l*******i
发帖数: 153 | 1 现在得到一些candidate genes，这些基因的转录调控和可能与DNA甲基化有关。能否把
这些基因放在一起分析，如何量化不同细胞内这些基因的甲基化水平？ |
s******s
发帖数: 13035 | 2 多少细胞多少基因啊？做pcr的或者whole genome的bisulfite seq
【在 l*******i 的大作中提到】
: 现在得到一些candidate genes，这些基因的转录调控和可能与DNA甲基化有关。能否把
: 这些基因放在一起分析，如何量化不同细胞内这些基因的甲基化水平？
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l*******i
发帖数: 153 | 3 两种细胞，一个正常细胞，一个是癌细胞株。现在得到70多个candidates，与某种现象
有很强的相关性，而且在癌细胞株中全部高表达。简单地在UCSC browser里看了一下，
在癌细胞株中，这些基因的启动子区似乎hypomethylation。我现在想把甲基化的数据
量化、图示话，最好能cluster。
【在 s******s 的大作中提到】
: 多少细胞多少基因啊？做pcr的或者whole genome的bisulfite seq
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g**********y
发帖数: 423 | 4 are these genes related to cell cycle? |
s******s
发帖数: 13035 | 5 不知道怎么cluster. 2kb upstream TSS, 分20个bin, 平均一下，做两个curve不就行
了？
【在 l*******i 的大作中提到】
: 两种细胞，一个正常细胞，一个是癌细胞株。现在得到70多个candidates，与某种现象
: 有很强的相关性，而且在癌细胞株中全部高表达。简单地在UCSC browser里看了一下，
: 在癌细胞株中，这些基因的启动子区似乎hypomethylation。我现在想把甲基化的数据
: 量化、图示话，最好能cluster。
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