z*******9
发帖数: 112 | 1 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
的更强大的align软件，谢谢！！ |
z*t
发帖数: 863 | 2 Mega
【在 z*******9 的大作中提到】
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件，谢谢！！
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z*********8
发帖数: 1203 | 3 MEGA4,还不错，但是跟选的什么方法有关。你要选那个什么maximum likelihood好像就
十分慢，如果选那个什么neighbor－joining好像就快点。不懂的人乱说的啊，你再跟
别人求证下 |
j****x
发帖数: 1704 | 4 如果我没有理解错的话，你需要对3000条长度3kb左右的序列进行多序列比对，是这样
吧？
这里的计算量不小，普通PC处理起来并不轻松，尤其是使用经典的clustal算法（
bioedit和mega应该都用的这种算法），由于存在两两比对并建树的过程，时间/空间复
杂度很高，内存不足很容易就溢出了。
对于这种情况一般推荐使用Muscle，如果序列之间的相似度较高（既然都是来自病毒的
同种片段），可以采用“最快”模式（牺牲一定的准确性），时间复杂度可以降低到O(
NL^2),意味着时间和序列数成线性关系。clustal上可能跑需要一年的工作，不到半个
钟头就能搞定了。当然，由于空间复杂度仍然较高，对内存还是有很高的要求，anyway
，眼下内存早都白菜价了。
【在 z*******9 的大作中提到】
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件，谢谢！！
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H*g
发帖数: 2333 | 5 If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
the one with the best score.
课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
的更........
【在 z*******9 的大作中提到】
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件，谢谢！！
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H*g
发帖数: 2333 | 6 The public CIPRES parallel computation server also has built-in MUSCLE and
others that you could manually adjust the alignment parameters. It also
have
some downstream phylogenetic analysis tool, such as RaxML and MrBayes. I
personally find it very helpful.
If I were u,for the computation power,
【在 H*g 的大作中提到】
: If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
: such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
: I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
: the one with the best score.
:
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更........
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j****x
发帖数: 1704 | 7 CIPRES server看起来很不错
【在 H*g 的大作中提到】
: If I were u,for the computation power, I would try the alignment tools (
: such as ClustalW, MAFFT, etc) on the public cluster server CIPRES.
: I would try different software, evaluate the alignment scores and choose
: the one with the best score.
:
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更........
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l**********1
发帖数: 5204 | 8 RE LZ pls try
CLC
HTTP: //www.clcbio.com/products/clc-genomics-workbench/
Demo 30 days
or other soft
站内PM你了 注意一点 只限非商业科研的 楼主个人或lab 使用啊 要是倒卖 软件
within States
小心被请去喝咖啡 然后进jail..
【在 z*******9 的大作中提到】
: 课题需要align大概3K左右的我的病毒的一个片段（～3kb），我一直用BioEdit，（没
: 办法，实验室没钱，），现在用它做这个分析时，经常down机，请问还有没有其他免费
: 的更强大的align软件，谢谢！！
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z*******9
发帖数: 112 | |
