s******y
发帖数: 28562 | 1 突然想起了一个问题：
一个蛋白的氨基酸序列，如果颠倒过来排（就是把C-terminal 的放到
N-terminal 去），产生的蛋白和原蛋白有什么关系？
镜像关系？手性关系？还是没有关系？ |
s******s
发帖数: 13035 | 2 应该没啥关系吧
首先肽链不对称啊，一边CN，一边CO啊
其次还有proline这样的怪物啊
最后，就算全对称，folding的时候应该是一边合成一边fold, 所以出来的东西不一定
一样
【在 s******y 的大作中提到】
: 突然想起了一个问题：
: 一个蛋白的氨基酸序列，如果颠倒过来排（就是把C-terminal 的放到
: N-terminal 去），产生的蛋白和原蛋白有什么关系？
: 镜像关系？手性关系？还是没有关系？
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K**4
发帖数: 1015 | 3 前两天JBC就有一篇这样的paper，
他们发现有个蛋白 N->C 和另一个蛋白C-〉N 很相似
然后提出一个进化关系
似乎这个理论被一个大牛70年代提出来过
然后作者四处推广，并且拉了几个人申请到了NIH的大funding，还准备大干一场
可惜基本上就是胡扯
让人哭笑不得
【在 s******y 的大作中提到】
: 突然想起了一个问题：
: 一个蛋白的氨基酸序列，如果颠倒过来排（就是把C-terminal 的放到
: N-terminal 去），产生的蛋白和原蛋白有什么关系？
: 镜像关系？手性关系？还是没有关系？
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s***m
发帖数: 6197 | 4 能不能说一下具体是哪篇文章
【在 K**4 的大作中提到】
: 前两天JBC就有一篇这样的paper，
: 他们发现有个蛋白 N->C 和另一个蛋白C-〉N 很相似
: 然后提出一个进化关系
: 似乎这个理论被一个大牛70年代提出来过
: 然后作者四处推广，并且拉了几个人申请到了NIH的大funding，还准备大干一场
: 可惜基本上就是胡扯
: 让人哭笑不得
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s******y
发帖数: 28562 | 5 如果在不考虑边合成边折叠的问题时呢？比方说如果是很短的多肽的时候？
【在 s******s 的大作中提到】
: 应该没啥关系吧
: 首先肽链不对称啊，一边CN，一边CO啊
: 其次还有proline这样的怪物啊
: 最后，就算全对称，folding的时候应该是一边合成一边fold, 所以出来的东西不一定
: 一样
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J********n
发帖数: 534 | |
s******y
发帖数: 28562 | 7 谢谢！果然问到了行家：）
查了一下，发现早就有人想过这种“傻”问题了，测试结果是大部分
“逆”蛋白可以保留原蛋白的二级结构，但是三级结构会出错，经常是叠不好。
【在 J********n 的大作中提到】
: Keywords: retro protein
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s******s
发帖数: 13035 | 8 为什么会有人问这么"无聊"的问题呢？包括你啦，呵呵
一定是最近没试验闲着慌
【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢！果然问到了行家：）
: 查了一下，发现早就有人想过这种“傻”问题了，测试结果是大部分
: “逆”蛋白可以保留原蛋白的二级结构，但是三级结构会出错，经常是叠不好。
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f**u
发帖数: 346 | 9 可以尝试用directed evolution弄个几轮，看看能不能好转
【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢！果然问到了行家：）
: 查了一下，发现早就有人想过这种“傻”问题了，测试结果是大部分
: “逆”蛋白可以保留原蛋白的二级结构，但是三级结构会出错，经常是叠不好。
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f**u
发帖数: 346 | 10 我有个类似的问题，或许不那么无聊，不知道有没有人了解。
就是说如果已知一个膜蛋白，如果我想把它里外翻一个个儿，有没有办法？
比如有个通道是往ER里面输送什么的，我现在想搞个通道是从ER往外面送同样东西的。
【在 s******s 的大作中提到】
: 为什么会有人问这么"无聊"的问题呢？包括你啦，呵呵
: 一定是最近没试验闲着慌
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s******y
发帖数: 28562 | 11 呵呵，这个问题其实一点都不无聊。因为事关一些蛋白折叠的基本原理。
【在 s******s 的大作中提到】
: 为什么会有人问这么"无聊"的问题呢？包括你啦，呵呵
: 一定是最近没试验闲着慌
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J********n
发帖数: 534 | 12 This is known as the "positive-inside rule". Check out the following paper:
Nature Structural & Molecular Biology 13, 94 - 96 (2006)
doi:10.1038/nsmb0206-94
Flip-flopping membrane proteins
James U Bowie
However, if you are dealing with a "stubborn" protein instead of a "
hypersensitive" one, it might be tough to flip.
【在 f**u 的大作中提到】
: 我有个类似的问题，或许不那么无聊，不知道有没有人了解。
: 就是说如果已知一个膜蛋白，如果我想把它里外翻一个个儿，有没有办法？
: 比如有个通道是往ER里面输送什么的，我现在想搞个通道是从ER往外面送同样东西的。
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p*****m
发帖数: 31 | 13 其实这确实是一个有意思的问题，现在很多重要的membrane protein的biochemistry，
比如channels，receptors，都在reconstituted的system中间做，如果有方法能够flip
flop，比如能够让intracellular的surface变成extracellular，那么很多重要的
protein protein 相互作用都可能在biochemistry的水平上做以及被很多biophysics的
方法研究。
【在 f**u 的大作中提到】
: 我有个类似的问题，或许不那么无聊，不知道有没有人了解。
: 就是说如果已知一个膜蛋白，如果我想把它里外翻一个个儿，有没有办法？
: 比如有个通道是往ER里面输送什么的，我现在想搞个通道是从ER往外面送同样东西的。
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f**********e
发帖数: 1994 | 14 个人不相信这种基于 lattice model／monte carlo／pair potential 作出的结论。尤
其是 Skolnick
的文章。
【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢！果然问到了行家：）
: 查了一下，发现早就有人想过这种“傻”问题了，测试结果是大部分
: “逆”蛋白可以保留原蛋白的二级结构，但是三级结构会出错，经常是叠不好。
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f**u
发帖数: 346 | 15 感谢专家
【在 J********n 的大作中提到】
: This is known as the "positive-inside rule". Check out the following paper:
: Nature Structural & Molecular Biology 13, 94 - 96 (2006)
: doi:10.1038/nsmb0206-94
: Flip-flopping membrane proteins
: James U Bowie
: However, if you are dealing with a "stubborn" protein instead of a "
: hypersensitive" one, it might be tough to flip.
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K**4
发帖数: 1015 | 16 For those people who may be interested:
Did tRNA Synthetase Classes Arise on Opposite Strands of the Same Gene?
Molecular Cell, Vol. 10, 705–708
Histidyl-tRNA Synthetase Urzymes
CLASS I AND II AMINOACYL tRNA SYNTHETASE URZYMES HAVE COMPARABLE CATALYTIC
ACTIVITIES FOR COGNATE AMINO ACID ACTIVATION
THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY VOL. 286, NO. 12, pp. 10387–10395,
March 25, 2011
【在 s***m 的大作中提到】
: 能不能说一下具体是哪篇文章
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