e*****t
发帖数: 642 | 1 如果能建一个统计模型，把这三个整合到一起，是不是很cool？ |
d*******e
发帖数: 1649 | 2 好像有无数人在做这个
【在 e*****t 的大作中提到】
: 如果能建一个统计模型，把这三个整合到一起，是不是很cool？
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e*****t
发帖数: 642 | 3 really? i search some literature. only couples of paper talk about the model
of integration of these three.many ppl do model correlation between cnv and
gene expression or methylation and gene expression. but only few try to put
the three together. there are some statistical issues hard to handle.
【在 d*******e 的大作中提到】
: 好像有无数人在做这个
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t*d
发帖数: 1290 | 4 methylation 和 gene expression 相关性好吗？ |
d****u
发帖数: 1553 | 5 我觉得最重要还是你这个模型得够精确吧。很多时候模型分析出来得准确程度并不见得
就比纯手工实验得准确度高很多 |
s******s
发帖数: 13035 | 6 想入非非。这么一点信息就可以预测了，那帮做histone marker的都关门算了。
我这么说吧，你把什么methylation, histone, SNV, SNP, 其他各种marker
全加进去，算出来一个能解释90%的expression，我认为是没问题的，不过任然
没用， 换个细胞系得推翻重来。
【在 e*****t 的大作中提到】
: 如果能建一个统计模型，把这三个整合到一起，是不是很cool？
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l******u
发帖数: 936 | 7 这个是5年前的fashion了，叫 integrative genomics.
【在 e*****t 的大作中提到】
: 如果能建一个统计模型，把这三个整合到一起，是不是很cool？
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e*****t
发帖数: 642 | 8 5年前有CNV吗？
【在 l******u 的大作中提到】
: 这个是5年前的fashion了，叫 integrative genomics.
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e*****t
发帖数: 642 | 9 随着统计学方法的不断改进，总是会越来越精确。如果measurement的noise越来越小，
signal/noise越来越大的话。
【在 d****u 的大作中提到】
: 我觉得最重要还是你这个模型得够精确吧。很多时候模型分析出来得准确程度并不见得
: 就比纯手工实验得准确度高很多
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e*****t
发帖数: 642 | 10 做histone marker和这个不矛盾。现代生物学就是bench和计算相结合。你要找任何生
物现象的相关性，就得用统计模型，就像QTL 对gene mapping的贡献。有种你发
genomic paper，不用任何统计方法，能发的出去，我就佩服。
【在 s******s 的大作中提到】
: 想入非非。这么一点信息就可以预测了，那帮做histone marker的都关门算了。
: 我这么说吧，你把什么methylation, histone, SNV, SNP, 其他各种marker
: 全加进去，算出来一个能解释90%的expression，我认为是没问题的，不过任然
: 没用， 换个细胞系得推翻重来。
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l******u
发帖数: 936 | 11 早都有了，有FISH的时候就开始研究这个了，后来有了array CGH 就方便很多了，现在
的测序技术更是极大提升了这方向的研究能力。
【在 e*****t 的大作中提到】
: 5年前有CNV吗？
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l******u
发帖数: 936 | 12 为啥一定要用cell line 这么artificial的东西？
【在 s******s 的大作中提到】
: 想入非非。这么一点信息就可以预测了，那帮做histone marker的都关门算了。
: 我这么说吧，你把什么methylation, histone, SNV, SNP, 其他各种marker
: 全加进去，算出来一个能解释90%的expression，我认为是没问题的，不过任然
: 没用， 换个细胞系得推翻重来。
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e*****t
发帖数: 642 | 13 那时候的data还远没有到whole genome的程度。几十年前就有SNP了，那时候能做GWAS
吗？
【在 l******u 的大作中提到】
: 早都有了，有FISH的时候就开始研究这个了，后来有了array CGH 就方便很多了，现在
: 的测序技术更是极大提升了这方向的研究能力。
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s******s
发帖数: 13035 | 14 cell line都做不出来，组织就更不用混了。
我的point就是，yes, 你可以用统计方法拼命regression，加无数变量做个R2 0.9;
但是仍然没啥意义，因为如果是好方法，就要不仅能解释，还要能应用，也就是同样
用来解释其他cell line或者组织。如果你不把细胞特异性考虑进去，我觉得这种
model多半不work, 如果为了每个cell line都要做实验estimate一些新的variable,
意义也不大。
【在 l******u 的大作中提到】
: 为啥一定要用cell line 这么artificial的东西？
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l******u
发帖数: 936 | 15 array CGH 就是GWAS 的， 比10年前就有了。
GWAS
【在 e*****t 的大作中提到】
: 那时候的data还远没有到whole genome的程度。几十年前就有SNP了，那时候能做GWAS
: 吗？
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l******u
发帖数: 936 | 16 为啥“cell line都做不出来，组织就更不用混了。”牛人解释一下？
【在 s******s 的大作中提到】
: cell line都做不出来，组织就更不用混了。
: 我的point就是，yes, 你可以用统计方法拼命regression，加无数变量做个R2 0.9;
: 但是仍然没啥意义，因为如果是好方法，就要不仅能解释，还要能应用，也就是同样
: 用来解释其他cell line或者组织。如果你不把细胞特异性考虑进去，我觉得这种
: model多半不work, 如果为了每个cell line都要做实验estimate一些新的variable,
: 意义也不大。
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s*********t
发帖数: 600 | 17 CNV主要还是依赖于array的。
CNV－seq虽然有些人在做，但是并不好用。找CNV也不需要测序，array足以。
CNV还是最近两年得到重视的。
【在 l******u 的大作中提到】
: 早都有了，有FISH的时候就开始研究这个了，后来有了array CGH 就方便很多了，现在
: 的测序技术更是极大提升了这方向的研究能力。
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n******7
发帖数: 12463 | 18 array找breakpoint的精度也太差了吧？
【在 s*********t 的大作中提到】
: CNV主要还是依赖于array的。
: CNV－seq虽然有些人在做，但是并不好用。找CNV也不需要测序，array足以。
: CNV还是最近两年得到重视的。
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