t**********8
发帖数: 223 | 1 感觉国内现在资金很充足。我有个医生朋友，弄到不少研究经费，都砸在GWAS上。现在
碰到一些问题，跟我讨论，我在这方面实在不懂，有了解GWAS的同学能说说吗？谢谢！
！！！
他是这么说的，，
“自从GWAS广泛开展以来发现了许多复杂性性状相关的基因位点，为了解这些性状和疾
病的发病机制提供了许多新的研究线索和切入点，但目前发现的大多数位点能解释的遗
传度仅占5%左右，而且每个基因位点的影响度都非常有限，OR值大多在1•1几左
右，大部分遗传被missing掉了。其主要原因
1。可能是忽略了基因与基因的交互作用，基因与环境的交互作用？
2。也可能是目前基于普通人群的GWAS只能检测常见的基因变异,而不能检测出稀有变异
。最近冰岛的deCODE利用基于相对隔离的人群多丛GWAS设计方法一连发现了3种复杂性
性状和疾病的稀有变异，并且有很高的影响度，OR值从1•8到9•几不等，
更重要的是这些位点居然能在其它人群验证出来，自从4月份到现在已经在nature
genetic连续发了3篇文章，被视为是下一代GWAS的研究方向之一。我们准备找当地少数
民族地区隔离人群进行GWAS的研究（目前已找到一个住在深山老林的隔离人群），用这
个人群的标本做GWAS。你是生化博士，有什么建议呢？
。。。。。。。”
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j*p
发帖数: 411 | |
l*****a
发帖数: 1431 | |
t**********8
发帖数: 223 | 4 這個美國和中國都一樣吧，我現在的老板啥也不懂，不是照樣能忽悠到五个米做NGS
【在 j*p 的大作中提到】
: 真不知道你朋友是怎么弄到“不少”研究经费的。
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s*******e
发帖数: 13 | 5 很好的方向，关键是先想好要找哪些热门的疾病，再找可能相关的群体。
这个方向要尽快做，少数民族地区隔离人群会越来越少。
GWAS这个方向要白痴到一定程度才会认为自己很懂。 |
C*****h
发帖数: 926 | 6 很多疾病，不是基因突变导致的。
【在 t**********8 的大作中提到】
: 感觉国内现在资金很充足。我有个医生朋友，弄到不少研究经费，都砸在GWAS上。现在
: 碰到一些问题，跟我讨论，我在这方面实在不懂，有了解GWAS的同学能说说吗？谢谢！
: ！！！
: 他是这么说的，，
: “自从GWAS广泛开展以来发现了许多复杂性性状相关的基因位点，为了解这些性状和疾
: 病的发病机制提供了许多新的研究线索和切入点，但目前发现的大多数位点能解释的遗
: 传度仅占5%左右，而且每个基因位点的影响度都非常有限，OR值大多在1•1几左
: 右，大部分遗传被missing掉了。其主要原因
: 1。可能是忽略了基因与基因的交互作用，基因与环境的交互作用？
: 2。也可能是目前基于普通人群的GWAS只能检测常见的基因变异,而不能检测出稀有变异
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t**********8
发帖数: 223 | 7 谢谢！我觉得象他那样做热门的疾病可能做不过大牛吧，不如找一些地方病的指标
他现在找到的这个隔离人群，在深山老林之中，他们在做流行病学调查。是不是等流行
病学的结果出来，然后测一些相应的血液指标，然后再做GWAS？
【在 s*******e 的大作中提到】
: 很好的方向，关键是先想好要找哪些热门的疾病，再找可能相关的群体。
: 这个方向要尽快做，少数民族地区隔离人群会越来越少。
: GWAS这个方向要白痴到一定程度才会认为自己很懂。
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b******u
发帖数: 1 | 8 Hi 您好
对于您的问题，其实是这样的 GWAS的研究主要是归咎于对于疾病的non-preknowledge
的理解的，就是说你只要有两组case-control （一般是这样的）然后上GWAS芯片，然
后看基因之间的SNP频率差异。
对于的您所说的OR在1.3以下，这些在临床意义上都没有任何价值（欢迎拍砖），之所
以可以检测出来，主要是看P-value，然而p-value主要是看样本量，按照公式来推理，
只要你的样本足够大，你就可以检测出significant的细微差异，例如OR<1.2 所以现在
的趋势是1）提高样品量2）如果样品不够大的时候，引入其他变量，例如环境factor (
Gene-Environment Interaction in Genome-Wide Association Studies)，或者加入
expression （eQTL），现在国内更多是单纯的提高样品量，因为在国内收样品较容易。
第二个问题，隔离人群GWAS， 首先您朋友要考虑以下问题，首先是您朋友是要screen
mutation还是做疾病的mutation？ 国内一般是做疾病的，a) 在深山老林的人群的疾病
人群和对照人群样品量是否足够大，(关系到结果是否significant);b)那就是深山老林
的GWAS中的SNP的频率和验证人群是否一致？，(关系到是否可以验证)
现在的NG发的文章越来越倾向于阳性SNP mutation的发表，但是这是不够的，因为这只
是一些分析方法的trick，我建议您的朋友可以集中在一些罕见疾病的GWAS（例如一些
常见病的subtype）,把疾病sample的recruitment 严格把关，收集环境factor，附加一
些简单功能实验。这样一定会有好的大文章及一些小文章发表
【在 t**********8 的大作中提到】
: 感觉国内现在资金很充足。我有个医生朋友，弄到不少研究经费，都砸在GWAS上。现在
: 碰到一些问题，跟我讨论，我在这方面实在不懂，有了解GWAS的同学能说说吗？谢谢！
: ！！！
: 他是这么说的，，
: “自从GWAS广泛开展以来发现了许多复杂性性状相关的基因位点，为了解这些性状和疾
: 病的发病机制提供了许多新的研究线索和切入点，但目前发现的大多数位点能解释的遗
: 传度仅占5%左右，而且每个基因位点的影响度都非常有限，OR值大多在1•1几左
: 右，大部分遗传被missing掉了。其主要原因
: 1。可能是忽略了基因与基因的交互作用，基因与环境的交互作用？
: 2。也可能是目前基于普通人群的GWAS只能检测常见的基因变异,而不能检测出稀有变异
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c********g
发帖数: 1106 | 9 对于普通人群有重大意义的疾病，诸如心脑血管，高血压，各种癌症，痴呆症，糖
尿病，单纯从GWAS方向杂钱十有八九是歧途。大多疾病都是基因环境生活方式共同
作用的结果。把这些因素结合起来研究才有意义。
【在 t**********8 的大作中提到】
: 感觉国内现在资金很充足。我有个医生朋友，弄到不少研究经费，都砸在GWAS上。现在
: 碰到一些问题，跟我讨论，我在这方面实在不懂，有了解GWAS的同学能说说吗？谢谢！
: ！！！
: 他是这么说的，，
: “自从GWAS广泛开展以来发现了许多复杂性性状相关的基因位点，为了解这些性状和疾
: 病的发病机制提供了许多新的研究线索和切入点，但目前发现的大多数位点能解释的遗
: 传度仅占5%左右，而且每个基因位点的影响度都非常有限，OR值大多在1•1几左
: 右，大部分遗传被missing掉了。其主要原因
: 1。可能是忽略了基因与基因的交互作用，基因与环境的交互作用？
: 2。也可能是目前基于普通人群的GWAS只能检测常见的基因变异,而不能检测出稀有变异
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t**********8
发帖数: 223 | 10 非常感谢您的热心指教！
关于OR值的问题，我觉得他得到的data为什么非常低，可能实验设计就有问题。他测的
全是健康人群，然后选一个疾病相关蛋白的指标，比如说CEA, 在健康人群中测出CEA的
表达与某些基因的SNP的相关性。我看了他的结果，觉得很纳闷，CEA是肿瘤的指标，肿
瘤病人genetic background而在正常人群中，发现影响它表达的基因，我不觉得有意义。
对于隔离人群，可能关键还是等流行病学的结果，发现某种易患疾病，然后上GWAS.这
个隔离人群，可能近一万人吧，标本量应该够的
preknowledge
(
易。
【在 b******u 的大作中提到】
: Hi 您好
: 对于您的问题，其实是这样的 GWAS的研究主要是归咎于对于疾病的non-preknowledge
: 的理解的，就是说你只要有两组case-control （一般是这样的）然后上GWAS芯片，然
: 后看基因之间的SNP频率差异。
: 对于的您所说的OR在1.3以下，这些在临床意义上都没有任何价值（欢迎拍砖），之所
: 以可以检测出来，主要是看P-value，然而p-value主要是看样本量，按照公式来推理，
: 只要你的样本足够大，你就可以检测出significant的细微差异，例如OR<1.2 所以现在
: 的趋势是1）提高样品量2）如果样品不够大的时候，引入其他变量，例如环境factor (
: Gene-Environment Interaction in Genome-Wide Association Studies)，或者加入
: expression （eQTL），现在国内更多是单纯的提高样品量，因为在国内收样品较容易。
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t**********8
发帖数: 223 | 11 请问，如果不做GWAS,那么对于一些特定人群，从哪入手比较好？
谢谢！
【在 c********g 的大作中提到】
: 对于普通人群有重大意义的疾病，诸如心脑血管，高血压，各种癌症，痴呆症，糖
: 尿病，单纯从GWAS方向杂钱十有八九是歧途。大多疾病都是基因环境生活方式共同
: 作用的结果。把这些因素结合起来研究才有意义。
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C*****h
发帖数: 926 | 12 作RNA-seq。
既可以看transcript differential expression，又可以看genetic mutations。
前者比后者更重要。
绝大多数疾病，不是基因突变导致的。找突变基因，只会误入歧途。
GWAS成功率，实在太低了。100,000个突变里面，顶多能找出5－10个相关的突变，
而且还是那种没有太大生物影响力的相关性，也就是说，统计上来看好像很想关，
但是生物功能上，基本上只有好像一点点效果。
【在 t**********8 的大作中提到】
: 请问，如果不做GWAS,那么对于一些特定人群，从哪入手比较好？
: 谢谢！
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z******n
发帖数: 397 | 13 现在OR超过1.5的很少吧
preknowledge
(
易。
【在 b******u 的大作中提到】
: Hi 您好
: 对于您的问题，其实是这样的 GWAS的研究主要是归咎于对于疾病的non-preknowledge
: 的理解的，就是说你只要有两组case-control （一般是这样的）然后上GWAS芯片，然
: 后看基因之间的SNP频率差异。
: 对于的您所说的OR在1.3以下，这些在临床意义上都没有任何价值（欢迎拍砖），之所
: 以可以检测出来，主要是看P-value，然而p-value主要是看样本量，按照公式来推理，
: 只要你的样本足够大，你就可以检测出significant的细微差异，例如OR<1.2 所以现在
: 的趋势是1）提高样品量2）如果样品不够大的时候，引入其他变量，例如环境factor (
: Gene-Environment Interaction in Genome-Wide Association Studies)，或者加入
: expression （eQTL），现在国内更多是单纯的提高样品量，因为在国内收样品较容易。
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z******n
发帖数: 397 | 14 感觉国内现在资金很充足。我有个医生朋友，弄到不少研究经费，都砸在GWAS上。现在
碰到一些问题，跟我讨论，我在这方面实在不懂，有了解GWAS的同学能说说吗？谢谢！
！！！
他是这么说的，，
“自从GWAS广泛开展以来发现了许多复杂性性状相关的基因位点，为了解这些性状和疾
病的发病机制提供了许多新的研究线索和切入点，但目前发现的大多数位点能解释的遗
传度仅占5%左右，而且每个基因位点的影响度都非常有限，OR值大多在1•1几左
右，大部分遗传被missing掉了。其主要原因
1。可能是忽略了基因与基因的交互作用，基因与环境的交互作用？
这个现在叫什么missing heritability，只是概念
2。也可能是目前基于普通人群的GWAS只能检测常见的基因变异,而不能检测出稀有变异
。最近冰岛的deCODE利用基于相对隔离的人群多丛GWAS设计方法一连发现了3种复杂性
性状和疾病的稀有变异，并且有很高的影响度，OR值从1•8到9•几不等，
更重要的是这些位点居然能在其它人群验证出来，自从4月份到现在已经在nature
genetic连续发了3篇文章，被视为是下一代GWAS的研究方向之一。我们准备找当地少数
民族地区隔离人群进行GWAS的研究（目前已找到一个住在深山老林的隔离人群），用这
个人群的标本做GWAS。你是生化博士，有什么建议呢？
。。。。。。。”
rare variants火了一下会，没什么powerful的分析方法，由于maf太低，噪声也太大 |
t*m
发帖数: 4414 | 15 exome-seq or whole genome seq for complex traits is a dead end.
【在 z******n 的大作中提到】
: 感觉国内现在资金很充足。我有个医生朋友，弄到不少研究经费，都砸在GWAS上。现在
: 碰到一些问题，跟我讨论，我在这方面实在不懂，有了解GWAS的同学能说说吗？谢谢！
: ！！！
: 他是这么说的，，
: “自从GWAS广泛开展以来发现了许多复杂性性状相关的基因位点，为了解这些性状和疾
: 病的发病机制提供了许多新的研究线索和切入点，但目前发现的大多数位点能解释的遗
: 传度仅占5%左右，而且每个基因位点的影响度都非常有限，OR值大多在1•1几左
: 右，大部分遗传被missing掉了。其主要原因
: 1。可能是忽略了基因与基因的交互作用，基因与环境的交互作用？
: 这个现在叫什么missing heritability，只是概念
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t*m
发帖数: 4414 | 16 RNA-seq 当然好。可是拿tissue 难啊。所以样本量上不去，还是没有power.
比如糖尿病，多少病人愿意让您活检取肝脏，或者胰岛？
【在 C*****h 的大作中提到】
: 作RNA-seq。
: 既可以看transcript differential expression，又可以看genetic mutations。
: 前者比后者更重要。
: 绝大多数疾病，不是基因突变导致的。找突变基因，只会误入歧途。
: GWAS成功率，实在太低了。100,000个突变里面，顶多能找出5－10个相关的突变，
: 而且还是那种没有太大生物影响力的相关性，也就是说，统计上来看好像很想关，
: 但是生物功能上，基本上只有好像一点点效果。
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t**********8
发帖数: 223 | 17 象那种隔离人群，也只能拿到血液标本了。血液标本除了GWAS外，还有什么可做的吗？
【在 t*m 的大作中提到】
: RNA-seq 当然好。可是拿tissue 难啊。所以样本量上不去，还是没有power.
: 比如糖尿病，多少病人愿意让您活检取肝脏，或者胰岛？
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t**********8
发帖数: 223 | 18 对于GWAS, 有人说好，有人说不灵，可能最后还是看个人运气了。听朋友说，国内有个
大牛（名字我不大记得了，投了两千多万做GWAS，结果全打水漂了
【在 t*m 的大作中提到】
: exome-seq or whole genome seq for complex traits is a dead end.
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a***y
发帖数: 19743 | 19 很多sequencing center连基本的workflow都还n多问题。。。
【在 t**********8 的大作中提到】
: 這個美國和中國都一樣吧，我現在的老板啥也不懂，不是照樣能忽悠到五个米做NGS
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b****r
发帖数: 17995 | 20 GWAS已经不是最好的题目了，风头已经过了，容易做的已经被人都试过了
有钱还是应该去砸罕见病的exoneme seq,现在正是风头上 |
