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发帖数: 206 | 1 想问问大家都是怎么找的
我以前一直用blast,可是blast的结果一般都是一堆，很难决定该取前面几个。
大家有什么好的办法么？
多谢了 | y******e
发帖数: 277 | 2 最简单的方法就是r-blast
如果 [gene a from database A] -> [blast against database B] -> [obtained a
list of potential gene a homologs in B: b1, b2, b3...] -> [take b1 to blast
back against database A] ->
if b1 retrieves gene a as the top hit => b1 is the homolog of gene a
if b2 retrieves.......................=> b2 is ....................a
以此类推。。。。
不过这是最简单的
一般如果你特定的要深入研究某个基因
还要建tree的
处理blast-returned hits的时候也要考虑上下hits的Evalue差别，等等 |
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