发帖数: 1 | 1 Sci Rep. 2016 Dec 2;6:38198. doi: 10.1038/srep38198.
Improved bi-allelic modification of a transcriptionally silent locus in
patient-derived iPSC by Cas9 nickase.
Eggenschwiler R1,2, Moslem M1,2, Fráguas MS1,2, Galla M3, Papp O1,2,
Naujock M4, Fonfara I5,6, Gensch I1,2, Wähner A1,2, Beh-Pajooh A1,2,
Mussolino C7,8,9, Tauscher M10, Steinemann D11, Wegner F4, Petri S4,
Schambach A3, Charpentier E5,6, Cathomen T7,8,9, Cantz T1,2,11.
In order to help enforcing bi-allelic targeting with the new ... 阅读全帖 |
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G***G
发帖数: 16778 | 2 what is allele
what is snp?
what is the difference and similarity between allele and snp? |
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g*****n
发帖数: 241 | 3 谢谢回复。
如果是两个null mutant的话，4代表同一个，1代表parallel，但我这里说的情况是两
个weak allele.
我的课题有一个基因的null allele是死的，所以没法做双突变 |
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g*****n
发帖数: 241 | 4 谢谢aardlbx，虽然我不太懂您提到的概率方面的解释，不过总体来说我想我大概明白
您的意思。
谢谢lotkaeuler11 以及您给的参考文献，可惜我是做经典遗传的，对数学理解有限，
以后如果这方面基础提高了的话再精读一下 ：-）
谢谢Dua，我同意您说的“越复杂的物种调控机制也越复杂”，不过我这次想咨询的是
遗传领域一个比较常见的涉及双突变分析的问题，就是想了解一下通常出现这样的遗传
数据该怎么样去判断是否是同一个pathway，出于简单化的原因，我暂不考虑复杂的调
控机制。我对于两个null allele的双突变结果如何分析比较清楚，但对于两个weak
allele的分析就有点头疼。
谢谢shakuras，我也承认 “没啥两个基因是完全独立的”，但我研究的只是两个基因
的简单关系，而不是从高层面的整个调控网络的角度来研究。 |
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j******i
发帖数: 939 | 5 现有一种遗传病，已经知道是一个分泌蛋白突变造成的，但具体机制不清楚。编码基因
有一个allele有突变，另一个allele正常，但是血液中检测到的这个蛋白只有正常人的
30%不到。除了transinhibition，还有其他解释吗？ |
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r**********e
发帖数: 587 | 6 其实是个很基本的问题。
我们一般都用pcr－sanger sequencing来测比如有没有突变，只是看有或者没有
我现在需要知道这个位点的突变的相对精确的allele frequency，比如20% vs 50%的区别
那么我直接sanger sequencing，ab1文件的两种颜色的peak height的差别是否能真实
反映allele frequency的差别呢？ |
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g*****n
发帖数: 241 | 7 假设我有两个突变体，都是weak allele (hypomorph)，a的penetrance是30%，b的
penetrance是20%。
如果ab双突变的结果有四种情况，分别是1）80%（synergistic），2）50% (additive)
，3）40%（比单突变高，但比additive低），和4）30%（等同于最高的单突变）。请问
该怎么解释a和b的关系？哪种情况代表他们在同一个信号通路，哪种情况代表他们
independent pathway
非常感谢！ |
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g*****n
发帖数: 241 | 8 谢谢aardlbx。那请问到底哪种情况算是在同一个signaling pathway呢？
我所知道的是两个hypomorph的组合如果导致synergistic的话，应该是同一个pathway
，好像最理想化的是penetrance和其中一个的null allele的相同。
我对经典遗传只是初窥门径，谢谢各位同行指教 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 9 double weak alleles plus upstream and downstream possbile multi inteactive
loci
how many
KO + + + - - - strains mice wanted by propability?
还得不包括楼主提到的null mutant 知死性 KO loci
有那种克服的工夫 和经费 at least 3-5 Y 还不一定最后搞明了了
还是搞 Hidden Markov Model etc Stochastis Biostatistics approach 的啦?
反正就是钱肯说的 搞统计的都不是搞科学的辈 |
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l**********1
发帖数: 5204 | 10 就是虫子
还有这个呢: cryptic development
pls refer:
Duveau F et al. (2012)
Role of pleiotropy in the evolution of a cryptic developmental variation in
Caenorhabditis elegans.
PLoS Biol. 10: e1001230.
link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22235190
and
Chandler CH (2010)
Cryptic intraspecific variation in sex determination in Caenorhabditis
elegans revealed by mutations.
Heredity 105: 473-82.
link:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20502478
NB: LZ 没有透露任何 模式生物 或非模式生物其名称 也没有透露那两alleles 是否
有关性分化 或 进化 所以如果这两线虫的文章 ... 阅读全帖 |
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s******s
发帖数: 13035 | 11 可能性太多了，比如不正常dimerize会被分解，或者没法分泌等等。
你好歹把每个allele的蛋白含量，RNA含量，分泌和细胞内含量排出来看看才知道 |
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s*******n
发帖数: 37 | 12 according to Bing Ren's most recent nature paper,most genes have 1.7:1
expression ratio for two alleles.30% is close to 1.7:1.
Integrative analysis of haplotype-resolved epigenomes across human tissues |
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r**********e
发帖数: 587 | 13 For example look at the picture below, T vs C, if I see such peak height
ratio
difference, can I claim there's a change for allele frequency?
区别 |
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r**********e
发帖数: 587 | 14 1. Yes many cell lines are multiclonal, that's fine.That's exactly what we
are trying to look at.The percentage of different alleles.
2. Where can I find such service? school core facility? |
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y****i
发帖数: 1265 | 15 【 以下文字转载自 Biology 讨论区 】
发信人: yweili (杨威利), 信区: Biology
标 题: 据说哈利波特上nature了
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Jan 6 14:13:20 2011, 美东)
发信人: Isaiah (SKIASONARANHR), 信区: Emprise
标 题: 据说哈利波特上nature了
发信站: 水木社区 (Thu Jan 6 09:19:54 2011), 站内
http://blog.renren.com/share/225423167/4622536314
刚看了《哈利波特7上》，无聊的在PubMed里面用"Harry Potter"做关键词搜索文献，
得到32篇文献，居然还有发在Nature上的文章两篇 还有其他牛文若干篇。灰常的欢乐。
附该文章链接： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16094345
以免大家以为是我胡诌。最近真是闲的蛋疼。
==========================神==作==分==割==线====================... 阅读全帖 |
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y****i
发帖数: 1265 | 16 发信人: Isaiah (SKIASONARANHR), 信区: Emprise
标 题: 据说哈利波特上nature了
发信站: 水木社区 (Thu Jan 6 09:19:54 2011), 站内
http://blog.renren.com/share/225423167/4622536314
刚看了《哈利波特7上》，无聊的在PubMed里面用"Harry Potter"做关键词搜索文献，
得到32篇文献，居然还有发在Nature上的文章两篇 还有其他牛文若干篇。灰常的欢乐。
附该文章链接： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16094345
以免大家以为是我胡诌。最近真是闲的蛋疼。
==========================神==作==分==割==线==========================
在下面第一篇nature文章中，在2005年《哈里波特与混血王子》出版后，来自澳大利亚
皇家儿童医院的Graig等人，同样对哈里波特中描述的有超能力的巫师wizards and
witches与麻瓜muggle结合后，后代属性问... 阅读全帖 |
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y**********n
发帖数: 478 | 17 经典遗传学的东西怎么跟现代基因学联系起来有时候确实很头大。我试着解释下，先贴
一段wiki上的：
“An allele (UK play /ˈæliːl/ or US /əˈliːl/)
is one of two or more forms of a gene or a genetic locus (generally a group
of genes).[1][2] The form "allel" is also used, an abbreviation of
allelomorph. Sometimes, different alleles can result in different observable
phenotypic traits, such as different pigmentation. However, many variations
at the genetic level result in little or no observable variation.
Most multicell... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 18 allele: one of a number of alternative forms of the same genetic locus (from
wiki)
人是diploid，所以对于每一个人来说，每一个genetic locus上都有两个allele（XY除
外）。
allele是对于haploid genome来说的，对于人来说称作genotype更合适，例如AA Aa/aA
aa是三种genotype。楼主说的检测不同allele，我的猜测是检测携带homozygous AA/
aa genotype（而非allele）的细胞，因为细胞不可能是单倍体（除生殖细胞）。
SNP不止存在AT和GC变换，可以从ATGC中的任何一个变到ATGC中的任何另一个，有
transition和transversion的区别。
一个allele，可能存在多个snp吗？
这里概念搞错了。SNP是指一个位点上在群体里有不同的allele，比如你带AA，我带Aa
。而allele指的是A或a。
如果你的问题是，一个SNP，可能存在多个allele吗？当然可能，有tri-allelic的SNP
的... 阅读全帖 |
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E*******F
发帖数: 2165 | 19 大约6000年前出现的ASPM基因，伴随着文字和农业的诞生
欧洲人和中东人此基因频率较高，东亚人较低，非洲人最低
A new allele (version) of ASPM appeared sometime between 14,100 and 500
years ago with a mean estimate of 5,800 years ago. The new allele has a
frequency of about 50% in populations of the Middle East and Europe, it is
less frequent in East Asia, and has low frequencies among Sub-Saharan
African populations.[6] It is also found with an unusually high percentage
among the people of Papua New Guinea, with a 59.4% occurrence.[7]
The mean esti... 阅读全帖 |
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t**x
发帖数: 20965 | 20 请你仔细看看，
良性的三个报告。其中一个是这个德国医生自己的，他承认自己从来没有看过。第一个
genedx，是我们出院(04/13)后一个月报的(05/13)， 这个极有可能就是我们宝宝的结
果，被报呈良性。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/92429/
这个变异发现10多年，欧洲基因库收录为恶性。只有美国报称良性，在我们宝宝刚刚出
院。你真得仔细看看时间和事情了。
你没有看到跨国界作假反而。。。你看看荷兰医生的回信。我真怀疑你到底是干什么的
？
这个变异发现了10多年了， 这个德国医生的链接的文献没有说是良性的， 你自己看看
下面德国医生附上的文献。我不是医生，我看不出来说这个变异是良性的。你如果愿意
看看我家宝宝cpt2的两个结果， 一个1.5%酶活性，一个15%酶活性，跟下面的温度相关
吻合得多好。
我家宝宝的下降更多，大概是因为他的变异更多。这个特征的变异很多年了，但是
cchmc和Baylor都没有查出来。你说说他们不知道？！
Here the excerpt von OMIM regarding this mut... 阅读全帖 |
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t**x
发帖数: 20965 | 21 yangyi和aning我没有跟她/他斗， 我劝你们好好看看德国医生给的参考资料, 这个资
料你怎么得出是benign的结论的：
0018 ENCEPHALOPATHY, ACUTE, INFECTION-INDUCED, SUSCEPTIBILITY TO, 4
CPT2, PHE352CYS AND VAL368ILE [dbSNP:rs2229291] [dbSNP:rs1799821] [ClinVar]
Chen et al. (2005) found an association between 2 thermolabile polymorphisms
in the CPT1 gene and susceptibility to infection-induced acute
encephalopathy-4 (IIAE4; 614212) in Japanese children. The variants were a
1055T-G transversion, resulting in a phe352-to-cys (F352C) substitution (
rs... 阅读全帖 |
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t**x
发帖数: 20965 | 22 我可以跟你说这个写这个文章的医生是一个十恶不赦的王八蛋！因为这个德国医生就是
跟西雅图儿童医院勾结的个婊子养的畜生。
这是我的信：
Von: Andrew Xie [mailto:[email protected]/* */]
Gesendet: Montag, 19. September 2016 13:24
An: Wieser, Dr. Thomas, Chefarzt
Betreff: RE: Question on a benign mutation / NM_000098.2(CPT2):c.1102G>A (p.
Val368Ile) Simple - Variation Report - ClinVar – NCBI
Dear Dr. Wieser,
Thanks for your reply.
In the link it says 3 sources reporting ‘benign’ :
1. GeneDX on May 29, 2013
2. Emory Genetics Laboratory on Apr 16, 2014... 阅读全帖 |
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A*****O
发帖数: 394 | 23 巴斯大学研究人员与加地夫大学神经系统科学与精神健康研究院科学家合作，发现了一
种名为Grb10的基因，其异常之处在于，子代只在大脑中表达来自父方的基因，却在身
体其他部位表达来自母方的基因——好像父母双方的印记基因各自在不同部位有一种无
意识的优先权：母亲的基因表达涉及胎儿成长、新陈代谢、脂肪储存，而父亲的基因表
达调控着成人的社会行为。
Nature. 2011 Jan 27;469(7331):534-8.
Distinct physiological and behavioural functions for parental alleles
of imprinted Grb10.
Garfield AS, Cowley M, Smith FM, Moorwood K, Stewart-Cox JE, Gilroy K,
Baker S, Xia J, Dalley JW, Hurst LD, Wilkinson LS, Isles AR, Ward A.
Department of Biology & Biochemistry and Centre for Regenerati... 阅读全帖 |
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s********7
发帖数: 404 | 24 男孩智力真的只遗传母亲吗？
前两年有一个网上广泛流传的说法，据说决定智商的八对基因全部都是位于X 染色体上
面，然后男生是XY，X 是来自母亲，Y 是来自父亲。
所以男生的智商全部都是来自母亲的遗传。
这个说法被很多网友接受，甚至影响到一些高学历的人的择偶观。
这个“据说”，也就是“决定智商的八对基因全部都是位于X 染色体上面”，实际上查
无实据。
博主甚至怀疑，这个说法是某个聪明但不貌美的女子编造的谎言。
而最近的一个研究揭示了相反的情形：社会性智商（与社会活动有关的）更多地取决于
父亲。
巴斯大学研究人员与加地夫大学神经系统科学与精神健康研究院科学家合作，发现了一
种名为Grb10的基因，其异常之处在于，子代只在大脑中表达来自父方的基因，却在身
体其他部位表达来自母方的基因——好像父母双方的印记基因各自在不同部位有一种无
意识的优先权：母亲的基因表达涉及胎儿成长、新陈代谢、脂肪储存，而父亲的基因表
达调控着成人的社会行为。
由此似乎可以得出结论：父亲基因决定孩子的社会智商，母亲基因决定孩子的身体结构。
这和所谓的智商由母亲基因决定的说法正好相反，但与人类历史悠久的择偶倾向的要求
一... 阅读全帖 |
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s********7
发帖数: 404 | 25 关于智商有关的遗传因素的不同表达，反映了一种倾向性：母亲的基因表达涉及胎儿成
长、新陈代谢、脂肪储存，而父亲的基因表达调控着成人的社会行为。
Nature. 2011 Jan 27;469(7331):534-8.
Distinct physiological and behavioural functions for parental alleles
of imprinted Grb10.
Garfield AS, Cowley M, Smith FM, Moorwood K, Stewart-Cox JE, Gilroy K,
Baker S, Xia J, Dalley JW, Hurst LD, Wilkinson LS, Isles AR, Ward A.
Department of Biology & Biochemistry and Centre for Regenerative
Medicine, University of Bath, Claverton Down, Bath BA2 7AY, UK.
Abstract
Imprinted genes, defined... 阅读全帖 |
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b********n
发帖数: 38600 | 26 http://infoproc.blogspot.co.nz/2011/05/forbidden-thoughts.html
The video below is of the final lecture in Biology 7.012 at MIT (2004), co-
taught by Professor Eric Lander, Director of the Broad Institute at MIT and
a principal leader of the Human Genome Project, and Professor Robert A.
Weinberg, winner of the 1997 National Medal of Science. Weinberg delivers
the final lecture.
Weinberg (@ 32:40): ... And what happens if one of these days people
discover alleles for certain aspects of cognitive f... 阅读全帖 |
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c*****g
发帖数: 21627 | 27 http://en.wikipedia.org/wiki/Outbreeding_depression
A concept in selective breeding and zoology, outbreeding depression refers
to cases when offspring from crosses between individuals from different
populations have lower fitness than progeny from crosses between individuals
from the same population. (In selective breeding, the concept is opposed to
inbreeding depression). This phenomenon can occur in two ways.
First, selection in one population might produce a large body size, whereas
in anothe... 阅读全帖 |
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m*****s
发帖数: 156 | 28 I am not sure what you want to do, but typical coding by allele frequency is
done like this. First calculate the allele frequencies of A,T and determine
the minor allele (frequency<0.5). Using the minor allele as reference
allele, you can code the three genotype by the count of the reference allele
. For example, if you have reference allele A, then code like this, AA->2,
AT->1, and TT->0 |
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h*****d
发帖数: 244 | 29 ABO Blood Type System
We have learned a good deal about how common each of the ABO blood types is
around the world. It is quite clear that the distribution patterns are
complex. Both clinal and discontinuous distributions exist, suggesting a
complicated evolutionary history for humanity. This can be seen with the
global frequency patterns of the type B blood allele (shown in the map below
). Note that it is highest in Central Asia and lowest among the indigenous
peoples of the Americas and A... 阅读全帖 |
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m****r
发帖数: 383 | 30 二倍体生物里面,通常每个基因有两个copy,也叫两个allele, 每个allele都可以自行生
产蛋白.两个allele相同的时候,这个二倍体生物叫homozygotes,不同的时候(通常一个
allele正常,另一个发生了基因突变),叫heterozygotes. loss of heterozygosity发生
时,正常的allele被丢掉,另一个带有突变的allele生产突变蛋白产物.这个产物可能仅
仅是缺失了正常功能(大多数情况),也可能在缺失正常功能的同时,获得一些新的功能,
遗传学上叫gain of function. |
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l**********1
发帖数: 5204 | 31 Plus
To LZ:
just check,
>http://bcbio.wordpress.com/tag/ngs/
cited:
>Access VCF variant information
>In addition to extending the GATK through walkers and annotations you can
also utilize the extensive API directly, taking advantage of parsers and
data structures to handle common file formats. Using Clojure’s Java
interoperability, the variantcontext module provides a high level API to
parse and extract information from VCF files. To loop through a VCF file and
print the location, reference alle... 阅读全帖 |
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G***G
发帖数: 16778 | 32 我认真想了想。重新组织了我的问题。
假设一个基因段：起点 loci 位置坐标是1
终点 loci位置坐标是100
通过研究，我们发现loci 34 和 loci 35 这两个位置会发生变异（GC，AT的转变），
且每个loci，只有两种变异。
那么我们可以说，“在loci34，我们发现了alleles，符号定义为A和a”
"在loci35，我们发现了alleles，符号定义为B和b"
我的问题是：当我们说起alleles的时候，它们永远都是一个位点（loci）上的SNP。
有没有可能，当我们说A和a的时候，它们可能包括至少两个位点上的变异，而不是仅仅
在一个位点上的变异？
其实，我就是想知道SNP 是一个位点上的变化。那么alllele是一个位点上的变化的产
物吗？ 如果是，每一个allele就是一个snp。每一个snp也是一个allele。
我就是想知道snp和allele的对应关系。
from
aA |
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发帖数: 1 | 33 Thanks
Suppose at passage 1 of cancer cell line, at certain loci, allele frequency
is 90% A and 10% B, that's what you mean by "并不是完全homogeneous"
Then keep cell passage and wait until P20, it becomes 10% A and 90% B, this
is genome instability that lead to more heterogeneity?
Is it because allele A itself directly being "mutated" into allele B, or
cancer cell carrying allele B compete better than allele A so B could
survive over A? |
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R******d
发帖数: 1436 | 34 这里的疾病位点指染色体上的单个碱基位点，通常一个位点有两个allele，如果一个是
正常的，一个是risk allele，那么带risk allele的位点就是疾病位点。
是的，可以用logistic regression找出单个risk allele（如果OR大于某个阈值），以
及该位点对应的基因。但是如果疾病有两个或者更多位点都能致病，那么不仅仅是要看
单个位点的致病风险，还想看一下几个位点的risk allele同时出现的时候的得病的风
险。由于组合数很多，不可能在logistic regression模型里都包括进去，只能挑几个
你想看的。 |
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w*********r
发帖数: 42116 | 35 和Mutant相对应。
The allele that encodes the phenotype most common in a particular natural
population is known as the wild type allele. It is often designated, in
genetic shorthand, as "+".
Any form of that allele other than the wild type is known as a mutant form
of that allele. |
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P******l
发帖数: 1648 | 36 来自主题: TrustInJesus版 - 人类的肤色 WHAT COLOR WAS ADAM?
In western countries, nearly every imaginative painting of Adam and Eve
depict two adult Caucasians with fair skin and blue eyes. These images, even
used as Bible illustrations, tend to shape the reader's mental image of the
first man and woman. The Sunday-school origin of the dark races is often
that they were descendants of Adam and Eve who had migrated to a hot climate
where the suntan eventually became an inherited characteristic. These
images and explanations discredit ... 阅读全帖 |
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m*****n
发帖数: 266 | 37 // ==UserScript==
// @name blockID
// @tag a*****[email protected]
// @description Block mitbbs ID
// @include http://*.mitbbs.com/*
// ==/UserScript==
var allElements, thisElement;
allElements = document.getElementsByTagName('*');
var pattern = /ARod|Beckett/;
for (var i=0; i
thisElement = allElements[i];
if (thisElement.className =="jiawenzhang-type" ) {
if (thisElement.innerHTML.search(pattern) != -1) {
|
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W********w
发帖数: 771 | 38 谢谢大家的分享， 听你们一点拨， 胜过Google和看Paper无数。 那我就展开说说这个
project的历史和结果， 看看能不能说服你们这些专家， 并请推荐合适的杂志。
前面说过， 我是做蛋白化学和细胞生物学的。 我做的一个癌症相关蛋白质能够结合某
一体内代谢物，结构已阐明（不是我做的）， 我比较了一下结构和dSNP Database发现
这个蛋白有个变意SNP所编码的氨基酸能够决定蛋白结合底物的flexibility (基于结构
的猜想， 需要用NMR做动态分析）。自己用小规模病例测了一下， 确认了SNP。本着无
知者无畏的精神， 在开会时跟两家有Sample的Lab谈合作测定这个SNP， 当然经过千苦
万难， 此处不表。 最后测了大约150个正常人群， 1000个良性肿瘤， 和300个癌症。
都是白人。 正常人群中， 基因型符合Hardy–Weinberg equilibrium， 但在其它两
个人群中不符合。良性肿瘤比正常人群， Minor Allele p=0.01, odds 近2； 癌症比
正常人群，Minor Allele p=0.03, odds 近2；癌症比良性肿... 阅读全帖 |
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b*****o
发帖数: 150 | 39 You don't have to add polyA to your cDNA
The knockin construct normally has its own promoter and polyA region.The expression cassette will be randomly inserted into (any) genomic DNA.
What's your mean "allele"?
When use "allele" it normally means "the genomic region of the gene", you can delete, mutate or add (tags etc) to any part of your allele in vitro, then knock it in.
allelle |
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P****d
发帖数: 564 | 40 Yes. They were referring to mutation, i.e., the generation of new alleles,
and you allele frequency. Statistically speaking, an advantageous allele
gets enriched or fixed (100% in the population) faster than a neutral allele
through random drift (fluctuation of frequency).
Now in terms of mutations, Barbara McClintock had a very interesting theory.
She thought that upon severe genome stress (i.e., beyond what the specific
stress responses such as check points etc can handle), the cell will
a... 阅读全帖 |
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x******0
发帖数: 1490 | 41 【 以下文字转载自 Statistics 讨论区 】
发信人: xzxz0000 (凶涨凶涨), 信区: Statistics
标 题: R 编程面试题，被弄残废了，在这里求解，钱不多，但会鼎力散财，
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Apr 14 20:21:09 2012, 美东)
面试了一个software职位，本以为很有戏，但考我的题基本上全是job description上
没有的R 编程，希望这里的大侠帮助解惑答疑，在下感恩不尽。
1）
An analytical technique used in a molecular biology lab involves dispensing
solutions of DNA in very
low concentration into 384-well plates. Consider the perfectly random
distribution of N=30 molecules
onto this device
a) What is the probability that two molecules fall... 阅读全帖 |
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u*********1
发帖数: 2518 | 42 Actually the reference genome comes from mixed samples of different
individuals of different populations.
So it's just the "reference", it's not even the major allele. The SNP
identified by comparing sequences of case with reference is "alternative
allele", not "minor allele". For a long time I used to think bases in
reference genome are "major allele", which is true most of time, but not
definitely true.
Why we need "reference genome" is because it's still challenging to directly
sequence the w... 阅读全帖 |
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j**W
发帖数: 89 | 43 因为用Ｐ３－Ｐ４做的PCR，所以做sequencing的fragment应该含GFP，不会是wildtype
allele.
但是用P1做sequencing得到"wild type sequence" (不是wildtype allele),并且都过
了该是后面的loxP的地方但是还是没看见loxP。
又不是wildtype allele，后面的loxP又不见了， 所以就只能是我图上画的mis-
targeted allele这个四不象了。
我不知道还缺什么信息。不好意思。我现在说清楚了么？ |
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f********e
发帖数: 15 | 44 筛了四五十个，只有一个发生同源重组的是三个同样的突变，其他的突变体都是
heterozygous。我的问题在于，我不只是想把基因全本KO，还想研究基因的dosage效应
，所以还想要筛到只敲掉一个或者两个allele的突变体，难啊。
以前在euploid细胞里做突变的时候，倒是看到一些两个allele一样的突变，但是现在
变成三个allele，indel mutation就没有看到homozygous的情况了，可能allele太多了
吧，呵呵。 |
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发帖数: 1 | 45 最近做luciferase assay，就是把含有疾病相关的snp的promoter跟luciferase连接在
一起，看snp对promoter的影响。假设snp的ref allele是A, 疾病相关的allele是B
我首先在hek293里做，用lipofectamine3000转染。铺板子（12-well）铺了10个孔，5
个用于allele-a, 5个用于allele－b。先把lipo和dna混合好，然后把mix分给每一个孔。
以上是第一次实验，过两天我会一模一样的重复上述实验。
我想请问这里的5个孔中的每一个孔算是biological replicate还是technical
replicate呢？
而这两次实验算是biological replicate还是technical replicate呢？
之所以问这个问题是因为后来面对转染neuron的实验。neuron比较难转染所以用的是
nucleofection，一次性用cuvette转染100万个细胞，然后分到12-well的3个孔中。
同样的实验过两天我也会一模一样的再重复一次。
对于neuron的转染，分到3个孔中的... 阅读全帖 |
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发帖数: 1 | 46 技术重复是看你操作有没有失误；生物重复是看你实验本身（这里是细胞）有没有有统
计意义的差异。
[在 flareon () 的大作中提到：]
:最近做luciferase assay，就是把含有疾病相关的snp的promoter跟luciferase连接在
:一起，看snp对promoter的影响。假设snp的ref allele是A, 疾病相关的allele是B
:我首先在hek293里做，用lipofectamine3000转染。铺板子（12-well）铺了10个孔，5
:个用于allele-a, 5个用于allele－b。先把lipo和dna混合好，然后把mix分给每一个
孔。
:以上是第一次实验，过两天我会一模一样的重复上述实验。
:我想请问这里的5个孔中的每一个孔算是biological replicate还是technical
:replicate呢？
:而这两次实验算是biological replicate还是technical replicate呢？
:之所以问这个问题是因为后来面对转染neuron的实验。neuron比较难转染所以用的是
:nucleofection... 阅读全帖 |
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G***G
发帖数: 16778 | 47 your experiments after two days are biological replicate.
five replicates at the same times are technical replicate.
最近做luciferase assay，就是把含有疾病相关的snp的promoter跟luciferase连接在
一起，看snp对promoter的影响。假设snp的ref allele是A, 疾病相关的allele是B
我首先在hek293里做，用lipofectamine3000转染。铺板子（12-well）铺了10个孔，5
个用于allele-a, 5个用于allele－b。先把lipo和dna混合好，然后把mix分给每一个孔。
以上是第一次实验，过两天我会一模一样的重复上述实验。
我想请问这里的5个孔中的每一个孔算是biological replicate还是technical
replicate呢？
而这两次实验算是biological replicate还是technical replicate呢？
之所以问这个问题是因为后来面对转染neur... 阅读全帖 |
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G***G
发帖数: 16778 | 48 我想问您一个生物问题。什么叫allele？
是不是这样理解allele？
chromosome有一对。如果对应位置上的gene不一样。
他们就是allele
所以我们有AA，Aa，aA， aa
我还有以下问题：
1）SNP是不是只有AT变换和GC变换？
一个allele，可能存在多个snp吗？
5
孔。 |
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x******0
发帖数: 1490 | 49 面试了一个software职位，本以为很有戏，但考我的题基本上全是job description上
没有的R 编程，希望这里的大侠帮助解惑答疑，在下感恩不尽。
1）
An analytical technique used in a molecular biology lab involves dispensing
solutions of DNA in very
low concentration into 384-well plates. Consider the perfectly random
distribution of N=30 molecules
onto this device
a) What is the probability that two molecules fall in the same well? Derive
the closed-form
equation for this probability.
b) Plot the above expression for the probability as a function of the numbe... 阅读全帖 |
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