
LncRNAs (pronounced “link”) are long non-coding RNAs that are emerging as
important regulators of gene expression in biological processes and diseases
. In this issue of the Journal of Clinical Investigation, two papers connect
lncRNAs to inherited conditions in humans.
Sylvia B-hring and colleagues at the Experimental and Clinical Research
Center in Berlin found a chromosomal translocation that disrupts the
expression of a lncRNA. This disruption alters the expression of the genes
PTHLH and SOX9 and results in brachydactyly, an inherited malformation of
the fingers and toes. HELLP syndrome, a group of symptoms occurring in
pregnant women that lead to pre-term delivery, was also found to be caused
by a lncRNA.
Researchers led by Cees Oudejans at the VU University Medical Center in
Amsterdam identified a lncRNA on chromosome 12 that activated a set of genes
which control the development of the placenta.
(read more at:
J Clin Invest 122(11):4003-11.
or
J Clin Invest 122(11):3990-4002.
plus one cent:
while knock down either lncRNA or SOX9 within Yamanaka iPS generated cancer
risk positive cells, then next what happened ? could we reduce that cancer
risk?
References:
I
iPS研究陷入瓶颈阶段
web link:
http://www.ebiotrade.com/custom/ebiotrade/zt/110524/index.htm
II
KLF4 and SOX9 transcription factors antagonize β-catenin and inhibit TCF-
activity in cancer cells.
web link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22766303
III
Induction of pluripotent stem cells from adult human fibroblasts by defined
factors.
cited:
the generation of iPS cells from adult human dermal fibroblasts with the
same four factors: Oct3/4, Sox2, Klf4, and c-Myc.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18035408 |
