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g*****d 发帖数: 70 | 3 哦?
我还以为这种来自病人的大量数据比体外的所谓机制研究更valuable |
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k****n 发帖数: 158 | 4 导师要看合作者的一批基因芯片数据,把和我们相关的通路做了go分析,然后想转换到
affymetrix ID看看芯片数据的情况。请教有没有什么方法可以批量把go 的基因转换到
affymetrix ID的?
谢谢 |
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l*h 发帖数: 4124 | 5 因此也有不少人把系统生物、基因芯片、其他高通量技术、生物信息学等甚至不是同一
层次的东西混为一谈。 |
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c**********r 发帖数: 2372 | 6 我手里有个基因芯片的结果,我想用全部数据做个GO分析
那些免费软件像GenMaPP啊,Pathwayminer啊,总是认不出我的基因ID
分析数据半小时,搞格式……很久……昨天刚搞了一天数据格式,还是没办法
我用的是Agilent家的芯片,他家给出来的结果是这样子的,见附件1
sequence ID 和sequence code好像是他家自有的系统,那些GO分析软件不识别
raw data里倒是有NM开头的可识别ID,见第二个附件。不过一个一个比对粘贴太苦逼了
,coding我又不会。
版上有谁处理过他家数据的么,求指教啊 |
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B******s 发帖数: 52 | 7 或许是我论述出了问题,最后变成我在攻击KO了。本来只是举个例子而已。我本意是觉
得KO早就该变成PCR一样的实
验手段了,还有太多PI靠着这种技术去找更重要的基因来意图发大文章。就像生物信息
学里面GWAS的人用相同的技术
不断的找显著性相关的SNP然后就发一堆文章。。。如果是成熟的技术就该尽量分配到
技术公司外包,一方面解决生
物口苦逼的现状,一方面可以促进技术公司增长。举个相对的例子,就是sequencing
和 基因芯片 。。。甚至以后的
crystallography 和 imaging
国家的基金,养廉价博后可以,一样也可以靠市场去养技术公司。
我也不知道为什么就默认我在鼓吹modelling和sysbio。。。或许是我本来就说不清道
不明,太纠结细节了。
呵呵,罢了,争论这些没啥用
好好过好自己的生活就够了 |
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t*d 发帖数: 1290 | 8 Depend on what you need.
for differentially expressed genes, ttest in Excel is good enough.
Or SAM has a Excel version. |
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f******g 发帖数: 1003 | 13 谢谢,
试试。
看到国内的不少东西开始做的很专业,挺高兴的。
unveils |
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f******g 发帖数: 1003 | 15 我看了几天bioconductor, 没有弄太明白,感觉界面不易懂,而且也没有一个详细的
傻瓜式的protocol,可以让大家跟着做。
我还是决定用dChip了,虽然功能不是很强,但是对我够用了。
这个数据是为修稿准备的,主要看老板如何解释了。 |
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a***y 发帖数: 19743 | 16 RNAseq分析还在探索中吧。至少Microarray的分析已经很robust了。当然内在技术缺陷
是比较难客服的。 |
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a***y 发帖数: 19743 | 17 这个是入门比较难。不过dChip现在还有人用么? |
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f******g 发帖数: 1003 | 18 不知道还有没有人在用,但是dchip一直在更新。 |
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l**********1 发帖数: 5204 | 19 'dChip' 的对应 R version 不能对应WIN7 悲剧鸟
if from next 2014 May WINXP 悲剧鸟 2 from microsoft suspended WINXP back up
service then Byebye 'dChip' ?
explain:
'dChip' should run in R code mode but
but
>
Install R. This interface does not work with the latest R. Please install R
2.3.1 or R 1.6.2 instead. At the “Select Components” dialog you may only
select “main files”. Start R through “Start/Programs/R” to confirm R is
installed properly; later on dChip will automatically start R. For R-COM to
run prope... 阅读全帖 |
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l**********1 发帖数: 5204 | 20 Bedutils
NGSUtils is a suite of software tools for working with next-generation
sequencing datasets. Staring in 2009, we (Liu Lab @ Indiana University
School of Medicine) starting working with next-generation sequencing data.
We initially started doing custom coding for each project in a one-off
manner. It quickly became apparent that this was an inefficient manner to
work, so we started assembling smaller utilities that could be adapted into
larger, more complicated, workflows. We have used the... 阅读全帖 |
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b****r 发帖数: 17995 | 21 我们这正是最早开始卖临床药代多态基因芯片的
当年可是寄予厚望啊 |
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b******k 发帖数: 2321 | 22 一个分子生物学技术主管/经理的位置 有兴趣的同修可以直接联系他们负责人 下面是
中英文的job description
南京艾启瑞分子生物技术有限公司
南京艾启瑞分子生物技术有限公司是一家由海外归国科学家创办的,专注于开发和提供
当今最领先的肿瘤和遗传病分子生物学诊治技术。本公司位于南京高新技术开发区,去
年入选并得到著名的南京"321"人才计划的大力支持。
分子生物学技术主管/经理
学历和经验要求:
o 分子生物学、生物化学、细胞生物学,病理学专业硕士或博士学位
o 具有扎实的分子生物学理论基础。丰富的DNA、RNA和定量 PCR (TaqMan) 等有关分子
生物学技能 (3年以上经验)
o 较强的英语阅读和口语水平
o 具有一定的管理经历和经验
o 能熟练运用Office Word、Excel、Powerpoint和有关视图软件
职位描述:
o 上任后将在美国进行短暂的技术转让学习,回国后负责公司整个肿瘤分子检测技术流
程的技术转让,建立和运行
o 负责组织建立并实施质量体系
o 负责新产品的开发、创新与引进。开发以基因芯片和基因测序为平台的检测产品
o 制订并组织实施技术人员... 阅读全帖 |
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f******g 发帖数: 1003 | 23 我用Nanostring这个技术的到一些数据,在KO细胞里面发现有30个基因表达量有变化。
如图(我只拿5个基因来举例)。
我的问题是,有没有更好的图标来呈现这些数据。想基因芯片的数据那样的heatmap的
图。
谢谢 |
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w***g 发帖数: 5958 | 24 所有的方向都是这样的。一个方向成熟后大家就会move on去研究新东西了。
没有成熟的时候总有人浑水摸鱼。得到利益的往往是搞politics的而不是真正对科学有
贡献的。
关于热门的机器学习技术在生物学上的应用,我可以这么argue。
一般能总结成规律的都是一些strong signal,可能>95%的情况都满足这些规律。用这
些规律做预测
也很容易。但很多情况下规律没有被总结出来,已知的信息都是一些weak signal,可
能只对10%的样本
有60%的可能性是正确的。目前同过各种途径可以很便宜地得到大量这种weak signal,
比如测序和
基因芯片,甚至挖掘论文文本等显然有问题的方法。机器学习可以以一种暴力的方法把
众多含有独立成分的weak signal
融合在一起产生一个strong signal。机器学习得到的不是真正的知识,但是一方面,
机器学习使得
人们在真正的规律被总结出来之前有了另一个进行预测的手段。另一方面,生物专家对
机器学习的调优
和对结果的解读可能会帮助总结出真正的规律。
长。 |
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f******g 发帖数: 1003 | 25 其实,oncogene只是个定义,在基因芯片或者连锁分析发现一些基因在肿瘤中上调,然
后做了一些体外实验,就说这个基因是oncogene,
具体这些oncogene在体内的功能还需要进一步研究,knockin小鼠是不是会产生肿瘤,
如果是胚胎至死的,inducible knockin mouse是不是会引起肿瘤。
如果能引起肿瘤的话,才能说这个基因是oncogene. |
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h*******a 发帖数: 232 | 26 【 以下文字转载自 WaterWorld 讨论区 】
发信人: herochina (中华英雄), 信区: WaterWorld
标 题: 哇,这个海归一年就把公司搞上市了!
发信站: BBS 未名空间站 (Mon May 19 22:15:46 2014, 美东)
什么来历?怎么一年就上市了?而且还是UCLA的副教授,我压根就找不到她的背景啊。
5月8日下午,宁波美丽人生医药生物发展有限公司挂牌仪式在上海股权托管交易中心隆
重举行。宁波市委常委、组织部部长杨立平,宁波保税区管委会主任、党工委书记郁伟
年,宁波美丽人生公司董事长田晓丽博士,挂牌企业推荐机构富由资本代表和上海股权
托管交易中心相关领导出席仪式并致辞。
“十二五”期间,宁波市围绕建设现代化国际港口城市和打造海洋经济发展核心示
范区的战略定位,牢牢把握创新驱动、人才支撑这一根本路径,构筑高端人才汇集、创
新要素集聚、创业激情涌动的“蔚蓝智谷”。城市的竞争归根到底是人才的竞争,近年
来,宁波市和宁波保税区市区两级联动,抓住当前海外高层次人才交流合作更加频繁、
人才资源转移日趋活跃的时机,以前所未有的力度提升引才育才工作效度,... 阅读全帖 |
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j*******e 发帖数: 23 | 27 我在深圳开了一家小公司( www.pacgeno.com),刚刚起步,已经拿到了风投。现在主要
的目标是开发基因测序仪。目前公司的CTO职位还是空缺,国内找不到合适的人。如果
各位网友中有二代基因测序仪器开发经验,或者做过基因芯片,或者对单分子荧光检测
有经验的优秀PHD,欢迎加入。公司的待遇还行,更重要的是CTO会有股份期权。
基因测序是国内外最热最有前途的领域,因此欢迎回来和我们共同创业 |
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b*h 发帖数: 637 | 28 这个到底有多可靠??
导读】徐峰,前美国Perkin Elmer 生命科学部中国区负责人,于2011年创办了美生生
物。他为这家公司打出的口号是:一张芯片筛查105种疾病。其中包括28个肿瘤、12 个
心脑血管、11个精神及智力疾病筛查,总共涉及413个基因指标。
在徐峰看来,这105种疾病筛查里,包含着单基因病和多基因病,单基因病是可以
明确检测的,多基因病也能通过筛查发现患病的可能性,从而将现有的科学成果服务于
生活。在他之前,中国已不乏类似公司。徐峰在商业计划书里,将自己与联合基因做了
区隔,后者也曾号称提供智力及疾病等的筛查,但其产品及商业模式均遭到了质疑。徐
称,在技术上,联合基因的方法学是SNP stream,是老一代产品,假阳性率高,批间稳
定性差,成本高。美生生物的方法学是Golden Gate,这是第二代产品,稳定性好,成
本也更低。
在商业模式上,联合基因采用了连锁加盟及地区代理的模式,这让其一度卷入传销
、骗局等纠纷里。美生生物则在效仿美国23andMe的基础上融入了本地化色彩,其一是
药房网络营销模式,其二是美生体检中心模式。
相比联合基因动辄上万元的报价,美生... 阅读全帖 |
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r******0 发帖数: 357 | 29 BMC终于在最近做了一件值得尊敬的事情。我敢说下面的狗屎99%都是所谓的个性化生物
“信息”“润色”的畸形怪胎。一般以所谓的Meta分析或者随便下载一套狗屎基因芯片
数据,然后做一些似是而非的烂分析,发一堆垃圾,一篇文章卖给忙于召妓的医生5万
到10万。
1.
Retraction Note Open Access
Retraction Note: Impact of guidewire selection and operator expertise on
radiation exposure in transradial angiography
Jianmin Yang, Ningfu Wang, Xiaoshan Tong, Xianhua Ye, Liang Zhou, Guoxin
Tong, Yun Shen, Shuzheng Lv
Journal of Cardiothoracic Surgery 2015, 10:42 (27 March 2015)
Full text | PDF
2.
Retraction Note Open Access
Retracti... 阅读全帖 |
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b**********a 发帖数: 930 | 30 范衡宇(东北人) 博士
浙江大学生命科学研究院教授、研究员、博士生导师
教育和工作背景
1993-1997: 东北农业大学生物工程系 学士
1997-2000: 东北农业大学生命科学学院 动物组织胚胎学硕士
2000-2003: 中国科学院动物研究所 生殖生物学博士
2003-2006: 美国德克萨斯大学西南医学中心(UTSW)分子生物学系博士后
2006-2009: 美国贝勒医学院(Baylor College of Medicine)分子与细胞生物学系博
士后
2010-至今: 浙江大学生命科学研究院教授、研究员、博士生导师
学术奖项与活动
2002:中国科学院动物研究所 优秀研究生奖
2003:中国科学院 院长优秀奖
2009:美国国立卫生研究院 杰出研究奖学金 (Ruth L. Kirschstein National
Research Service Award, National Institute of Health, USA).
2009:北美生殖生物学会 优秀研究奖 (Lalor Foundation Merit Award)
2010:国际卵巢生物学会 杰出青... 阅读全帖 |
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k*****n 发帖数: 417 | 31 http://www.zhihu.com/question/35675234
我来说说张生家。
张生家在国外的时候就是各种无法无天。这次他做出这事来我一点都不意外。关于这个
人,我的评价只有一句:见过恶心的,没见过这么恶心的。哦,或许我说的不太对,还
有一个人和他一样恶心,就是他老婆叶菁。和叶菁的接触虽然不多,但是几件事就足够
让我认定她和她男人是一路货色,只是表现方式不同,张生家张狂而直接,叶菁委婉而
含蓄,但是他们的最终目的都是一样的。叶菁的事情我先不说,先说说张生家。
那些逼迫学生每天工作12个小时以上,节假日无休,让学生做家务,性骚扰女学生之类
的事情,我就不一一说了。既然这次他坑了合作者,那我就先说说他坑其他合作者的事
情。
这人在德国念的博士,他的强项在于分子和病毒,而对于神经生理,则是门外汉。因此
,老板让他和一个新来的博士后合作,那个博士后是做电生理的,没有分子的经验,用
了他的质粒和病毒。结果,这个博后带着一个交流学生,死做活做,整整一年,都做不
出期望的结果。两个人都没好意思在实验室继续待。后来才发现,张生家给他们的样品
根本是错的。他这么做估计是因为别... 阅读全帖 |
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k*****n 发帖数: 417 | 32 http://www.zhihu.com/question/35675234
我来说说张生家。
张生家在国外的时候就是各种无法无天。这次他做出这事来我一点都不意外。关于这个
人,我的评价只有一句:见过恶心的,没见过这么恶心的。哦,或许我说的不太对,还
有一个人和他一样恶心,就是他老婆叶菁。和叶菁的接触虽然不多,但是几件事就足够
让我认定她和她男人是一路货色,只是表现方式不同,张生家张狂而直接,叶菁委婉而
含蓄,但是他们的最终目的都是一样的。叶菁的事情我先不说,先说说张生家。
那些逼迫学生每天工作12个小时以上,节假日无休,让学生做家务,性骚扰女学生之类
的事情,我就不一一说了。既然这次他坑了合作者,那我就先说说他坑其他合作者的事
情。
这人在德国念的博士,他的强项在于分子和病毒,而对于神经生理,则是门外汉。因此
,老板让他和一个新来的博士后合作,那个博士后是做电生理的,没有分子的经验,用
了他的质粒和病毒。结果,这个博后带着一个交流学生,死做活做,整整一年,都做不
出期望的结果。两个人都没好意思在实验室继续待。后来才发现,张生家给他们的样品
根本是错的。他这么做估计是因为别... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 33 艾比玛特医药科技(上海)有限公司(Abmart Shanghai Co.,Ltd.)由一群志在改
变传统的科学家和企业家创建于2007年,目前员工约200人。创始人是国家『千人计划
』的特聘专家。
艾比玛特拥有业内前所未有的快速、高成功率、低单价的单抗个性化定制业务全球
科研客户数已超过2000人,使用艾比玛特抗体发表的科研文章超过1200篇,成为这个行
业最领先,最大的企业之一。艾比玛特的技术实力在制药领域也获得广泛认可,全球前
十大制药公司全部是我们的客户,共同开发制药靶标的功能性抗体和检测用抗体。
以下几个方向的人才,要求博士及以上,欢迎自荐或推荐,可联系邮箱:yaping.hao@
ab-mart.com,手机15366099215。
1、肿瘤免疫药物开发平台:肿瘤学(尤佳),免疫学、细胞生物学、或其他生物医学相
关专业博士,优秀的科研背景(理想:1篇10分以上文章),有三年以上实验室经验。
2、生物信息部:要求优秀的科研背景(理想:1篇10分以上文章)和多年生物信息/大
数据研究的一流track record。蛋白质组学或基因组学方向。
3、功能蛋白质... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 34 艾比玛特医药科技(上海)有限公司(Abmart Shanghai Co.,Ltd.)由一群志在改
变传统的科学家和企业家创建于2007年,目前员工约200人。创始人是国家『千人计划
』的特聘专家。
艾比玛特拥有业内前所未有的快速、高成功率、低单价的单抗个性化定制业务全球
科研客户数已超过2000人,使用艾比玛特抗体发表的科研文章超过1200篇,成为这个行
业最领先,最大的企业之一。艾比玛特的技术实力在制药领域也获得广泛认可,全球前
十大制药公司全部是我们的客户,共同开发制药靶标的功能性抗体和检测用抗体。
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数据研究的一流track record。蛋白质组学或基因组学方向。
3、功能蛋白质... 阅读全帖 |
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g**********y 发帖数: 423 | 35 美国这里做3'RNA-seq或者基因芯片300到400美元能够拿下。
我问了下国内的,需要4000rmb以上。
为什么国内这么贵呢? |
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b**********a 发帖数: 930 | 36 范衡宇(东北人) 博士
浙江大学生命科学研究院教授、研究员、博士生导师
教育和工作背景
1993-1997: 东北农业大学生物工程系 学士
1997-2000: 东北农业大学生命科学学院 动物组织胚胎学硕士
2000-2003: 中国科学院动物研究所 生殖生物学博士
2003-2006: 美国德克萨斯大学西南医学中心(UTSW)分子生物学系博士后
2006-2009: 美国贝勒医学院(Baylor College of Medicine)分子与细胞生物学系博
士后
2010-至今: 浙江大学生命科学研究院教授、研究员、博士生导师
学术奖项与活动
2002:中国科学院动物研究所 优秀研究生奖
2003:中国科学院 院长优秀奖
2009:美国国立卫生研究院 杰出研究奖学金 (Ruth L. Kirschstein National
Research Service Award, National Institute of Health, USA).
2009:北美生殖生物学会 优秀研究奖 (Lalor Foundation Merit Award)
2010:国际卵巢生物学会 杰出青... 阅读全帖 |
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l*****k 发帖数: 587 | 37 咱好像讨论的是cocoon说的数学, 我想知道中医里怎么用数学了,
另外, 数据是怎么收集的。 统计不是信仰, 但是是工具, 我想知道中医
发展了什么工具, 进展程度如何。中医是怎么手机数据进行“整体分析”的。
现代生物医学研究, 搞定基因组, 发展基因芯片, 微量测序, 全基因组测序,
积累大量数据, 发展统计的理论, 计算机程序语言, 算法等等,使得整体研究
成为可能, 数学应用成为可能。
到底中医是怎么整体研究的, 我还真不知道, 除了提出朴素的整体思想之外,
发展了什么具体手段?
另外, 那些朴素的思想那个文明里都有, 别说只有中医才天人合一什么的。。。 |
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发帖数: 1 | 38 艾比玛特医药科技(上海)有限公司(Abmart Shanghai Co.,Ltd.)由一群志在改
变传统的科学家和企业家创建于2007年,目前员工约200人。创始人是国家『千人计划
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关专业博士,优秀的科研背景(理想:1篇10分以上文章),有三年以上实验室经验。
2、生物信息部:要求优秀的科研背景(理想:1篇10分以上文章)和多年生物信息/大
数据研究的一流track record。蛋白质组学或基因组学方向。
3、功能蛋白质... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 39 艾比玛特医药科技(上海)有限公司(Abmart Shanghai Co.,Ltd.)由一群志在改
变传统的科学家和企业家创建于2007年,目前员工约200人。创始人是国家『千人计划
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艾比玛特拥有业内前所未有的快速、高成功率、低单价的单抗个性化定制业务全球
科研客户数已超过2000人,使用艾比玛特抗体发表的科研文章超过1200篇,成为这个行
业最领先,最大的企业之一。艾比玛特的技术实力在制药领域也获得广泛认可,全球前
十大制药公司全部是我们的客户,共同开发制药靶标的功能性抗体和检测用抗体。
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1、肿瘤免疫药物开发平台:肿瘤学(尤佳),免疫学、细胞生物学、或其他生物医学相
关专业博士,优秀的科研背景(理想:1篇10分以上文章),有三年以上实验室经验。
2、生物信息部:要求优秀的科研背景(理想:1篇10分以上文章)和多年生物信息/大
数据研究的一流track record。蛋白质组学或基因组学方向。
3、功能蛋白质组学(质谱平... 阅读全帖 |
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P**********e 发帖数: 2964 | 40 体制与文化相互协调才能有效地改革:一般大家注重的体制改革确实重要,但文化习俗
也有很大的影响;体制需要文化基础,假如体制设计好了,但很多人按不良习俗行事,
那么体制可能“法不犯众”、难以一时改变现状。
例如,国家近年因为希望推动教育、科技方面的改革而开始了“2011计划”,明
确要求以改革的模式带动学科之间的交叉、或单位之间合作、或教育与研究协同、或研
究与产业协同。有些单位按此精神努力,有些单位可能搞拼盘而缺乏实质改革。当国家
给予支持、提供改革的机遇时,需要单位也以此为契机用新的经费促进以点带面、渐进
的改革,而不是把改革的机遇变成单位和个人不思进取、单纯获得福利的机会。需要上
下同心协力时,如果很多单位或个人不以此作为改革的动力和机遇,就会给实现改革的
初衷带来困难。文化和风气的变化对于体制改革很重要。
“2011计划”分前沿、文化、行业、地区四类。2014年5月29日和30日作为评委参
加了“地区类”的评审答辩会。为了避免利益冲突和单位做工作等中国目前文化习俗,
评审的主持方用心良苦采取跨行的方式,被评审的有飞机、汽车、医药、农业等等。对
很多专业的内容来... 阅读全帖 |
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m****g 发帖数: 530 | 41 什么会是下一个生命科学的炒作主题?
原作: 晓宇
过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
研究,生物科技上成了世界的龙
头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
成果累累:
1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑);
2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
,PNAS, Plos系列 America J.of
×××)等等。
4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR,
第一代,第二代DNA
sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制备技术,基因芯片,
ChIP技术,和欧洲,日韩同步
的干细胞技术。)
5. 拥有500-1000家成型的生物公司,有强大的应用开发实力和团队,拥有当今世界绝大
多数的生物高科技产品,像 |
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m****g 发帖数: 530 | 42 来自上海中医药大学附属曙光医院肾内科, 肝肾疾病病证教育部重点实验室, 上海市
高校中医内科E-研究院(上海中医药大
学)的研究人员从影响生精功能相关基因的角度探讨雷公藤多甙抑制小鼠生殖功能的机
理,提出雷公藤多甙引起的小鼠生殖
功能障碍与其致生精相关基因的表达异常有关。这一研究成果近期已发表。
领导这一研究的是何立群教授,其1982年毕业于上海中医学院并获得学士学位,后曾以
高级访问学者到美国Baylor 医药
院进行中医中药对慢性肾衰抗纤维化疗效及机理的研究。何立群教授主要从事中医药防
治慢性肾脏疾病的基础和临床研
究,并做出突出贡献,2006年成为上海市医学领军人才,2007年获上海市中医药发展突
出贡献奖。
这篇文章从影响生精功能相关基因的角度探讨雷公藤多甙抑制小鼠生殖功能的机理,
将小鼠随机分为对照组、雷公藤多甙
组, 应用雷公藤多甙灌胃造成雄性小鼠生殖功能障碍, 通过与雌鼠(1:2)合笼观察怀
孕率和睾丸组织变化, 并采用基因芯片
技术观察小鼠睾丸组织的基因表达。结果发现雷公藤多甙组小鼠较对照组怀孕率明显下
降, 尤其是在8周后怀孕率为0。睾
丸曲细精管管壁 |
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