a****g
发帖数: 8131 | |
b*****n
发帖数: 685 | |
a****g
发帖数: 8131 | 3 有人研究基因在3种model中间的表达
对于其中一个基因,他设计了4个probe
重复10次以后 这4个probe对于该基因表达的结果相矛盾
比如 probe a 表明 model 1 > model 2 > model 3
probe b 表明 model 2 > model 1 > model 3
probe c 表明 model 3 > model 2 > model 1
我记得这种情况下好像比较谨慎的做法是只评论probe,而不对基因表达作出判断
不知道有没有其它解释这个问题的统计方法
【在 b*****n 的大作中提到】
: 说详细点
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d*******e
发帖数: 1649 | 4 除非你的研究对象是probe，一般情况下取mean作为gene的表达量。这样每个model你有
10个gene的表达量数据。
不同的probe有不同的偏差是正常的，很多的因素都会导致误差的产生。这也是为什么
取平均，这是没有办法的办法。
【在 a****g 的大作中提到】
: 有人研究基因在3种model中间的表达
: 对于其中一个基因,他设计了4个probe
: 重复10次以后 这4个probe对于该基因表达的结果相矛盾
: 比如 probe a 表明 model 1 > model 2 > model 3
: probe b 表明 model 2 > model 1 > model 3
: probe c 表明 model 3 > model 2 > model 1
: 我记得这种情况下好像比较谨慎的做法是只评论probe,而不对基因表达作出判断
: 不知道有没有其它解释这个问题的统计方法
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t******g
发帖数: 372 | 5 这个gene的annotation如何呢？ 比如有无已知的splicing
有没有看过这其中是否有snp？
2种假设
1，probe之间的差异认为是noise，无视，取median/mean代表整个gene
2,认为probe之间的区别来自splicing，在probe层次讨论差异表达
其实还是要看他数据的质量，比如同一个model下10次单个probe的可重复性究竟如何？
还有如果是设计的custom probe，是按照什么选的，能不能保证probe的质量，避免
cross hybrdization之类的。。。
【在 a****g 的大作中提到】
: 有人研究基因在3种model中间的表达
: 对于其中一个基因,他设计了4个probe
: 重复10次以后 这4个probe对于该基因表达的结果相矛盾
: 比如 probe a 表明 model 1 > model 2 > model 3
: probe b 表明 model 2 > model 1 > model 3
: probe c 表明 model 3 > model 2 > model 1
: 我记得这种情况下好像比较谨慎的做法是只评论probe,而不对基因表达作出判断
: 不知道有没有其它解释这个问题的统计方法
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a****g
发帖数: 8131 | 6 thanks a lot
【在 t******g 的大作中提到】
: 这个gene的annotation如何呢？ 比如有无已知的splicing
: 有没有看过这其中是否有snp？
: 2种假设
: 1，probe之间的差异认为是noise，无视，取median/mean代表整个gene
: 2,认为probe之间的区别来自splicing，在probe层次讨论差异表达
: 其实还是要看他数据的质量，比如同一个model下10次单个probe的可重复性究竟如何？
: 还有如果是设计的custom probe，是按照什么选的，能不能保证probe的质量，避免
: cross hybrdization之类的。。。
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a****g
发帖数: 8131 | 7 thanks
by the way, do you know any papers that talked about this method?
you know, we will need a reference paper for using a new method
【在 d*******e 的大作中提到】
: 除非你的研究对象是probe，一般情况下取mean作为gene的表达量。这样每个model你有
: 10个gene的表达量数据。
: 不同的probe有不同的偏差是正常的，很多的因素都会导致误差的产生。这也是为什么
: 取平均，这是没有办法的办法。
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x*****i
发帖数: 846 | 8 用什么度量基因表达？
【在 a****g 的大作中提到】
: 有人研究基因在3种model中间的表达
: 对于其中一个基因,他设计了4个probe
: 重复10次以后 这4个probe对于该基因表达的结果相矛盾
: 比如 probe a 表明 model 1 > model 2 > model 3
: probe b 表明 model 2 > model 1 > model 3
: probe c 表明 model 3 > model 2 > model 1
: 我记得这种情况下好像比较谨慎的做法是只评论probe,而不对基因表达作出判断
: 不知道有没有其它解释这个问题的统计方法
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w*****n
发帖数: 375 | 9 最简单的办法:majority vote.
【在 a****g 的大作中提到】
: thanks
: by the way, do you know any papers that talked about this method?
: you know, we will need a reference paper for using a new method
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d*******e
发帖数: 1649 | 10 这个是常规方法吧，好像所有做microarray的对于一个gene有很多probe的情况都是直
接取average，除非你的研究对象是probe。为什么这个也算新方法？
【在 a****g 的大作中提到】
: thanks
: by the way, do you know any papers that talked about this method?
: you know, we will need a reference paper for using a new method
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a****g
发帖数: 8131 | 11 能不能简单说几句?
【在 w*****n 的大作中提到】
: 最简单的办法:majority vote.
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a****g
发帖数: 8131 | 12 我只看到了最后的数据,猜测应该是mRNA跟probe hybridization的强度吧
【在 x*****i 的大作中提到】
: 用什么度量基因表达？
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