r*******6
发帖数: 545 | 1 新手要用aptamer，有几个问题不清楚，求问专家：
1）RNA aptamer中A，C和G三个碱基中都含有NH2基。看的文献中都用EDC/NHS和基地的
COOH反应，COOH岂不是除了和3'和5'修饰的NH2反应还要和aptamer上的NH2反应？这不
就破坏aptamer的功能了？
2）如果把基地的功能团是NH2,没找到有公司可以在aptamer的3'和5'修饰COOH。这是什
么原因，不好修饰？ |
g*****x
发帖数: 3283 | 2 1)当然会反应，ACG在oligo合成时候分别用Bz, Ac和ib保护。除此之外，每一个ribose
的2'上的－OH也会反应。
2)这个修饰很显然得在rna oligo synth完成、脱保护/从CPG切割之前做，但很显然-
COOH的ester在随后用高浓度nucleophile脱保护/切除时就会被干掉。
3)综合以上两点，只在3'/5'做－COOH的ester基本上不可能。
【在 r*******6 的大作中提到】
: 新手要用aptamer，有几个问题不清楚，求问专家：
: 1）RNA aptamer中A，C和G三个碱基中都含有NH2基。看的文献中都用EDC/NHS和基地的
: COOH反应，COOH岂不是除了和3'和5'修饰的NH2反应还要和aptamer上的NH2反应？这不
: 就破坏aptamer的功能了？
: 2）如果把基地的功能团是NH2,没找到有公司可以在aptamer的3'和5'修饰COOH。这是什
: 么原因，不好修饰？
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d********6
发帖数: 76 | 3 晕倒， 你用没用过NHS chemistry？这东西只能和氨基反应，而且碱基上的NH2和
aliphatic NH2相比活性很小，根本就不会反应。
ribose
【在 g*****x 的大作中提到】
: 1)当然会反应，ACG在oligo合成时候分别用Bz, Ac和ib保护。除此之外，每一个ribose
: 的2'上的－OH也会反应。
: 2)这个修饰很显然得在rna oligo synth完成、脱保护/从CPG切割之前做，但很显然-
: COOH的ester在随后用高浓度nucleophile脱保护/切除时就会被干掉。
: 3)综合以上两点，只在3'/5'做－COOH的ester基本上不可能。
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g*****x
发帖数: 3283 | 4 我知道-OH反应没-NH2快，但不是完全不反应。
再说lz本来就是要标记-OH，对于一个Nmer，有N+2个-OH和数量不等的-NH2，基本上没
可能只在3'/5'反应。
【在 d********6 的大作中提到】
: 晕倒， 你用没用过NHS chemistry？这东西只能和氨基反应，而且碱基上的NH2和
: aliphatic NH2相比活性很小，根本就不会反应。
:
: ribose
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r*******6
发帖数: 545 | 5 谢谢，学习了！:)
ribose
【在 g*****x 的大作中提到】
: 1)当然会反应，ACG在oligo合成时候分别用Bz, Ac和ib保护。除此之外，每一个ribose
: 的2'上的－OH也会反应。
: 2)这个修饰很显然得在rna oligo synth完成、脱保护/从CPG切割之前做，但很显然-
: COOH的ester在随后用高浓度nucleophile脱保护/切除时就会被干掉。
: 3)综合以上两点，只在3'/5'做－COOH的ester基本上不可能。
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g*****x
发帖数: 3283 | 6 你可以试着把NHS ester换成phosphoramidite，反应条件可能不那么mild。
另外如果需要很高的selectivity的话，基本只能在CPG上做了
【在 r*******6 的大作中提到】
: 谢谢，学习了！:)
:
: ribose
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r*******6
发帖数: 545 | 7 如果碱基上氨基活性很低，我就先这样做一下。不行在按你的建议换成
phosphoramidite.
谢谢！
【在 g*****x 的大作中提到】
: 你可以试着把NHS ester换成phosphoramidite，反应条件可能不那么mild。
: 另外如果需要很高的selectivity的话，基本只能在CPG上做了
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