e******n
发帖数: 2 | 1 招聘行政助理、生物信息研究助理和博士后
清华大学医学院干细胞及表观遗传研究室 (August, 2011)
本实验室主要研究表观遗传调控机制在干细胞多能性、动物生长发育和癌变中的作用。
课题组研究背景：
http://www.tsinghua.edu.cn/publish/med/3157/2010/20101215191338
拟招聘实验室行政助理、生物信息研究助理和博士后各1 名。待遇参照清华大学标准，
提供有竞争力的薪酬（具体视个人情况而定）。
一、实验室行政助理1名：
工作职责：
1、协助管理实验室的日常运转，包括试剂、耗材和仪器订购及报修，各类文档和数据
的管理和备案;
2、 处理相关办公室事宜，包括科研经费管理、年度报告和学生工作。
3、辅助完成简单的生物学实验 （optional）。
资格要求：
1、 本科以上学历，年龄不限；具有生物、生物信息、计算机背景者优先;
2、 有较好的计算机操作能力、中文写作和打字能力; 较好的英语水平；
3、 具有较好的管理能力，善于沟通和交流，具有团队合作精神;
4、 具有极强的责任心，工作主动积极，办事利落、... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 2 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 3 本人在wet lab里面做纯数据分析，for NGS data analysis, 简单介绍一些自己接触过
，并且觉得挺有用的工具，说的有点杂，权作抛砖引玉，还请不吝赐教。
Next-Gen sequencing(NGS)和现在正在发展的3rd-gen sequencing将会在生物学研究中
被越来越广泛应用。不管你信不信，反正我信了。一是基于实验成本的降低（$1k
whole-genome sequencing is coming），越来越多的实验室可以操作；二是可以提供
相对low throughput experiment多的多的数据和信息，可以看到很多从前看不到的东
西；三是sequencer本身对测序的准确性正在逐渐提高，所以实验固有错误率降低；四
是各种算法的成熟应用，这使得很多由于实验产生的误差在出数据后通过对数据的分析
得以过滤。按照library preparation来分，NGS主要有DNA-seq和RNA-seq
DNA-seq is usually used as ChIP-seq to study transcription factor(TF)-DNA
bi... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 4 1. UCSC genome browser has many ChIP-seq tracks including TFs, Pol2 and
Histone modifications (H3K4me3, H3K27me3, H3K36me3, etc) on different cell
lines(through Encode/Gencode project). You can just active these tracks and
compare with what you have to see if your H3K4me3 data looks normal or not.
2. I suggest you normalize your ChIP-seq signals. For example, your normal
tissue ChIP-seq has total number mappable reads = 10M, your tumor sample has
20M mappable reads, then divide any signal from t... 阅读全帖 |
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t*d
发帖数: 1290 | 5 Wen Yuan et al.
Dense Chromatin Activates Polycomb Repressive Complex 2 to Regulate H3
Lysine 27 Methylation
Science 24 August 2012; Vol. 337, No. 6097
同期评论中提到，H3K27 上的修饰比其他 histone 为点的修饰更 epigenetics，因为
这个为点的修饰可以在母细胞分裂时被复制到两个子细胞中。
难道不是所有的 histone 修饰都可以被复制吗？否则怎么能叫 epigenetics 呢？了解
的请讲讲，多谢了！ |
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E*******2
发帖数: 131 | 6 近些年窄意的epigenetics的定义是，环境因素导致的chromatin remodeling并且影响
了基因转录 |
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F*Q
发帖数: 3259 | 8 上次开会的时候，一个藤校的老教授看了我的东西后对我说：如果不是为了从年轻人职
业着想的话，他根本就不在意他实验室的文章发在什么杂志上。这个社会确实有点不对
劲，明明会影响年轻人的职业发展，为什么还要允许它存在？ |
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u**********d
发帖数: 573 | 10
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~估计说的是有篇文
章认为负责修饰H3K27的酶们可以在DNA复制的时候就近分配并结合到新的子链上去。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 12 是这样的。
很多marker并不是被直接复制的，而是DNA复制以后根据其他的marker又重新建立的。
狭义上来说，只有后者才是真正inheritable的。 |
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t*d
发帖数: 1290 | 13 多谢。
今天看了一片zhang yi 的老综述。这个 histone marker 怎么在细胞分裂是被复制的
机理还不是很清楚。
里面提到 H3/H4 dimer 可能比 H3/H4 tetramer 更稳定。这个倒是个好的蛮好的解释
。可惜被证伪了。 |
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a***e
发帖数: 1010 | 14 几个好的h3k27me3的抗体做ChIP
多谢多谢. |
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l*******i
发帖数: 153 | 15 有意思。
是female mESC吗？是的话，先做两个实验：
1）H3K27me3 immunostaing：可能发现small dot in nucleus.
2)qRT-PCR测Xist的表达，或者用FISH。
证实的话，就说明出现X chormosome inactivation了。
几个问题：
3) mESC的培养条件？serum,还是2i/LIF?
1）knockdown的mESC是否仍保持未分化状态，还是开始分化了？如果未分化，那么很有
可能你发现了一个新的调节X reactivation/inactivation的因子，做深了，至少是
cell stem cell.如果细胞分化了，那么X chromosome上的genes表达下调不奇怪，有多
大新意取决于你的这个gene
2）看一下这个基因的功能，是否已有先关报道，与X chromosome reactivation有关。
是histone modifier, TF还是在X chromsome上的新lncRNA? |
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l*******i
发帖数: 153 | 16 Xist下调是RNA-seq的结果，还是qPCR结果？这一点比较奇怪，与X chromosome
inactivation不一致。
按理说，在mESC中，X chromosome是active的，即XaXa，Xist应该不表达才对。Xist表
达时，会把其中一条X chromosome“包裹”起来，这条chromosome进而失活。X
inactivation一般指发生在female mEpiSC与分化的细胞中.
你这个结果与理论相反，X chromosome基因下调时，Xist竟然也降低。Xist在对照和
knockdown细胞中的表达分别是多少(RPKM or CT value)？
另一个问题，由于你用的培养条件是serum+LIF,这会导致heterogeneity.建议你用2i/
LIF.
knockdown mESC分化明显吗？ colony morphology改变如何，还是依旧维持与WT一样的
形态？
如果你确定用的是female mESCs的话，建议先做H3K27me3 staining,看看X chromosome
是不是失活的。 |
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e******e
发帖数: 19 | 22 一个重要的科学工作是否能够重复，不是靠這版上匿名你一言我一語，你说不行我说行
，随便骂人猪队友，什么一比一，也不拿出实验数据受人公评，就能定案的。
一个重要的科学工作是否能够重复，就像铺在这世界上的一个巨大网络，一处震动，就
引起全面震动，后继追随同一主题的研究风起云涌，铺天盖地。这才叫做重复成功。
张毅实验室的重大贡献如Tet/5hmC/5fc/5caC, Jmjc, hDOL1/leukaemogenesis, PRC2/
H3K27me3, PRC1/H2Aub, NurD等（去看他实验室网页），就属于这种全面性的重复成功。
人类生命科学史上，能够做出这么多了不起贡献的科学家，屈指可数。
楼上几位匿名造谣者，真不懂就多读书，多去开相关的学术会议。
谣言永远止于智者。
匿名在网上攻击他人，是最不负责任最令人不齿的生命态度。
在这版上留言，就应尊重版主立下的游戏规则。
版主说了（不是我说的） |
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