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l***y
发帖数: 638 | 2 跑胶大小不准的，好多修饰会影响，能看到其他杂蛋白都是啥吗，这个33kd的应该是打
出来最多的吧
mass
marker |
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S*******l
发帖数: 4637 | 3 可能是 ubiquitinated/sumoylated蛋白？加上一个就差不多40多KD了。
mass
marker |
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y*****s
发帖数: 1047 | 4 This is not about the mass accuracy. MS only looks at the m/z of peptide
ions and fragment ions and match them with the theoretic values calculated
from known genome. If the observed and theoretic values match with each
other, then the peptide is identified. OP's question is really how can a
45kDa protein have a sequence of a 33kDa protein. |
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g*****x
发帖数: 3283 | 5 1. 首先你得明白MS测序的原理。33kd这个数字不是MS测出来的，是根据tandem ms的结
果从数据库里match出来的。
2. 所以你的问题在于蛋白的identification，不在MS的误差。
3. 你蛋白纯度怎么样？tandem ms方法没办法保证100%的coverage，如果你的target蛋
白只占10%以下，很难保证一定能做出来。
mass
marker |
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D**A
发帖数: 311 | 6 谢谢胖老师，真是热心。
我们对mass spec真的不熟, 拿到data老板也很疑惑。 |
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D**A
发帖数: 311 | 7 不知道什么机器才够拿来做蛋白，貌似学校的机器都很老了。看来以后要换地方做mass
spec了。 |
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g*****x
发帖数: 3283 | 8 如果你的样品简单，就几种蛋白，而且你的target是主要的，那LTQ/triple-Q估计也能
做出结果。这俩仪器主要还是用来做小分子的。
如果你样品复杂，纯度又很低，最好找个做proteomics的来做，现在基本都是orbitrap
了。
另外你最好懂这方面的人evaluate一下结果，尤其sample复杂的时候想要做出
conclusive的结论不容易。
mass |
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G***G
发帖数: 16778 | 9 NGS vs Mass Spectrometry
哪个平台前景好，出文章质量高？
谢谢！ |
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发帖数: 1 | 10 NGS
：NGS vs Mass Spectrometry
：哪个平台前景好，出文章质量高？
：谢谢！ |
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G***G
发帖数: 16778 | 11 请问象ngs那样high through的测整个genome
在Mass Spectrometry里面用high throughput来测整个protein database为什么不是很
好的idea？ |
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发帖数: 1 | 12 好问题！请overlap讨论回答吧
：请问象ngs那样high through的测整个genome
：在Mass Spectrometry里面用high throughput来测整个protein database为什么不是
很好的idea？ |
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c**********n
发帖数: 177 | 13 如何解决post translation modification的问题？Mass Spec做这个有点garbage in,
garbage out的感觉吧。 |
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c*********r
发帖数: 1312 | 14 还有想抓住这个难得的机会请教一下MS业内人士，我想对比NGS和MS来进一步理解一下
MS。我做NGS比较所多，MS只做过两个项目，在做第三个，但是都比较肤浅，毕竟上游
的分析不是我们自己做。NGS上下游都自己做，所以理解相对多一些。
对于RNA-seq，total RNA样本，和MS cell lysate对应，都是复杂样品，测出来的序列
数目和测序深度（花钱多少）正相关。一般样本，比如说人的细胞total RNA，mRNA-
seq，需要100 ng total RNA来建库，测100 Million以上的short reads基本上就到平
台了，一个lane现在可能就HiSeq 4000一千刀左右或者更便宜。而且可以定量每个gene
的表达量或者每个isoform的表达量。
那么对于Mass Spec，同样的人的细胞的cell lysate，假设有足够多的样品，做到类似
的事情，把样品中尽可能多的蛋白通过MS（MS/MS，或者LC/MS/MS，或者其它类型的MS
）测序，而且尽可能的定量，需要，需要哪些条件来做到？大概需要多少mg或者ug蛋白
样品？在同一个MS的测序结果里，可以定... 阅读全帖 |
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g*****x
发帖数: 3283 | 15 定量proteomics一般是用stable isotope标记的样品做internal reference，这个我没
亲自做过不敢乱说
: 还有想抓住这个难得的机会请教一下MS业内人士，我想对比NGS和MS来进一步理
解一下
: MS。我做NGS比较所多，MS只做过两个项目，在做第三个，但是都比较肤浅，毕
竟上游
: 的分析不是我们自己做。NGS上下游都自己做，所以理解相对多一些。
: 对于RNA-seq，total RNA样本，和MS cell lysate对应，都是复杂样品，测出来
的序列
: 数目和测序深度（花钱多少）正相关。一般样本，比如说人的细胞total RNA，
mRNA-
: seq，需要100 ng total RNA来建库，测100 Million以上的short reads基本上
就到平
: 台了，一个lane现在可能就HiSeq 4000一千刀左右或者更便宜。而且可以定量每
个gene
: 的表达量或者每个isoform的表达量。
: 那么对于Mass Spec，同样的人的细胞的cell... 阅读全帖 |
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c*******x
发帖数: 438 | 16 【 以下文字转载自 Chemistry 讨论区 】
发信人: catalystx (催化剂X), 信区: Chemistry
标 题: 谁能推荐一款process mass spec?
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 6 19:36:35 2008), 站内
rt |
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f********r
发帖数: 190 | 17 多谢。
那请问哪里可以查到各种compound的exact mass？
.3 |
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d******s
发帖数: 674 | 18 同意二楼的说法
下载这个软件‘molecular weight calculator’就可以计算exact mass
http://www.alchemistmatt.com/
MS/MS用来鉴定结构最多是用在结构确认方面，而且液质联用的谱库很少而且数据严重
不全（相对于气质来说）。
从你上传的MS/MS来看，只能看出来173-->155 （-H2O， maybe a -OH group on your
compound) -->129 （-O, maybe a -O- group) -->101 (-28, -CH2CH2-)
这个MS/MS应该不是高分辨质谱吧？
很奇怪的是173有一个5%的174同位素峰，155也是，不知道是不是因为是合成产物的原
因。 从同位素比例来看很像S，难道是double-charged？
给点未知物的信息好不好？虽然看谱图比较有意思，摸瞎也太zturn了一点
BTW，鉴定未知物的结构不都是做NMR么？ |
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f********r
发帖数: 190 | 19 事情是这样的。我们有一个蛋白，功能研究表明它能结合长链疏水基团,而且我们
也做了蛋白结晶。晶体衍射图表明确实有一长链的东西跟它结合在一起，但看不清
是什么。于是我们就把这个东西抽提出来打质谱。但还是搞不清是什么。
最开始我们怀疑是Decanoic Acid，但它的 Calculated exact mass(172.15) 跟高分辨率质谱上
得到的数值(172.07)相差0.08。据说，这个差值非常大，因而被否决了。现在是心里一点谱都没
了。
那个MS/MS应该是低分辨率的。这种情况我不知道能不能做NMR。不知道NMR对量和纯度
有什么要求。
your |
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w********g
发帖数: 447 | 20 Another suggestion I will make is to try MS/MS on Q-Tof. I believe you did
MS/MS on ion-trap? So fragment with mass below 1/3 of your molecular ion
will not be seen. Try instrument other than ion trap. Maybe you can also get
more clue. |
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w********g
发帖数: 447 | 21 除了1/3 mass cut off, q-tof跟ion trap的fragmentation依然可以差老远，比如fix
charged的东西。这种是case by case，主要看分子的性质啦。
如果楼主坚持这个长链的家伙是很常见的化合物，EI可能会有希望。 |
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b*****r
发帖数: 203 | 22 It is a sodiated peak. The one at 151.09649 is the actual protonated peak.
The molecular formula for the 173 peak is C6H13O4Na1, mass accuracy: -4.6
ppm. There is no double bond in it. My guess is it is a compound with two
ester bonds. |
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b*****r
发帖数: 203 | 23 Sorry I made a mistake. The molecular formula should be C6H14O4Na1. Without
adduct it should be C6H14O4. Mass accuracy -0.06 ppm. It is still hard to
explain the MS/MS spectra. |
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E****F
发帖数: 10 | 24 你的ion-trap MS/MS用了47eV,得到的product ion 信息不是很充足。如果要做Q-TOF的
话，可以尝试不同的collision enrgy，建议加大CE到60-100eV试试。另外扩大mass
range来看看是否有dimer或trimer. 如果猜测是脂肪酸的话，可以去www.lipidmaps.
org查询一下database，那里有isotope distribution for natural isotopes. 如果不
用NMR,就麻烦些上stable isotope, like C13, H2,or O18，希望对你有帮助。 |
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w********g
发帖数: 447 | 25 如果是173是[M+Na]+的话Q-tof的MS/MS的好处是应该可以看到低mass端一个单独的Na+
的峰，一目了然。ion-trap就看不到。
eV |
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s****n
发帖数: 147 | 26 I got some mass spectra, some MS of fragments have 46, 30, 16 difference.
Please some advice, what is fragments are possible difference: 46: COOH?
30: CH3CH2?, 16: O?
Thanks a lot |
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p**********m
发帖数: 472 | 27 比如lc是因为diffusion 决定的, 那mass sepectrum的峰broadeing 是什么决定的呢? |
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s**********8
发帖数: 25265 | 28 你说的啥嘛？ chromatogram (TIC)? mass spec profile data? or whatever? |
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h***9
发帖数: 8948 | 30 我怎么看见很多文献的HRMS计算的exact mass和我用chemdraw计算的不一样？
xx |
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f********e
发帖数: 2194 | 31 如果是正离子，chemdraw 算的EM减去了电子的质量，这个是真正的exact mass.
有些HRMS没有减去电子的质量 |
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a******z
发帖数: 1464 | 32 哈哈
哦
看懂了
偶以前也听说做mass spec好找工作呢，毅然跳入火坑！可是偶还是没找到工作的说。
。。 |
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w**********n
发帖数: 90 | 33 做mass可以考虑在药物分析方面找工作，这个方面的工作机会还是有的。faculty好像
不是有很多的坑这个。 |
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b*******g
发帖数: 1309 | 34 肯定不用 CNS， 做纯MS的有几个发过CNS，能发JACS就很牛了。。。
我感觉MS的faculty 职位不多，出身很重要，出身MS名门跟重要
MS 跟其他不一样，买仪器很贵，现在年轻faculty申请funding买仪器很难
我老板都tenure了很多年了，才借去年的stumili机会，申请到钱买新仪器，
之前的仪器都是别人donate的，或者自己搭的，或者用学校Mass Spec center，
所以在这行开始很难，做faculty可不比做学生，
仪器坏了都要自己修的，自己搭的，不真正懂MS很难 |
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g**********2
发帖数: 2 | 35 我想问,如果是想以后在中国找工作的话,做MASS SPEC是不是会限制一些.因为国内的仪
器不多,所以没有职位呢? |
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l***d
发帖数: 1828 | 36
candidates
mass
哪个组?gary glish? |
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f*********e
发帖数: 1144 | 38 今天老板说到一个master of Mass spec,忘记名字了，是john yates的老板？谁那么
senior阿？ |
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m*******n
发帖数: 1214 | 39 1/ you have to dilute down your urea
2/ avidin beads is not that easy for trypsin to digest.it is on solid beads,
even a little was digested, so what? the Mass can still detect them as long
as your sample don't containing avidin, so it is kinda irrelevent |
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z*********4
发帖数: 146 | 40 Electrospray Ionization Mass Spectrometry: Fundamentals, Instrumentation,
and Applications
by Richard B Cole (Editor), 1997, Wiley-Interscience,
Thanks a lot! |
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z*********4
发帖数: 146 | 41 Thanks a lot.
I still need the First Edition of it.
Electrospray Ionization Mass Spectrometry: Fundamentals, Instrumentation,
and Applications
by Richard B Cole (Editor), 1997, Wiley-Interscience.
Thank you very much!! |
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z*******g
发帖数: 72 | 42 比如我拿一个mixture去打一个高分辨mass,然后去search database,然后就发现我的混
合物里可能有lysine, quinone, vitamin B等等？
有木有这样的好事？ |
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s**********e
发帖数: 2888 | 43 前几天前薄厚老板打电话说他有两个mass spectrometry/lipidomics位置的薄厚，有兴
趣的可以站内联系（因为不想被人肉）。老板超级nice，科学院院士，在加州，实验室
很大。 |
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r***u
发帖数: 11 | 45 A post-doctoral position about Bio-Mass Spectrometry is available in the
School of Chemistry and Biochemistry, Georgia Institute of Technology, to
develop novel MS-based methods to study proteins and protein post-
translational modifications, especially glycosylation, and apply them for
biomedical studies. More information may be found in the following link ( http://www.chemistry.gatech.edu/faculty/Wu/ ).
It is a plus for candidates to have strong background in organic chemistry
or experience wi... 阅读全帖 |
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i**********t
发帖数: 138 | 46 [在 leaven (无虾米) 的大作中提到：]
：A big biotech company in southern California is hiring a full time
position for a mass spec expert to support process development for large
molecule.
：
：...........
i think amgen |
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R****n
发帖数: 708 | 47 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: RinMan (Walk with the Earth Mother.), 信区: Biology
标 题: 做high-throughput metabolomics和proteiomics的Mass Spec选择
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Nov 23 11:56:39 2016, 美东)
系里准备进一台，原来有两台Agilent Q-TOF和QQQ.LC是1100系列，机器有点老了，毛
病多。做高通量，那个组合sensitivity和resolution比较好，再一个比较easy
maintainance。多谢！ |
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a***g
发帖数: 39 | 48 最近要买几个mass flow controller, 不知各位前辈有什么推荐，是做大气方面的，谢
谢！ |
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O******2
发帖数: 6 | 49 Took July Mass Bar Exam, 求祝福 |
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a**********m
发帖数: 2098 | 50 可能楼主已经考了，但是成绩还没出来吧
不过话说回来，在Mass考的人不多吧 |
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