t**k
发帖数: 16 | 1 PLINK 里面可以作一种叫做condition的分析，我感觉上好像是这样：
condition 某一个snp-A，来看其它snps的 p value变化，
用来分析假定某个snp-A无显著性差异的情况下，其它snps的p value变化，用来解释，
另外snps的 差异是由于本身差异
还是由于和snp-A 的 correlation造成的
还有一种haptype condition 不明白是干什么用的！ 请高人们指点一下，这些东西能
干什么？
p value应该都是单独marker 自己比较出来的， condition A 观察 B 的变化， 和
condition B 观察 A 的变化有什么不同
么？
新人不胜感激！ |
e*****t
发帖数: 642 | 2 you need to understand what's conditional probability.
it's simple. i cannot type formula here. see the wiki link:
http://en.wikipedia.org/wiki/Conditional_probability |
e*****t
发帖数: 642 | 3 老板走了，我就在多敲几个字把。hehe
就像你说的，snp有correlation，他们之间不是完全的independent。snpA的表达可以
影响到snpB的表达，特别是他们位置上很近。
conditinal probablity的公式：
p(A|B)=p(A交B）／p（A）.
p(B｜A）＝p(A交B）／p（A）。
所以，condition A 观察 B 的变化， 和 condition B 观察 A 的变化是不同的东西。
pLINK应该会自动给你计算这个。我是很久之前学的plink，都忘记了。 |
t**k
发帖数: 16 | 4 谢谢大师指点！ 我研究了半天，发现condition A的时候， b c d e f 。。。 所有
的其实都变化了，以前不显著的，有变得非常显著，有的非常显著，变得不显著了。
还是挺混头转向！ |
