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Statistics版 - 请教如何用R做Cox model的k-fold cross-validation
相关主题
KS 的问题求教一个模型/预测问题
a sas logistic modeling questioncross validation选择 lasso的 参数
再问个SAS LOGISTIC REGRESSION的问题。【求问】cross validation 与 predictor selection
用10-fold cross-validation 之后怎么挑Model? (转载)请教crossvalidation [包子答谢]
请教SAS里怎么写Cross Validation的程序呢? 我总是出错有人做过cross fold validation 吗?
model的predictors之间有multi-colinearity怎么办?any regression model with high prediction accuracy?
帮我看看这个logistic regression output包子谢linear regression的时候
请问:想fit gamma 并同时用lasso的方法做variable selection有关于cross validation的东西一般出现在哪方面的统计书中?
相关话题的讨论汇总
话题: model话题: cross话题: likelihood话题: cox话题: fold
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l*g
发帖数: 46
1
试了validate,errorest都不work,validate不能用“cross”,一用就报错,而且这
个function只能指定testing sample的大小,不知道怎么搞k-fold;errorest有error
说could not find function "model"。。。
谢谢!!
k*******a
发帖数: 772
2
我的理解是把data分成k份,做个for loop
对于j份sample, 对于其他k-1份sample做regression得到coefficient estimate
然后用这个estimate算这个j份的partial likelihood, lik_j
然后把所有的 lik_j 加起来得到总的cross validation的likelihood
l*g
发帖数: 46
3
非常谢谢ls回答我,j是什么?您是说我把10个从转了一圈的k-1个sample做出来的
model的partial likelihood加起来,这就是cross-validation的likelihood,然后呢
?怎么算prediction error?
还有,不是应该每一个fold内部先k-1组出来一个model,然后用剩下的一组validate
一下么?
抱歉我概念不太清,请教这个validate应该怎么做。。。非常感谢!!
k*******a
发帖数: 772
4
我觉得cox model 不好算prediction error把,用likelihood作为指标就可以了
哪个parameter给的cross validation的likelihood好就用哪个
你是做ridge吗?还是。。。

validate

【在 l*g 的大作中提到】
: 非常谢谢ls回答我,j是什么?您是说我把10个从转了一圈的k-1个sample做出来的
: model的partial likelihood加起来,这就是cross-validation的likelihood,然后呢
: ?怎么算prediction error?
: 还有,不是应该每一个fold内部先k-1组出来一个model,然后用剩下的一组validate
: 一下么?
: 抱歉我概念不太清,请教这个validate应该怎么做。。。非常感谢!!

l*g
发帖数: 46
5
抱歉刚才点错变成回信了,请忽略!
我就是做的proportional hazard model,那么剩下那一组testing sample可以
evaluate the prediction likelihood么?怎么得到predicted likelihood呢?我是
follow一篇paper里说每一个fold里的9/10组sample做一个model,然后用stepwise来
从k个predictors里面选best model,然后用剩下的1/10组sample来evaluate the
prediction log-lik. "For each k, 把所有predicted log-lik加总得到一个score,
score越小的就越好”,没明白什么意思。。。
谢谢!

【在 k*******a 的大作中提到】
: 我觉得cox model 不好算prediction error把,用likelihood作为指标就可以了
: 哪个parameter给的cross validation的likelihood好就用哪个
: 你是做ridge吗?还是。。。
:
: validate

k*******a
发帖数: 772
6
如果时间没有tie, 那么用书上的公式自己写个function也是很容易的
如果有tie,就比较复杂了

【在 l*g 的大作中提到】
: 抱歉刚才点错变成回信了,请忽略!
: 我就是做的proportional hazard model,那么剩下那一组testing sample可以
: evaluate the prediction likelihood么?怎么得到predicted likelihood呢?我是
: follow一篇paper里说每一个fold里的9/10组sample做一个model,然后用stepwise来
: 从k个predictors里面选best model,然后用剩下的1/10组sample来evaluate the
: prediction log-lik. "For each k, 把所有predicted log-lik加总得到一个score,
: score越小的就越好”,没明白什么意思。。。
: 谢谢!

l*g
发帖数: 46
7
非常谢谢您的提示!我去review一下,然后自己写function

【在 k*******a 的大作中提到】
: 如果时间没有tie, 那么用书上的公式自己写个function也是很容易的
: 如果有tie,就比较复杂了

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相关主题
有关于cross validation的东西一般出现在哪方面的统计书中?请教SAS里怎么写Cross Validation的程序呢? 我总是出错
问两个个KNN的问题model的predictors之间有multi-colinearity怎么办?
弱问两个统计题帮我看看这个logistic regression output包子谢
请大牛推荐cross validation 方面的好Book/Paper请问:想fit gamma 并同时用lasso的方法做variable selection
KS 的问题求教一个模型/预测问题
a sas logistic modeling questioncross validation选择 lasso的 参数
再问个SAS LOGISTIC REGRESSION的问题。【求问】cross validation 与 predictor selection
用10-fold cross-validation 之后怎么挑Model? (转载)请教crossvalidation [包子答谢]
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话题: model话题: cross话题: likelihood话题: cox话题: fold