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p*l
发帖数: 1359 | 3 FRET is the best way to confirm interaction, although FRET between more than 2 molecules can be very tricky.
Super resolution imaging techniques can give you at best 20~30 nm resolution
in biological samples. With super resolution imaging, the best you can get
is to narrow down two molecules within 20~30 nm range. That's assuming you have a perfect system, fine tuned and operated by an optical scientist. At 20~30nm resolution, saying two molecules are interacting is a very good guess, but not 1... 阅读全帖 |
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p*l
发帖数: 1359 | 4 好的confocal也要80万，还是会有很多地方买得起的。 |
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F*Q
发帖数: 3259 | 5 Two layers of antibody? Did you mean primary and secondary antibodies? Is it
general to have two layers of antibodies in fluorescent microscopy?
than 2 molecules can be very tricky.
resolution...
you want to use, results from immunostain is not reliable. After two layers
of antibody, the location of the fluorophore can be far away from the target
. |
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p*l
发帖数: 1359 | 6 Indirect label is more common. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 7 the ultra small scale below 18nm
you should try
AFM Atomic Force microscopy
paper link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20202756
from below lab:
//www.ntnu.edu/employees/dionnecg |
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s*****g
发帖数: 2666 | 8 bingo! FRET is the answer
STED也就是个bubble,仪器又贵又不适用,UCLA3年前就有了,但是现在也没派上大用处.
我看有前景的就是SIM和STORM/PALM,后者更有前景,如果没钱自己都可以搭起来一套.
than 2 molecules can be very tricky.
resolution
get
have a perfect system, fine tuned and operated by an optical scientist. At
20~30nm resolution, saying two molecules are interacting is a very good
guess, but not 100% bullet proof. To answer your question, you will also
need multi-color super resolution imaging, which is much harder than single
color. You'd better find a lab... 阅读全帖 |
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F*Q
发帖数: 3259 | 11 Besides the resolution issue, is it guaranteed that no artifacts in
immunolabeling in live cell imaging? |
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p*l
发帖数: 1359 | 12 STED is not a bubble. It has limitations, but PALM and STORM have too. The
strength of STED is live animal imaging not cell imaging. Hell has a
Science paper coming up about live mouse brain imaging.
For regular microscope-type application, SIM is more user friendly, but it
cannot reach beyond 100 nm on biological samples.
At
single |
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h*****9
发帖数: 4028 | 13 至少10A级别左右的吧。70nm都到火星去了。 |
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F*Q
发帖数: 3259 | 14 这个还是比较tricky。有没有关于contact的确切定义？比如说是否需要有某种化学键
的存在来证明interaction？也许有contact的两个蛋白或结构也不一定就存在相互作用
（某种化学键的存在）吧？
是否需要in vitro的binding来验证是否有interaction? |
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l**********1
发帖数: 5204 | 15 需要质子或电子和异类的原子核的高能物理实验来验证是否有interaction吧? 极端的
话 上中微子实验验证啊--trigger
//zh.wikipedia.org/wiki/歐洲核子研究組織 |
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F*Q
发帖数: 3259 | 16 80万要说多也多，要说不多也不多。当年的老板为了留我，花了差不多那么多钱订购了
一台仪器外加一些辅助设备，最后因为我的结果不支持他以前发表的一些文章而明确表
达他不能发表我的结果，我只好走人。在我走的时候定购的仪器还没到货，仪器到了之
后因为实验室没有人做那个方向了，而且他也不打算自己恶心自己再去碰那个方向，只
好把从没用过的新仪器拱手送给别人了。悲哀吧？ |
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l**********1
发帖数: 5204 | 17 So just f*u*c*k your former mentor here bbs and there forum
OK?
from yur EQ might was below average Bio wsn/wsnv PD (possible)
回复]
[ 29 ]
发信人: FAQ (Just F A Q), 信区: Biology
标 题: Re: 荧光下的colocalization 是不是意味着contact以及interact
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Feb 15 13:05:43 2012, 美东)
80万要说多也多，要说不多也不多。当年的老板为了留我，花了差不多那么多钱订购了
一台仪器外加一些辅助设备，最后因为我的结果不支持他以前发表的一些文章而明确表
达他不能发表我的结果，我只好走人。在我走的时候定购的仪器还没到货，仪器到了之
后因为实验室没有人做那个方向了，而且他也不打算自己恶心自己再去碰那个方向，只
好把从没用过的新仪器拱手送给别人了。悲哀吧？
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/316299... 阅读全帖 |
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i*********0
发帖数: 915 | 18 机理方面一样，lrig1 ko 以后，有ISC的proliferation，可能是ErbB pathway
activation， cell paper说的tumor也有理有据。 我说的打擂台是针对lrig1+ cell
的定位和定性方面。 Cell paper说Lrig1+ cell是quiescence ISC， 而NCB说是
cycling和Lgr5+细胞一样。cell的paper说Lrig1+ 细胞在整个cyrpt细胞中比例是2.4%
左右，而0.5%的crypt细胞是Lrig1+ Lgr5+ double positive，这样看来在Lrig1+
single positive细胞中，有25%（0.5% vs 2.4%）左右的细胞也是Lgr5+的，但是cell
paper作者却在文章中说“colocalization of Lrig1 and Lgr5 markers rarely
occurred in the same cell". 在对cycling和quiescence这个stem cell 的状态的描
述上，同样的Brdu chasing的，实验的差别太大了，而且两... 阅读全帖 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 19 LZ pls try go to
//www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic/
or Cell article:
by
Nik-Zainal S et al. and Stratton MR (2012)
Mutational processes molding the genomes of 21 breast cancers.
Cell. 149: 979-93.
Abstract
All cancers carry somatic mutations. The patterns of mutation in cancer
genomes reflect the DNA damage and repair processes to which cancer cells
and their precursors have been exposed. To explore these mechanisms further,
we generated catalogs of somatic mutation from 21 breast cancer... 阅读全帖 |
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p****e
发帖数: 105 | 20 用F4/80染淋巴巨噬细胞，用LYVE-1染淋巴上皮细胞，为什么这两种抗体总是
colocalize？谢谢 |
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s******y
发帖数: 28562 | 21 我也有这种感觉。我们自己也是用显微镜的，和那些显微公司的技术人员
交流时有时候真的很困难。比方说我要他给我弄几个很简单的但是在生物上
很常用的feature, 他反过来问我为什么要测那些个东西。我耐着心跟他解释了
半天，他建议我使用某某功能加上某某功能，我头痛不已的告诉他说这样是
行不通的，因为如下如下原因。然后他居然反问我为什么不自己弄个macro
程序自己去处理数据。我当时真的有点气得七窍生烟的感觉了，但还是咬着牙
尽量礼貌的跟他说，我们做生物的，没有空去折腾编程。最后一直惊动到了他们公司的
副总裁，幸好那个副总裁正好是我的校友，最后才同意给我加那些feature,
但是他们根本没有说要等到什么时候才会加，所以估计不到明年我是用不上那些
个功能的了。
其实那些功能都很简单，并不需要有多厉害的编程技巧。但是他们那些技术人员
中太多不是做生物的了。软件里面一大堆功能都是他们自己想当然的加进去的，
绝大部分对于我们做生物成像的人几乎没有什么用。而一些我们非常常用的东西他们要
么就是草草了事，要么就是根本没有。比方说那个colocalization correlation
co-effic... 阅读全帖 |
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X******n
发帖数: 914 | 22 以前用过这个和GFP做colocalization，挺好用的。 |
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a*********n
发帖数: 2526 | 23 我想探测一个protein 是不是colocalize with gamma-tubulin at centrosome.
发现如果用methanol fixation可以检测到protein在centrosome上，但是用PFA
fixation 就检测不到centrosome上的信号。
不知道应该相信哪一个结果？
谢谢1 |
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J**a
发帖数: 215 | 24 你仔细看我前面的贴子,我已经提到了simon weiss. 你引用的1998的PNAS文章只是把有
机dye labeled到一个生物分子上,有一些imaging, 看到了FRET应用到单分子上的可行
性,而完全没有study任何生物方面的内容,因为很多技术问题(比如CCD能够real time的在程序控制下做不同dye之间的colocalization)都还没有解决.而后面的1999年的PNAS才study了RNA的conformational change. 是在Chu lab完成的,而后Steve很快解决了很多技术困难下,推广到更多的体系,包括protein-nucleic acid interactions. 你可以问任何一个single molecule领域的人,Simon Weiss和Steve Chu谁在smFRET的contribution更大.
另外我的贴子是针对你前面说Steve Chu没有推动single molecule biophysics领域的
言论,而optical tweezer invention, smFRET technique developme |
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d**********n
发帖数: 16 | 25 如果自己写的coloc放在carteret, 不加fpga或其他硬件加速，应该可以到几百
microseconds的round trip to INET book. 费用很高。 |
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r******n
发帖数: 4522 | 26 初期最好别把太多时间浪费在coding上，见过有些coding很强的折腾两三年，几乎自己
写了个五脏俱全的平台但交易不赚钱还是白搭，当然打算卖平台的另当别论。
有很多通用平台，Ninja trader, Open Quant, Right Edge这些可以快速上手，等系统
成熟至少demo account能稳定赢利了再考虑coding，porting，colocation这些锦上添
花的东西. |
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d******l
发帖数: 10 | 27 尤其是如果broker不是big name 的那种的话 ，而且即便broker有约束，但机房员工是
有动机这么做的。
机器就在旁边，触手可及，搞点东西出来太简单了，难不成要向机房 要 24小时监控录
像？ |
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h****e
发帖数: 2125 | 28 当然，特别是在同一个colocation多台servers的情况下，multicast几乎是必须的。远
程的可以用TCP，或者reliable multicast的vendor products。 |
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Z***e
发帖数: 3693 | 29 我老用的是 Colocation, 不是一般的 website hosting。 那些所谓不限流量的
hosting company，它们知道你的流量不会大。即使大的话，它们也会用硬件软件的办
法来限制你。那些不限流量的 hosting company，你问它们敢不敢 host Youtube.com? |
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