T****i
发帖数: 15191 | 1 好的genetic screen，并不一定说工作量很小，都是
selection, 那有点勉为其难。而是说得到的gene要有功能相关性，最好在一个pathway
，这才说明你的design 很tight, 对后续的研究而言，你也知道在什么方向上。不好的
genetic screen，比如很多人做ENU-induced mutagenesis，然后看老鼠是不是shaky，
等等，你找到的基因可能功能上差者十万八千里。这样做，和偶然发现spontaneous
mutation没什么区别，只不过在时间上更集中而已。所以，phenotypes are not
created equal。好的phenotype (或reporter) 是好的genetic screen 的最重要要素
之一。 |
p*****m
发帖数: 7030 | 2 你自己前后矛盾你可能都没看出来 先停灌几贴 想想看自己一开头说的所谓试错法 到
底定义是啥再说吧。。
pathway
【在 T****i 的大作中提到】
: 好的genetic screen，并不一定说工作量很小，都是
: selection, 那有点勉为其难。而是说得到的gene要有功能相关性，最好在一个pathway
: ，这才说明你的design 很tight, 对后续的研究而言，你也知道在什么方向上。不好的
: genetic screen，比如很多人做ENU-induced mutagenesis，然后看老鼠是不是shaky，
: 等等，你找到的基因可能功能上差者十万八千里。这样做，和偶然发现spontaneous
: mutation没什么区别，只不过在时间上更集中而已。所以，phenotypes are not
: created equal。好的phenotype (或reporter) 是好的genetic screen 的最重要要素
: 之一。
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D*a
发帖数: 6830 | 3 前后矛盾这个，楼主光2011最后一帖就发了好几个呢，lol
【在 p*****m 的大作中提到】
: 你自己前后矛盾你可能都没看出来 先停灌几贴 想想看自己一开头说的所谓试错法 到
: 底定义是啥再说吧。。
:
: pathway
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T****i
发帖数: 15191 | 4 前面已经说过了genetic screen不是试错法。
试错法，就是你知道有N种可能，你没有分辨能力，只能一个一个试。有时你以为是N种
可能，但实际上远远大于N种，那就是真的悲剧了。那你试错之前为什么不能先想法排
除一些可能呢？我前老板的很多hypothesis 在我来看是joke，或者可以先做些简单的
实验排除的。总不能propose 影响线粒体功能，上来就买个测老鼠呼吸耗氧量的机器开
始in vivo实验吧？何况还有其他可能。
没说试错不行，但到了试错法的地步（既试错占主流）就可悲了。你愿意做这类研究，
我欢迎，我是不做的。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 你自己前后矛盾你可能都没看出来 先停灌几贴 想想看自己一开头说的所谓试错法 到
: 底定义是啥再说吧。。
:
: pathway
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D*a
发帖数: 6830 | 5 你前老板2，你就直接把一种方法打入死牢，这跟买菜刀实名有的一拼了。
你先说说啥是试错法？
【在 T****i 的大作中提到】
: 前面已经说过了genetic screen不是试错法。
: 试错法，就是你知道有N种可能，你没有分辨能力，只能一个一个试。有时你以为是N种
: 可能，但实际上远远大于N种，那就是真的悲剧了。那你试错之前为什么不能先想法排
: 除一些可能呢？我前老板的很多hypothesis 在我来看是joke，或者可以先做些简单的
: 实验排除的。总不能propose 影响线粒体功能，上来就买个测老鼠呼吸耗氧量的机器开
: 始in vivo实验吧？何况还有其他可能。
: 没说试错不行，但到了试错法的地步（既试错占主流）就可悲了。你愿意做这类研究，
: 我欢迎，我是不做的。
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p*****m
发帖数: 7030 | 6 有n种可能，没有分辩能力，只能一个一个试
genetic screen符合你对试错法的全部定义。
你之所以要screen,难道不就是因为控制某Phenotype的gene有n种可能，但是你不知道
是哪个，只能一个一个试？你要是未卜先知了还screen干毛？
所以我才说，先给个试错法的定义，给了问题就清楚了。。。lol
【在 T****i 的大作中提到】
: 前面已经说过了genetic screen不是试错法。
: 试错法，就是你知道有N种可能，你没有分辨能力，只能一个一个试。有时你以为是N种
: 可能，但实际上远远大于N种，那就是真的悲剧了。那你试错之前为什么不能先想法排
: 除一些可能呢？我前老板的很多hypothesis 在我来看是joke，或者可以先做些简单的
: 实验排除的。总不能propose 影响线粒体功能，上来就买个测老鼠呼吸耗氧量的机器开
: 始in vivo实验吧？何况还有其他可能。
: 没说试错不行，但到了试错法的地步（既试错占主流）就可悲了。你愿意做这类研究，
: 我欢迎，我是不做的。
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T****i
发帖数: 15191 | 7 看起来很象，但有本质不同。
很笨的brute force genetic screen 结果是很不确定的，是发散的。你不知道会得到
什么基因。这就是genetic screen 的魅力。你得到了基因，才是开始。
而我说的试错法，是一个一个试你“认为”的可能性，在思维上是收敛的。很可能你认
为的可能性根本就不包括真正的机制。所以随着时间，你会不断补充新的可能性。
我再次说一下，没有绝对的不试错。我也试错。但一个明白人，不会去试所有的可能，
而是会prioritize。
会不会prioritize，会不会分辨，决定你是不是试错法。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 有n种可能，没有分辩能力，只能一个一个试
: genetic screen符合你对试错法的全部定义。
: 你之所以要screen,难道不就是因为控制某Phenotype的gene有n种可能，但是你不知道
: 是哪个，只能一个一个试？你要是未卜先知了还screen干毛？
: 所以我才说，先给个试错法的定义，给了问题就清楚了。。。lol
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p*****m
发帖数: 7030 | 8 那请你先给个准确的试错法的定义再讨论吧，否则我说个啥你就马上转进这还怎么讨论
啊。
【在 T****i 的大作中提到】
: 看起来很象，但有本质不同。
: 很笨的brute force genetic screen 结果是很不确定的，是发散的。你不知道会得到
: 什么基因。这就是genetic screen 的魅力。你得到了基因，才是开始。
: 而我说的试错法，是一个一个试你“认为”的可能性，在思维上是收敛的。很可能你认
: 为的可能性根本就不包括真正的机制。所以随着时间，你会不断补充新的可能性。
: 我再次说一下，没有绝对的不试错。我也试错。但一个明白人，不会去试所有的可能，
: 而是会prioritize。
: 会不会prioritize，会不会分辨，决定你是不是试错法。
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g***j
发帖数: 40861 | 9 你文章不是说随便抓的基因都比特选的癌症基因好吗？
这不就是试错法的好处吗 |
T****i
发帖数: 15191 | 10 这个我觉得给一个严格的定义很难。我不擅长这个。但你看我的帖子，应该能知道我说
的什么意思。例子里已经说的很明白了。当然例子比较极端。但是是确实发生的事。
我根本没有转进，我从一开始就说了 fishing 不是试错法。这是两个层面的东西。不
是有试错的成分就是试错法。
顺便说一下，我是做genetic screen 起家的。当然不会讨厌我赖以生存的东西。我一
再说，我讨厌的试错法是我前老板那样的。可能和你心目中的试错法不一样。你的可能
包括了更多的内容，凡是有试错成分的都是试错法。那样的话，整个生物学都是试错法
了。我的试错法概念是很狭窄的。目前我认为（概念会不断进化，这很正常），对当前
信息和假说没有通盘考虑，没有prioritize，没有rule out某些不太可能的，而试图
exhaust every possibility visible/thinkable，这是试错法。实际中，可能比这个
概念更宽一些，但没有宽到你的那个概念的地步。
谢谢跟你的讨论，我得趁着天好，出去逛逛街了。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 那请你先给个准确的试错法的定义再讨论吧，否则我说个啥你就马上转进这还怎么讨论
: 啊。
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p*****m
发帖数: 7030 | 11 你的定义：对当前信息和假说没有通盘考虑，没有prioritize,没有rule out某些不太
可能的，而试图exhast...
screen for unc/let/ste mutant:压根就没有假说，random screen自然也就没有什么
prioritize,saturated screen当然也就是要exhaust所有的possibility,
其实我明白你的意思，就是你前老板的研究方法不对么。对人不对事就行了，非要搞得
似乎很客观的对事不对人，那是要撞墙的。。
【在 T****i 的大作中提到】
: 这个我觉得给一个严格的定义很难。我不擅长这个。但你看我的帖子，应该能知道我说
: 的什么意思。例子里已经说的很明白了。当然例子比较极端。但是是确实发生的事。
: 我根本没有转进，我从一开始就说了 fishing 不是试错法。这是两个层面的东西。不
: 是有试错的成分就是试错法。
: 顺便说一下，我是做genetic screen 起家的。当然不会讨厌我赖以生存的东西。我一
: 再说，我讨厌的试错法是我前老板那样的。可能和你心目中的试错法不一样。你的可能
: 包括了更多的内容，凡是有试错成分的都是试错法。那样的话，整个生物学都是试错法
: 了。我的试错法概念是很狭窄的。目前我认为（概念会不断进化，这很正常），对当前
: 信息和假说没有通盘考虑，没有prioritize，没有rule out某些不太可能的，而试图
: exhaust every possibility visible/thinkable，这是试错法。实际中，可能比这个
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T****i
发帖数: 15191 | 12 这样定义，除了我的定义之外，再把genetic screen定点排除，好了吧？
好吧，我也不跟你咬文嚼字了。你这是为辩论而辩论，我是服了你。我就问你，你认可
我描述的我前老板的试错法吗？从你的文字里看，你也不认可。我说的就是那种。希望
你不是让你的学生或薄厚整天那样试错。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 你的定义：对当前信息和假说没有通盘考虑，没有prioritize,没有rule out某些不太
: 可能的，而试图exhast...
: screen for unc/let/ste mutant:压根就没有假说，random screen自然也就没有什么
: prioritize,saturated screen当然也就是要exhaust所有的possibility,
: 其实我明白你的意思，就是你前老板的研究方法不对么。对人不对事就行了，非要搞得
: 似乎很客观的对事不对人，那是要撞墙的。。
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p*****m
发帖数: 7030 | 13 你终于发现问题所在了啊 我觉得啊 你还是直接说 “我讨厌/鄙视/反对我老板和我老
板的做法”，就行了，犯不着起个谁也不知道啥意思的名字，包括你自己。
而且，你压根也没有打算说清楚你钱老板到底怎么不好了吧 反正骂着过瘾就行
【在 T****i 的大作中提到】
: 这样定义，除了我的定义之外，再把genetic screen定点排除，好了吧？
: 好吧，我也不跟你咬文嚼字了。你这是为辩论而辩论，我是服了你。我就问你，你认可
: 我描述的我前老板的试错法吗？从你的文字里看，你也不认可。我说的就是那种。希望
: 你不是让你的学生或薄厚整天那样试错。
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T****i
发帖数: 15191 | 14 我这么多帖子讲了那么多关于我前老板的例子说的还不清楚？天啊。你想怎么清楚，把
每件事都摆出来，以时间为顺序？你真让人有点抓狂。我闪人了。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 你终于发现问题所在了啊 我觉得啊 你还是直接说 “我讨厌/鄙视/反对我老板和我老
: 板的做法”，就行了，犯不着起个谁也不知道啥意思的名字，包括你自己。
: 而且，你压根也没有打算说清楚你钱老板到底怎么不好了吧 反正骂着过瘾就行
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p*****m
发帖数: 7030 | 15 你不就说你老板“一拍脑袋”如何如何，然后又一拍脑袋如何如何么？这算个哪门子例
子啊？他告诉你他是一拍脑袋想出来的了？人家能不能是读了文献聊了同行分析推测之
后的idea？至于这个idea能不能work那是另外一回事，要是想个idea就work那就不是科
学家，是巫婆了吧。
我觉得你赶紧闪吧，最好也赶紧从academia闪人，利人利己啊。做科学的连尝试一下有
风险有不确定性的idea的勇气和判断都没有，最好还是不要干下去了
【在 T****i 的大作中提到】
: 我这么多帖子讲了那么多关于我前老板的例子说的还不清楚？天啊。你想怎么清楚，把
: 每件事都摆出来，以时间为顺序？你真让人有点抓狂。我闪人了。
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T****i
发帖数: 15191 | 16 我跟她工作了那么多年，我对她什么水平没有感觉？她肯定读文章，但没有系统读。多
数时候就读读abstract而已。PI到她那份上，更多的是networking 了。
我的例子里，她已经让那个听话的薄厚废掉了。8年只发一篇文章，还是二流的，就因
为她瞎指挥。试了一个又一个没有经过仔细推敲的想法。有的时候连hypothesis 都算
不上，因为没有足够的证据或逻辑来支持。举个例子，但我不能说的太具体，因为人文
章还没发呢。该薄厚的项目曾经有一个technician 帮忙，找到Gene A 一个genetic
modifier，mapped 到一个locus，有几个基因，恰好有一个gene B 跟oxidative
stress和DNA repair有关。该薄厚又发现在culture neuron里，该蛋白B有一小部分在
线粒体上。然后我前老板就非常兴奋，立刻认定是线粒体功能受影响。就订了一台测老
鼠呼吸的仪器，做了一番发现呼吸耗氧量没变化。然后就认为可能只局限于神经系统，
于是订了很多抗体，kit，都是关于线粒体的。结果什么变化都没有。我没时间讲太多
细节。此处略过两年。。。后来他们意识到也许这个modifier gene 是错的，于是发现
果然原来那个technician 的mapping 错了。于是reset to zero。后来又不断试了好多
其他的可能，都是根据老板看到别人做的什么东东推测蛋白A是什么pathway的，有时很
far fetched，just a hunch。所以假说已经经历了N代。
我并不是不愿意尝试有风险的。我自己的R21就是propose了一个风险很大的。我反对的
是瞎做。收益跟风险得成比例是不? 不能因为喜欢风险，就在晚上带着墨镜开车。我喜
欢genetic screen，是因为做成一个，很可能可以吃一辈子。而象我前老板那样的试错
法，留给该薄厚的只有frustration。即使有一天总算试出来了，他下一个项目还这样
做，人生有几个8年？
【在 p*****m 的大作中提到】
: 你不就说你老板“一拍脑袋”如何如何，然后又一拍脑袋如何如何么？这算个哪门子例
: 子啊？他告诉你他是一拍脑袋想出来的了？人家能不能是读了文献聊了同行分析推测之
: 后的idea？至于这个idea能不能work那是另外一回事，要是想个idea就work那就不是科
: 学家，是巫婆了吧。
: 我觉得你赶紧闪吧，最好也赶紧从academia闪人，利人利己啊。做科学的连尝试一下有
: 风险有不确定性的idea的勇气和判断都没有，最好还是不要干下去了
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n********e
发帖数: 19 | 17 感觉LZ其实想说的不是“试错法”对不对，好不好，而是对于在运用这种方法中选定参
数的能力的质疑。就像“试错法”是个程序，有个参数x参与运算，要往这个x中加入数
值。牛人加入的数值强大，程序出来的结果就牛。普通人加入的参数混乱，程序出来的
结果就不好。所以问题不在于“试错法”好不好，而是参数选择的问题。 |
