k****n
发帖数: 42 | 1 本人刚开始做CHIP。 现在遇到一情况：虽然我的INPUT各种PRIMERS的CT相似，但是我
的IGG在不同的PRIMERS中CT相差非常大。
实际的数据如下：
negative control primers: Igg DeltaDelta CT: 0.000126; my antibody
DeltaDelta CT: 0.002845.
positive control primers: Igg DeltaDelta CT: 0.00031; my antibody
DeltaDelta CT: 0.055.
my sample primers: Igg DeltaDelta CT: 0.035; my antibody DeltaDelta CT：0.51
我觉得不是PRIMERS的EFFICIENCY的问题，毕竟INPUT的CT很相似。
所以我不知道这个数据是否正常。还有，最后怎么做数据分析？ 也就是要发PAPER的话
，该如何处理这些数据？ 谢谢了！ |
j***x
发帖数: 1469 | 2 IgG会结合在基因组很多地方， 特别是（GA）n, (GAA)n这些地方，而且出奇地强。
be careful！ |
w********r
发帖数: 1431 | 3 negative control primer的选择还是很tricky的.
同样的IgG和Ab的sample,
有些negative ctrl的primer就很好，有些primer不管怎样都会有signal，很恼火。。
。你可以试着选择intron的地方设计primer试试看。
至于结果分析，你可以去找几份最新的ChIP的paper看看，
用qPCR sample（IgG和Ab）的CT值和1%input DNA CT值，
算出分别是1% Input的多少倍。然后再算ab vs IgG有多少倍的enrichment |
