l*******i
发帖数: 153 | 1 问一个幼稚的问题：
正义链和反义链中同一位置的CpG是同时（去）甲基化吗？如果不同，这中间是怎么调
控的？ |
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z*t
发帖数: 863 | 2 CpG甲基化是对称的。
hydroxylmethylation（目前人们认为去甲基化中的一步）在正义链和反义链上不是对
称分布的。Wolf Reik 2011年的nature就发现了这个现象，调控机制目前没人知道。。。 |
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i**y
发帖数: 71 | 3 presumably not, especially if BER (single-strand break) is involved. the
plant demethylases have higher activity towards mCpG/mCpG than hemi-
methylated CpG, so it won't induce BER on both strands at the same time.
in animals, it is unclear. the problem now is that there is no good in vivo
system to study bona fide demethylation anymore, after the discovery of hmC,
fC and caC. |
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b****r
发帖数: 17995 | 9 affymetrix 不知道，反正illumina也是这么用cg 加一串数字命名各个CG
dinucleotide，它网站的ftp server上有xls 文件可以查，你可以电话他们客服，态度
很好，经常是声音甜美的mm |
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s***5
发帖数: 453 | 10 我们也要用illumina测序。
非常感谢！！！ |
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p****e
发帖数: 105 | 11 谢谢了。我给老鼠打了CpG ODN，淋巴结有平时3-4倍大，所以Macrophage 应该是在
inflammatory状态下，抗体的clone我从来没注意，回头看一下（我本行不是学生物的
）。我的F4/80和Lyve-1荧光大都在subcapsular sinus area，图明天贴上来。多谢各
位。
region. |
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s*****g
发帖数: 87 | 12 Methylated CpG island里两条DNA链都被甲基化了。
请问有没有什么gene 或者 promoter上的 DNA 只有一条链能被甲基化？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 13 here you go
PMID 20410883
Gao Z
An RNA polymerase II- and AGO4-associated protein acts in RNA-directed DNA
methylation. (2010).
Nature. 465: 106-9.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20410883
or
PMID 22895250
Zhang H, Zhu JK.
Seeing the forest for the trees: a wide perspective on RNA-directed DNA
methylation. (2012).
Genes Dev. 26: 1769-73.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22895250
or mammalian EStemCell mCXG
mCXG occurs asymmetrically with 98% of sites being methylated on only one
strand.
... 阅读全帖 |
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b****r
发帖数: 17995 | 14 你这是UTR,LZ的都基因下游几十K了
那我也举个不一定恰当的例子吧，比如IGF2下游若干Kb的CpG island （IC1）就影响
IGF2的表达 |
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b**********8
发帖数: 349 | 16 多谢回复并提供帮助。不过这个网站生成的图片质量也不能达到发表的要求。继续求助
非常感谢 |
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D****e
发帖数: 14 | 17 这篇文章好几个基本常识都错了。。
。。。A scan over all human chromosomes (22 autosomes + X + Y) reveals that
there are 150,281,981 CpG sites。。
作者到底有没有读过ENCODE那一系列的文章啊。。怎么发表的。。 |
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m******g
发帖数: 467 | 18 PNAS 14.07.01
稍微了解一下：
1. HBx induces hypomethylation of distal intragenic CpG islands required for
active expression of developmental regulators |
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n******7
发帖数: 12463 | 19 看了一些文章，你说的是call CpG domain/hotspots之类的
或者定义高中低methylated region吧 |
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O*******0
发帖数: 2 | 20 两篇
Shugay, M., et al. (2014). "Towards error-free profiling of immune
repertoires." Nat Methods 11(6): 653-655.
Gushchanskaya, E. S., et al. (2014). "The clustering of CpG islands may
constitute an important determinant of the 3D organization of interphase
chromosomes." Epigenetics 9(7).
300伪币总共两篇
s********[email protected]
谢谢 |
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s******s
发帖数: 13035 | 21 CG反义链是GC，可以遗传啊。你搞个CA, 对面TG，Me就找不到了 |
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x*****e
发帖数: 309 | 22 Illumina HumanMethylation 450K BeadChip kit (Illumina, San Diego, CA, USA)
查到一篇文章里面有个我感兴趣的基因甲基化位点(CpG 位于基因的 5 UTR)， 但是我
按照文章给出的位置 （Chromsome N,position XXXXX，）去NCBI找，对应的却不是我
感兴趣的基因，相差200kb。我又找了另外几个文章中的甲基化位置，自己在NCBI上找
了找，还是对不上，不知道什么原因。 难道那篇文章参照不是NCBI的数据？还是NCBI
数据更新了？先谢了！ |
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g*******p
发帖数: 176 | 23
Bisulfite虽然号称gold std. 但是本身缺陷太大，只是没有其他更好的方法去取代而
已。
目前知道的甲基化对基因表达的影响在于promoter region的CpG Islands，大量的甲基
化会抑制（有时是促进）基因表达。 |
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j*********o
发帖数: 237 | 24 先多谢了！！
Tao Deng,Ph.D
Email: [email protected]
/* */
Research Fellow
National Cancer Institute
National Institutes of Health
Summary of Research Experience:
Deep understanding of epigenetic regulations, including DNA methylation,
histone modifications and chromatin dynamics
Rich experience on mouse embryonic stem cell manipulation
Full hands-on experience on Next-generation sequencing
Selected Publication:
1. Deng T*, Zhu ZI*, Zhang S, Postnikov Y, Huang D, Horrsch M, Furusawa T,
Beckers J,... 阅读全帖 |
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s****s
发帖数: 16 | 25 我们在一个基因启动子发现一个CpG island，Bisulfide sequencing证实高度甲基化。
用gel shift 检测DNMT是否和这个启动子binding：具体就是用PCR放大的启动子片断和
细胞核提取物室温下培养30 分钟，然后作native gel shift 电泳。在胶经Etbr染色后
，把shift DNA带切下来送mass spec。结果显示没有检测到任何DNMT，当然有一些其它
的核蛋白。我们的解释是：DNMT的pI ＝ 9.4，running buffer 的pH是7.4, 因此在这
种条件下DNMT是positive charge， 在胶上是往反方向跑。不知道这种介绍对不对？还
有其它的解释吗？谢谢。 |
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g********0
发帖数: 6201 | 26 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: liuxiong (雄奇), 信区: Faculty
标 题: 饶教授重金挖入的 “青千” 论文被撤稿了
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Nov 24 22:31:54 2016, 美东)
偶然发现北大生命中心有论文被撤稿了，搜了下，是饶教授任院长时从别处重金挖来的
“青千”所发。该小牛到北大后效率超高，三年多时间就已发表了一篇Plos Genetics
和一篇EMBO Journal。可能太着急，Plos发表没多久被
发现数据有问题，加发了勘误，EMBO发表后又被发现数据有问题，直接
撤稿了。。。
有意思的是，文章7月online，9月撤稿，北大官网和生院官网现在都还放着这篇重大进
展的新闻宣传稿。
Correction: Regulation of Active DNA Demethylation by a Methyl-CpG-Binding
Domain Protein in Arabidopsis thaliana
Retraction: ‘A pair of transposon-derived prote... 阅读全帖 |
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q******g
发帖数: 3858 | 27 【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: liuxiong (雄奇), 信区: Faculty
标 题: 饶教授重金挖入的 “青千” 论文被撤稿了
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Nov 24 22:31:54 2016, 美东)
偶然发现北大生命中心有论文被撤稿了，搜了下，是饶教授任院长时从别处重金挖来的
“青千”所发。该小牛到北大后效率超高，三年多时间就已发表了一篇Plos Genetics
和一篇EMBO Journal。可能太着急，Plos发表没多久被
发现数据有问题，加发了勘误，EMBO发表后又被发现数据有问题，直接
撤稿了。。。
有意思的是，文章7月online，9月撤稿，北大官网和生院官网现在都还放着这篇重大进
展的新闻宣传稿。
Correction: Regulation of Active DNA Demethylation by a Methyl-CpG-Binding
Domain Protein in Arabidopsis thaliana
Retraction: ‘A pair of transposon-derived prote... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 28 这是今天的一个新闻，Steve Horvath的研究我比较熟悉，之前还做过类似的领域。
这才叫原创的，临床相关的研究。不是随便扯个DL的名号就是。
顺便说个花边新闻，Steve之前读到一篇烂文，忘记是不是那个俄罗斯公司的了，也是
关于aging这块的生物信息分析。他想这块我专业啊，这种烂文是misleading，我得去
评论一下。于是就发了个comment，说这里面这里有问题，那里有问题。结果没多久，
居然收到一封那个公司寄来的律师信，威胁他必须撤销这个comment，哈哈哈
－－－
Life Insurer GWG Acquires Rights to Epigenetic Mortality Predictor Tech
May 05, 2017 | staff reporter
NEW YORK (GenomeWeb) – GWG Holdings, the parent company of life insurance
firm GWG Life, announced today that it has exclusively licensed technology
from... 阅读全帖 |
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j*****t
发帖数: 5475 | 29 要在美国做marketing的话, 一定要英文好, 对美国的文化比较熟悉
一般的CPG公司招brand manager都要公民或绿卡
倒不完全是歧视, 而是不了解本地的消费者和文化, 很难明白marketing program,
creative idea的好坏
偏analytics的大概找工作容易些, 不过太过specialized, 将来难朝公司高层发展. |
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j*****t
发帖数: 5475 | 30 要在美国做marketing的话, 一定要英文好, 对美国的文化比较熟悉
一般的CPG公司招brand manager都要公民或绿卡
倒不完全是歧视, 而是不了解本地的消费者和文化, 很难明白marketing program,
creative idea的好坏
偏analytics的大概找工作容易些, 不过太过specialized, 将来难朝公司高层发展. |
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i********m
发帖数: 934 | 31 你的情况估计内部转过去很难。MBA的话现在工作经验太少，一般平均是5年。建议你先
考GMAT，同时了解MBA的情况，多跟人聊，1-2年后再做决定。Full time还有个问题是
年龄。不少program都有对年龄要求的潜规则，建议你看看有的学校的一年制的对
master学位及之上的人开的prorgam。还有就是要做好心理准备，full time mba的头一
年会非常非常忙，你的年龄体力心理压力都要有准备。
至于找工作，根据你的背景，美国大consulting会很难，国内大consulting也不会太容
易。同领域marketing我觉得问题不大。签证问题最好能先解决，如果不能也绝不是找
不到工作。很多公司不招international。但是也看行业情况。High tech很多sponsor
，CPG相对较难，其他corporate也有不少能办签证的。大consulting除了accenture都
没问题，大banking全部没问题。
起始工资在你现在的基础上会小幅上涨，但是不多。不过5年后的projection应该会比
engineer好。
MBA都是让你认识很多有意思的人，你看事情... 阅读全帖 |
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S******0
发帖数: 71 | 32 想叫女朋友来这边都个学位，她是MBA北京，有国内工作经验，法国的MBA硕士和工作经
验， 请问读什么专业比较好找工作。
* Dassault Systèmes, Paris
Assistant Sales Manager (Consumer Goods and Retail) (11/2012-05/2013)
Main Role: Be involved with 3 DS Product life cycle experiences to consumer
goods and retail Industry.
Sales opportunity analysis, Community Set-up and contribution, Geo ecosystem
list refining and analysis.
* VITAE Paris Cosmetics Trading Corp., Shanghai
E-Market Manager (10/2010-07/2012)
Product New launch and Branding de... 阅读全帖 |
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s*******7
发帖数: 187 | 33 postdoc position available
Chemistry Department
University of Utah
http://www.chem.utah.edu/faculty/koehntop/U_Gray_Templates%20v1
Buck-Koehntop Research Group
Postdoctoral Position Available
A postdoctoral position is immediately available to investigate methyl-CpG
binding protein recognition of epigenetically modified DNA targets in cancer
. The candidate should have a Ph.D. degree and be familiar with solution
biomolecular NMR methodologies as well as standard biochemical and molecular
biolog... 阅读全帖 |
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s*******7
发帖数: 187 | 34 There is a postdoc position available at Chemistry Department, University of
Utah.
A postdoctoral position is immediately available to investigate methyl-CpG
binding protein recognition of epigenetically modified DNA targets in cancer
.The candidate should have a Ph.D. degree and be familiar with solution
biomolecular NMR methodologies as well as standard biochemical and molecular
biology techniques.
Anybody who is interested in, please let me know. I will send you detailed
information.
Thanks. |
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E***n
发帖数: 308 | 35 要不是有家有口我真想去脱产进修一年
of
CpG
cancer
molecular |
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g*****x
发帖数: 3283 | 36 1)当然会反应，ACG在oligo合成时候分别用Bz, Ac和ib保护。除此之外，每一个ribose
的2'上的－OH也会反应。
2)这个修饰很显然得在rna oligo synth完成、脱保护/从CPG切割之前做，但很显然-
COOH的ester在随后用高浓度nucleophile脱保护/切除时就会被干掉。
3)综合以上两点，只在3'/5'做－COOH的ester基本上不可能。 |
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g*****x
发帖数: 3283 | 37 你可以试着把NHS ester换成phosphoramidite，反应条件可能不那么mild。
另外如果需要很高的selectivity的话，基本只能在CPG上做了 |
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r*****u
发帖数: 94 | 38 I am not sure whether Freescale can still survive by the end of this year:)
The site in Phoenix is CPG and is in high danger now:) |
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b***n
发帖数: 13455 | 39 初步判断纯属忽悠(国内的), 因为我在CPG的朋友们都拿到了新东家的fat offer: 3%
salary raise, 66K upfront relocation package, 但不是中国公司. |
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r*******t
发帖数: 10 | 40 在一家半导体设备公司做了10几年了，从设备工程师到市场经理。感觉这个行业越来越
窄，机会也越来越少，就那么几家公司（AMAT, LAM， KLA—Tencor)。摩尔定律也快到
了物理极限，半导体厂大多数都在亚洲，而且要求都是降价。看到很多年纪大的同事被
裁了都很难在别的行业找到工作心里也不好受。
现在有机会转行到传统CPG行业( consumer packaging goods)做市场分析，和数据相关
的。职位低一点，薪水少不少，离家也远。但是感觉称年轻转过去还是有很多就会的。
家里人不太同意转。但是感觉他们不太了解在半导体制造业的困惑。
请求大家的中肯建议。 |
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d***e
发帖数: 243 | 41 疫苗大致分为预防性和治疗性.我想大多数疫苗还是预防性.合成多肽来模拟乙肝抗原通
常抗原性不及天然的病毒抗原.如果他们用CpG+Montanide之类的可以诱导细胞免疫Th1
反应佐剂,理论上是可以达到治疗的效果.
但如果让我选,我宁可直接用天然乙肝抗原加合适的免疫佐剂来治疗.至于什么是合适的
免疫佐剂,许多疫苗公司都有自己的看家宝.吴军医可能有自己的一套. |
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R*****t
发帖数: 43 | 42 我公司正在找统计方面的full time research scientist，人员编制在中国区（上海），但是也可以在美国总部或者各个分部有每年几个月的工作时间，这个位置直接报告给VP of Product and Services， 人事报告给中国区GM，待遇：中国市场market value, 大概15-40万左右（取决于具体的能力和工作经验， 差旅补贴另加）加上丰厚期权和中国员工的所有福利以及相关辟税措施。
要求：需要非常聪明和好的研究能力, 有海量数据统计相关的分析经验(大概每个客户每年的数据1-10billion lines of records)，并且有很强的研究能力，Prefer Ph.D; 有好的模型和创造能力以及动手能力，能把发现转换成新的insight和
algorithms.
英语听说必须得流利；熟练使用统计tools，比如R, 如果懂得在海量数据库上工作（SQL & OLAP cubes）和简单编程工作也是非常有力的补充， 在市场分析，零售相关的工作经验更佳.有潜在的lead scientists team的能力。
我们公司是个快速上升的以CPG和Retaile |
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T****n
发帖数: 2195 | 43 头一次听说把IQ要求直接列出来的......
），但是也可以在美国总部或者各个分部有每年几个月的工作时间，这个位置直接报告
给VP of Product and Services， 人事报告给中国区GM，待遇：中国市场market
value.
每年的数据1-10billion lines of records)，并且有很强的研究能力，Prefer Ph.D;
有好的模型和创造能力以及动手能力，能把发现转换成新的insight和
SQL & OLAP cubes）和简单编程工作也是非常有力的补充.有潜在的lead scientists
team的能力。
的客户, 在CPG里，基本上100%的财富500强的公司都是我们的直接客户。 |
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n*****n
发帖数: 3123 | 44 为啥不要求EQ...不能搞歧视
），但是也可以在美国总部或者各个分部有每年几个月的工作时间，这个位置直接报告
给VP of Product and Services， 人事报告给中国区GM，待遇：中国市场market
value.
每年的数据1-10billion lines of records)，并且有很强的研究能力，Prefer Ph.D;
有好的模型和创造能力以及动手能力，能把发现转换成新的insight和
SQL & OLAP cubes）和简单编程工作也是非常有力的补充.有潜在的lead scientists
team的能力。
的客户, 在CPG里，基本上100%的财富500强的公司都是我们的直接客户。 |
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l******d
发帖数: 1633 | 45 像是个data provider。。。
），但是也可以在美国总部或者各个分部有每年几个月的工作时间，这个位置直接报告
给VP of Product and Services， 人事报告给中国区GM，待遇：中国市场market
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每年的数据1-10billion lines of records)，并且有很强的研究能力，Prefer Ph.D;
有好的模型和创造能力以及动手能力，能把发现转换成新的insight和
SQL & OLAP cubes）和简单编程工作也是非常有力的补充.有潜在的lead scientists
team的能力。
的客户, 在CPG里，基本上100%的财富500强的公司都是我们的直接客户。 |
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N**D
发帖数: 10322 | 46 一年才几个billion, 不是很大
），但是也可以在美国总部或者各个分部有每年几个月的工作时间，这个位置直接报告
给VP of Product and Services， 人事报告给中国区GM，待遇：中国市场market
value.
每年的数据1-10billion lines of records)，并且有很强的研究能力，Prefer Ph.D;
有好的模型和创造能力以及动手能力，能把发现转换成新的insight和
SQL & OLAP cubes）和简单编程工作也是非常有力的补充.有潜在的lead scientists
team的能力。
的客户, 在CPG里，基本上100%的财富500强的公司都是我们的直接客户。 |
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l****u
发帖数: 529 | 47 We are working with a major client in Cincinnati, OH that has an immediate
opportunity for a Statistician. This is a 6 month contract opportunity and
several people I have placed have been there for several years.
If you have a statistics background and would be interested in working in
Cincinnati - please forward your updated resume to my attention.
*** Statistician for Research & Development for CPG, Cincinnati, OH ***
The individual will support statistics department on multiple projects on... 阅读全帖 |
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s********p
发帖数: 637 | 48 我以前也帮Steve介绍这个职位几次，CPG好像只对Junior的感兴趣，太有经验的反而
不要，不知道为什么。反正最后拿到offer的两个人都把这个职位turn down了。
and
data |
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m******1
发帖数: 95 | 49 有一整套Central Pattern Generator CPG的研究的，简单的运动不用脑 |
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