m*****n
发帖数: 760 | 1 多谢。
能不能给个连接？去UCSC找了半天，愣是没找着。
另外，还有哪些不怎么靠谱的资源吗？ |
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q******c
发帖数: 741 | 3 The experiment is on mouse cells. I mapped the readings to mm9(latest
version of mouse genome). For the annotation genome, you can select Refseq,
UCSC genes, Ensembl etc. |
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y*********1
发帖数: 46 | 4 For short sequence, you can copy and paste to NEB Cutter to get RE sites.
For long sequence, you can use UCSC genome browser to export single RE sites
in Bed format. |
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a******n
发帖数: 167 | 7 Use 1 specific primer and 1 degenerate primer to do PCR then TOPO-clone.
Btw, try UCSC if you are cloning human/mouse genes. |
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b****r
发帖数: 17995 | 9 这个问题去openhelix的blog问吧，专门回答这类genome的问题的
我觉得目前最全的整理好的功能基因组的数据应该是UCSC genome里了，主要是标有
encode的那些track |
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X***n
发帖数: 366 | 10 In UCSC genome browser, search your gene, zoom in to about 100 bp
you can see the details. |
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Z******5
发帖数: 435 | 11 UCSC genome browser里面有个几个track是关于SNP的，intergenic当然有，比例就没
有统计了，这个你应该可以找找相关的文章。 |
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j*p
发帖数: 411 | 13 For example:
Go to this link:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?hgsid=184582003&clade=m
choose the right clade/genome/assembly, and choose refseq genes, and click
summary/statistics.
If it doesn't work give a file name and click "get output", you should
download a file and you can count in Excel how many refseq genes are
annotated. |
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Z******5
发帖数: 435 | 14 去UCSC genome browser上看看，主要看聚合酶2的峰值位置，组蛋白修饰，转录因子结
合，就大概能猜到启动子位置。再结合RIKN用5'CAP方法找到的转录起始位点位置，如
果是在一起，那就非常准确了。
然后选取三四段不同长度的区域克隆到pGL3 basic载体上，看看活性就知道了。 |
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Z******5
发帖数: 435 | 15 此外，上面提到的是大致确定promoter和转录起始位点的方法。关于找调控序列/因子
的方法，目前有很多基于序列的预测软件，但是我觉得都不太靠谱。 可信度最高的还
是UCSC上面那些已经做了ChIP的转录因子。要注意的是这种结合也有可能是间接的。
当然，如果你要研究的转录因子还没有这些数据，就只能去做一些基于序列的预测了。
我建议最好再结合功能的推测和GEO上表达的情况的分析会更好一些。 |
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g*********d
发帖数: 233 | 16 科学家呼吁关注全球基因组数据库污染
样品处理有可能是导致DNA数据库广泛污染的最主要原因
2月16日发表在《公共科学图书馆·综合》（PLoS ONE）期刊上的一份研究报告称康涅
狄格大学的遗
传学家Mark Longo及同事发现由顶级公共测序机构提供的测序结果构建的基因组数据库
中的大约
1/5的细菌、植物和非灵长类动物基因组数据受到了人类DNA的污染，样品处理有可能是
导致DNA数据
库广泛污染的最主要原因。这一研究报告引起了生物研究人员及各大权威媒体的高度关
注，《科学
家》（The Scientist）杂志以及《自然》（Nature）杂志均在其官方网络上第一时间
对这一事件
进行了报道。
Mark Longo等在报告中呼吁科学家们需更加努力以确保测序获得的基因组不受到污染，
并应对来自
公共基因组数据库的基因组进行潜在污染检测。
“基因组污染是一个大问题，但却不是一个新问题，”加州大学进化生物学家、美国能
源部联合基因组
研究所系统发育基因组学计划负责人Jonathan Eisen说：“这篇论文或可帮助提醒人们
注意这一问
题。”
污染有可能在测序的任何一个阶段导入到基因组序列中... 阅读全帖 |
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c********r
发帖数: 189 | 17 可以在UCSC中查一下这段序列histone marker是什么 |
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E*********s
发帖数: 93 | 18 Is this human or mouse sequence? check UCSC genome browser encode tracks for
H3K4me3 or PolII. If this sequence is bound by these two, then should be
promoter. |
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T*****n
发帖数: 274 | 19 搭车问一个问题，ucsc genome brower上的data都是基于C57系小鼠的，
我的目标序列在129S系上，其在C57小鼠上对应的区域有一定差别（包含
一些其他插入序列），所以用C57系小鼠做的Chip-Seq对我指导意义不大。
请问有没有基于129S的database和相关Chip-Seq data?
谢谢！
for |
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n******7
发帖数: 12463 | 20 也许可以用UCSC genome browser
用Multiz Alignments of 46 Vertebrates， 把你的exon序列BLAT到MM9，然后看看其
他物种alignment的情况 |
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Z******5
发帖数: 435 | 21 H3K4me3 ChIP-seq data是有没有的问题，还是强弱的问题啊？
去UCSC上找找有没有Pol 2的可以参考一下？ |
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j*p
发帖数: 411 | 22 1. UCSC genome browser has many ChIP-seq tracks including TFs, Pol2 and
Histone modifications (H3K4me3, H3K27me3, H3K36me3, etc) on different cell
lines(through Encode/Gencode project). You can just active these tracks and
compare with what you have to see if your H3K4me3 data looks normal or not.
2. I suggest you normalize your ChIP-seq signals. For example, your normal
tissue ChIP-seq has total number mappable reads = 10M, your tumor sample has
20M mappable reads, then divide any signal from t... 阅读全帖 |
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w******n
发帖数: 371 | 24 什么会是下一个生命科学的炒作主题？【转】
来源： 肖瑶的日志
过去30年，美国的生命科学高速发展，现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外，在基础
研究，生物科技上成了世界的龙头老大，成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
成果累累：
1. 美国主挑完成了人类基因测序（Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑)；
2. 建立强大完整的生命科学数据库（Pubmed,MGD,UCSC genome etc）;
3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库（cell系列， Science, Nature分枝系列
，PNAS, Plos系列 America J.of ×××）等等。
4. 掌握了绝大部分生物核心技术（Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR，
第一代，第二代DNA sequencing技术，莹光标记技术，莹光成像技术，人源化的单抗制
备技术，基因芯片， ChIP技术，和欧洲，日韩同步的干细胞技术。)
5. 拥有500-1000家成型的生物公司，有强大的应用开发实力和团队,拥有当今世界绝大
多数的生物高科... 阅读全帖 |
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b*****o
发帖数: 150 | 25 1.2kb PCR 应该很容易扩增和克隆的。
不能扩出的原因：
引物设计有问题；amplicon GC含量过高；cDNA来源的组织没有或很低的表达, Go to
UCSC genome browser to check your gene's expression in different tissues,
also you can check your gene's isoforms.
克隆不出来的原因：
要扩增片段的一侧可能有你用来做克隆的酶切位点，建议比较没有切的回收片段和酶切
之后的片段；
建议你连到T载体上，然后测序。 |
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j*p
发帖数: 411 | 26 There has been quite a few RNAseq data released recently, many of them been
uploaded to UCSC genome browser as tracks (human and mouse). You may want to
try:
(1) go to that loci of the noncoding RNA you are interested.
(2) check RNAseq data and computational predicted tracks and see whether the
RNA is expressed, how many exons, what is the predicted splicing structure
etc.
(3) then RACE or you might want to test some functional study before RACE.
Personally, I doubted a noncoding RNA covers ~100... 阅读全帖 |
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m*****i
发帖数: 628 | 27 去UCSC 看了一圈， 只有conserved region的SNP才有 phastCons46way score.
我想知道 整个人基因组的平均 phastCons46way, 去哪里查、算？
谢谢! |
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P*****6
发帖数: 273 | 29 http://genome.ucsc.edu/
不过你可能需要不少时间去熟悉这个网站或者其他软件，如果你要求的比较多的话。如
果在学校，上个bioinformatics的入门课会有帮助。这种经验性的东西不难，但是自己
找费时间。
annotation hasn't been done. Does anyone know what software or package I
should use to define its ORFs, cDNAs, and proteins? Is it easy to achieve? |
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o********r
发帖数: 775 | 30 UCSC genome browser里面应该有mito的ref sequence |
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l**********1
发帖数: 5204 | 31 R code package:
Earlier
sma package:
FTP//ftp.auckland.ac.nz/pub/software/CRAN/doc/packages/sma.pdf
//www.stat.berkeley.edu/users/sandrine/Docs/Papers/springer02.Rnw
//statwww.epfl.ch/davison/teaching/Microarrays/lab/normalization_eda.html
later
limma package
//bioconductor.org/packages/2.6/bioc/vignettes/limma/inst/doc/usersguide.pdf
//rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/limma/html/loessfit.html
ps: now almost using limma
please go to
//www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/marray/inst/... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 32 R code package:
Earlier
sma package:
FTP//ftp.auckland.ac.nz/pub/software/CRAN/doc/packages/sma.pdf
//www.stat.berkeley.edu/users/sandrine/Docs/Papers/springer02.Rnw
//statwww.epfl.ch/davison/teaching/Microarrays/lab/normalization_eda.html
later
limma package
//bioconductor.org/packages/2.6/bioc/vignettes/limma/inst/doc/usersguide.pdf
//rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/limma/html/loessfit.html
ps: now almost using limma
please go to
//www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/marray/inst/... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 33 没有亲手做过NGS，原理应该基本还是懂
做一个de novo alignment
选质量比较高的比较长的一段/几段
到UCSC 里面一blat就出来了
基本不可能错 |
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b****r
发帖数: 17995 | 34 没有亲手做过NGS，原理应该基本还是懂
做一个de novo alignment
选质量比较高的比较长的一段/几段
到UCSC 里面一blat就出来了
基本不可能错 |
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c****s
发帖数: 91 | 35 UCSC genome browser -> Genomes -> choose your clade, genome, and type in
your search term, e.g. 1q21.2 -> Click DNA in the menu -> Click get DNA |
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b****r
发帖数: 17995 | 36 有各个基因表达谱的网站不要太多啊，genecard，UCSC brower等等，但是我看了都只
能一个一个基因名称输入后得信息，不太符合我的情况 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 37 Bingo
it was from
更新时间： 2001-June-12
在美国当教授的北大毕业生(部分)
//www.gotopku.cn/data/detail.php?id=1974
----
Recent 2007 database please try:
[八卦江湖] 带大家认识一下顶尖的美国华裔/华侨女科学家们（有PP有真相）
作者：第五哇 发表日期：2010-8-19
//www.tianya.cn/publicforum/content/funinfo/1/2195431.shtml
---
only HHMI PI please go to
//bbs.netbig.com/thread-2113463-1-1.html
发表于 2011-11-18
NB: updated 2012-May-13
著名医学研究HHMI华裔/华侨PI科学家汇总
华裔/华侨 医学研究 HHMI, 科学家, 著名
Howard Hughes Medical Institute （HHMI） 是全球规模最大的非盈利性私立医学研
究所-基金会，拥资120忆，为美国第二大的慈善机构，仅次... 阅读全帖 |
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D*******e
发帖数: 157 | 39 版上有没有会用featureBit program (from ucsc genome browser)的同学。最近要
collapse 几个annotation file，但是看晕了头也不知道怎么安装。 |
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t****a
发帖数: 1212 | 40 一看就是入行太浅的小鸟
算了吧，比你强而且免费的千千万
大牛们都不收费 (bioconductor, bioperl, gbrowser, UCSC)，如何轮得到你收费？
好好干活，别做梦。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 41 楼主 还有一个 antagonistic 的组合 也可能是同一个sgnalling pathway 哦
one book ite Chapter 11
by Barry Sinervo
title:
"Genetic Cooperation and Conflicts in Mating and Social System"
its web link:
//bio.research.ucsc.edu/~barrylab/classes/CHAPTER_PDFS/Chap_11_Conflict.pdf
推论: Stochastic Monte_carlo or Hiden Markov Modeling might be needed.
details pls refer:
Washington University in St. Louis the School of Medicine online lecture:
title:
Computational Molecular Biology, aka Algorithms for Computational
Biol... 阅读全帖 |
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s******y
发帖数: 28562 | 42 有海洋研究所的大学都有。
我所知道的包括：
Marine Biology Lab
Duke
UCSD
UCSC
Univ of Washington
LSU
Univ of Florida
FSU
Univ of Miami |
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M********n
发帖数: 31 | 43 ENCODE这东西太general，就像一本《永乐大典》、《四库全书》
其实，没有什么novel的findings，就是编了一本dictionary,或者用他们的话说
catalog而已
ENCODE里面比较有用的，也就是他们做的TF的map吧
（请看他们paper之一：“Circuitry and Dynamics of Human TF Regulatory
Networks”）
他们用的是DNase footprinting
给我的感觉是，false positives 太多
每个cell-type多达800多万个binding sites
这不是问题，问题是，知道这些sites
本身没用，要知道什么TF bind到这些sites
最终他们还是用了TRANSFAC的数据
在TRANSFAC里有出现的binding sites留下，其他滤掉
这相当于什么都没做 |
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i**y
发帖数: 71 | 44 there is annotation for CpG islands in the UCSC genome browser, which is
based on CpG frequency. Adrian Bird has a paper in Plos Genetics where they
used CXXC1 to experimentally determine unmethylated CpG islands.
there is no prediction for the location of non-CpG methylation. in ES cells
it's mostly in CAG motif. |
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u*********1
发帖数: 2518 | 45 不知道怎么取题目。。。
就是现在发现同一个基因里的两个SNP，相隔3个bp，都是nonsynonymous SNP，两者的
MAF（minor allele frequency）都在5%左右，一个不高不低的数值（比如UCSC定义MAF
<=1%的才算rare SNP）。
我就是想问，这相隔3个bp的俩SNP，到底是独立遗传的，还是更可能是同时遗传的（也
就是同一个haplotype）？如果haplotype里这两个mutation总是在一起同时遗传的，那
他们俩作为整体的MAF就是5%；如果是相对独立的，那么MAF最小可以是0.25%，这样就
是一个很好的rare mutation的candidate。是不是要去找haplotype的database？
希望我表达清楚了。多谢。 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 46 作为一个曾经0基础的菜鸟，我还是蛮有体会的。
想想一年前我连linux里的grep都不晓得是啥。老板说“grep”，我说gre。。啥？greb
吗？老板摇摇头说you really have a lot to learn...不过老板超好，想办法给我把
各种基础的东西讲清楚。。。包括RAM是啥。。汗。。。
做NGS/bioinformatics的，我觉得核心思想还是：如何利用计算机手段解决生物问题。
说起来简单但未必每个人都深刻体会的到。什么python/bash/perl啥啥的，要入门很快
，但也绝对不是什么两个星期就搞定。我现在和python打交道也一年了，但也完全就是
个皮毛，主要是你自己的project决定的。。如果你永远只需要简单的process下你的
text，而且text如果不大比如100MB，你可以永远for line in text。。或者readlines
（），但如果碰到很大的text，就不能readlines（）了因为cluster可能没有那么大的
memory to load the whole text.
所以我觉得就是现学现用，除非你是CS系科班搞计算出身... 阅读全帖 |
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C********4
发帖数: 308 | 48 谢谢
ucsc的那个怎么选要看的修饰啊？能看一些常见蛋白的chip seq吗 比如suz12 |
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l*******i
发帖数: 153 | 49 两种细胞，一个正常细胞，一个是癌细胞株。现在得到70多个candidates，与某种现象
有很强的相关性，而且在癌细胞株中全部高表达。简单地在UCSC browser里看了一下，
在癌细胞株中，这些基因的启动子区似乎hypomethylation。我现在想把甲基化的数据
量化、图示话，最好能cluster。 |
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s***5
发帖数: 453 | 50 刚开始做methlyation 有关的课题。我看有的文献上明确指出CpG site (cg05016953)
and CpG(cg22584138) .看上去，每个CpG site 有自己的序号，不知该去那里查找？我
给作者写信也没回，自己在 UCSC genome Browser 上查，也有没找到类似的位点。
请教前辈们，如何查找已知基因的CpG位点？以及可能的甲基化位点。
万分感谢！！！ |
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