w*****i
发帖数: 54 | 1 50×测序深度
是啥意思啊？ 是不是数字越大代表获得的信息越多？
还有，经常说到44M， 这个是测序结果的信息量44mega 吗？
求解 |
b****r
发帖数: 17995 | 2 就是平均或者最低一个序列被测了50次。nextgen seq是有错误率的，一段序列被测的
次数越多，潜在的错误就越容易被修正
50x基本上已经是天文数字了 |
j****x
发帖数: 1704 | 3 对于In-deep sequencing而言, 50X的coverage只能算是入门级
【在 b****r 的大作中提到】
: 就是平均或者最低一个序列被测了50次。nextgen seq是有错误率的，一段序列被测的
: 次数越多，潜在的错误就越容易被修正
: 50x基本上已经是天文数字了
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m*********r
发帖数: 2456 | 4 Agree!~
【在 j****x 的大作中提到】
: 对于In-deep sequencing而言, 50X的coverage只能算是入门级
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d*p
发帖数: 534 | 5 For my understanding, 44M equals to 44 million reads or sequences per lane. |
s******s
发帖数: 13035 | 6 测序都是鸟枪法，也就是黑布袋里随便抓一段DNA测，测完再去抓。
1x意思就是100m的genome，你测序总量也到了100m, 但是实际上必然
很多序列测了多次，很多序列没测到。一般看genome 30x是至少，
做到50x甚至100x都可能。
【在 w*****i 的大作中提到】
: 50×测序深度
: 是啥意思啊？ 是不是数字越大代表获得的信息越多？
: 还有，经常说到44M， 这个是测序结果的信息量44mega 吗？
: 求解
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D******9
发帖数: 2665 | |
w*****i
发帖数: 54 | 8 谢谢大家~50x 的意思明了了。
这个44M 还没懂。 看agilent的测序，human exome 有三种：38M, 44M, 50M，
这三个数字（38,44,50）有啥意义吗 为啥没有40M，45M ? |
c**********6
发帖数: 1173 | 9 这个是做target enrichment的时候你要富集的exome的size
就是三个不同的design
【在 w*****i 的大作中提到】
: 谢谢大家~50x 的意思明了了。
: 这个44M 还没懂。 看agilent的测序，human exome 有三种：38M, 44M, 50M，
: 这三个数字（38,44,50）有啥意义吗 为啥没有40M，45M ?
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s*********x
发帖数: 1923 | 10 补充一点，在这个例子中，如果你用solexa，每个read是36bp的话，100m/36 = 2.7
million monoclonal reads, 就可以claim 1X coverage了
【在 s******s 的大作中提到】
: 测序都是鸟枪法，也就是黑布袋里随便抓一段DNA测，测完再去抓。
: 1x意思就是100m的genome，你测序总量也到了100m, 但是实际上必然
: 很多序列测了多次，很多序列没测到。一般看genome 30x是至少，
: 做到50x甚至100x都可能。
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w*****i
发帖数: 54 | 11 不好意思，三个不同的design
是啥意思
我知道capture的时候，有的用 oligos, 有的用chip
你的意思是设计oligo/chip时候就限制了exome的size 是38M,44M,50M?
【在 c**********6 的大作中提到】
: 这个是做target enrichment的时候你要富集的exome的size
: 就是三个不同的design
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c**********6
发帖数: 1173 | 12 就是三个不同的exome capture的design
最早的design是38M，然后出了v2是44M，加了一些新的或者以前没有包括的exon，然后
又出了50M的design
【在 w*****i 的大作中提到】
: 不好意思，三个不同的design
: 是啥意思
: 我知道capture的时候，有的用 oligos, 有的用chip
: 你的意思是设计oligo/chip时候就限制了exome的size 是38M,44M,50M?
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w*****i
发帖数: 54 | 13 不好意思啊各位，跟进再问一声，
50M 是不是差不多cover了所有exome啦
人的exome不是说是基因组的1%，那大小最多也就几十M吧 |
