k***u
发帖数: 176 | 1 到百亿光测序就不够了吧, 这个又做不到临床? 不过听说过BGI上层有根子的. |
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W*****o
发帖数: 1780 | 2 真的很牛。而且口碑不错。我觉得BGI很可能会成为中国生物领域、甚至整个科研领域
赶超世界一流的一个突破口。 |
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w******y
发帖数: 8040 | 3 和杨有个P关系， 杨学术上狗屁都不懂
BGI牛在wang老板上层有关系有资源，加上IT组确实有个把技术牛人 |
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m********y
发帖数: 27 | 4 sequencing technician are paid 3000k rmb there. I won't expect a decent
salary at BGI. |
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d*******j
发帖数: 64 | 5 哪个公司的分析服务比较好？BGI分析的结果似乎不大好，很多都无法验证 |
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m*****i
发帖数: 628 | 6 you are right, maq is too slow
bowtie 不能做 gap alignment. no good.
GATK is one of the main stream tools now. BGI's soap tools are also good.
special |
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h***0
发帖数: 248 | 7
NGS = next generation sequencer 就是我们说的新一代测序技术,或者说这个技术得
到的数据,反正你懂的
比如BGI家的137台(好像)Illumina HiSeq 2000高通量测序仪
用这种测序仪或技术,可以得到DNA-seq、small RNA-seq、transcriptomic、ChIP-seq
、meta-genomics的数据,
我说 我做NGS,就是说我的研究对象是NGS产生的数据,这些高通量的数据(比如说用重测
序做GWAS)自己就能做一个大项目来研究(你PCR就不行了)
因为我们不但要分析这些高通量数据,我们还有整合大量的已知的功能数据,生物学资源
,预测的功能数据,系统生物学等BLABLA的
我表达能力不好,不知道说明白了没 |
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h***0
发帖数: 248 | 8
恩,你多说点的背景吧
是博士马上毕业吗?
晚肯定不晚,不过看你的目标是什么了
去BGI培训一下 :) |
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L*******a
发帖数: 293 | 9 soapI的框架是07年夏天BGI从北京搬去深圳的最初期，Ruiqiang自己写的。后来又逐渐
有其他人加入，最后找了香港的一个team优化了算法，进一步包装，然后发表。
再之后就一直有专门的人负责维护，以及开发之后一系列的soapSNP，soap de novo等。 |
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y******8
发帖数: 1764 | 10 The rising of BGI is no conventional, and much different from the elite
program we can imagine.
The way Wang, Poo and Shi fund their institutions is not ideal but quite
effective. Wang might think this way would not work in a long run, so he
wants to try a self-sustainable way. I wish him the best. |
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c****y
发帖数: 373 | 11 个人感觉BGI的东西一般。
transcriptome 的de novo assembly 可以试oasis， trinity，MIRA， IDBA-trans
denovo的工具主要都要求大内存，特别是多个lib的情况。128G的机器基本上是低配了
。我现在都用1T的跑。
好象还有一个叫SGA的，号称省内存得很，5G内存就跑完human genome assembly，就不
知道结果如何，如果好的话真是穷人的原子弹呀。
如有兴趣合作分析，可站内信联系。
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c****y
发帖数: 373 | 13 个人感觉BGI的东西一般。
transcriptome 的de novo assembly 可以试oasis， trinity，MIRA， IDBA-trans
denovo的工具主要都要求大内存，特别是多个lib的情况。128G的机器基本上是低配了
。我现在都用1T的跑。
好象还有一个叫SGA的，号称省内存得很，5G内存就跑完human genome assembly，就不
知道结果如何，如果好的话真是穷人的原子弹呀。
如有兴趣合作分析，可站内信联系。
_^ |
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t*m
发帖数: 4414 | 15 why look at rRNA, not rDNA?
有个 "second genome" 公司，干这个。
meta-genome seq, 找 BGI |
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u*********1
发帖数: 2518 | 16 我觉得genomics/bioinformatics的和一般的benchwork还是有点不大一样吧？算是一个
比较宽泛的手艺。
而且国内什么BGI测序做的那么红火，很有钱的样子。我觉得找个一般的技术员的工作
或者postdoc什么的还是ok的吧？
当然我很清楚如果希望有更好的事业上的发展，肯定还是要在美国继续混混（postdoc
啦，industry啦），再回国。。
但时代变的那么快。而且中国现在好像很有钱的样子（sequencing）。如果能赶上
personalized medicine的潮流，先赶紧回去占坑也蛮不错的。
另外趁着年轻改行也不错。所以敢问各位有了解中国现在bioinformatics的job market
的吗？美国的fresh phd回去如何？（甚至master？）我想了解的不仅仅是academics，
而是industry的情况。
还有，本人和大部分前辈相比，不同的是，我是同志，所以一方面不会有小孩儿的牵挂
、或者是过多世俗攀比的无奈，因此我不需要太多钱，唯一的牵挂就是能让父母安享晚
年为他们养老送终；另外一方面在美国个人生活实在太糟糕根本找不到男人。而国内的
... 阅读全帖 |
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k*****d
发帖数: 12 | 17 参观回来汇报一下。
公司不大，一起去的同事数了一下椅子，有30把左右，还有空着的办公桌和椅子。
没有wet lab，一间大办公室加几个小会议室。
可以把你的DNA sample给他们，他们给你找测序公司去测序，我的印象是送到Illumina
还有BGI或者类似的地方。
Alignment和call variants这些步骤就是用open source的软件，比如BWA和GATK。他们
的主要工作是用他们的数据库帮你annotate你的sample的variants，比如是不是已知的
somatic mutation或某个GWAS study里发现的相关SNP，这部分叫knome variant。这个
数据库包括已经报道的variants, 比如cosmic，还有一些文献报道的数据，但他们没有
力量跟踪所有的pubmed的文章。这个数据库和它的客户端的程序都可以卖给你，数据库
是SQLite，就放在local hard disk上，你也可以自己写SQL statement。还有一部分叫
knome pathway，帮助分析你的那些variants有没有集中在某些pathway里。 |
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d********m
发帖数: 3662 | 18 话说不得不对bgi赞了一个，测序工厂会做机制，这个真是谁也挡不住啊 |
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o*****r
发帖数: 39 | 19 The efficiency of single cell amplification of those two papers is
ridiculously high.
many people used the same kit, never got this good coverage.
The two paper will be under scrutiny. I have heard about bad comments about BGI.
We have to wait and see. |
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l*****2
发帖数: 238 | 20 不管怎么说，一流的paper国人比重越来越大确实是事实，还是值得高兴的事情。顶起！
about BGI. |
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o*****r
发帖数: 39 | 21 I guess that you have no idea about how science community works.
Not every people knows about the details of your work. But every people can
hear about your reputations.
If the claim cannot be repeated, not only will their work be trashed, but
also their service will be doubted.
considering BGI is a symbol of "big-science" in china, it will be
detrimental to the whole chinese science community.
起！ |
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y********a
发帖数: 138 | 22 去年某次开会见过李英瑞，吃饭时坐邻座。聊过。感觉一般。
基本上除了各种热点名词和已有公共认知的一些concepts(assembly的难点，single
cell/ molecule的优势，integration的重要性等等），本人没有什么新鲜的或是
inspiring的观点。
比较搞的是后来谈到如何选定一个项目，人就回答我们只做groundbreaking的项目，问
如何定义groundbreaking，答就是没人做过的，再问对生物机理研究如何帮助，是不是
finding all variants就能帮助解决missing heredity这种问题，人就一副有了
sequence，其他人爱怎么follow不关我事。另外，说话都是肯定句判断句，啥结论都是
绝对的。恰恰做science啥都不是绝对的阿。
总之没啥亮点。当然，就一顿饭，我的感观可能片面。
其本人的确是本科没毕业就去了BGI，当然后来还是弄到了毕业证。 |
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l*****2
发帖数: 238 | 23 美国，日本分公司都开了，生意作出过门不容易啊。。。 |
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m****c
发帖数: 244 | 24
我也不是一生，以下关店进攻参考。
首先你的理解是错的。孩子和妈妈是可以配上的，就像孩子可以和一个不相关的人配上
一样。只是又巧了一下。
你是怕BGI把母亲的血样当孩子的了。
可以再做一个 SNP array for the trio, 应该比HLA typing便宜好多。
在MHC区的3000个SNP，95％都可以知道phase。是不是HLA typing 时血样错了很容易看
出来。
这个意大利钻驾的意思是：妈妈和爸爸共享的haplotype完全一样的可能性很低（除非
是近亲）。
你测的亚型只是到四位，还有更细的分型，6位，8位，等等。
而如果是兄弟姐妹的话，只要配了，就是几乎完全一样。
单就HLA来说，我会选妈妈。因为至少有一个haplotype是完全配。
另一个haplotype的不配程度应该和donor的不配程度一样。
：是不是用妈妈的骨髓存在一些特别的排异呢?
不懂你的伊斯。 |
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d********m
发帖数: 3662 | 25 牛人，国内能发这种研究的，比BGI发10篇测序的都牛逼 |
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c**********e
发帖数: 70 | 26 Congratulation to him.
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March 14, 2012 | Heng Li, a research scientist at the Broad Institute, is
the winner of the 2012 Benjamin Franklin Award for Open Access in the Life
Sciences.
“I have to say I’m a little surprised,” Li told Bio-IT World, of the
award, though his contributions speak for themselves. Li made essential
contributions to the next generation sequencing (NGS) field with tools like
SAMtools, BWA, MAQ, TreeSoft and TreeFam, many of which began as proj... 阅读全帖 |
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d********m
发帖数: 3662 | 29 如果想混饭吃，参加是不错的选择。如果真想做科学，远离之。
花了10年合出来的，十有八九JHU和BGI的两个负责人分享了炸药奖，想想就心酸啊。还
不如自己捣鼓捣鼓小科学来的有趣。 |
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c**********e
发帖数: 70 | 30 也许别人不止这一篇文章的。
这个年代和BGI合作出高因子文章是一条捷径啊。
测序的文章nature发， nature genetics发，nature biotech发，communi还发，测序
威武，可以nature的子刊一个个试。 |
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n********k
发帖数: 2818 | 31 你说的容易copy的infrastructure是硬件部分，全国浪费严重着呢，我说是软硬两方面
； staffing，全国最好的学生等等估计最集中的还是在NIBS吧，我想退回去15年得话
，在中国，我不会选择任何地方除啦NIBS。 我要是能招到NIBS不要的学生我就高兴峰
了。。。现在，也就两校可能比一下吧。。。一点小区别有时还是很大的
不过最近招人上有一点点希望的说，其他我都不好意思看信，态度做事习惯一看就不对
，压根就没当回事；一个技术员人选硕士毕业（学校一般），BGI工作两年的样子，想
深造，对科研，干细胞有兴趣，让我很意外，聪明不敢说，巨READY的那种，感觉绝对
的投入，而且习惯背景好像都很不错，如果真是我想的样子，有一个这样的我肯定会用
心把她带出来，也基本上不用太担心自己一定要自己再做3-5年博士后，7月份回去面试
她，希望能真能如意。
copy |
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l**********1
发帖数: 5204 | 33 BGI or others just try
NGS with both blood samples Ye Shiwen and Katie Ledecky
plus below six athletes total 8 athletes
performance profiling”方法，将所有国际上
有名的现役游泳运动员的比赛成绩，进行profiling分析，发现最高分排名（也就是最
“anomalous”的排名）是：
1. Elizabeth Beisel
2. Michael Phelps
3. Rebecca Adlington
4. Ian Thorpe
5. Stephanie Rice
6. Allison Schmitt
while can find proof of her EPOR mutation which is identical to Finnish
cross-country skier Eero Mäntyranta
and also is different to former matchs any DNA samples Ge... 阅读全帖 |
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y***i
发帖数: 11639 | 34 牛。要是成功的话算是占领了一块战略要地。
an
is |
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w***u
发帖数: 17713 | 36 基本上就是历史最低价按垃圾价买的，去年16-7块钱买的人就惨了。 |
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s******s
发帖数: 13035 | 37 华大要做宇宙第一大service company了
不过，华大还是技术太差，连真正自己的技术都没有，也就仿造一个454吹吹牛。
CG的技术是不是也有点过时了？华大为啥不拼命bid一下ion torrent或者nanopore一类的
Illumina |
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y***i
发帖数: 11639 | 38 华大是sequence machine的大顾客。illumina好象很紧张。
类的 |
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b*****h
发帖数: 783 | 39 CG技术也不先进，市场失利有它必然原因，华大救不了它的。 虽然deal 不贵，但还不
如花钱买一些早期的新技术测序公司。。
Illumina |
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C********4
发帖数: 308 | 40 ion torrent或者nanopore 华大倒是想买，但是人家得卖啊 华大买得起吗
类的 |
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f*******e
发帖数: 628 | 41 nanopore 现在还小，不知道买不买得了。不过是英国人，比较傲慢，可能不好谈。 |
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q******g
发帖数: 3858 | 43 ion torrent到底怎么样？有人用过吗？ |
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a**m
发帖数: 184 | 44 BGI测序要帮你分析的，然后会霸占一作甚至通讯作者
Illumina (solexa) 要patent的，大部分人付不起 |
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b*****n
发帖数: 1841 | 46 你说王俊有三头六臂一个人有那么多文章？
多少跟高校合作的，别人出idea出材料，，BGI出流水线，然后王俊一起做通讯作者这
样的？
饶毅的质疑有相当的合理性。做这个坏人，火药味是足了点，敢于面对面沟通，也是一
种勇气。 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 47 中兴 华为 都不算美国商法上的独立 企业法人
还谈啥华大BGI
后清被二次辛亥 干倒或里边的袁世凯 II 世 取代tg 常委制后 那些 准国企 都有
成浮云的可能 |
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p*****1
发帖数: 330 | 48 BGI三驾马车， 是杨焕明 于军 汪建吧，
什么时候改朝换代，王俊成老板了啊？ |
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j****x
发帖数: 1704 | 49 于军“离开”BGI也算很有一阵子了，相比他一手“发掘/提拔”起来的王俊，后面这几
年确实风头不再了，一山难容二虎，唏嘘啊 |
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b******k
发帖数: 2321 | 50 我觉得BGI最让我不爽的地方是顶着学术机构的名做商业运营，国家投入和公司营收根
本区分不开。 |
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