m****g
发帖数: 530 | 1 Helicos BioSciences（第三代测序仪制造商）的研究人员近日发表了一篇原理验证（
proof-of-principle，生物通
注）研究，说明利用其单分子测序技术来进行RNA直接测序的可行性，文章发表在9月23
日的《Nature》在线版上。
该研究小组利用一台Helicos样机，直接对酿酒酵母的RNA进行测序，而没有将其转变成
cDNA。在这个过程中，他们还
发现了许多酿酒酵母转录本3’端的异质性，同时有证据表明酵母中至少有一些核仁RNA
和核糖体RNA是聚腺苷酸化的。
随着RNA的重要性逐渐被人所认识，研究人员也开发出多种方法来研究它。但是，许多
方法仍需将RNA反转录成
cDNA，而这一步会引入错误，且效率不高。研究人员写道：“人们急需一种方法，而这
种方法不会有反转录、扩增、连
接以及其他cDNA合成步骤的相关困难，而是能利用极少量的总RNA来综合、无偏见地浏
览转录组。”
为了让“边合成边测序”的反应适应直接的RNA测序，Milos（Helicos的首席科学家）
及她的同事优化了一切，从使用的
聚合酶到缓冲液再到专利的荧光核苷酸类似物。总的来说，这种方法在po | a****o
发帖数: 1786 | 2 someone discuss this before on Biology board and I post here.
It is a great technology, although it has its own shortcomings:
1. since this technolgy relies on poly A tail for sequencing, RNA without
poly A tails can not be sequenced directly (this can be overcomed by
ligating a polyA tail to all RNA molecules)
2. the length of poly A tail will affect capture of RNA molecules on flow
cells (the longer the better, but too long may affect later sequencing)
3. it can only sequence the very 3' end o
【在 m****g 的大作中提到】
: Helicos BioSciences（第三代测序仪制造商）的研究人员近日发表了一篇原理验证（
: proof-of-principle，生物通
: 注）研究，说明利用其单分子测序技术来进行RNA直接测序的可行性，文章发表在9月23
: 日的《Nature》在线版上。
: 该研究小组利用一台Helicos样机，直接对酿酒酵母的RNA进行测序，而没有将其转变成
: cDNA。在这个过程中，他们还
: 发现了许多酿酒酵母转录本3’端的异质性，同时有证据表明酵母中至少有一些核仁RNA
: 和核糖体RNA是聚腺苷酸化的。
: 随着RNA的重要性逐渐被人所认识，研究人员也开发出多种方法来研究它。但是，许多
: 方法仍需将RNA反转录成
|
|
