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o*****a
发帖数: 2335 | 3 是不是说大多数mammalian microRNAs不和3'UTR结合？那一般什么部位是他们的
targets?
RNA |
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l******n
发帖数: 105 | 4 大多数mammalian microRNA还是和3'UTR结合来抑制它们的。 |
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H*********1
发帖数: 56 | 5 能不能再展开说说为啥对用RNA-seq来找microRNA target是福音？谢谢 |
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f**********r
发帖数: 95 | 6 就是两边各放一个loxp site然后跟cre老鼠杂交的那种。总觉得microRNA太小了，重组
的时候会不会弯不过来啊。 |
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g******g
发帖数: 63 | 7 请问版面有人去2011年，2月11到16的microRNA的会议啊？在加拿大的Banff
请站内联系啊。 |
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D******9
发帖数: 2665 | 9 我想看一下几个microRNA在human cancer cell line和primany cell的表达，, 不知
道用那个INTERNAL CONTROL，a&b网上的对照太多了。 谢谢 |
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p********i
发帖数: 116 | 10 想问一下哪个公司的microRNA array比较靠谱，还是现在各家公司都已经很成熟，所以
差不多？谢谢！ |
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h********n
发帖数: 4079 | 11 是否可以由target gene去寻找对应的microRNA?----可以, 不过会找出很多miRNA |
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T*****n
发帖数: 274 | 12 谢谢。不过您说的第二点似乎是用来找microRNA的调节基因才对啊。
逻辑上不是反过来了么？难道target gene也会反作用于miRNA？ |
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h********n
发帖数: 4079 | 13 做个几年miRNA的工作, 现在不做, 说说我的看法吧.
你的第一个问题,"是否可以从biology的角度去推测一个基因的表达是否受microRNA调
控", 我觉得这个问题一一不大. 多数基因都会或多或少的受到miRNA的调控, 但是这
一个调控不是universal的, 而是tissue specific, 或者说跟某个生理/病理过程相关.
比如某个基因在肺上皮细胞受miR-X调节, 而在大肠上皮里主要受miR-Y调节.
另一个问题是尺度的问题. 对某个基因来说, 如果确定在某种细胞里受miR-X调节, 这
个量有多大, 是微调还是大尺度调节. 这个问题可能是现在miRNA领域很多人都认识到
却不愿意面对的.
你的第二个问题, 用那些网上软件去预测, 比如TargetScan, 可以得到一大堆
candidate. 同时再看看这些miRNA在这个组织或者疾病的profile, 挑出一些candidate
做functional assay. 不要被别人的发现所限制.
比如当时我们投文章(miR-xxx is an oncomiR in lung cancer)的时候发现一... 阅读全帖 |
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T*****n
发帖数: 274 | 14 谢谢，大受教宜。我的目标基因正是非常specific的表达在一个特定lineage
的特定发育阶段，其表达在RNA水平上受到调控，这也正是我猜测可能有microRNA
参与其中的原因。接下来准备去找找这个组织的miRNA profiling数据，还有
用你给的网站predict几个miRNA试试看。
关.
candidate |
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c****e
发帖数: 188 | 15 I am learning MMIA now. Thanks for the information.
Is cytospace a good tool to do this too?
Besides microRNA and mRNA, I also have 450K DNA methylation array data from the
same matched samples. Will Partek Genomics Suite integrate all of the data together?
Thanks! |
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l*****g
发帖数: 43 | 16 translation和microRNA processing是同时进行的吗？有没有互相干扰？
请推荐文章，多谢 |
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j**e
发帖数: 582 | 17 膜拜，这是真的吗？搞个抗癌的microRNA，从食物进入体内，就是NATURE啊。 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 19 cell res经常会收这种落榜文章
Received 11 August 2011; revised 23 August 2011; accepted 26 August
2011
看这收稿速度。。
以后生物武器有的好做了
比如说， 某不点名恐怖组织偷偷向猪中转入anti pten的microRNA，然后低价倾销。。 |
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a******p
发帖数: 414 | 20 肿瘤组织和受损失的liver都会分泌microRNA到血液中，这已经有报道了， 其他组织摄
取miRNA的报道我没有看到，一个重要的问题是，这种miRNA是单链还是双链，ambion的
technian说单链的miRNA很难整合到RISC上，还有miRNA的浓度有多高， 能不能高到一
个能够抑制其他细胞的target gene， 个人觉得这个一个新发现，但是没有多少的临床
的意义，因为注射的方式oligo应该比口服更见有效 |
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j**e
发帖数: 582 | 21 膜拜，这是真的吗？搞个抗癌的microRNA，从食物进入体内，就是NATURE啊。 |
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a*******a
发帖数: 4233 | 23 cell res经常会收这种落榜文章
Received 11 August 2011; revised 23 August 2011; accepted 26 August
2011
看这收稿速度。。
以后生物武器有的好做了
比如说， 某不点名恐怖组织偷偷向猪中转入anti pten的microRNA，然后低价倾销。。 |
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a******p
发帖数: 414 | 24 肿瘤组织和受损失的liver都会分泌microRNA到血液中，这已经有报道了， 其他组织摄
取miRNA的报道我没有看到，一个重要的问题是，这种miRNA是单链还是双链，ambion的
technian说单链的miRNA很难整合到RISC上，还有miRNA的浓度有多高， 能不能高到一
个能够抑制其他细胞的target gene， 个人觉得这个一个新发现，但是没有多少的临床
的意义，因为注射的方式oligo应该比口服更见有效 |
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X***n
发帖数: 366 | 25
TaqMan microRNA qPCR array: single cell level. |
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m*****6
发帖数: 1 | 26 请问有人用过SBI的The MicroRNA Target Selection System，这个载体好用吗？ 谢谢
！ |
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p*******e
发帖数: 14 | 27 马上毕业phd 求报大腿，microRNA方向，纽约地区有没有好的postdoc或者公司
openning推荐 |
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m******5
发帖数: 1383 | 28
Do you have to use microrna? |
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a***r
发帖数: 58 | 29 首先, circulating microRNA已经被很多group验证过了, 并且颠覆了人们对RNA不稳定
性的常识. 在deep sequencing大行其道的时代, circulating miRNA在很多疾病的诊断
,预后甚至治疗方面, 都有很大的潜力, 即便得不了诺贝尔, 也是重大发现阿. 如果有
机会做出哪怕一项这样的工作, 我会梦里笑醒的. |
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a******1
发帖数: 4 | 30 Two postdoctoral positions are available in a newly established lab of Dr.
Hang Yin in the Center for Molecular Medicine (CMM) at the University of
Georgia.
Nature Jobs:
http://www.nature.com/naturejobs/science/jobs/
376253-two-postdoctoral-positions-in-stem-cell-and-obesity-research
Lab Webpage:
www.yinlab.uga.edu
Key words: stem cell, brown fat, microRNA, obesity
Interested candidates should send applications to: y****[email protected]
Thank You! |
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E******T
发帖数: 59 | 31 多谢批评，不过做方法的，大部分都是炮灰，看看microRNA预测，大概有20种了，也就
是Diana, and targetScan。
做生物相关的，太基础了，找不到工作，片应用就是灌水。 |
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E******T
发帖数: 59 | 32 我这也是没有办法，力不从心呀。
不过看着我码字的份上，大家引用的时候就捎带上我们吧，有谁做microRNA的跟我说一
声。 |
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r**********e
发帖数: 587 | 33 你们这些人也太mean了。哪怕人家灌水，勇于说说自己的research也应该被鼓励
但是我对于miRNA的所谓bioinformatics预测是不抱有任何希望的。还是要做实验
microRNA
mRNA |
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r**********e
发帖数: 587 | 34 请问您是用什么软件？我个人的经验好像microRNA target预测准确率比较高的还是3‘
UTR区域。但我个人关注点都在intron。我觉得intron区域的预测很糟糕。当然我可能
有偏见。所以求赐教！
2 |
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m********2
发帖数: 20 | 36 phD期间是植物发育生物学方向，后来博后改做 microRNAs 和癌症。
文章引用率还行，近期准备着手绿卡的申请，但是苦于没有独立的审稿，请大家帮忙，
十分感谢！ |
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h***e
发帖数: 20195 | 37 这个问题很简单啊，不明白为什么你们一帮生物的人纠缠了几年。这个其实是药学问题
，本质上就是口服给药的最重要问题，肠道吸收的效率如何，也就是穿过两个屏障进入
血液的效果。
肠道吸收大分子是非常难，效率非常低，但是也是有可能的，只是效率太低显示不了明
显效果。比如胰岛素直接口服，是没有效果的，但是不代表没有非常少量的胰岛素吸收
通过肠道了。 用上载体后，microRNA和SIRNA尺寸差不多，应该是可以显著吸收进入血
液。
have
question
This |
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发帖数: 1 | 38 想问下，如果用普通表达蛋白的plasmid去表达microRNA或者lincRNA，怎么确保最后不
表达出来一个蛋白？是不是需要用一个特殊的plasmid，例如没有ribosomal binding
sequence或者没有其他帮助表达蛋白的sequence?
第二个问题是怎么确保transcription termination? 或者说怎么确保表达出来的
lincRNA最后没有多出来个小尾巴？
希望这方面有经验的大牛能够帮帮忙。如果有什么关于表达lincRNA其他需要注意的地
方也请指教。谢谢。 |
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l***s
发帖数: 841 | 39 只是给microRNA等小RNA的PolIII promoter。长的lncRNA, 还是要用PolII promoter,
像mRNA一样。 |
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g***y
发帖数: 4784 | 40 响应版大号召，先贴一个
JACS ASAP
J. Am. Chem. Soc., ASAP Article 10.1021/ja067477g S0002-7863(06)07477-4
Web Release Date: April 6, 2007
Detection of MicroRNAs Using Target-Guided Formation of Conducting Polymer
Nanowires in Nanogaps
Yi Fan, Xiantong Chen, Alastair D. Trigg, Chih-hang Tung, Jinming Kong, and
Zhiqiang Gao*
Contribution from the Institute of Microelectronics, 11 Science Park Road,
Singapore 117685, Republic of Singapore
g***[email protected]
Received October 19, 2006
Abstract:
A nanogapped |
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f***y
发帖数: 4447 | 41 http://news.nju.edu.cn/show_article_2_37651
一个偶然的机会，张辰宇将目光瞄准了当时刚刚引起学术界关注的一种小分子核酸物质
——微小核糖核酸（MicroRNA）。并在南京大学生命科学院组建了一支被称作M3的研究
团队，该团队由生命科学、分子生物学、植物生物学、生物信息学、医学、化学等多学
科研究者组成。
在“泡了”三天三夜实验室后，陈熹和导师张辰宇的研究团队，得出了一个突破传统生
物学常识、震惊学术界、国际首发的实验结论，即MicroRNA在人和动物的血清/血浆中
可长期稳定存在。
本报记者王世玲南京报道
未拆包的搬家行李、满屋书籍、屋中间放置着一个脚踏健身器……2014年年底冬日的一
个周日下午，32岁的陈熹正在刚搬入的新办公室里用电脑敲打着最新的科研论文。即便
是周末，跟陈熹办公室同楼层的南京大学仙林校区的生命科学学院实验室内，一群国内
外研究生们仍在紧张地做着实验。
作为南京大学生命科学院最年轻的博士生导师，7年前，当陈熹还是南大博士时，他被
导师张辰宇“逼着”去做一个略显疯狂的生物学想法的实验：去检测人的血清中是否含
有微小核糖核酸（m... 阅读全帖 |
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j*****d
发帖数: 787 | 42 http://the-scientist.com/2011/09/20/plant-rnas-found-in-mammals
+Plant RNAs Found in Mammals
MicroRNAs from plants accumulate in mammalian blood and tissues, where they
can regulate gene expression.
By Cristina Luiggi | September 20, 2011
11 Comments Link thisStumbleTweet thisDreamstime.com, Rewat
WannasukMicroRNAs from common plant crops such as rice and cabbage can be
found in the blood and tissues of humans and other plant-eating mammals,
according to a study published today in Cell Research.... 阅读全帖 |
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p*****c
发帖数: 20445 | 43 Jun Lu PhD
Assistant Professor of Genetics
General Info
Bio
Research & Publications
Biographical Info
Education & Training
Ph.D.Boston University(2003)Postdoc AssociateBroad Institute or MIT and
Harvard, Cancer Program (2004 - 2008)
Research Summary
We are interested in using genomics to understand the role of non-coding
RNAs in mammalian development and disease. Currently, we are focusing on the
following topics. 1. Non-coding RNAs in blood stem cell differentiation and
malignancies 2. MicroRNA... 阅读全帖 |
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w********2
发帖数: 632 | 44 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: vivien2009 (心寄悠然), 信区: Biology
标 题: 我是张辰宇的学生，说说最近的事
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 17 02:44:01 2013, 美东)
代朋友发帖，全文如下：
我叫陈熹，是张辰宇的学生。昨天有朋友告诉我，说你老板火了，在MITBBS被人“打脸
”了，让我去看一下。我心想，又是NBT这事，挺无语的，不过去看看国外的中国留学
生怎么看这个事情也好。看完我就郁闷了，我们课题组的文章怎么就是“垃圾”了，张
辰宇怎么就是“joker”了？其实以往对于这些事情我都是缄默的，搞科研的数据说话
，所以一直以来也在坚持做着这个领域，希望做出更多的东西来，弄明白一些问题，但
是心血被贬得一文不值，不吐不快。你说外洗地也好，说我是打手也好，我无所谓，我
就是想说说心里真实的想法。
1. 首先，我想澄清，我们的工作不是“垃圾”，张辰宇也不是“joker”。我们实验室
从2004年开始做miRNA，当时规模很小，就我一个人做，平台也刚开始建立，进展较慢
。但经过三年时间，miRNA的检测技术和... 阅读全帖 |
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v********9
发帖数: 129 | 45 代朋友发帖，全文如下：
我叫陈熹，是张辰宇的学生。昨天有朋友告诉我，说你老板火了，在MITBBS被人“打脸
”了，让我去看一下。我心想，又是NBT这事，挺无语的，不过去看看国外的中国留学
生怎么看这个事情也好。看完我就郁闷了，我们课题组的文章怎么就是“垃圾”了，张
辰宇怎么就是“joker”了？其实以往对于这些事情我都是缄默的，搞科研的数据说话
，所以一直以来也在坚持做着这个领域，希望做出更多的东西来，弄明白一些问题，但
是心血被贬得一文不值，不吐不快。你说外洗地也好，说我是打手也好，我无所谓，我
就是想说说心里真实的想法。
1. 首先，我想澄清，我们的工作不是“垃圾”，张辰宇也不是“joker”。我们实验室
从2004年开始做miRNA，当时规模很小，就我一个人做，平台也刚开始建立，进展较慢
。但经过三年时间，miRNA的检测技术和功能研究我们基本都能做了，一个机缘巧合，
我们发现血清中普遍含有miRNA，从此我们从细胞内miRNA跳到了细胞外miRNA，并确立
了以研究细胞外miRNA为实验室的主要方向，期间的主要发现是：发现血清中有循环
miRNA；发现经由microvesicl... 阅读全帖 |
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g*********d
发帖数: 233 | 46 MicroRNA 和病毒
作者：王磊
上海交通大学生命学院研究生
摘要：
microRNA(miRNA)是真核生物体内一组内源性的 21—25nt 长的非编码蛋白质的短序列
RNA，它们能通过碱基配对的方式与生物体中的 mRNA 分子相结合来参与调节基因的表
达。自 2000 年至今，miRNA 的研究发展的速度极快并且影响的范围也非常的广泛，而
且分别在2002年和2003年度中miRNA入选了Science杂志年度十大科技突破。因此，
miRNA是 RNA 研究的又一个突破，被称为 RNA 的第二次革命。目前的研究已发现
miRNA 参与了很多重要的生命活动过程涵盖了发育、凋亡、代谢、人类疾病以及病毒侵
染等方面。在病毒侵染宿主和宿主抵抗病毒的过程中病毒编码的 miRNAs 和宿主编码的
miRNAs 均发挥了重要的作用。这无疑为病毒的侵染以及宿主抵抗病毒的侵染的研究提
供了新的思路和新的领域。因此，本文的主要目的在于阐述 miRNA 的一些基本概况以
及在病毒中主要的研究方向和进展，最后对这个具有跨时代意义的小分子进行展望。
关键词：miRNA vmiRNA 功能 宿主的 miR... 阅读全帖 |
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c***s
发帖数: 70028 | 47 在九月出版的《细胞研究》(Cell research)的一篇研究中，南京大学张辰宇教授课题组展示了一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核酸（microRNA）可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组织器官。并且，一旦进入体内，它们将通过调控人体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能，进而发挥生物学作用。该研究证明植物微小核糖核酸可能是食物中的“第七种营养成分”（其他六种分别是水、蛋白质、脂肪酸、碳水化合物、维他命和稀有元素）。
原文地址
Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of cross-kingdom regulation by microRNA
【Abstract】Our previous studies have demonstrated that stable microRNAs (miRNAs) in mammalian serum and plasma are actively secreted from tissues and cells and can s... 阅读全帖 |
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w*********g
发帖数: 30882 | 48 南京大学张辰宇教授重大发现 “剑指”转基因食物安全(图)
在九月出版的《细胞研究》(Cell research)的一篇研究中，南京大学张辰宇教授课题
组展示了一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核酸（microRNA）可以通过日常
食物摄 取的方式进入人体血液和组织器官。并且，一旦进入体内，它们将通过调控人
体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能，进而发挥生物学作用。该研究证明植物微
小核糖核酸可能是食物中的“第七种营养成分”（其他六种分别是水、蛋白质、脂肪
酸、碳水化合物、维他命和稀有元素）。
南大教授张辰宇作《21世纪生物科学与生物经济》讲座
原文地址
Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of
cross-kingdom regulation by microRNA
【Abstract】Our previous studies have demonstrated that stable microRNAs (
miRNAs) in mammalian serum and... 阅读全帖 |
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c**********u
发帖数: 7276 | 49 发信站: BBS 未名空间站 (
1：玉米地里有杂草，给玉米转个抗杀草剂基因，这样玉米就不怕抗杀草剂了，头一两
年，玉米地的抗杀草剂用量不高，但是以后会高，因为杂草抗药了，这样玉米 含抗杀
草剂的量可能会超过允许值（这是急性危害）。2 抗杀草剂基因产物对人体是否有危害
（这通常是长期危害）。同理：如果给玉米转抗杀虫剂基因。
2 基因是可以诱导表达的，也就是何时表达，是可以由某种因素来控制的，这基本可以
是生物武器的概念。如果用国外公司的技术，由于转基因作物的种子依赖国外的公司，
他们可能在需要的时机给我们他们喜欢的种子，国家是否需要考虑这一点。
3 通常，由于操作的原因，在转某个基因时，需要同时转另外一个基因（抗抗生素基因
或某种报告基因），这些基因产物在转基因食品中的表达量是多少，对人体是否有害（
这通常也是长期危害）
4.未确定因素（例如水稻microRNA可以作用于人体基因组）。(microRNA不产生蛋白质
，，它的作用是调节蛋白质的表达，但是 microRNA完全可以象普通基因一样转到农作
物的染色体上。什么是是调节蛋白质的表达？比如有的microRNA的异常可以导致肿瘤，
... 阅读全帖 |
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m**d
发帖数: 21441 | 50 【 以下文字转载自 Military 讨论区 】
发信人: wayofflying (小破熊), 信区: Military
标 题: 南京大学重大发现 揭露了转基因惊人秘密
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Oct 2 23:46:36 2011, 美东)
南京大学张辰宇教授重大发现 “剑指”转基因食物安全(图)
在九月出版的《细胞研究》(Cell research)的一篇研究中，南京大学张辰宇教授课题
组展示了一项非常令人惊奇的发现——植物的微小核糖核酸（microRNA）可以通过日常
食物摄 取的方式进入人体血液和组织器官。并且，一旦进入体内，它们将通过调控人
体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能，进而发挥生物学作用。该研究证明植物微
小核糖核酸可能是食物中的“第七种营养成分”（其他六种分别是水、蛋白质、脂肪
酸、碳水化合物、维他命和稀有元素）。
南大教授张辰宇作《21世纪生物科学与生物经济》讲座
原文地址
Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of
cross-... 阅读全帖 |
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