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发帖数: 911 | 1 这里系统指溶液中DNA分子的集合.
我们的模型里面, ATP用来驱动Proofreading, 也就是那个激发TOPO
II的不可逆过程.
另外一个ATP的能量用来驱动DNA的输运不可逆过程. 这些外加的能量分成两个部分:
一部分用来驱动反应过程中TOPO II的位形变化, 其它的部分就导致DNA拓扑分布
偏离平衡态. 我这里对它们作个估计.
设共有N个DNA分子, 有N1个在e1能级, N2个在e2能级, N=N1+N2.其中e1是Unknot
构型的分子能级, e2是Knot构型的分子能级. 我这里用了双能级近似, 是因为在
众多的可能不同的Knot中, 绝大部分都是所谓3-扭结(Trefoil).
那么在热力学平衡态下, 分子能级分布满足Boltzmann分布:
N1/N=c*Exp[-e1/(Kb*T)];
N2/N=c*Exp[-e2/(Kb*T)];
其中Kb是Boltzmann常数.
平衡态分布的Fraction, 对97年实验的实验条件和分子长度来说:
F_eq=N2/N1=0.02=>N1=N/(1+F_eq)
由此推知
e2-e1=4 (Kb*T)
这样我们就得到了 |
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