w*******d
发帖数: 396 | 1 除了Chip之外，还需要读信号的platform和软件。可以看看你们的Microarray Center
用的是哪家公司的，比如Affy，Illumina。。。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 2 去Affy的NetAffx查查看，它有batch查询的功能。将你需要的所有基因ID存到一个Text
文件中（follow它所需要的格式），然后用batch query的功能去试试。 |
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g*********3
发帖数: 177 | 3 有一批microarray的数据（affy）,找到了差异表达基因后，怎样把他们mapping到
signal pathway和metabolism pathway上去。
请大家推荐几个数据库或者软件。
谢谢。 |
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e*****t
发帖数: 642 | 4 lz的是做bioinfo的么？现在市场行情怎么样？听说affy不少人被illumina挖去了 |
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n******7
发帖数: 12463 | 5 我很奇怪为什么affy没有搞个自己的sequencing平台，就是收购一个也成啊 |
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m***T
发帖数: 11058 | 6 决策性失误，然后senior managment team不承认，非解释说公司以后走validation和
clinical market的路。想法是没错，但做sequencing并不影响公司的这种决定。我当
初还在公司年度的sales meeting会议上challenge过他们，一说才知道，有我这种想法
的人大有人在。说实话，是对他们的失望，让公司看不到未来，这就是后来很多人陆续
离开的主要原因之一。你看前一段时间公司的CEO step down的消息出来后，公司的股
票一度涨了不少，说明投资者的态度。
估计后来他们也意识到自己的失误了，不过最好的机会已经过去了，现在他们哪一家也买不起了。
另外虽然Affy不象以前红火，但也不至于一下完蛋。不过downsizing是一定的，现在的
transition过程会比较痛苦些。
最后给LZ一个建议，在写resume或email的时候一定要注意细节。一个小小的失误就可能葬送很好的机会，比如你题目里的公司名字竞然会拼错，这种错误在HM看来很可能是致命的。 |
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m***T
发帖数: 11058 | 7 总会有一个平衡点。因为revenue不可能一直掉下去，microarray的市场还在，只是已
经不再是热点。随着FDA、临床诊断实验室及保险公司对microarray态度从当初的不信
任、怀疑到现在的逐步接受并推广，说明array还是有市场的。保守地说，IVD的market
仅在美国就有接近$10B/year，市场预测到2014年global market能达到$60B。能拿到1%
的份额就是不小的数目。而且做为当初microarray的golden standard,affy手里还是有
不少有用的IP的，被别人收购也不是没可能。Moto被google收购就是一个很现实的例子。 |
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t*d
发帖数: 1290 | 8 难道 RNA-seq 还用这种方法判断有无表达？
microarray 里，Affy 的 P and A 内行是从来不相信的。
一般来说找差异表达的基因应该先把这种在所有样本中都低于或接近可检测下限的的基
因放弃了。
RNA-seq 的检测下限和测序深度有关，lz 的这个例子也许是因为深度不够，该基因的
数据都是噪音而已？
reads
in |
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t*d
发帖数: 1290 | 9 难道 RNA-seq 还用这种方法判断有无表达？
microarray 里，Affy 的 P and A 内行是从来不相信的。
一般来说找差异表达的基因应该先把这种在所有样本中都低于或接近可检测下限的的基
因放弃了。
RNA-seq 的检测下限和测序深度有关，lz 的这个例子也许是因为深度不够，该基因的
数据都是噪音而已？
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A*******e
发帖数: 284 | 10 看一paper， 想重新分析里面的microarray data。在GEO down下原始的cel文件后，用
affy的expression console分析，过程看起来顺利。但是结果发现，一些control的三
个biologic repeat的值相差很大，包括house keeping基因， repeat之间差异也很大
。然后发现处理组和对照组之间这些control的差异也很大。按我的粗浅理解，这些
control之间的比值应该是以1
为中心的正态分布才对，如果不是这样，数据就有问题了。 请问这是为何？ 是我分析
错了，没有做normolize吗？
请高手指点 |
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t*d
发帖数: 1290 | 12 不知道有没有商业化的。你可以查查Affy 的 phylochip，还有其他的一些panchip，
greenchip，MDA等等。不过这些芯片都有些年纪了，可能赶不上现在的形势了（越来越
多的细菌被测序）。
对于 NGS 建库，我指的是吧16s RNA 序列变成测序仪器可用的DNA 短片段之间的操作
过程。可以问问 BGI 接不接这个活吧。版上不是有 BGI 的兄弟么。 |
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s******n
发帖数: 47 | 14 多谢jcp大侠。
原来如此，paper里压根儿就没提GEO，是不是就没有上传。。。
原来还以为所有affy array data在paper发表时都必须要上传 |
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a*****x
发帖数: 901 | 15 可以拿mouse model先验证一下。硬长粗的和软短细的分两组，看母老鼠会不会选。
然后做NGS和Affy把相关基因找到，命名为aardlbx... |
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a*****x
发帖数: 901 | 16 BioGPS, IPA, etc. all have the Affy database for almost all the genes |
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a*****x
发帖数: 901 | 17 1.5 fold好像太小了。是用fibroblast吗？一般我们Affy都能得到几百上千个变化超过
2倍的。
还有一种方法是做KO human cells，比如用Talen. |
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s******l
发帖数: 125 | 18 price per sample for Affy or Agilent arrays?
Thx |
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S*******e
发帖数: 94 | 19 bioinfor相对于纯生物来说肯定有前景，我对此充满信心。
我前面说的那些是针对楼主特指NYC，如果去其他地区做bioinfor进工业圈这收入的生
活还是不错的。
特指在NYC，年薪5万和年薪7～8万或在生活上有本质的区别吗？
coding skill不需要太高，对你的雇主来说，只要能用上就行。
至于“攒够钱”？
在NYC养家糊口还能攒钱？
跳槽？
咱写代码的人在工业圈干上个几年，年龄了大了，啥papers没有，如何跳槽？
98年左右进了Celera拼基因组的那些人，NGS出现之前进Affy做microarray的那些人，
06年左右做454的，这当时都算得上这行业里屈指可数的公司了，能进去的都算是人中
龙凤了，那么他们现在前景如何了？
那时候bioinfor的行情可比咱现在更热多了。 |
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x*****d
发帖数: 704 | 20
Affy平台我不是很熟悉，以前找过几个GEO，都是只有soft文件。勉强用了。要cel文件
估计你只能email了。 |
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c********e
发帖数: 598 | 22
co1
BTW,请指教 why we want to do RNAseq rather than genechip：
Affy claimed:"For RNA-Seq, both the depth of transcriptome
sequencing as well as expression level influence precision.
GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0 (HTA) generates
precise gene expression data regardless of transcript abundance"
http://www.affymetrix.com/fa/media/hta_array_2_0_flyer.pdf |
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c********e
发帖数: 598 | 23
co1
BTW,请指教 why we want to do RNAseq rather than genechip：
Affy claimed:"For RNA-Seq, both the depth of transcriptome
sequencing as well as expression level influence precision.
GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0 (HTA) generates
precise gene expression data regardless of transcript abundance"
http://www.affymetrix.com/fa/media/hta_array_2_0_flyer.pdf |
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x******m
发帖数: 736 | 24 比如每个marker的位置，在哪个chr。谢谢 |
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s******s
发帖数: 13035 | 26 你的理解是错误的。你要找什么data，我也许可以帮到你。
只有raw sequence BAM和FASTQ在CGHub, 其他所有的都在TCGA DCC.
DCC有两个入口，controlled里面是所有有序列的data, 包括genotyping,
variant，和一些pcr sequencing。如果是mutation (tumor - normal), CNA
这些，全部都是open access.
CNA主要是AFFY SNP6的，也有一些其他的平台，包括low coverage WGS,
这些都是open access。问题是TCGA号称 no platform left behind, 所以方法
虽然多，但是并不是所有的disease都有所有的data type.
TCGA的data我一般在三个地方找，DCC是一处，或者用TCGA Assembler
拉，另外常见的open data可以去firebrowse.org下载。firebrowse的好处是
QC有问题的data都扔掉了，然后都combine成matrix form。你要自己找DCC
的data，必须去TCGA ... 阅读全帖 |
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n******7
发帖数: 12463 | 27 谢谢详细解答，有些是我知道的，有些细节我确实不清楚
我之前就发现TCGA的CNA主要都是array平台来的，而且很多信息不是很清楚（比如有个
cnv/nocnv的注释，去年ACCR我问了TCGA的人，也没完全说明白）
我用TCGA的data matrix 入口download过所有的lv3 data和部分lv2 data
他们那个bulk download没搞清楚怎么用...
TCGA Assembler和firebrowse都没用过，annotation database也是第一次听说
TCGA把这么重要的东西藏这么深也太挫了，我现在文章都写好了。。
我决定先投了，reviewer让QC再QC吧，结果应该只会更好
我们需要WGS data, 在TCGA dcc 只有WES的data，WGS都在cgHub
但是我们不想自己从bam开始处理，想直接拿SNV/SV的calling，这个ICGC可以提供，所
以我们需要access
昨天我想要一个很简单的统计，比如每个cancer sample，整个genome上%多少的region
是double deletion, single dele... 阅读全帖 |
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g**********y
发帖数: 423 | 28 If you have microarray gene expression data (affy U133P2) available, I can
suggest some chemotherapy drug. |
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v******V
发帖数: 314 | 29 http://www.wretch.cc/blog/nina412&article_id=5200991
FPGEE 模擬考 - Pre-FPGEE
美國藥劑部 NABP http://www.nabp.net/ 為了幫助 FPGEE3應考者準備考試
在網路上有提供模擬考題 Pre-FPGEE® 的服務 收費美金五十元 線上應考
Nina 有兩位朋友參加過這個考試 聽來自 Nigeria 的 Affi 告訴我 她得到的模擬考成
績和實際成績很接近
現在她在準備藥師執照考試時 也去考了 Pre-NAPLEX
Nina 我自己並沒有考過 Pre-FPGEE 當時試想省錢吧 不過現在準備執照考試 應該也會
去考 Pre-NAPLEX
以下是 Pre-FPGEE 在 NABP 網站上的 Q & A 提供給大家參考
Frequently Asked Questions
1.What is the Pre-FPGEE?
The Pre-FPGEE is the only Foreign Pharmacy Graduate Equivalency Examination&
#174; (F |
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m***b
发帖数: 11 | 30 用 R package affy 中的函数 medpolish 处理affymetrix array 数据,给出4项值
overall: the fitted constant term.
row: the fitted row effects.
col: the fitted column effects.
residuals: the residuals.
这个帖子说 "Column Effects" + "Overall" 就是所要的 median polished 结果(gene
expression estimates). 是这样吗? 哪位给解释一下吧. 谢谢.
帖子见:
http://thread.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.conductor/16478 |
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f*********8
发帖数: 165 | 31 你要是做过microarray 分析或者学过bioinformatics方面的课就好好复习一下，分析
步骤每一步怎末说，用什莫软件或package搞清。我没面过affy,我猜就这些吧。你简历
里写了什莫你自己最清楚了。 |
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d*******e
发帖数: 1649 | 32 你需要cdf的文件，基本上可以去affy的网站上download，其实就是一个annotation
file
one
can |
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y*****l
发帖数: 5997 | 35 The 12th Annual BIO CEO & Investor Conference
An International Biotechnology Investor Conference Featuring Established &
Emerging Public Companies
February 8-9, 2010
Waldorf-Astoria
New York City
The BIO CEO & Investor Conference is the largest investor conference focused
on publicly traded biotech companies. Because our mission is to support
industry-wide success, we present a broad and unbiased view of investment
opportunities.
Our therapeutic workshops feature the latest information on pipeli... 阅读全帖 |
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w***y
发帖数: 2537 | 36 【 以下文字转载自 Stock 讨论区 】
发信人: ll111 (Stealth), 信区: Stock
标 题: Events and ER for week August 2-6
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Aug 1 22:47:17 2010, 美东)
Monday, Aug. 2
10 a.m.: ISM Manufacturing index on business activity in July, released by
the Institute for Supply Management.
10:15 a.m. Federal Reserve Chairman Ben Bernanke speaking on "challenges for
the economy and state governments."
4 p.m. Treasury Secretary Timothy Geithner speaking on the next steps for
financial reform.
Tuesday, Aug. 3
8:30 a.m.: P... 阅读全帖 |
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g*********1
发帖数: 725 | 37 来自主题: _pennystock版 - AFFY up 25% today. It is in my watchlist and I missed it! :-( |
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w***y
发帖数: 2537 | 38 来自主题: _pennystock版 - AFFY 啊啊
前两天平推了
sign |
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K********g
发帖数: 9389 | 39 来自主题: _pennystock版 - AFFY 呵呵，上次Trial失败，你买了？ |
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m*z
发帖数: 2356 | 40 来自主题: _pennystock版 - AFFY 发现MM好像手上啥都有? |
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w***y
发帖数: 2537 | 41 来自主题: _pennystock版 - AFFY 是啊， 没赚钱
我通常卖啥啥涨
呵呵 |
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g******0
发帖数: 1165 | 42 来自主题: _pennystock版 - AFFY 不就update了下日子 就这么疯狂哟 |
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w***y
发帖数: 2537 | 43 来自主题: _pennystock版 - AFFY 是啊
绿的拿不住
红的不想卖 |
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e*n
发帖数: 1511 | 44 来自主题: _pennystock版 - AFFY 跟我相反。 |
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w***y
发帖数: 2537 | 45 来自主题: _pennystock版 - AFFY 您是买啥啥涨？
大牛呀 |
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e*n
发帖数: 1511 | 46 来自主题: _pennystock版 - AFFY 看我昵称 |
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S******t
发帖数: 8388 | 47 来自主题: _pennystock版 - AFFY 你没这么惨吧，笑死我了。 |
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J******s
发帖数: 913 | 48 来自主题: _pennystock版 - AFFX AFFY has more upside potential. |
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f*******0
发帖数: 221 | 49 来自主题: _pennystock版 - AFFX AFFY 的trial好像有非常大的副作用,大跌的那一天我还去接了把.
sign~~~ |
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f**********g
发帖数: 2252 | 50 来自主题: _pennystock版 - AFFX I prefer AFFX than AFFY.
Affymetrix to Host Conference Call on October 27, 2010 to Announce Third
Quarter Results
Wednesday 10/13/2010 4:00 PM ET - Businesswire
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AFFX 4.59 1.66%
As of 12:10 PM ET 10/14/10
Affymetrix, Inc. (NASDAQ: AFFX) today announced that it will release
operating results for the third quarter of 2010 after close of the stock
market on Wednesday, October 27, 2010.
The Affymetrix management team will host a conference call on October 27,
2010 a... 阅读全帖 |
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