l**1
发帖数: 64 | 1 同济大学生命科学与技术学院江赐忠课题组招聘启事
诚聘博士后2名
本研究组主要从事表观遗传基因调控机制。研究角度主要从胚胎和干细胞(ESC与iPSC)
两个层次。主要技术包括ChIP(染色质免疫沉淀)、高通量测序、生物信息学和基因组学
等手段。实验室主页见 http://www.tongji.edu.cn/~czjiang 。
待遇：
在同济大学博士后标准的基础上，课题组对于优秀博士后将提供具有国内竞争力的特别
薪酬资助。
资格要求：
1. 具有博士学位；
2. 在生命医学领域做出过出色成果，具有学术发展潜力；
3. 工作认真踏实，学术道德良好，有责任心和协作精神, 可独立开展工作，具有较强
的发现问题、解决问题的能力。
工作内容：
湿试验博士后：
以果蝇与干细胞为模型，运用ChIP-seq技术，结合生物信息学手段，研究分析胚胎发育
、干细胞多能性维持与分化、重大疾病发生发展中关键组蛋白修饰、核小体重塑、特定
转录因子间的相互作用，及表观遗传基因调控机制。（掌握下列技术者优先: 细胞培养
、干细胞分化、ChIP）
生物信息学博士后：
分析RNA-seq、ChIP-seq、MeDIP等高通... 阅读全帖 |
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j*******n
发帖数: 8 | 2 最近用TAU胶想分离组蛋白修饰 请问这样切下来的胶能直接去送Mass Spectrum吗？
有没有人能分享一些这方面的经验？ |
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l**1
发帖数: 64 | 3 同济大学生命科学与技术学院江赐忠课题组招聘启事
本研究组主要从事表观遗传基因调控机制。以果蝇与干细胞为模型，运用ChIP-seq技术
，结合生物信息学手段，研究分析胚胎发育、干细胞多能性维持与分化、重大疾病发生
发展中关键组蛋白修饰、核小体重塑、特定转录因子间的相互作用，及表观遗传基因调
控机制。主要技术包括ChIP(染色质免疫沉淀)、高通量测序、生物信息学和基因组学等
手段。实验室主页见 http://www.tongji.edu.cn/~czjiang 。
待遇：
受聘者将协助指导研究生。采用新机制进入同济大学高等研究院，具有国内竞争力的薪
酬和其它福利。副研究员:10-20万元/年，学校提供过渡廉租房。博士后8万起，学校提
供公寓住房。
应聘副研究员资格要求（湿试验）：
1. 具有2年或以上博士后经历；
2. 在生命医学领域做出过出色成果，以第一作者或通讯作者（均含并列）在本领域国
际知名SCI期刊上发表过文章；
3. 有很好的英语阅读、写作和交流能力；
4. 工作认真踏实，学术道德良好，有责任心、钻研和协作精神，能独立开... 阅读全帖 |
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g******a
发帖数: 63 | 4 Thanks. In fact, i have no idea, otherwise, i won't be so desperate to ask
questions on mitbbs.
H3 |
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s*********t
发帖数: 600 | 5 跟转录抑制有关，H3K27me1 K9me3，激活的选K4me3
在TSS前选几段 做Q PCR试试 |
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s*********t
发帖数: 600 | 7 transcription start site |
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l**********1
发帖数: 5204 | 8 You can try by this novel Nucleic acid/s binding Protein/s intrinsic
fluorescence analyzer for your experiment:
References:
//www.auc2012.uthscsa.edu/Duhr/Nature_Communications_Wienken_etal.pdf
//www.auc2012.uthscsa.edu/Duhr/MST_Publications.pdf
plus link:
//www.auc2012.uthscsa.edu/Duhr/Technology_Summary.pdf
NT.LabelFree: Measuring with intrinsic fluorescence:
Since no label is needed, also samples that might be sensitive to a labeling
procedure (e.g. some membrane receptors) can be measured.
... 阅读全帖 |
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C********4
发帖数: 308 | 10 这个epigenetics一点都不太数学呀 不过现在开始进入omics阶段,计算机也许需要些,
不过如果你不是专门做bioinformatics,那也不必担心
传统的大牛 就Danny Reinberg, Yi Zhang ,CD Allis 搜一些他们写的综述读读
要是想再多了解
Or Gozani@stanford, Xiaobing Shi滴老板
Timothy Bestor 做DNA甲基化
Jeannie Lee，X染色体失活
Jürg Müller@马普, Giacomo CAVALLI, Pirrotta 做polycomb
做植物的Steve Jacobsen, Jian-Kang Zhu
做histone variants的 Steve Henikoff, Genevieve Almouzni, Carl Wu
做干细胞的Rudolf Jaenisch
做omics的Keji Zhao, Richard Young
做DNA甲基化的Peter Jones, Adrian Bird, Wolf Reik, Azim Surani
做组蛋白修饰的Jerry Workman,... 阅读全帖 |
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C********4
发帖数: 308 | 11 这个epigenetics一点都不太数学呀 不过现在开始进入omics阶段,计算机也许需要些,
不过如果你不是专门做bioinformatics,那也不必担心
传统的大牛 就Danny Reinberg, Yi Zhang ,CD Allis 搜一些他们写的综述读读
要是想再多了解
Or Gozani@stanford, Xiaobing Shi滴老板
Timothy Bestor 做DNA甲基化
Jeannie Lee，X染色体失活
Jürg Müller@马普, Giacomo CAVALLI, Pirrotta 做polycomb
做植物的Steve Jacobsen, Jian-Kang Zhu
做histone variants的 Steve Henikoff, Genevieve Almouzni, Carl Wu
做干细胞的Rudolf Jaenisch
做omics的Keji Zhao, Richard Young
做DNA甲基化的Peter Jones, Adrian Bird, Wolf Reik, Azim Surani
做组蛋白修饰的Jerry Workman,... 阅读全帖 |
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g*********5
发帖数: 2533 | 12 抗体wb就一条带吗？
一直有个疑问，如果抗体多条带的话，免疫荧光和免疫组化总能得到一些信号的...
我实验室一个人，做病理的，像我说santa cruz的抗体质量好。
可能每次片子都能得到信号吧。 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 13 做western或者if
目前好像没人做报告系统。 |
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m******n
发帖数: 121 | 14 目前我只希望有一直类似于前者的那种甲基化总量，还没想要涉及到具体基因。。。。 |
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m******n
发帖数: 121 | 16 主要是我做if以后看到同种细胞一些明显有甲基化而另一些没有甲基化，然后我就想可
不可以看看它们是在发育不同时间而有不同甲基化或者说其实它们是同一类细胞下的两
个亚型。。。。 |
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s******y
发帖数: 28562 | 17 我记得前一阵子有人说过用promoter methylation 来控制reporter表达的方法
来测量细胞内部的总体的甲基化活性？ |
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m******n
发帖数: 121 | 18 是文献还是谁的报告啊？全部的甲基化？有可能做到某个特定氨基酸的甲基化么？ |
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S*********e
发帖数: 127 | 21 check Mary Goll's recent work on Gal4-UAS system in zebrafish. |
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a*******a
发帖数: 4233 | 22 是不是line1的promoter？
好像看到过。 |
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m******n
发帖数: 121 | 23 就是k27的。。其实我也是希望只显示k27的甲基化变化。。。。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 24 LZ 要找个mentor lab 问下对方 啦
比如 Fan GP of UCLA:
Fouse, S. et al. and Fan, G. (2008)
Promoter CpG methylation contributes to ES cell gene regulation in parallel
with Oct4/Nanog, PcG complex, and histone H3 K4/K27 trimethylation..
Cell Stem Cell 2: 160-169.
//faculty.bri.ucla.edu/institution/personnel?personnel_id=45766
and his group one N sister paper about DKO mice strain:
Feng J et al. and Fan G. (2010)
Dnmt1 and Dnmt3a maintain DNA methylation and regulate synaptic function in
adult forebrain ne... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 25 or try below his another contact web link:
范国平教授在2009年起任同济大学讲座教授。他1986年从南京大学生物化学本科毕业，
同年考入中科院上海细胞生物学研究所读研究生。1990年赴美留学，1995年获美国凯斯
西储大学神经科学系的博士学位， 1994年底-2001年初在麻省理工学院Whitehead
Institute 做博士后；2001年初至今任美国加州大学洛杉矶分校医学院人类遗传学系的
终身制助理教授、副教授、正教授
//life.tongji.edu.cn/Show.aspx?info_id=1235&info_lb=302&flag=98 |
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h***l
发帖数: 168 | 26 Hiroshi Kimura developed some nice Fab antibodies to monitor histone
modifications in live cells - for example:
Nucleic Acids Res. 2011 Aug;39(15):6475-88
Not whole organism level, yet... |
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m******n
发帖数: 121 | 28 这个不错哎，先阅读一下他的文章，其实我准备在组织切片里面做。。。。。 |
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C********4
发帖数: 308 | 29 比如，我要看mouse HOXA9这个基因在ES细胞里面，promoter区的H3K27、DNA甲基化修
饰情况。
这类data是不是都有个公用网站，供查询啊？
能否给个详细点的链接？
谢谢！ |
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u**********d
发帖数: 573 | 32 UCSC genome browser进去后，有一个“track search”的按钮，点进去就是搜索栏啦
，搜到了想要的，勾上，选择用“full”来显示，然后回到browser，就有了。
如果你是想砍人的，ENCODE爆了很多ChIP-seq的数据，一般都能搜到。如果是想看老鼠
的，UCSC里又搜不到，怎么办呢？
1.去我上面贴的那个NCBI的epigenomics的链接，那里面分物种分细胞类型再分不同的
ChIP-seq实验，扫描一遍看看有没有想要的，要是有，那么就选中并进入browser模式
（把你的鼠标到处试探一下，其中一个按钮就是进入browser的），就可以看了，还可
以切换到UCSC browser里去显示，挺强大的。
2.要是NCBI还是没有，那就杯具了，只好将就下了：比如这个suz12吧，你可以看看
K27me3或者Ezh2的数据来代替一下；或者看看人的同源基因上面的分布来大体推测一下。
good luck！ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 35 unfieldified (未场化的蛮) is MATRIX
in this bioinformatics topics
it is matrix mior/interests not major. |
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b******n
发帖数: 4225 | 36 你突变体纯合子能被抗体检测，是western还是免疫组化？
突变体纯合子的mRNA可以做primer extension，看看是不是有alternative start
codon
想降低qPCR本底水平，引物可以设计一端priming在exon1，另外一端在别的exon或者5'
-UTR |
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C********4
发帖数: 308 | 37 PKM2 phosphorylates histone H3 and promotes gene transcription and
tumorigenesis. Cell
这篇文章中用到knock down组蛋白Histone H3，能kd得干干净净，再把mutant H3导回
去，用western检测。这是非常牛逼，天下第一的技术，全世界只有这个实验室能做到
。哈哈哈哈。 |
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U******m
发帖数: 2349 | 38 有没有搞组蛋白的专业人士出来评论一下呀？
BLAST了一下，貌似那么shRNA序列是 target H3.3B (H3F3B) 的，
是不是这个 H3.3B 在他们所用的系统里是主要的 H3 ？ |
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a*******a
发帖数: 4233 | 39 peptide blocking撒。。
你chipseq下来总要找几个target做chip-realtime验证吧。
side by side用对应的peptide block掉抗体，再realtime检测target。
比较快，大家也认可。
组蛋白修饰的抗体非特异的很多，前阵子还专门有人发了个nature structure xxx验证
了几十种抗体，哪些特异哪些不特异。
An assessment of histone-modification antibody quality
http://t.cn/zWeHjmj
Antibody validation database
http://t.cn/zWeHjmW |
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b****e
发帖数: 52 | 40 age是match的,因为是TKO,用DKO mate的,而且P0就死了,所以只好用P0的B6 pups做对照
. KO应该不是纯的B6,棕色的毛.Variation大的话只能多做几组吗? |
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K**R
发帖数: 193 | 41 我师兄说，自己配的和kit没啥差别，现在实验室没钱了，不买kit了25次400多，如果
你要买，我师兄是用millipore的， 我都是自己配，
里面溶液都是常用的，比如Nacl triton什么的，
反正我认为做chip最关键的是抗体第一，sonication第二。 如果你做transcription
factor，比较难，但是做常用的组蛋白的，还是丰度很大的，加油 |
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b*******0
发帖数: 48 | 42 最近在做小鼠大脑切片的immunohistochemistry, 大脑是先心脏灌注PFA, 1:1 PFA :
sucrose 过夜，30% sucrose 3h.
OCT embedding. 然后cryostat 切片10um. 想染的蛋白主要是在cytoplasm。 先室温干
燥，然后extraction buffer 10 min, block 30min, Primary Ab 4oC ON. wash.
Secondary Ab . 试过Cy5 anti-rabbit, Alexa fluor 350 anti-rabbit. 好像都没有
荧光。
请问是Primary ab 浓度太低了，还是extraction buffer 不够啊。
谢谢。 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 43 不用，直接细胞裂解煮10分钟去上样
我的条件是.45nc膜300毫安45分钟
做了6年组蛋白修饰的爬过
要是用ripa extract估计是拿不到 |
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m*****e
发帖数: 22 | 44 感觉神经的发育，记忆的形成本来需要蛋白质的合成，自然需要对染色体进行修饰启动
基因表达。
如果仅仅从需要基因表达的角度来说，无非验证了表观遗传学里各种修饰对基因表达的
影响(如组蛋白乙酰化促进基因表达），和神经系统里需要基因表达(如长时记忆的形成
需要基因表达)这连个假说。
现在提出不同的修饰方式对应不同的基因表达，从而回答细胞命运，形态的多样性，和
早期不同经历存储为不同记忆的假说。
但是，不能解释的是修饰方式的多样性，远远赶不上细胞类型，形态，和个体经历的多
样性
怎么说 |
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j****x
发帖数: 1704 | 45 这里我倒是还知道一个“唯二”的特例：
如果在哺乳动物表达质粒的转录单位后面接上一段nuclear scaffold matrix
attached region（SMAR序列），那么该质粒就可以在不需要真核复制起始位点的情况
下以episome的形式存在并跟随基因组染色体在细胞分裂的过程中自我复制无需任何其
他条件。这种情况下的组蛋白的结合和修饰都是存在的，但有其特殊性。 |
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M*******T
发帖数: 66 | 46 据说有清华的参与。
我不是做蛋白的，什么都不懂。不过如果能建中心做那么多数据出来，至少不是坏事。
生物数据本身也是资源吧。
详细说说，怎么个平庸法？ |
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w****6
发帖数: 169 | 47 顶这个帖子，说得很好。
我博士也做过结构，呵呵，也解了一个好些组一直在做，但很多年来都没解出来的结构
。现在做薄厚就转方向了，在细胞水平筛药。理由和你的帖子说的很类似。
rate |
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s*****5
发帖数: 52 | 49 大家好，我博士四年级。做的方向主要是基于LC-MS的proteomics分析，主要负责整个
课题设计，样品处理，数据分析以及给出一些biological story等等。仪器分析这块是
高度固定化的方法，所以这块背景并不是很强。 不想之后再做学术了，想去industry
找工作，但是因为不清楚proteomics这个方向的就业形势到底是怎么样的，job market
是扩大还是缩小。所以发帖来问问，希望有相关领域的前辈能多多指教，万分感谢。
实验室还有一个方向是mAb定量，以及一些蛋白的定向的绝对定量，似乎在工业界更好
找到工作，不知道是不是这样。如果是的话，也在考虑是不是做这个方向。 |
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s*****5
发帖数: 52 | 50 大家好，我博士四年级。做的方向主要是基于LC-MS的proteomics分析，主要负责整个
课题设计，样品处理，数据分析以及给出一些biological story等等。仪器分析这块是
高度固定化的方法，所以这块背景并不是很强。 不想之后再做学术了，想去industry
找工作，但是因为不清楚proteomics这个方向的就业形势到底是怎么样的，job market
是扩大还是缩小。所以发帖来问问，希望有相关领域的前辈能多多指教，万分感谢。
实验室还有一个方向是mAb定量，以及一些蛋白的定向的绝对定量，似乎在工业界更好
找到工作，不知道是不是这样。如果是的话，也在考虑是不是做这个方向。 |
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