A**********e
发帖数: 3102 | 1 这套东西看着已经成了事实标准了，无论是模型库还是模拟软件的支持都很具规模，就
是不知道通用性怎么样，比如说，从两个不相关的组得到的 SBML 模型，用第三方的
GUI 给结合起来，到底能不能快速做出一个新的模型？还是依然需要回到底层重新自己
写 codes？ |
l*******1
发帖数: 866 | 2 河马好！
不知道是啥的飘过～～～～
【在 A**********e 的大作中提到】
: 这套东西看着已经成了事实标准了，无论是模型库还是模拟软件的支持都很具规模，就
: 是不知道通用性怎么样，比如说，从两个不相关的组得到的 SBML 模型，用第三方的
: GUI 给结合起来，到底能不能快速做出一个新的模型？还是依然需要回到底层重新自己
: 写 codes？
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d*****r
发帖数: 2583 | 3 河马？
他怎么变成了河马。。。呵呵
【在 l*******1 的大作中提到】
: 河马好！
: 不知道是啥的飘过～～～～
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A**********e
发帖数: 3102 | 4 我考考你：这个 bbs 上一共有多少河马？ :)
【在 d*****r 的大作中提到】
: 河马？
: 他怎么变成了河马。。。呵呵
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a****o
发帖数: 1786 | 5 only 2.
The real one and all others.
【在 A**********e 的大作中提到】
: 我考考你：这个 bbs 上一共有多少河马？ :)
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s*****o
发帖数: 26 | 6 我以前实验室有人做这个，其实还没有到这一步。毕竟建模是个艺术活，没法完全技术
标准话。不同模型的对象和风格不
一样。他们现在还是想先从标准做起。
【在 A**********e 的大作中提到】
: 这套东西看着已经成了事实标准了，无论是模型库还是模拟软件的支持都很具规模，就
: 是不知道通用性怎么样，比如说，从两个不相关的组得到的 SBML 模型，用第三方的
: GUI 给结合起来，到底能不能快速做出一个新的模型？还是依然需要回到底层重新自己
: 写 codes？
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j***l
发帖数: 100 | 7 谁来科普一下，经常听到SBML，但从来没有用过，它的最大优势是什么？比Matlab或
Mathematica
好用么？
【在 s*****o 的大作中提到】
: 我以前实验室有人做这个，其实还没有到这一步。毕竟建模是个艺术活，没法完全技术
: 标准话。不同模型的对象和风格不
: 一样。他们现在还是想先从标准做起。
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z***0
发帖数: 238 | 8 上GOOGLE看看SBML的MANNUAL吧。
最大的优势是：很多现成的MODELS, FOR SIGNAL TRANSDUCTION PATHWAY OR METABOLIC
NETWORKS，可以从SBML的数据库中获取；还有，这些SBML MODEL可以直接在一些分析
软件上使用，比如FLUX ANALYSIS的COBRA；它的RATE 能够用任何形式的FUNCTIONS来表
达；可以直接输入文字形式的REACTION，程序自动辨认其中的STATE VARIABLES。不好
的地方，程序一般比较长，不好DEBUG，而且对于一些系统分析方法如SENSITIVITY
ANALYSIS不好编程，对比MATLAB来说。
【在 j***l 的大作中提到】
: 谁来科普一下，经常听到SBML，但从来没有用过，它的最大优势是什么？比Matlab或
: Mathematica
: 好用么？
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P*********y
发帖数: 310 | 9 The basic idea is that sbml tries to make models portable and exchangeable
between different programming platforms.
It is obvious that models coded in MatLab can't be run in Mathematica, and
vice versa. And there are almost hundreds of other programming/simulation
languages facing similar problems if we want to reuse the model under a
platform different from the one where the model is initially developed.
But we do know that a biological model has commonalities. You have to have (
1) initial con
【在 j***l 的大作中提到】
: 谁来科普一下，经常听到SBML，但从来没有用过，它的最大优势是什么？比Matlab或
: Mathematica
: 好用么？
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P*********y
发帖数: 310 | 10 I think if the two sbml models all comply with the sbml standard very
strictly, they should be easily merged in a third platform.
The potentially problems are that many sbml models have their own specific
codes embedded sometimes, which may screw up the merging process.
But in theory, if you can import both sbml models into a third platform and
run them individually, I don't see why you can't merge them by just copy/
paste and then patch up with equation terms that describe the linkage
between v
【在 A**********e 的大作中提到】
: 这套东西看着已经成了事实标准了，无论是模型库还是模拟软件的支持都很具规模，就
: 是不知道通用性怎么样，比如说，从两个不相关的组得到的 SBML 模型，用第三方的
: GUI 给结合起来，到底能不能快速做出一个新的模型？还是依然需要回到底层重新自己
: 写 codes？
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s******a
发帖数: 252 | 11 It's just XML. The best part is a common format for data exchange.
Given the solid support for XML in many modern languages, it is easy to
parse even without specific SBML tools.
When I used libsbml version 3.2 to do a project, I noticed some problems in
the implementation. Well, I just wanted to finish my project. Now, as I look
at libsbml 4.0, they seem to have fixed the problems. However, the API has
changed. Guess what, my code is now broken :-( |
