M****e
发帖数: 178 | 1 准备用NimbleGen-tiled microarrays做DNA methylation. 不知版上是否有前辈做过，
有几个关于数据分析的问题向请教一下。
1. 从机器上得到的原数据是否是每个probe的density？
2. Bioconductor 中有做ACME的package， 似乎可以得到significance (p value) for
each probe/region/promoter. 但这只是针对每个单独样品， 不能做样品之间的比较
。而且，这个p value能否当作quantitative value 来用， 还是选定cut-off p value
后只能得到yes/no for each probe?
3. Bioconductor 还有其他一些packages (Ringo, biomaRt, topGo), 好像也可以分析
DNA microarray data, 还能做样品间比较，但不知对NimbleGen-tiled microarrays
的data 是否适用？
如果有这方面的经验，能告知分析的大致流程，就再好不过。 非常感谢。 | r*****o
发帖数: 140 | 2 好像DNA Methylation得到的数据叫做什么beta的？ |
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