d*********o
发帖数: 6388 | 1 http://www.sohu.com/a/372563170_260616
当地时间2月11日，世界卫生组织（WHO）宣布将新型冠状病毒（2019-nCoV）感染引起
的疾病正式命名“COVID-19”。同日，国际病毒分类委员会声明，将引发疾病的新型冠
状病毒命名为“SARS-CoV-2”。
同一天内，不同机构分别宣布疾病及其病毒的名称，不少网友表示一头雾水，学界则表
现出赞同和反对的不同意见。
对于将疾病命名为COVID-19，但病毒（virus）名称为SARS-CoV-2（SARS冠状病毒2号，
SARS是Severe acute respiratory syndrom的缩写，即“严重急性呼吸综合征”，CoV
指冠状病毒），中国科学院武汉病毒研究所研究员石正丽告诉《知识分子》，她都不认
同，并表示“我们正提建议”。
中国疾控中心主任、中科院院士高福在接受《中国科学报》采访时称，“没有证实这是
（最终）结论命名，我也认为不妥。”他表示，建议中国病毒学会成立一个专家委员会
来讨论此事。
中国微生物学会病毒学专业委员会主任委员郭德银还向《中国科学报》透露，命名没有
征求中国专家或者学会... 阅读全帖 |
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p**f
发帖数: 3549 | 2 2月11日，国际病毒分类委员会（ICTV）将新型冠状病毒命名为SARS-CoV-2，引发中国
学者的广泛质疑。 18日，多位中国专家联名在《柳叶刀》线上平台刊发文章，对新型
冠状病毒命名提出了建议，呼吁将病毒命名为HCoV-19（“2019年人冠状病毒”）。
在《新冠状病毒需要一个不同的名字》（A distinct name is needed for the new
coronavirus）的文章中，高福、石正丽、谭文杰等七名专家提出，SARS-CoV-2这一命
名具有误导性，此次引起广泛国际关注的流行病毒应有其独特名称。
世界卫生组织（WHO）最初将新病毒临时命名为2019-nCoV。2月11日，世卫组织将新型
冠状病毒感染引起的疾病正式命名为COVID-19，即2019年冠状病毒疾病的缩写。
当天，国际病毒分类委员会冠状病毒研究小组（CSG）在bioRxiv上发布手稿，确定新病
毒属于现有物种，即与严重急性呼吸综合征（SARS）相关的冠状病毒。其中建议，在对
相关冠状病毒进行系统分析的基础上，将2019-nCoV命名为“严重急性呼吸综合征冠状
病毒2”，即“SARS-CoV-2”... 阅读全帖 |
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p*****y
发帖数: 3 | 3 he said g(x,y) decreasing in y, how g(x,y)=constant?
could be Cov(f(x,y),g(x,y))>0
ex:
f(x,y)=g(x,y)=x/y
then Cov(f(x,y),g(x,y))=E(x^2/y^2)>0
but do not know how to prove theoretically. |
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发帖数: 1 | 4 石正丽在2015年美国人合成新冠病毒SHC014的《Nature》文章中，贡献在于提供了病毒
的质粒样本。
也就是说，石就是一帮人抓蝙蝠的。
我就想知道，她是不是把RaTG13 CoV的质粒样本也给美国人了。
如果给了，相当于给了敌人屠杀鳖华的刀子。 |
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g****o
发帖数: 314 | 7 之前看到消息,然后把MDT,COV都放进watch list. 看了鹿兄帖子才意识到怎么操作.
谢了 |
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J*K
发帖数: 331 | 8 这个MDT涨的空间有限，COV应该会涨更多
上次传言是SYK & SNN.snn涨了不少， SYK基本持平 |
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s***e
发帖数: 830 | 10 x and y are random variables.
如果
(1) E[f(x,y)]=0
(2) f(x,y) and g(x,y) are increasing in x.
(3) f(x,y) and g(x,y) are decreasing in y.
能否得到
COV( f(x,y), g(x,y) )>0
不是作业题，看paper发现作者没有证明，感觉需要跟多条件，但不确定。谢谢！！ |
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d*********a
发帖数: 255 | 11 No.
take g(x,y)=constant. cov=0 |
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q**j
发帖数: 10612 | 12 这两个的区别在哪里？多谢。
> x = rnorm(1000)
> y = 0.5 + x + rnorm(1000)
> z = lm(y~x)
> a = summary(z)
> a$cov.unscaled
> vcov(z) |
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C*I
发帖数: 4736 | 13 相比较而言，石正丽的《Bat origin of human coronaviruses/蝙蝠是人类冠状病毒的
来源》是扎扎实实的抓蝙蝠，解剖蝙蝠，分离病毒，对比DNA,RNA后得出得结论。
请lobbock读一读，说一说，走两步！
http://virologyj.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12985-015-0422-1
Review
Open Access
Published: 22 December 2015
Bat origin of human coronaviruses
Ben Hu, Xingyi Ge, Lin-Fa Wang & Zhengli Shi
Virology Journal volume 12, Article number: 221 (2015) Cite this article
Abstract
Bats have been recognized as the natural reservoirs of a large variety of
viruses. Special attention has ... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 14 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 15 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 16 Published: 30 October 2013
Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the
ACE2 receptor
Xing-Yi Ge, Jia-Lu Li, Xing-Lou Yang, Aleksei A. Chmura, Guangjian Zhu,
Jonathan H. Epstein, Jonna K. Mazet, Ben Hu, Wei Zhang, Cheng Peng, Yu-Ji
Zhang, Chu-Ming Luo, Bing Tan, Ning Wang, Yan Zhu, Gary Crameri, Shu-Yi
Zhang, Lin-Fa Wang, Peter Daszak & Zheng-Li Shi
Nature volume 503, pages535–538(2013)Cite this article
Abstract
The 2002–3 pandemic caused by severe acute respirator... 阅读全帖 |
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x****6
发帖数: 4339 | 17
The occurrence of concentrated pneumonia cases in Wuhan city, Hubei province
of China was first reported on December 30, 2019 by the Wuhan Municipal
Health Commission (WHO, 2020). The pneumonia cases were found to be linked
to a large seafood and animal market in Wuhan, and measures for sanitation
and disinfection were taken swiftly by the local government agency. The
Centers for Disease Control and Prevention (CDC) and Chinese health
authorities later determined and announced that a novel coro... 阅读全帖 |
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O**W
发帖数: 58 | 18 自中国湖北省武汉市首次报道新型肺炎（COVID-19）以来，关于致病性病毒SARS-CoV-2
的起源一直存在大量讨论和不确定性。截至2020年2月14日，已确诊64473例，其中死亡
1,384例。该病毒显然能够在人与人之间有效的传播。由于目前尚无针对该疾病的疫苗
或特异性疗法，基于存在可能传播到医疗体系较弱的国家风险，WHO已宣布COVID-19疫
情为国际关注的突发公共卫生事件（PHEIC）。
SARS-CoV-2是已知感染人类的冠状病毒科的第七名成员。 其中，三种病毒（SARS CoV-
1，MERS和SARS-CoV-2）可以引起严重的疾病。 四种病毒（HKU1，NL63，OC43和229E）
与轻度呼吸道症状有关。
该论文综述了从可用基因组序列数据的比较分析中可以推断出SARS-CoV-2的起源和早期
进化的方法。 值得注意的是，该论文提出了SARS-CoV-2基因组的显著特征，并讨论了
可能出现这些特征的场景。 重要的是，该分析为“SARS-CoV-2不是实验室产物也不是
有意操纵的病毒”这一论点提供了证据。
通过对α和β冠状病毒（冠状病毒科家族）的基因组比较确定了SAR... 阅读全帖 |
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d*********o
发帖数: 6388 | 19 http://www.caixin.com/2020-03-06/101524891.html?originReferrer=weibo_caixinwang
2月19日，复旦大学病原微生物研究所所长姜世勃、中国疾控中心主任高福、中科院武
汉病毒研究所研究员石正丽等中国学者在《柳叶刀》上发文称，ICTV为新冠病毒所取的
“SARS-CoV-2”有误导性，暗示它会导致SARS或类似疾病，尤其会对一些病毒学知识不
足的科学家及公众产生误导.
【财新网】（记者 徐路易）新冠病毒命名事宜再起波澜。当地时间3月5日，国际期刊
《柳叶刀》在线发表了美国乔治梅森大学系统生物学教授吴云涛、香港大学李嘉诚医学
院教授金冬雁、浙江大学动物科学学院教授黄耀伟等12位来自中国和美国的华人学者撰
写的通讯文章，文章称采用“SARS-CoV-2”命名新冠病毒，符合国际病毒分类委员会（
ICTV）的命名原则，“是恰当的（appropriate）” 。
文章认为，SARS-CoV-2这个命名并不是基于临床症状与SARS类似，而是突出它与
SARS病毒在演化关系上的考虑。
2月11日，ICTV网站发表更新声明，根据系统... 阅读全帖 |
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c******n
发帖数: 5697 | 20 中国一大堆测试抗体的公司
美国一个也没有够惨的
https://www.nature.com/articles/d41587-020-00010-2
TABLE 1 SELECTED COMMERCIAL RAPID TESTS FOR SARS-COV-2
Developer
Test
Description
Status
Guangzhou Wondfo Biotech (Guangzhou, China)
Wondfo SARS-CoV-2 antibody test
Lateral flow 15-minute immunoassay that detects IgM and IgG antibodies
directed against SARS-CoV-2
National Medical Products Administration EUA in China; CE mark in Europe
Innovita Biological Technology
SARS-CoV-2 antibody assay
Lateral flow 15-minute immunoas... 阅读全帖 |
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G****e
发帖数: 1912 | 21 https://www.theepochtimes.com/scientific-puzzles-surrounding-the-wuhan-novel
-coronavirus_3225405.html
Scientific Puzzles Surrounding the Wuhan Novel Coronavirus
BY YUHONG DONG February 3, 2020 Updated: February 6, 2020FONT BFONT SText
size Print
Analysis
The sudden outbreak of the Wuhan Novel Coronavirus (2019-nCoV) has resulted
in all of China’s Hubei Province and three major cities in Zhejiang
Province being subjected to quarantine. Other nations are anxiously trying
to get their people out o... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 22 我读了，大体说了三点：
1. This is strong evidence that SARS-CoV-2 is not the product of genetic
engineering.
Although genomic evidence does not support the idea that SARS-CoV-2 is a
laboratory construct, it is currently impossible to prove or disprove the
other theories of its origin described here, and it is unclear whether
future data will help resolve this issue.
足够坚实的证据显示，新冠状病毒 Sars-CoV-2 不是人工制造的产品。不过，虽然基因
证据不支持Sars-Cov-2 不是实验室的产物，但现在还没有办法从理论上证实和否定它
的绝对来源，这需要其它更多的证据和资料来帮助解决这个问题。
2. Although the bat vir... 阅读全帖 |
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d*********o
发帖数: 6388 | 23 https://www.cell.com/pb-assets/journals/research/cell/Cell_S0092-8674(20)
30262-2.pdf
子陵在听歌
Cell出版社preprint了华盛顿大学Veesler组关于SARS-CoV-2生化特性和结构生物学的
重要文章。这篇文章十分严谨也十分重要，它同时进行了生化功能研究和结构生物学研
究，给出了更高分辨率的S蛋白三聚体两种状态结构。研究反驳了网络传言如“插入论
”。研究发现不具有“插入RRAR”的病毒S蛋白具有更强的细胞结合能力。因此可以推
论，所谓的“人工合成”病毒，其实本身感染细胞的能力更低。而另一方面，它的部分
结论较McLellan组Science文章更有逻辑。
研究首先通过假病毒融合实验，证明了一个重要结论，就是SARS-CoV-2与SARS-CoV具有
几乎相同的Vero E6细胞受体细胞结合能力，这与McLellan组应用SPR得出的结论不同。
而非常有意思的是，该研究设计了一个突变体，Q677TILR SV683，这个突变体敲除了饱
受争议的4个插入氨基酸序列RRAR和furin切割位点。... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 24 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 25 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“
WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他... 阅读全帖 |
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u***r
发帖数: 4825 | 26 https://news.sina.com.cn/c/2020-03-01/doc-iimxyqvz6913939.shtml
2020年03月01日 11:02 央视
原标题：钟南山团队论文正式发表：就诊时尚未发热新冠肺炎患者近五成
2月29日，记者从广州医科大学获悉，28日，钟南山院士团队论文在国际顶级医学
期刊《新英格兰医学杂志》在线发表。
截至2020年1月29日，研究团队从31个省、自治区、直辖市的552家医院中提取了
1099例经实验室确认的、由SARS-CoV-2引发的新冠病毒感染疾病（Covid-19）患者数据
。该研究分析了患者各年龄段人群分布特征、感染者症状、接触史、影像学表现、治疗
手段、临床转归（包括病死率）等。该研究指出，严格、及时地采取流行病学措施，对
遏制疫情迅速蔓延至关重要，对于疾病的有效治疗方法仍需持续不断努力探索。
仅1.9%的患者直接接触过野生动物
论文的并列第一作者关伟杰、梁文华、何建行教授和通讯作者钟南山教授在“NEJM
医学前沿”回应，该研究首次收集全国范围的新冠肺炎患者，通过分析大样本量数据明
确了该研究所确定的病死率（1.4%），与国家卫... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 27 哪里？ 看好了，在这里！ 他们完整的分离并拥有了这个病毒！
Nature
Published: 30 October 2013
Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the
ACE2 receptor
Xing-Yi Ge, Jia-Lu Li, Xing-Lou Yang, Aleksei A. Chmura, Guangjian Zhu,
Jonathan H. Epstein, Jonna K. Mazet, Ben Hu, Wei Zhang, Cheng Peng, Yu-Ji
Zhang, Chu-Ming Luo, Bing Tan, Ning Wang, Yan Zhu, Gary Crameri, Shu-Yi
Zhang, Lin-Fa Wang, Peter Daszak & Zheng-Li Shi
Nature volume 503, pages535–538(2013)Cite this article
Abstract
The 2002–3 pande... 阅读全帖 |
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O**W
发帖数: 58 | 28 翻译貌似不是完全一句一句对译
原文应该是这一段里面后半段
The phenylalanine (F) at residue 486 in the SARS-CoV-2 S protein corresponds
to L472 in the SARS-CoV Urbani strain. Notably, in SARS-CoV cell culture
experiments the L472 mutates to phenylalanine (L472F)5, which is predicted
to be optimal for binding of the SARS-CoV RBD to the human ACE2 receptor6.
However, a phenylalanine in this position is also present in several SARS-
like CoVs from bats (Figure 1a). While these analyses suggest that SARS-CoV-
2 may be capable of... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 29 去年爆发自武汉的新型冠状病毒，一个月之内疫情严峻，迄今全球科学家对它的认识依
然有限。
瑞士生物技术公司SunRegen Healthcare AG首席科学官及共同创办人董宇红（Yuhong
Dong，音译）撰文提出武汉新型冠状病毒的科学难题。以下是全文内容。
武汉新型冠状病毒（2019-nCoV）的突然爆发扩散到整个中国，并且震惊全球。这个新
型“病毒”具有极高的传输速度（基本繁殖数R0高）以及高致死率特征，对人类构成前
所未有的巨大威胁。由于目前来自中国的信息有限，科学界对这个病毒的起源、人与人
之间传播持续时间，以及受感染者的临床管理等方面的认识存在很大差距。科学家最近
发表有关该病毒的研究论文，确定它的起源与自然界的基因重组无关以及从动物传播给
人类，但是仍有多项难题待进一步探讨。
新型冠状病毒的起源似乎与自然重组无关
大多数论文指出，2019-nCoV与蝙蝠冠状病毒的相似度为88%，与SARS的冠状病毒的相似
度为79%，与MERS则仅50%。中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所国家生物安全重点
实验室陆柔剑（Roujian Lu）2020年1月30日在《柳叶刀》期刊发表论文... 阅读全帖 |
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w**********y
发帖数: 1691 | 30 (d BsS)=Bs ds + s dBs, 两边同时积分,so tBt=X+Y, so X=tBt-Y
cov(X,Y)=cov(tBt-Y,Y)=t*cov(\int dBs,Y)-cov(Y,Y)
here:
cov(\int dBs,Y)=cov(\int dBs,\int sdBs)=\int s ds=t^2/2
cov(Y,Y)=\int s^2 ds=t^3/3
so cov(X,Y)=t*t^2/2-t^3/3=t^3/6
actually, cov(\int f(s)dBs, \int g(s)dBs)=\int fg ds (?should be right..) |
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S*******l
发帖数: 4637 | 31 妈的造谣动动嘴，辟谣跑断腿。
老子去找了武汉所原文：已经做了entry mode test, 猪这个冠状病毒不用感染人的几
个受体，和这次新冠状病毒用ACE2做entry完全不一样。
Nature
Letter
Published: 04 April 2018
Fatal swine acute diarrhoea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus
of bat origin
Peng Zhou, Hang Fan, […]Jing-Yun Ma
Nature volume 556, pages255–258(2018)Cite this article
Known coronavirus host cell receptors include angiotensin-converting enzyme
2 (ACE2) for SARS-related CoV, aminopeptidase N (APN) for certain
alphacoronaviruses, such as human (... 阅读全帖 |
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S*******l
发帖数: 4637 | 32 妈的造谣动动嘴，辟谣跑断腿。
老子去找了武汉所原文：已经做了entry mode test, 猪这个冠状病毒不用感染人的几
个受体，和这次新冠状病毒用ACE2做entry完全不一样。
Nature
Letter
Published: 04 April 2018
Fatal swine acute diarrhoea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus
of bat origin
Peng Zhou, Hang Fan, […]Jing-Yun Ma
Nature volume 556, pages255–258(2018)Cite this article
Known coronavirus host cell receptors include angiotensin-converting enzyme
2 (ACE2) for SARS-related CoV, aminopeptidase N (APN) for certain
alphacoronaviruses, such as human (... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 33 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
（说明... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 34 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
（说明... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 35 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SA... 阅读全帖 |
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E******k
发帖数: 389 | 36 【 以下文字转载自 Joke 讨论区 】
发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4797993/
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，造了一个嵌合病毒，并对它进行了一些研究。这些结果显示，这
个嵌合病毒可以使用SARS的人类受体，ACE2。这个嵌合病毒可以在来自人的呼吸道的原
代细胞里高效增殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病
毒可以在老鼠肺里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
在这... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 37 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
（说明... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 38 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
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C*I
发帖数: 4736 | 39 发信人: Huangchong (净坛使者), 信区: Joke
标 题: 石正丽2015论文
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Feb 6 19:21:33 2020, 美东)
摘要
sars和mers的出现表明跨物种传播病毒对人类具有威胁。
这里我们研究一种在中国马蹄蝙蝠里流行的SARS-相似病毒，SHC014。
使用SARS冠毒的反向遗传系统，我们把SHC014的spike蛋白装在了一个可以在老鼠里复
制的SARS病毒框架上，并对它进行了一些研究。这些结果显示，SHC014所属的2b类病毒
可以使用SARS的人类受体，ACE2。这种病毒可以在来自人的呼吸道的原代细胞里高效增
殖，达到跟SARS病毒类似的病毒滴度。而且，体内实验表明这个人工病毒可以在老鼠肺
里产生病理效果。
对现有的抗SARS免疫疗法和其他疗法的测试显示，这些方法都不太有效。抗SARS的单抗
没有中和病毒，抗SARS的疫苗没有产生有效的免疫效果。
（总结）我们造了一种全长的SHC014重组病毒，并证明它可以在老鼠体内和细胞培养的
条件下有效复制。我们的工作提示SARS有可能再次从蝙蝠病毒传到人类。
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G*******k
发帖数: 29 | 40 冠状病毒源头是由于武汉病毒研究所实验室违规操作从动物传给了人。
自新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情在武汉暴发以来，有关这种新型致命病毒的来源、
一直是各界关注的焦点。截至2月20日，新型冠状病毒肺炎已经造成7万4千多人感染，
2000多人死亡。
在疫情暴发初期，武汉卫健委的疫情通报把海内外舆论的注意力吸引到华南海鲜市场。
这个位于武汉汉口火车站附近的海鲜批发市场不仅出售鲜活水产品，也有大量野味和野
生动物交易。一些中国官媒的报道说，在这个市场上出售的野生动物是病毒的源头。
但国际权威医学期刊《柳叶刀》1月24日发表的由武汉金银潭医院副院长黄朝林等近30
名中国医务和科研人员撰写的论文显示，已知的最初41个住院病例当中只有27个有华南
海鲜市场接触史，而且最早于12月1日发病的病人没有接触史。
这篇论文的作者之一、武汉金银潭医院重症监护病房(ICU)主任吴文娟医生对BBC表示，
这名12月1日发病的患者是一位70多岁老年男子。老人患有脑梗和老年痴呆，长期卧病
在家，没有前往过华南海鲜市场。而他的家人在其发病后，均未出现发烧或呼吸系统症
状，他与后来的病人间也没有发现流行病学联系。... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 41 西双版纳植物所和华农联合发布的preprint文章定义了两种古老型haplotype H1（C
group root，CA06携带毒株）和H3（B group root， WH04携带毒株）。我把这两个毒
株跟RaTG13还有pangolin-CoV比对了一下，提出以下新冠来源和早期演化的理论：
1. SARS-CoV-2的自然宿主是一种蝙蝠体内类似于RaTG13的bat-CoV。这个病毒（RaTG13
-like-CoV）和RaTG13是亲戚，但两者基因组序列有很多自然突变造成的差异。
2. 蝙蝠接触穿山甲导致RaTG13-like-CoV感染穿山甲。RaTG13-like-CoV可能在穿山甲
体内长期存在积累突变，然后与穿山甲体内的pangolin-CoV发生重组，导致S蛋白可以
识别穿山甲ACE2受体。重组后的病毒（RaTG13like-pangolin-CoV）按理说已经具备传
播人的能力，这个病毒在穿山甲体内可以继续突变影响病毒的毒性。
3. 走私穿山甲的人与带病穿山甲接触，发生病毒向人的传播，这个“零号病人”携带
的毒株，我称为H0.它跟H3相似度在99.99%以上。
4.... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 42 A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for
human emergence
https://www.nature.com/articles/nm.3985#article-info
The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV)
and Middle East respiratory syndrome (MERS)-CoV underscores the threat of
cross-species transmission events leading to outbreaks in humans. Here we
examine the disease potential of a SARS-like virus, SHC014-CoV, which is
currently circulating in Chinese horseshoe bat populations1. Us... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 43 攒人品，顺便回答一下 iiiir 的问题。
我们尝试过好几种不同的SNP calling的方法，包括GATK, Samtools, Varscan,
SeqGenes, 等，并且做了SNP array 作为gold standard比较各种方法的prediction
power。
从我们的经验，BWA + GATK 最好，sensitivity 和 specificity 都在95%以上。
以下是GATK 的pipeline
假设你有一个control 样品C 和一个样本样品A的pair-end sequencing，共4个文件，C
_R1.fastq, C_R2.fastq, A_R1.fastq and A_R2.fastq如何通过BWA/GATK去找样品A中
的SNPs (相对于C)
假设assembly 用的是hg19，你的BWA index 在这里：/bwa/indexes/hg19
Check this website if you have any questions:
http://seqanswers.com/wiki/How-to/exome_analysis
#s... 阅读全帖 |
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j*p
发帖数: 411 | 44 攒人品，顺便回答一下 iiiir 的问题。
我们尝试过好几种不同的SNP calling的方法，包括GATK, Samtools, Varscan,
SeqGenes, 等，并且做了SNP array 作为gold standard比较各种方法的prediction
power。
从我们的经验，BWA + GATK 最好，sensitivity 和 specificity 都在95%以上。
以下是GATK 的pipeline
假设你有一个control 样品C 和一个样本样品A的pair-end sequencing，共4个文件，C
_R1.fastq, C_R2.fastq, A_R1.fastq and A_R2.fastq如何通过BWA/GATK去找样品A中
的SNPs (相对于C)
假设assembly 用的是hg19，你的BWA index 在这里：/bwa/indexes/hg19
Check this website if you have any questions:
http://seqanswers.com/wiki/How-to/exome_analysis
#s... 阅读全帖 |
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l**********t
发帖数: 5754 | 45 my 2 cents.
assuming the regression C = beta * A + error is liner,
beta =COV(A, C)/VAR(A) > 0 so COV(A,C) >0,
also, COV(A, B) > 0 as given,
question: is it possible to have COV(B, C)/VAR(B) < 0, or COV(B, C) <0
I think it is possible to have a negative COV(B,C),given COV(A,C) and COV(A,
B) are positive, as long as the covariance/correlation matrix of A, B, C is
still positive definite. For example, I can have
COR(A,B) = 0.5
COR(A,C) = 0.5
COR(B,C) = -0.1 |
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u***r
发帖数: 4825 | 46 https://zhuanlan.zhihu.com/p/103783584
导读
疫情暴发时，增强疫情信息的透明度、可信度和及时性，加强国内和国际合作，利用各
种资源来鉴别病原体，让国际社会共同参与——这是SARS给我们留下的宝贵教训。
2019年末，武汉暴发“不明原因肺炎”。2020年1月9日，以中国疾控中心徐建国院士为
首的团队向公众发布消息称，在武汉的不明原因肺炎患者体内分离并检测到了一种新型
冠状病毒。发稿时的最新数据显示，截至1月19日22时，武汉累计报告新型冠状病毒感
染的肺炎病例198例，其中治愈25例，死亡3例。
经历过2003年非典疫情的人对冠状病毒不会陌生。那场可怕传染病的病原体正是一种冠
状病毒。如今，与SARS病毒相近的新型冠状病毒在中国大陆卷土重来，我们应该怎样应
对？本世纪以来，高致病性冠状病毒在人类社会已出现三次暴发（SARS、MERS以及本次
不明肺炎），过往的防疫战斗能带给我们什么样的启示，我们该怎样渡过眼前的疫情？
“疾如风，徐如林，侵掠如火，不动如山。”军事家孙子这样描述一支强大的军队。
疾和病组成疾病。疾，在汉语中也有快的意思。用“疾如风”“侵... 阅读全帖 |
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L*********s
发帖数: 3063 | 47 我们姑且把它们命名为cov-A, cov-B, cov-AB, cov-O. 每个人都可以被感染其中任何
一种，也可以四种都被感染。被感染一种的只是轻症，两种重症，三种危重，集齐四种很
快挂掉。但是每个人因为个体差异，只能大概率向外传播其中一种病毒。比如某类人只
向外传播cov-B, 如果他染上cov-A那么几乎不会传给别人，如果四种都染上了，也只会
传给别人cov-B。一个人必须密切接触过两类感染者才会染上两种病毒而重症。一个人
必须密切接触三类感染者才会染上三种病毒而病危。这就解释了为什么武汉危重病人多
，外地比例少了。因为武汉病人跑医院很容易交叉传染并集齐多种病毒。而从武汉逃出
去的病人即使本人染了四种病毒也只能传播其中一种给他周围的人，所以他周围的人只
被感染一种病毒。 |
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n*********8
发帖数: 1137 | 48 美国病毒改造监控计划始末：为改造全新病毒 从中国拿走上万件样本？
送交者: 两极的世界[♂★★★声望勋衔13★★★♂] 于 2020-02-29 17:41 已读 469
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“最危险的人造病毒”：病毒学家争相改造病毒研究引发公共安全担忧
2014年10月17日下午，病毒学家Ralph Baric博士没有照例来到他在北卡罗来纳大学教
堂山分校的实验室，他正在为自己女儿周末的婚礼做最后的准备。 此时的他并不知道
，奥巴马政府由于对实验室使用SARS, MERS和流感等病毒，进行功能获得性(gain of
function)改造的研究，对公共健康构成的潜在威胁的担忧，通过白宫科技政策办公室
联合美国卫生与公众服务部发布禁令，宣布中止对类似研究的资金资助[1]，并要求相
关领域的研究人员立即停止相关的研究，直到研究项目的风险和收益被美国国家生物安
全科学顾问委员会(NSABB)和美国国家学院国家科学研究委员会(NRC)的专家进行评估后
方可继续[2]。
这其中就有武汉病毒所石正丽博士的研究团队与Ralph Baric博士的合作项目：一个正
在进... 阅读全帖 |
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l*******s
发帖数: 12 | 49
Cov(Xi, X_bar)
= Cov(Xi, (X1+X2+...+Xn)/n)
= Cov(Xi, Xi/n) + Cov(Xi, X1/n) + ... + Cov(Xi, Xn/n)
Assuming X1, X2, ... Xn iid => Cov(Xi, Xj) = 0 for j != i
= Cov(Xi, Xi/n)
= Var(Xi)/n
So Var(Xi-X_bar) = (1-1/n)Var(Xi)
.. |
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v**e
发帖数: 8422 | 50 中疾控主任高福团队披露病毒发现过程，更多问题亟待求解
随着新型冠状病毒进一步扩散，中国和世界各地的科学家们正齐心协力集结起来对
病毒展开攻坚研究，开辟出医院以外对抗病毒的“第二战场”。
1月24日，国家病原微生物资源库发布了由中国疾病预防控制中心成功分离的我国
第一株新型冠状病毒电镜照片。北京时间25日凌晨，权威医学杂志《新英格兰医学杂志
》发表了由中国疾控中心主任高福领衔的相关研究论文，披露了中国科学家发现并分离
出新型冠状病毒（2019-nCov）的全过程。
高福团队通过对早期发现的三名新型冠状病毒肺炎患者的样本进行全基因组测序，
发现了一种从未见过的乙型冠状病毒属（betacoronavirus）病毒。该病毒从感染者气
道上皮细胞中分离出，随后将其命名为2019-nCoV，这种病毒归属于Sarbe病毒亚属，正
冠状病毒亚科，但形成了另外一簇的进化分枝。2019-nCoV与MERS-CoV和SARS-CoV都不
同，它成为可以感染人类的冠状病毒科中的第七个成员。
据《新英格兰医学杂志》中文版《NEJM医学前沿》25日的报道，高福团队在论文中
披露，2019年12月末，几家当地卫生机... 阅读全帖 |
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