g**v
发帖数: 345 | 1 对翻译的调控机制仅知皮毛，想在这里请教一下大家怎么入手及继续现在面临的一个很可能涉及翻译调控的比较初级的问题。
先简单描述一下已有的结果和分析：A基因突变后，B基因的转录没有改变（RT-PCR及reporter assay), 但B蛋白却没有出现（抗体免疫荧光）。
在特定的发育阶段，B要在一些细胞里表达的. 而在A LOF的动物里，尽管B依然可以转录，但却没有蛋白出来。所以B翻译后被降解的可能性应该很小，我们认为A 调控了B 的翻译。
因为A还算个很popular的基因，它是否参与翻译是大家还不知道的，所以我想顺着目前的结果往下做一做。这里想向大家请教的是该怎么往下做呢？确证翻译水平的调控还要做点什么吗？如果是翻译的调控，可能是怎么调控的呢，怎么回答这个问题呢？
（A 是个转录因子.研究对象是果蝇）。
不知信息提供的可充分？任何批评或建议性的意见都欢迎并感谢。 |
y**********n
发帖数: 478 | |
y**********n
发帖数: 478 | |
n******u
发帖数: 418 | 4 我也想知道为什么关于translation regulation的研究普遍比较少？ |
r*******y
发帖数: 48 | 5 one question: "mutation of A gene" means that it is only a point mutation
that changes the function of A (either increase or decrease), or just measn
loss of function?
很可能涉及翻译调控的比较初级的问题。
reporter assay), 但B蛋白却没有出现（抗体免疫荧光）。
转录，但却没有蛋白出来。所以B翻译后被降解的可能性应该很小，我们认为A 调控了B
的翻译。
前的结果往下做一做。这里想向大家请教的是该怎么往下做呢？确证翻译水平的调控还
要做点什么吗？如果是翻译的调控，可能是怎么调控的呢，怎么回答这个问题呢？
【在 g**v 的大作中提到】
: 对翻译的调控机制仅知皮毛，想在这里请教一下大家怎么入手及继续现在面临的一个很可能涉及翻译调控的比较初级的问题。
: 先简单描述一下已有的结果和分析：A基因突变后，B基因的转录没有改变（RT-PCR及reporter assay), 但B蛋白却没有出现（抗体免疫荧光）。
: 在特定的发育阶段，B要在一些细胞里表达的. 而在A LOF的动物里，尽管B依然可以转录，但却没有蛋白出来。所以B翻译后被降解的可能性应该很小，我们认为A 调控了B 的翻译。
: 因为A还算个很popular的基因，它是否参与翻译是大家还不知道的，所以我想顺着目前的结果往下做一做。这里想向大家请教的是该怎么往下做呢？确证翻译水平的调控还要做点什么吗？如果是翻译的调控，可能是怎么调控的呢，怎么回答这个问题呢？
: （A 是个转录因子.研究对象是果蝇）。
: 不知信息提供的可充分？任何批评或建议性的意见都欢迎并感谢。
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g**v
发帖数: 345 | 6 今天早上也想起要说明这地点：其它的蛋白的翻译是正常的，就是A是特定的影响B的翻
译，不是影响普遍的翻译。
另外A是 Loss of Function.
是否影响折叠？这个还真不知道，不排除这个可能，只是认为翻译水平的可能性大。
【在 y**********n 的大作中提到】
: A突变后还有其他蛋白没出现没？
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g**v
发帖数: 345 | |
c**i
发帖数: 265 | 8 HIV TAT protein 可以通过结合target mRNA的 5‘UTR来激活translation。
在TAT不在的情况下，tagerted mRNA5’UTR形成一个能量很低的发卡结构，ribosome
不能read through。
ref Mechanism of HIV-1 Tat RNA translation and its activation by the Tat
protein。
一个例子仅供参考。 |
s******y
发帖数: 28562 | 9 因为很难做。
尤其是co-translational processing,目前没有什么好的技术可以用，都是用间接
方法来做，特别不直观。
【在 n******u 的大作中提到】
: 我也想知道为什么关于translation regulation的研究普遍比较少？
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s******y
发帖数: 28562 | 10 首先，你必须用Northern Blot 来正式证实一下mRNA of Protein B 的确没有受影响。
光有RT-PCR or promoter reporter assay 是不行的，因为还有一个alternative
splicing的可能性你们还没有排除。在完全澄清之前最好不要贸然往translation regulation 做。
第二，如果你们的结果是对的话，下面会有很多有趣的东西，但是难度也不小。
你们的蛋白最有可能的是一个释放压制RNA表达的因子。
比方说 zip code binding protein(ZBP)这个蛋白是抑制RNA translation 的。然后
有其他蛋白可以释放这个ZBP而让蛋白开始表达。你们的这个蛋白A就有可能是类似这个
释放因子。
类似的还有一些蛋白，可以释放miRNA而使得某些蛋白可以进行翻译。
要知道更多的信息的话可以去查"release of translation repression"
很可能涉及翻译调控的比较初级的问题。
reporter assay), 但B蛋白却没有出现（抗体免疫荧光）。
转录，但却没有蛋白出来。所以B翻译后被降解或其它修饰的可能性应该很小，我们认
为A 调控了B 的翻译。另外细胞其它蛋白依然正常表达，所以A对B的调控应该是特异性
的。
前的结果往下做一做。这里想向大家请教的是该怎么往下做呢？确证翻译水平的调控还
要做点什么吗？如果是翻译的调控，可能是怎么调控的呢，怎么回答这个问题呢？
【在 g**v 的大作中提到】
: 对翻译的调控机制仅知皮毛，想在这里请教一下大家怎么入手及继续现在面临的一个很可能涉及翻译调控的比较初级的问题。
: 先简单描述一下已有的结果和分析：A基因突变后，B基因的转录没有改变（RT-PCR及reporter assay), 但B蛋白却没有出现（抗体免疫荧光）。
: 在特定的发育阶段，B要在一些细胞里表达的. 而在A LOF的动物里，尽管B依然可以转录，但却没有蛋白出来。所以B翻译后被降解的可能性应该很小，我们认为A 调控了B 的翻译。
: 因为A还算个很popular的基因，它是否参与翻译是大家还不知道的，所以我想顺着目前的结果往下做一做。这里想向大家请教的是该怎么往下做呢？确证翻译水平的调控还要做点什么吗？如果是翻译的调控，可能是怎么调控的呢，怎么回答这个问题呢？
: （A 是个转录因子.研究对象是果蝇）。
: 不知信息提供的可充分？任何批评或建议性的意见都欢迎并感谢。
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s******y
发帖数: 28562 | 11 这个例子很有意思。
楼主不妨去预测一下protein B mRNA structure 看看是否有特别稳定的结构在里面。
【在 c**i 的大作中提到】
: HIV TAT protein 可以通过结合target mRNA的 5‘UTR来激活translation。
: 在TAT不在的情况下，tagerted mRNA5’UTR形成一个能量很低的发卡结构，ribosome
: 不能read through。
: ref Mechanism of HIV-1 Tat RNA translation and its activation by the Tat
: protein。
: 一个例子仅供参考。
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g**v
发帖数: 345 | 12 很感谢大家的讨论，很多建议和问题让我对如何入手有了点概念和思路，尽管有些问题
自己还要消化学习一下。等有了进展或问题再来和大家汇报或请教。
【在 s******y 的大作中提到】
: 首先，你必须用Northern Blot 来正式证实一下mRNA of Protein B 的确没有受影响。
: 光有RT-PCR or promoter reporter assay 是不行的，因为还有一个alternative
: splicing的可能性你们还没有排除。在完全澄清之前最好不要贸然往translation regulation 做。
: 第二，如果你们的结果是对的话，下面会有很多有趣的东西，但是难度也不小。
: 你们的蛋白最有可能的是一个释放压制RNA表达的因子。
: 比方说 zip code binding protein(ZBP)这个蛋白是抑制RNA translation 的。然后
: 有其他蛋白可以释放这个ZBP而让蛋白开始表达。你们的这个蛋白A就有可能是类似这个
: 释放因子。
: 类似的还有一些蛋白，可以释放miRNA而使得某些蛋白可以进行翻译。
: 要知道更多的信息的话可以去查"release of translation repression"
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a***r
发帖数: 58 | 13 也可能是protein stability的问题吧, 快速降解. |
s******y
发帖数: 28562 | 14 是的，这个也是一个可能性，比方说蛋白A正好是蛋白B的chaperon
【在 a***r 的大作中提到】
: 也可能是protein stability的问题吧, 快速降解.
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p********i
发帖数: 116 | 15 是不是有可能A调控了某种microRNA的表达。 |
