a*****i
发帖数: 361 | 1 有个上课的project老师建议用clustalw做alignment，但是我安装上clustalw上总
是出现错误信息“cann't locate Bio/Tools/Run/Alignment/Clustal我.pm.有人做过
？ 可不可以告诉我怎么安装clustalw？ clustalw-2.0.12-win.msi和clustalw-2.0.12
.tar.gz是不是两个都要安装？
非常感谢！ |
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y***u
发帖数: 64 | 2 what kind of sequences are they? DNA or Protein? I guess they are protein
sequences, since you are using CLUSTALW / T-coffee?
I am not familiar with CLUSTALW, since I don't use it. But I do know several
other alignment programs that give better results than CLUSTALW. Or if you
really want to use CLUSTALW, I may be able to look at the program and help you
figure it out.
You can email me for more details.
Good luck!
in
nucleotide
are
and
line)? |
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f***j
发帖数: 2 | 3 I have more than 2,000 groups need to be aligned, that's why I can't use
public web interface (although they have many options but I can get all more
options using command line) but to write shell scripts to run my alignments in
batch. I can't find the options to set score for mismatch and match nucleotide
in several multiple sequence alignment programs such as ClustalW, T-coffee.
The default values (1.9 for match and 0 for mismatch in ClustalW) do not fit
my case.
Desperately need some experts |
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h******b
发帖数: 312 | 4
in
nucleotide
do you mean sth like this?
clustalw input.aln -gapopen=8.0
what software are you using? PC DOS stand alone clustalw or GCG? Unix or
windows? I am no expert, but I think this not that difficult, if you have an
ansi c compiler, I am sure you can do this easily.
For example, all parameters(like listed partially below):
*********************
/*
multiple alignment parameters
*/
float dna_gap_open = 15.0, dna_gap_extend = 6.66;
float prot_gap_open = 10.0, prot_gap_extend = 0.2; |
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l****f
发帖数: 2 | 5 http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalW/help8.html
A new matrix can be read from a file on disk, if the filename consists only of
lower case characters. The values in the new weight matrix must be integers
and the scores should be similarities. You can use negative as well as
positive values if you wish, although the matrix will be automatically
adjusted to all positive scores.
in
nucleotide
are
and
line)? |
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h******3
发帖数: 190 | 6 有没有办法使得ClustalW的output变为可编辑的format. 比如在aligned two
sequences某部分加下划线什么的。
如果直接copy， paste到word就变成不规则的状态。。。
不知道怎么办。 谢谢。 |
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f*********8
发帖数: 129 | 7 用online clustalW 作 align,copy paste两个序列，怎样才能表明是两个sequences,
而不是一个？
谢谢 |
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C*I
发帖数: 4736 | 8 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 9 一直在误导，现在还在误导。 说说明corona virus 不可以从蝙蝠直接传染给人，必须
经过一个中间宿体性的其它动物才能传染给人。所以，病毒发生后，就故意误导全国人
民去海鲜市场找证据，找其它野生动物的麻烦。 而且还是病毒所去找的，找完了还装
模做样化验呀，分离呀什么的。最后把责任全部推给了海鲜市场的动物。可是那种动物
，一直不敢说，说了其它相关已经在人就会去早那种动物监测。 所以压根不说，打马
虎眼。
事实上，早在2013 年，就是这个武汉病毒研究所，已经从来自云南的蝙蝠身上所携带
的corona virus中分离出第一株蝙蝠SARS类似样的冠状病毒的活病毒，其中就包含了类
似于S类型的基因。从而证实这株病毒能够使其接受和SARS病毒相同的受体，并能够感
染人的细胞。对此新发现，武汉病毒所还把它以武汉病毒研究所的英文简称命名“WIV1
”，以彰显这一发现的重要价值和属于自己第一个发现的巨大研究成果。这个成果刊载
于2013年11月的《自然》杂志。
就是说，从云南弄回来的这种蝙蝠所携带的类似于sars的 corona virus， 可以不经过
其它受体/宿体，而直接传染给人。 他们... 阅读全帖 |
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C*I
发帖数: 4736 | 10 Published: 30 October 2013
Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the
ACE2 receptor
Xing-Yi Ge, Jia-Lu Li, Xing-Lou Yang, Aleksei A. Chmura, Guangjian Zhu,
Jonathan H. Epstein, Jonna K. Mazet, Ben Hu, Wei Zhang, Cheng Peng, Yu-Ji
Zhang, Chu-Ming Luo, Bing Tan, Ning Wang, Yan Zhu, Gary Crameri, Shu-Yi
Zhang, Lin-Fa Wang, Peter Daszak & Zheng-Li Shi
Nature volume 503, pages535–538(2013)Cite this article
Abstract
The 2002–3 pandemic caused by severe acute respirator... 阅读全帖 |
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r****o
发帖数: 105 | 11 You can do it online.
(1)Do protein sequence alignment using ClustalW:
http://www.ebi.ac.uk/clustalw/
(2)After you get the sequence alignment file, then
change it to a shading style(for publication)
alignment using BOXSHADE. The output file type
should be "RTF new". RTF is a word document type.
http://www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html
(3)If you want to show the alignment in a powerpoint or
publish it as a pictu |
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C*I
发帖数: 4736 | 12 相比较而言，石正丽的《Bat origin of human coronaviruses/蝙蝠是人类冠状病毒的
来源》是扎扎实实的抓蝙蝠，解剖蝙蝠，分离病毒，对比DNA,RNA后得出得结论。
请lobbock读一读，说一说，走两步！
http://virologyj.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12985-015-0422-1
Review
Open Access
Published: 22 December 2015
Bat origin of human coronaviruses
Ben Hu, Xingyi Ge, Lin-Fa Wang & Zhengli Shi
Virology Journal volume 12, Article number: 221 (2015) Cite this article
Abstract
Bats have been recognized as the natural reservoirs of a large variety of
viruses. Special attention has ... 阅读全帖 |
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x********e
发帖数: 35261 | 13 昨晚有人念念不忘PRRA，我就给H1和H3做了个全基因组序列比对，确认两者都有PRRA插
入。这个序列比对结果显示，H1和H3最明显的差异是Orf1ab大概490-700bp之间的两段
碱基插入/缺失。
根据其他冠状病毒研究看，这段插入/缺失会影响Nsp1蛋白。前期研究表明这个蛋白可
以调控宿主细胞的免疫反应，影响病毒的毒性。所以我把SARS-CoV-2-H1，SARS-CoV-2-
H3以及SARS-CoV的nsp1蛋白序列用ClustalW做了个比对。
从图上也可以看出，代表Bgroup的H3与SARS Nsp1更加接近。我推测在武汉流行的H1应
该是somehow缺失了两段碱基。
三个蛋白的3D蛋白结构预测用Phyre2模拟，同时参考了SARS nsp1的NMR实测蛋白结构。
H1缺失的两段序列用白色箭头标出来了。因为蛋白结构预测是局部比对，3D图呈现出来
变成了不连续肽段。我推测H1无法正常折叠成nsp1蛋白。 |
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n******e
发帖数: 57 | 14 海外部生物信息分析工程师
工作地点：北京
岗位职责：
1.负责海外部二代测序数据收集、分析；
2.负责与其他事业部相关信息分析人员对接项目信息；
3.保障海外部项目工作顺利完成；
4.及时总结项目的完成情况，确认最终交付数据；
5.负责与国外客户沟通数据分析细节、方案；
6.负责协助项目经理完成国外客户售后问题。
岗位要求：
1.生物信息学（Bioinformatics）/信息学（Computational Science）/统计学（
Statistic）/遗传学（Genetics）等相关专业硕士及以上学历，有留学背景者优先；
2.掌握至少一门生物信息常用的编程语言（python/perl/R/C/C++/java）；
3.熟悉Linux操作系统、数据结构，及常用统计学方法；
4.熟练掌握常用信息学工具（BLAST/ClustalW/Genome/Browser）和资源（NCBI
Genebank/SwissProt/Gene Ontology）；
5.能够查阅、解读英文生物文献，英语交流无障碍；
6.有良好的团队合作精神，态度积极，乐观开朗；
7.有高通量生物芯片数据分析、二代高通量... 阅读全帖 |
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n******e
发帖数: 57 | 15 海外部生物信息分析工程师
工作地点：北京
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1.负责海外部二代测序数据收集、分析；
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4.及时总结项目的完成情况，确认最终交付数据；
5.负责与国外客户沟通数据分析细节、方案；
6.负责协助项目经理完成国外客户售后问题。
岗位要求：
1.生物信息学（Bioinformatics）/信息学（Computational Science）/统计学（
Statistic）/遗传学（Genetics）等相关专业硕士及以上学历，有留学背景者优先；
2.掌握至少一门生物信息常用的编程语言（python/perl/R/C/C++/java）；
3.熟悉Linux操作系统、数据结构，及常用统计学方法；
4.熟练掌握常用信息学工具（BLAST/ClustalW/Genome/Browser）和资源（NCBI
Genebank/SwissProt/Gene Ontology）；
5.能够查阅、解读英文生物文献，英语交流无障碍；
6.有良好的团队合作精神，态度积极，乐观开朗；
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发帖数: 1 | 16 【应聘方式】
发送简历至邮a class="__cf_email__" href="/cdn-cgi/l/email-protection" data-cfemail="f91d5a438391989681909896939098b997968f969e9c979cd79a9694">[email protected]/* */
===
海外部生物信息分析工程师
工作地点：北京
招聘人数：若干
长期欢迎优秀人才
岗位职责：
1.负责海外部二代测序数据收集、分析；
2.保障海外部项目工作顺利完成；
3.及时总结项目的完成情况，确认最终交付数据；
4.参与与国外客户沟通数据分析细节、方案；
5.负责协助项目经理完成国外客户售后问题。
岗位要求：
1.生物信息学（Bioinformatics）/信息学（Computational Science）/统计学（
Statistic）/遗传学（Genetics）等相关专业硕士及以上学历，有留学背景者优先；
2.掌握至少一门生物信息常用的编程语言（python/perl/R/C/C++/java）；
3.熟悉Linux操作系统、数据结构，... 阅读全帖 |
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R*s
发帖数: 2041 | 17 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: biospiner (biospiner), 信区: Biology
标 题: Re: 请问protein sequence alignment怎么做？
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Nov 5 00:16:09 2006)
http://www.ebi.ac.uk/clustalw/index.html |
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p**h
发帖数: 99 | 18 pc, free
is a powerful tool to do sequence alignments
ftp://ftp-igbmc.u-strasbg.fr/pub/ClustalX/ |
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p**h
发帖数: 99 | 19 Comprehensive software package for analysis of DNA and protein sequences. Includes functions for
handling small EST projects and a complete set of functions for SAGE analysis. Integrated programs: blast, formatdb, clustalw,
clustalx, genedoc
http://www.crc.dk/phys/dnatools.htm |
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l*g
发帖数: 46 | 20 dude, what you need is a phylogenetic tree, and to build such a tree,
you need to do the multiple sequence alignment first, edit the result
by removing those regions that are not well aligned(not well conserved)
then choose a phylogenetics software to build the tree. ( there're a
lot of softwares available based on quite different algorithms). I'm
not familiar with this, but I can tell you what someone else prefers.
For multiple sequence alignment, both clustalW and T-coffee are OK,
and the lat |
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B******a
发帖数: 54 | 21 Clustalw不是彩色的，难道大家都手动自己标颜色吗？ |
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b******n
发帖数: 4225 | 23 mega4
里面有自带的clustalW
可以显示色彩的 |
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C*******e
发帖数: 4348 | 24 没怎么用在线版的W
我都用单机版的X
在ClustalX里可以输出script
然后用adobe professional可以打开并生成pdf文件
有了pdf文件那就是在adobe里面编辑了
或者你也可以吧pdf转成tif，然后编辑图一样的编辑 |
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c******r
发帖数: 3778 | 25 copy paste晚之后select all，然后字体选courier new就对齐了。
然后想怎么edit就edit好了。 |
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h******3
发帖数: 190 | 26
Thanks for help!
But could you enlighten me on how to output script? I cannot figure it out. |
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o*****h
发帖数: 293 | 27 texshade if you can use latex |
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C*******e
发帖数: 4348 | 28 在ClustalX里alignment做完以后，File->Write Alignment as Postscript，在弹出的
窗口里
应该会问你每一行多少个bp/aa，纸张大小（A4还是letter），横排竖排之类的问题，
改好以后就会
生成一个postcript文件，用adobe professional(如果没有的话可以用免费软件Cute
PDF)是可
以打开并且生成一个pdf文件的，pdf文件生成以后就不需要以前那个postcript文件了。
. |
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b*******e
发帖数: 288 | 30 刚到ebi的网站上给你试了试，这是我的方法：
比完之后"View alignment file" -->
保存页面 -->
生成的是******.aln.txt文件 -->
用word打开 -->
一般是选默认的那个编码就行，不过你要看看底下的预览，确定格式是对的-->
打开后，不对齐，因为页面太窄，你在页面设置里把纸张改成横排就可以了 -->
按照你的要求编辑 |
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h******3
发帖数: 190 | 31
了。
Thanks. I get it. Thanks all! :) |
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C*********m
发帖数: 213 | 34 有什么办法可以把序列分组然后一起align? 问题来自多结构域蛋白序列的排对，比如
序列 1-10，
1-3, 4-6, 7-10 从结构域构架分类分成3组，但是偏偏 序列 5 有个结构域 和2一样，
直接用
clustalw 出来的 phylogenetic tree上 把序列5 就归到 序列2 旁边去了。有什么程
序可以
做出结果是先分组然后一起align的？ |
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s****l
发帖数: 10462 | 37 ClustalW or Muscle 不给出consensus，需要找一个能自动给出consensus的，最好是
seqLogo形式的。
多谢 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 38 RE LZ
try
htp://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::clustalw-multialign
htp://pbil.univ-lyon1.fr/alignment.html |
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g*********5
发帖数: 2533 | 39 1.大量磷酸化motif..
你先比较下同源蛋白，做个clustalw
先研究保守的。
2.L truncate form，看那一段和E结合。磷酸化位点应该在结合的那段上
pulse chase (fluore or isotope)， fluore如何做？谢谢。 |
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p*****u
发帖数: 191 | 40 pymol是user surpported的，你依然能下载到源码，并且自己编译。如果自己不想编译
，我觉得你可以去下载bioblender，里面有个pymol 1.3可以提出来用.
说说你的问题
1, 我觉得homology modeling用modeller就很好。而且最近出了一个Pymod将n多软件集
成，建议你用一下；当然前提是clustalw modeller等先预装的。
至于序列相似性程度，假如A含有300个AA，而B是A中一个类似的domain；只含有100
个AA；这个相似性就不用依赖于两个蛋白aa的数量完全相同了吧。另外我感觉，两个蛋
白进行alignment，很多软件得出的结果差不多，只不过使用的算法不一样，pymol也可
以alignment的，看了一下代码；人家用的是交叉熵算法；挺时髦的。
2,氢键的定义吧，我觉得很多文献中都会给出定义的，energy都给出了一定的总结。如
果你用VMD做氢键，就会觉得很痛苦，必须要求结构中有氢原子，这点跟pymol是不同的
，而且vmd的作者也坚持，就根据氢键的定义来：“没有氢怎么会有氢键”。但是也有
人说，一定的距离内，H... 阅读全帖 |
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c*******s
发帖数: 737 | 41 我先把要比对的序列在网上用clustalw进行多序列比对，然后选择guide tree，保存这
个文件，然后用treeview打开这个文件，出来的这个图就是进化树了吗？
好像不正确，要用其他工具对多序列比对进行处理是吗，比如选择neighbor joining方
法，然后再继续，是吗，请问怎么弄啊 |
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z***q
发帖数: 81 | 42 谢谢上面几位的回复！blast, clustalw这些软件我倒是会用。俺的问题是，alignment
做好了以后，怎么样作成图放到paper上去。大家都是一行一行的copy-paste到MS Word
上吗？另外如果某些residue需要highlight成不同颜色，在word上搞也挺繁琐的。所以
我想知道什么软件可以比较方便做这些annotation，然后整个图贴到paper中。。。 |
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f******g
发帖数: 1003 | 43 clustalw can show alignment result in multiple color, then you can print
screen and do it the photoshop |
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H*g
发帖数: 2333 | 44 If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
the one with the best score.
课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
的更........ |
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c***y
发帖数: 615 | 45 My alignment came from clustalw
Bootstrapping NJ tree was generated using clustalx (100 bootstraps); ML tree
was generated using phylip package with PAM model; and BI tree was
generated using MrBayes...
Does software matter? |
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H*g
发帖数: 2333 | 46 For the convergence of Bayesian Inference tree, you could go to the .log
file, check the value behind the last "Average standard deviation of split
frequencies:". Without the info of this value at least, we would not know if
we have set the generation number or the probe temperature correctly, not
saying the resulted tree is appropriate for downstream analysis.
A good and biological meaningful alignment is essential for the analysis.
Make sure of this before jumping into the actual analysis. Thi... 阅读全帖 |
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t*****z
发帖数: 1598 | 47 我用过Bio Linux，感觉没啥必要，就是个基于Ubuntu的定制版，而且还是基于过时的
Ubuntu版本。现在Ubuntu官方软件库里的生物类软件已经很丰富了。我是做进化分析的
，安装完Ubuntu要做的一件事情是：
sudo apt-get install phylip emboss jemboss jalview seaview clustalw clustalo
mafft t-coffee raxml phyml figtree fasttree mrbayes beast-mcmc
libhmsbeagle1
to |
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