m***T
发帖数: 11058 | 1 提供数据分析解决方案的公司，George Church和其它几个人共同创建的。
有谁用过的能不能谈谈体会？ |
k*****d
发帖数: 12 | 2 没用过，和他们的sales representative聊过一次。下个月去他们公司参观，也许能了
解的详细一些。
【在 m***T 的大作中提到】
: 提供数据分析解决方案的公司，George Church和其它几个人共同创建的。
: 有谁用过的能不能谈谈体会？
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m***T
发帖数: 11058 | 3 去参观？好哇，到时候给update一下吧。
【在 k*****d 的大作中提到】
: 没用过，和他们的sales representative聊过一次。下个月去他们公司参观，也许能了
: 解的详细一些。
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k*****d
发帖数: 12 | 4 参观回来汇报一下。
公司不大，一起去的同事数了一下椅子，有30把左右，还有空着的办公桌和椅子。
没有wet lab，一间大办公室加几个小会议室。
可以把你的DNA sample给他们，他们给你找测序公司去测序，我的印象是送到Illumina
还有BGI或者类似的地方。
Alignment和call variants这些步骤就是用open source的软件，比如BWA和GATK。他们
的主要工作是用他们的数据库帮你annotate你的sample的variants，比如是不是已知的
somatic mutation或某个GWAS study里发现的相关SNP，这部分叫knome variant。这个
数据库包括已经报道的variants, 比如cosmic，还有一些文献报道的数据，但他们没有
力量跟踪所有的pubmed的文章。这个数据库和它的客户端的程序都可以卖给你，数据库
是SQLite，就放在local hard disk上，你也可以自己写SQL statement。还有一部分叫
knome pathway，帮助分析你的那些variants有没有集中在某些pathway里。
【在 k*****d 的大作中提到】
: 没用过，和他们的sales representative聊过一次。下个月去他们公司参观，也许能了
: 解的详细一些。
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i*e
发帖数: 352 | 5 thx！
Illumina
【在 k*****d 的大作中提到】
: 参观回来汇报一下。
: 公司不大，一起去的同事数了一下椅子，有30把左右，还有空着的办公桌和椅子。
: 没有wet lab，一间大办公室加几个小会议室。
: 可以把你的DNA sample给他们，他们给你找测序公司去测序，我的印象是送到Illumina
: 还有BGI或者类似的地方。
: Alignment和call variants这些步骤就是用open source的软件，比如BWA和GATK。他们
: 的主要工作是用他们的数据库帮你annotate你的sample的variants，比如是不是已知的
: somatic mutation或某个GWAS study里发现的相关SNP，这部分叫knome variant。这个
: 数据库包括已经报道的variants, 比如cosmic，还有一些文献报道的数据，但他们没有
: 力量跟踪所有的pubmed的文章。这个数据库和它的客户端的程序都可以卖给你，数据库
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m***T
发帖数: 11058 | 6 非常感谢！
Illumina
【在 k*****d 的大作中提到】
: 参观回来汇报一下。
: 公司不大，一起去的同事数了一下椅子，有30把左右，还有空着的办公桌和椅子。
: 没有wet lab，一间大办公室加几个小会议室。
: 可以把你的DNA sample给他们，他们给你找测序公司去测序，我的印象是送到Illumina
: 还有BGI或者类似的地方。
: Alignment和call variants这些步骤就是用open source的软件，比如BWA和GATK。他们
: 的主要工作是用他们的数据库帮你annotate你的sample的variants，比如是不是已知的
: somatic mutation或某个GWAS study里发现的相关SNP，这部分叫knome variant。这个
: 数据库包括已经报道的variants, 比如cosmic，还有一些文献报道的数据，但他们没有
: 力量跟踪所有的pubmed的文章。这个数据库和它的客户端的程序都可以卖给你，数据库
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